genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  62  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23893411--23893443	14	2.2	16	89	10	52	57	0	9	33	1.30
23902494--23902531	13	2.9	13	77	14	51	31	5	26	36	1.79
23904569--23904602	16	2.0	16	88	11	50	47	8	0	44	1.34
23905373--23905440	7	9.7	7	73	12	50	41	16	39	2	1.63
23905714--23905872	51	3.1	52	87	2	212	25	14	8	51	1.71
23906077--23906143	34	2.0	34	85	5	91	23	22	7	46	1.77
23908403--23908449	19	2.6	17	80	12	58	63	0	4	31	1.13
23909707--23909851	30	4.8	31	71	15	99	34	6	14	44	1.70
23909808--23909882	30	2.4	32	84	10	102	40	8	8	44	1.63
23920115--23920150	6	6.0	6	96	0	63	47	0	2	50	1.15
23925639--23925720	41	2.0	41	97	0	155	53	6	0	40	1.26
23939834--23939935	52	2.0	52	100	0	204	35	24	9	30	1.88
23943096--23943165	24	2.9	24	89	2	104	15	21	22	40	1.91
23947688--23947732	23	2.0	22	82	4	54	40	17	4	37	1.70
23948972--23949001	14	2.1	14	100	0	60	66	20	0	13	1.24
23949819--23949867	16	3.1	16	84	0	71	42	6	30	20	1.76
23949847--23949939	44	2.1	46	89	4	145	26	6	31	35	1.82
23949847--23949952	46	2.5	42	80	11	119	28	6	31	33	1.83
23950097--23950242	18	9.3	15	66	21	59	56	2	1	39	1.22
23950090--23950227	26	5.1	26	72	11	125	55	2	0	41	1.20
23954051--23954091	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
23958234--23958269	15	2.4	14	86	13	54	69	2	8	19	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23958811--23958837	10	2.7	10	100	0	54	44	18	7	29	1.77
23966869--23966903	15	2.3	15	100	0	70	42	0	0	57	0.99
23974582--23974607	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
23986444--23986486	22	2.0	22	86	4	61	51	6	16	25	1.69
23989854--23989916	31	2.0	31	100	0	126	42	12	12	31	1.81
23993448--23993479	14	2.3	14	94	0	55	31	0	15	53	1.43
24001337--24001372	12	3.0	12	91	0	54	55	0	8	36	1.30
24002550--24002699	77	1.9	78	91	1	248	44	7	4	44	1.50
24007965--24008048	42	2.0	42	85	0	114	21	38	10	29	1.87
24010567--24010660	48	2.0	48	85	8	129	40	26	12	20	1.88
24011931--24012222	42	6.9	42	80	9	310	17	28	33	19	1.95
24012430--24012508	24	3.3	24	83	5	106	6	36	35	21	1.79
24012513--24013233	85	8.5	84	82	4	639	16	31	33	17	1.93
24012584--24013240	298	2.2	299	93	1	1113	17	31	32	17	1.94
24012513--24013234	43	17.0	43	79	5	732	17	31	33	17	1.93
24020930--24021027	33	3.0	33	81	4	117	18	11	17	53	1.73
24022521--24022559	18	2.1	18	85	4	51	61	0	15	23	1.33
24040205--24040302	24	4.0	24	74	10	92	22	20	18	38	1.93
24051214--24051279	24	2.8	24	88	0	96	19	21	19	39	1.93
24051215--24051336	24	5.0	24	73	11	81	22	21	17	38	1.93
24054420--24054453	13	2.6	14	86	13	54	44	17	11	26	1.83
24058637--24058818	87	2.1	87	97	0	346	20	30	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062895--24062948	27	2.0	27	92	0	90	38	11	29	20	1.87
24065829--24065871	19	2.1	21	87	8	63	58	2	2	37	1.24
24065899--24065942	18	2.5	17	82	10	52	68	2	0	29	1.02
24065893--24065951	29	2.1	28	87	9	84	66	1	1	30	1.12
24066853--24066938	9	9.4	9	81	7	102	22	8	27	41	1.82
24067099--24067123	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
24072534--24072607	31	2.4	31	84	4	96	43	14	13	28	1.84
24078408--24078484	30	2.5	31	75	12	77	49	2	1	46	1.23
24081153--24081225	25	3.0	23	74	20	69	15	27	20	36	1.92
24087083--24087180	25	3.9	25	80	5	99	31	22	28	17	1.96
24087076--24087205	50	2.6	50	80	2	136	30	23	25	20	1.98
24087159--24087207	25	2.0	25	83	0	62	42	22	18	16	1.88
24088668--24088692	7	3.6	7	100	0	50	64	0	24	12	1.27
24089216--24089278	23	2.8	23	79	11	76	17	34	20	26	1.95
24090673--24090778	50	2.1	50	98	1	205	24	18	13	43	1.86
24100634--24101375	113	6.5	109	73	7	394	31	18	22	28	1.97
24101469--24101672	90	2.3	90	96	1	383	26	2	27	42	1.70
24101652--24101699	14	3.5	14	75	16	55	25	0	37	37	1.56
24101705--24101751	22	2.2	21	88	3	67	21	2	40	36	1.65
24102885--24102931	22	2.1	22	96	0	85	27	8	23	40	1.83
24103237--24103437	71	2.8	71	94	1	350	25	5	17	50	1.68
24103251--24103428	36	5.0	37	64	15	122	24	5	19	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24103573--24103602	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
24104614--24104766	9	17.9	9	69	15	76	48	17	3	30	1.63
24104724--24104785	18	3.4	17	71	10	52	48	20	1	29	1.59
24104733--24104806	37	2.0	37	97	0	139	50	16	2	31	1.59
24104815--24104847	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
24105119--24105188	24	2.8	25	78	8	70	51	14	1	32	1.51
24105161--24105531	16	22.2	16	70	15	131	46	19	3	30	1.67
24105152--24105532	25	15.1	25	77	7	218	46	19	3	30	1.66
24105166--24105470	41	7.8	41	78	16	315	46	19	3	30	1.66
24105258--24105533	75	3.7	73	91	4	369	45	20	3	30	1.68
24107676--24107903	42	5.4	42	86	2	260	26	21	21	30	1.98
24110937--24111040	24	4.3	24	97	0	190	41	13	36	8	1.75
24112543--24112617	34	2.2	34	100	0	150	13	21	5	60	1.53
24114774--24114805	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
24119450--24119634	101	1.8	101	85	3	264	31	25	17	25	1.97
24119443--24119638	51	3.9	50	74	6	171	30	26	17	25	1.97
24138217--24138252	17	2.1	17	89	0	54	27	0	0	72	0.85
24138868--24138907	20	2.0	20	86	13	57	20	10	7	62	1.50
24139440--24139501	30	2.0	31	84	3	81	24	22	20	32	1.98
24143118--24143168	6	8.0	6	89	8	66	23	0	0	76	0.79
24143116--24143167	7	7.7	7	91	8	65	23	0	0	76	0.78
24145558--24145597	21	1.9	21	90	10	64	60	2	0	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24145560--24145619	24	2.5	24	78	10	68	58	5	1	35	1.30
24145563--24145613	18	2.8	18	77	11	50	54	5	1	37	1.36
24150879--24150949	22	3.2	22	77	15	74	2	22	4	70	1.18
24150927--24150960	18	1.9	17	88	5	50	11	14	2	70	1.27
24153332--24153406	25	3.0	25	73	11	73	30	20	24	25	1.98
24153593--24153636	22	2.0	23	86	4	63	54	9	0	36	1.32
24178336--24178633	148	2.0	148	100	0	596	29	16	19	34	1.94
24184680--24184733	27	2.0	27	82	10	67	64	3	31	0	1.11
24185589--24185723	25	5.6	24	83	7	143	18	25	18	37	1.94
24185601--24185717	22	5.0	22	80	7	117	17	26	18	36	1.94
24189930--24190050	66	1.9	64	93	5	208	30	9	4	55	1.52
24189930--24190065	65	2.1	65	86	8	188	30	8	5	55	1.51
24189930--24190065	66	2.1	65	86	6	186	30	8	5	55	1.51
24195955--24196101	33	4.4	32	68	12	98	28	21	16	33	1.95
24196145--24196305	33	4.8	32	69	11	117	28	26	15	29	1.96
24195951--24196539	101	5.8	101	85	2	743	29	24	15	31	1.95
24195951--24196507	202	2.7	201	92	2	891	29	23	15	31	1.95
24196145--24196539	33	11.7	33	66	9	109	28	24	15	30	1.96
24199167--24199251	42	2.0	42	81	0	98	22	23	23	30	1.99
24212295--24212335	18	2.4	17	79	4	55	29	34	9	26	1.88
24220722--24220772	24	2.1	24	85	0	66	25	19	5	49	1.71
24220781--24220935	33	4.6	33	68	12	100	29	21	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24220766--24221004	101	2.4	101	92	0	397	29	22	15	33	1.95
24222963--24223249	42	6.8	42	87	4	357	33	19	21	25	1.97
24222963--24223249	85	3.4	84	85	5	348	33	19	21	25	1.97
24222962--24223249	127	2.3	128	86	6	390	33	19	21	25	1.97
24224616--24224658	19	2.2	19	91	4	68	39	2	11	46	1.53
24224719--24224769	25	2.0	25	96	0	93	37	1	15	45	1.58
24224766--24224799	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
24224835--24224878	19	2.3	19	96	0	79	40	0	11	47	1.39
24224842--24224886	19	2.3	19	92	3	72	42	2	11	44	1.52
24224947--24224997	25	2.0	25	96	0	93	37	1	15	45	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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