genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  82  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29246243--29246288	15	3.1	15	80	17	51	69	0	28	2	1.00
29248716--29248778	24	2.7	24	82	2	74	49	20	6	23	1.72
29250946--29250987	20	2.0	21	86	4	59	35	19	0	45	1.50
29259458--29259482	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
29259502--29259534	10	3.4	10	91	8	59	60	0	0	39	0.97
29261098--29261212	25	4.6	24	76	7	79	32	21	26	20	1.98
29261114--29261263	25	5.9	24	73	8	86	32	22	26	18	1.97
29261535--29261587	20	2.5	22	77	22	60	52	11	0	35	1.37
29264386--29264428	20	2.2	20	91	4	70	60	20	4	13	1.51
29264396--29264434	19	2.1	18	85	4	51	61	17	2	17	1.46
29265789--29265826	20	1.9	19	85	15	51	18	2	0	78	0.86
29270516--29270556	21	2.0	21	85	0	55	7	29	12	51	1.66
29270526--29270567	21	2.0	21	85	0	57	4	28	16	50	1.66
29271405--29271434	13	2.2	14	94	5	53	26	10	10	53	1.66
29279452--29279493	20	2.1	20	95	0	75	42	11	0	45	1.41
29281614--29281707	45	2.1	45	87	0	134	30	23	19	26	1.98
29281709--29281788	26	3.1	26	67	16	76	35	28	12	23	1.91
29281713--29281899	51	3.7	50	75	4	196	32	26	16	25	1.96
29281710--29281895	101	1.8	99	85	5	248	32	26	16	24	1.96
29284521--29284589	25	2.8	25	81	0	93	31	18	28	20	1.96
29284521--29284601	25	3.2	25	79	6	92	30	17	29	22	1.96
29293498--29293541	21	2.1	21	100	0	88	38	11	18	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29296382--29296641	134	2.0	131	81	9	305	35	16	19	28	1.94
29296727--29296778	24	2.1	25	82	10	63	30	3	15	50	1.62
29296727--29296778	25	2.1	24	82	3	59	30	3	15	50	1.62
29296510--29297024	154	3.3	151	86	7	619	31	16	22	30	1.96
29296639--29297111	154	3.1	151	88	6	648	30	15	22	31	1.95
29298769--29299082	43	7.3	42	75	10	260	33	26	16	23	1.95
29298842--29299097	85	3.0	82	74	11	255	35	25	14	24	1.93
29299225--29299353	43	3.0	43	89	2	190	30	25	17	26	1.98
29298913--29299820	295	3.1	296	98	0	1766	38	15	10	35	1.82
29299520--29299648	43	3.0	43	89	2	190	30	25	17	26	1.98
29301075--29301110	5	7.2	5	100	0	72	80	0	0	19	0.71
29305086--29305122	16	2.3	16	90	0	56	43	18	5	32	1.73
29305457--29305557	49	2.1	49	84	3	132	32	26	13	26	1.94
29306325--29306533	33	5.7	34	69	20	129	31	25	20	22	1.98
29306326--29306534	76	2.8	75	91	2	321	31	26	20	21	1.98
29306586--29306724	50	2.8	50	82	3	172	30	28	17	22	1.97
29310140--29310196	29	2.0	29	96	0	105	47	15	10	26	1.78
29311477--29311511	15	2.3	15	100	0	70	11	28	22	37	1.89
29312061--29312179	41	2.9	41	84	2	157	29	30	18	21	1.97
29312709--29312816	56	1.9	58	82	3	139	48	8	16	26	1.75
29312698--29312830	56	2.4	54	77	9	131	51	8	15	24	1.71
29313385--29313418	17	2.0	17	88	0	50	26	2	0	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29320793--29320832	9	4.6	9	84	6	55	62	2	0	35	1.09
29322365--29322417	23	2.3	24	75	24	60	45	0	13	41	1.43
29324171--29324205	8	4.1	8	89	10	52	71	0	5	22	1.07
29337650--29337700	24	2.1	24	96	0	93	35	5	15	43	1.71
29340547--29340609	18	3.6	18	89	10	55	28	1	1	68	1.08
29340564--29340609	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
29344833--29344904	8	8.9	8	71	19	51	81	4	4	9	0.94
29344836--29344906	10	6.9	10	72	16	56	81	4	4	9	0.95
29344848--29344905	19	2.9	18	77	20	62	81	5	1	12	0.94
29345720--29345762	15	2.8	16	80	16	54	76	0	13	9	1.01
29345847--29345886	21	1.9	21	94	0	71	30	12	35	22	1.91
29346949--29347440	46	10.7	46	89	0	743	28	16	25	29	1.97
29347449--29348684	132	9.4	132	95	0	2166	31	18	23	26	1.97
29350155--29350236	18	4.6	18	92	7	61	29	1	1	68	1.05
29350172--29350250	3	26.3	3	100	0	158	32	0	0	67	0.91
29352015--29352102	45	2.0	45	97	0	167	34	18	10	37	1.84
29356621--29356687	34	1.9	35	90	3	109	32	7	11	47	1.68
29358167--29358204	12	3.2	12	85	7	51	73	0	10	15	1.09
29366024--29366048	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
29366589--29366626	14	2.7	14	88	8	51	42	7	15	34	1.76
29367083--29367134	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
29369348--29369372	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29376340--29379038	164	16.5	164	89	4	4148	33	22	17	26	1.96
29376339--29379038	329	8.2	329	91	3	4369	33	22	17	26	1.96
29376339--29379038	658	4.1	658	99	0	5321	33	22	17	26	1.96
29384310--29384339	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00
29389526--29389571	19	2.3	20	88	3	67	63	2	0	34	1.07
29389508--29389563	29	1.9	29	88	0	85	62	5	0	32	1.18
29389541--29389583	20	2.1	20	86	4	59	65	2	0	32	1.06
29390060--29390100	19	2.2	19	86	0	55	41	9	0	48	1.36
29416433--29416530	49	2.0	49	95	0	178	16	15	17	51	1.78
29421561--29421585	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
29424442--29424491	25	2.0	25	92	0	82	38	2	4	56	1.30
29431290--29431373	41	2.0	41	100	0	168	52	4	26	16	1.63
29436055--29436080	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
29436709--29436861	41	3.8	41	89	1	218	24	20	26	27	1.99
29436709--29436861	81	1.9	82	86	1	218	24	20	26	27	1.99
29436709--29436879	81	2.1	81	83	1	207	26	20	26	26	1.99
29436709--29436883	41	4.3	41	90	1	217	26	20	26	26	1.99
29441795--29441844	22	2.3	22	92	0	82	28	32	0	40	1.57
29441881--29441941	30	2.0	30	96	0	113	37	0	0	62	0.96
29444166--29444905	29	24.8	29	86	7	1018	44	25	0	29	1.57
29444635--29444676	22	2.0	21	85	4	57	40	28	0	30	1.57
29448841--29448890	14	3.6	14	76	15	50	52	4	0	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29453924--29454036	24	4.6	24	69	15	79	39	19	23	16	1.91
29458432--29458482	21	2.5	19	78	12	57	1	27	3	66	1.20
29464929--29465045	9	12.9	9	70	13	55	67	2	0	29	1.09
29464986--29465136	10	16.6	9	68	17	71	62	3	2	31	1.25
29465085--29465128	9	4.6	10	86	8	56	61	2	0	36	1.09
29465085--29465136	19	2.7	19	84	0	68	63	3	0	32	1.12
29470913--29470971	29	2.0	29	100	0	118	28	27	10	33	1.89
29476279--29476327	6	8.2	6	97	0	71	40	48	0	10	1.37
29476282--29476327	2	23.0	2	81	0	56	41	50	0	8	1.33
29477046--29477337	154	1.9	154	85	4	401	39	11	8	40	1.73
29479718--29479789	25	2.9	25	75	8	65	25	26	15	33	1.95
29485264--29485386	57	2.1	58	87	1	176	28	21	7	43	1.79
29489304--29489359	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
29490295--29490356	29	2.1	29	82	8	72	38	22	16	22	1.92
29494365--29494406	21	2.0	21	81	9	50	40	0	2	57	1.12
29494488--29494542	18	3.0	19	72	20	62	61	3	5	29	1.35
29495884--29495913	6	4.8	6	92	8	51	80	0	0	20	0.72
29506330--29506409	3	26.7	3	100	0	160	33	0	0	66	0.92
29511891--29512010	27	4.4	27	81	6	91	23	18	17	40	1.91
29512334--29512390	29	2.0	29	96	0	105	43	22	14	19	1.86
29512798--29512854	29	2.0	29	100	0	114	43	24	14	17	1.86
29512057--29512986	464	2.0	464	94	1	1623	31	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29516719--29516774	19	3.1	18	82	10	60	53	5	1	39	1.34
29517878--29517958	28	3.0	28	82	13	73	48	2	0	49	1.14
29517897--29517958	28	2.1	30	88	11	94	48	1	0	50	1.10
29517897--29517944	13	3.3	15	75	24	57	47	2	0	50	1.12
29517972--29518024	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
29520450--29520483	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
29520493--29520527	18	1.9	18	88	0	52	60	0	22	17	1.37
29531797--29531845	23	2.1	23	100	0	98	36	4	24	34	1.75
29535251--29535294	13	3.4	13	75	12	54	34	4	13	47	1.63
29535244--29535294	26	2.0	26	96	0	93	31	7	13	47	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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