genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17813843--17813873	15	2.0	16	93	6	55	32	3	6	58	1.40
17825618--17825683	25	2.7	24	73	19	64	36	1	4	57	1.28
17832735--17832763	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
17839637--17839664	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
17852022--17852053	10	3.0	11	90	9	57	18	0	0	81	0.70
17853827--17853876	26	1.9	26	88	8	75	54	14	10	22	1.69
17858968--17859004	13	2.6	15	83	12	51	29	0	10	59	1.31
17859497--17859561	24	3.1	21	77	16	55	40	1	4	53	1.31
17860251--17860341	44	2.1	44	89	4	139	50	9	7	31	1.64
17861808--17861881	26	2.8	26	79	4	60	18	21	24	35	1.96
17861875--17861922	23	2.1	23	88	0	69	16	35	20	27	1.94
17863301--17863414	43	2.7	43	80	10	126	18	18	30	32	1.95
17864361--17864709	47	7.5	47	91	1	551	31	12	15	40	1.83
17869612--17869674	21	3.1	21	90	4	103	14	25	19	41	1.89
17871133--17871170	11	3.4	11	92	3	58	42	0	5	52	1.24
17871543--17871641	41	2.4	41	94	0	162	38	4	23	34	1.74
17872217--17872297	40	2.1	39	81	6	94	23	13	27	35	1.92
17892457--17892503	23	2.0	24	83	4	60	46	8	12	31	1.72
17896180--17896221	22	1.9	22	95	0	75	52	7	4	35	1.50
17902790--17902816	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
17904341--17904390	7	7.1	7	97	0	91	16	28	12	44	1.83
17904417--17904455	7	5.6	7	96	0	69	17	30	10	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17904352--17904505	65	2.4	65	94	0	263	26	25	12	35	1.92
17904431--17904549	51	2.4	50	91	1	184	29	26	12	31	1.93
17911787--17911826	18	2.2	18	90	4	62	22	25	0	52	1.47
17921268--17921365	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
17921275--17921363	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
17930059--17930084	7	3.7	7	100	0	52	26	42	0	30	1.56
17930057--17930095	14	2.8	14	84	0	51	28	41	0	30	1.57
17937073--17937244	85	2.0	85	98	0	335	38	18	19	24	1.93
17941053--17941136	36	2.4	35	80	6	98	39	17	10	32	1.84
17979695--17979762	16	4.2	16	88	7	93	29	0	32	38	1.58
17979695--17979762	32	2.1	32	91	0	109	29	0	32	38	1.58
17980019--17980206	61	3.1	61	69	22	187	48	6	1	42	1.39
17980103--17980154	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
17979982--17980279	120	2.5	121	91	3	485	50	5	2	42	1.38
17989058--17989125	23	3.1	23	81	14	90	26	1	10	61	1.36
17989161--17989281	21	5.2	21	74	22	84	28	0	15	54	1.47
17989056--17989207	19	7.5	19	69	22	78	28	0	13	57	1.41
17989271--17989351	24	3.2	26	68	25	66	37	0	8	54	1.31
17989277--17989352	23	3.2	23	68	27	59	36	0	7	55	1.29
17989413--17989493	37	2.2	37	93	2	135	53	1	2	43	1.22
17989530--17989571	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
17990538--17990597	22	2.7	23	79	10	79	3	28	3	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17990531--17990597	24	2.9	24	73	13	68	4	28	2	64	1.28
17990669--17990730	27	2.3	27	77	0	70	27	33	22	16	1.95
17990762--17990809	23	2.0	23	88	8	69	45	0	0	54	0.99
17999939--17999979	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
18007249--18007293	7	6.4	7	94	0	72	4	42	0	53	1.21
18008144--18008181	18	2.1	19	90	5	60	34	5	0	60	1.19
18015637--18015670	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
18020264--18020297	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
18033150--18033188	20	2.0	20	89	0	60	41	2	5	51	1.38
18034055--18034103	23	2.1	22	81	7	53	53	2	6	38	1.38
18035053--18035084	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
18040229--18040265	12	3.0	13	80	15	51	35	0	48	16	1.46
18045965--18045995	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
18047716--18047763	21	2.2	22	85	7	62	18	0	4	77	0.93
18061828--18061856	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
18066278--18066304	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
18070814--18070857	22	2.0	22	95	0	79	34	9	0	56	1.31
18070918--18070973	27	2.1	27	93	0	94	28	28	28	14	1.95
18070918--18070990	27	2.7	27	85	4	76	27	27	27	17	1.98
18071176--18071213	3	12.3	3	88	5	58	31	0	5	63	1.17
18071212--18071246	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
18072099--18072143	18	2.5	18	88	0	72	28	4	48	17	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18074001--18074055	28	2.1	25	86	10	74	0	29	0	70	0.87
18074012--18074137	28	4.7	28	70	15	70	1	28	1	68	1.08
18074027--18074138	39	2.8	40	82	14	115	1	26	1	69	1.08
18074298--18074342	23	2.0	23	90	0	72	57	0	6	35	1.25
18098699--18098746	24	2.0	24	88	8	71	39	2	0	58	1.10
18109907--18109964	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
18110176--18110207	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
18110302--18110543	50	4.7	50	84	4	297	26	24	28	19	1.99
18110302--18110551	100	2.4	103	89	6	373	26	24	28	20	1.99
18116209--18116375	41	4.3	36	93	6	171	31	22	19	26	1.98
18116198--18116375	82	2.3	77	89	10	267	30	24	19	25	1.98
18116241--18116375	41	3.3	41	100	0	270	31	22	20	25	1.98
18119157--18119222	32	2.1	32	94	0	114	25	10	10	53	1.68
18120979--18121045	31	2.2	29	82	12	73	20	4	1	73	1.09
18120981--18121040	24	2.5	24	81	10	68	21	5	1	71	1.14
18120995--18121045	6	8.3	6	81	16	52	19	1	1	76	0.98
18125117--18125160	19	2.4	19	84	3	54	20	2	2	75	1.03
18125037--18125320	141	2.0	140	89	3	437	30	5	8	55	1.53
18146507--18146639	40	3.4	39	84	7	137	57	1	3	37	1.26
18146477--18146640	59	2.8	58	81	12	165	58	1	3	36	1.24
18146477--18146633	10	15.8	10	70	22	100	57	1	2	37	1.23
18146820--18146952	21	6.6	21	70	18	77	41	4	1	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18146829--18146940	20	5.6	19	74	12	82	42	3	1	51	1.29
18180834--18180858	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
18180813--18180847	18	1.9	18	88	0	52	8	42	0	48	1.33
18194558--18194640	29	2.9	27	81	13	85	34	2	1	61	1.17
18194592--18194663	26	2.6	28	77	16	62	31	2	1	63	1.17
18196994--18197139	37	4.0	37	91	1	233	24	22	15	36	1.93
18197103--18197325	52	4.6	46	87	7	257	28	22	13	34	1.93
18197146--18197319	52	3.3	52	91	1	267	27	23	13	35	1.92
18197103--18197319	104	2.1	100	85	6	285	27	23	13	35	1.93
18199557--18199587	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18199641--18199677	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
18208386--18208468	22	3.5	23	76	14	89	40	0	2	56	1.12
18216328--18216373	24	1.9	24	86	0	65	45	4	2	47	1.34
18216567--18216603	13	2.8	13	83	0	56	35	27	5	32	1.79
18217300--18217343	18	2.5	17	85	7	52	59	2	4	34	1.30
18217507--18217559	24	2.2	24	82	0	61	62	0	9	28	1.26
18223469--18223527	29	2.0	29	83	3	73	32	5	11	50	1.61
18234541--18234576	18	2.0	18	94	0	63	47	5	5	41	1.50
18244333--18244415	23	3.7	23	82	6	100	43	20	18	18	1.88
18244573--18244605	17	1.9	17	93	0	57	27	21	3	48	1.64
18245854--18245997	33	4.3	33	68	6	110	27	22	16	34	1.95
18245850--18246067	101	2.2	101	89	1	339	27	22	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18256165--18256355	101	1.9	101	82	0	238	35	15	20	29	1.93
18256299--18256376	33	2.4	33	81	10	88	41	16	15	26	1.88
18271077--18271147	28	2.5	26	76	10	61	45	5	2	46	1.41
18271434--18271473	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
18271442--18271508	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
18271457--18271496	20	2.0	20	85	0	53	30	10	10	50	1.69
18274171--18274199	7	4.1	7	100	0	58	31	27	0	41	1.56
18274308--18274368	25	2.4	26	74	20	65	60	1	32	4	1.28
18274430--18274463	18	1.9	17	94	5	59	41	0	58	0	0.98
18275530--18275586	22	2.6	23	84	13	68	35	5	1	57	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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