genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19093620--19093693	27	2.6	29	78	6	89	70	5	2	21	1.20
19093621--19093685	19	3.5	19	75	14	55	72	4	3	20	1.16
19093707--19093807	20	5.8	16	70	24	62	62	1	1	33	1.18
19093677--19093734	25	2.3	26	78	3	64	68	5	3	22	1.24
19093707--19093810	8	11.9	8	77	18	77	61	1	1	34	1.18
19093705--19093810	18	5.9	18	69	20	71	62	1	1	33	1.17
19093810--19093859	21	2.4	22	80	12	61	52	10	2	36	1.47
19093810--19093880	19	3.5	20	75	21	60	56	7	1	35	1.35
19094333--19094607	9	29.8	9	65	20	79	31	2	2	62	1.25
19094480--19094543	31	2.1	31	85	5	85	35	1	3	59	1.23
19096601--19096644	23	1.9	23	81	9	54	50	0	4	45	1.22
19108015--19108057	15	2.8	15	80	16	52	67	0	0	32	0.91
19108892--19108928	19	1.9	19	94	0	65	18	10	0	70	1.16
19111021--19111091	33	2.2	32	80	7	81	66	4	5	23	1.31
19112057--19112237	95	1.9	95	82	6	224	34	18	12	34	1.88
19114316--19114346	4	7.8	4	100	0	62	22	0	25	51	1.48
19115916--19115982	9	7.4	9	78	6	64	41	17	8	31	1.81
19115916--19115987	18	3.9	18	77	1	72	41	18	9	30	1.82
19115916--19115982	27	2.5	27	82	0	89	41	17	8	31	1.81
19116090--19116130	18	2.3	18	86	0	55	19	0	39	41	1.52
19117324--19117350	8	3.4	8	100	0	54	11	11	62	14	1.53
19120742--19120781	17	2.4	17	95	0	71	47	0	5	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19130822--19130859	13	2.9	13	84	0	58	34	26	7	31	1.85
19147376--19147421	20	2.2	22	88	7	69	71	4	8	15	1.26
19147896--19147941	8	5.5	8	80	10	56	50	0	0	50	1.00
19147906--19147957	28	1.9	28	88	7	81	46	0	0	53	1.00
19147914--19147975	20	3.2	19	80	8	72	45	0	1	53	1.10
19147889--19147964	26	2.8	27	80	9	84	48	0	1	50	1.09
19147906--19147957	27	2.0	25	85	11	68	46	0	0	53	1.00
19149418--19149510	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
19150624--19150674	14	3.6	14	82	7	59	17	11	0	70	1.16
19150824--19150860	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
19154213--19154251	20	2.0	20	89	0	60	61	0	0	38	0.96
19160750--19160793	22	2.0	22	90	0	70	13	22	18	45	1.84
19162053--19162087	13	2.8	12	86	4	52	31	20	2	45	1.65
19165094--19165133	17	2.4	17	82	0	53	52	0	5	42	1.23
19181015--19181142	29	4.3	30	73	16	88	36	2	3	57	1.27
19181932--19181963	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
19185921--19185949	15	1.9	15	100	0	58	48	17	13	20	1.81
19187104--19187128	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
19191840--19192030	36	5.0	36	81	12	220	37	13	19	28	1.90
19191804--19191994	82	2.3	82	92	0	310	37	13	20	28	1.90
19193827--19193902	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
19193989--19194017	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19194122--19194160	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
19201155--19201230	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
19201317--19201345	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
19201450--19201488	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
19222301--19222344	3	14.3	3	85	4	52	25	65	0	9	1.21
19229294--19229325	16	2.0	16	100	0	64	56	25	18	0	1.42
19230248--19230459	105	2.0	105	100	0	424	32	29	16	20	1.95
19233237--19233362	63	2.0	63	93	0	216	35	11	13	39	1.80
19237579--19237687	54	2.0	54	89	0	164	23	21	19	35	1.96
19245066--19245121	13	4.8	11	74	18	51	17	5	0	76	0.96
19248019--19248069	25	2.0	26	92	3	86	25	5	15	52	1.65
19248043--19248547	31	16.6	31	77	11	413	30	8	18	42	1.80
19248044--19248549	61	8.3	61	75	12	375	30	8	18	42	1.80
19248064--19248547	92	5.3	92	86	6	610	30	8	18	42	1.80
19248412--19248464	25	2.1	25	89	6	81	28	11	13	47	1.77
19248658--19248819	43	3.7	43	92	1	261	33	17	28	20	1.95
19248658--19248818	87	1.9	86	92	1	268	33	17	27	21	1.96
19258584--19258608	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
19283094--19283143	22	2.3	22	86	3	66	60	4	0	36	1.16
19284744--19284792	21	2.3	21	79	6	55	24	18	18	38	1.93
19286836--19286911	9	8.4	9	85	0	98	44	23	7	23	1.79
19287027--19287245	114	1.9	114	96	0	402	27	4	22	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19297619--19297669	18	2.8	18	90	0	75	27	23	15	33	1.95
19302882--19302946	31	2.1	31	85	5	87	30	10	12	46	1.76
19307985--19308014	16	1.9	15	93	6	51	16	6	3	73	1.18
19313806--19313840	18	1.9	18	88	11	54	51	8	2	37	1.47
19314831--19314879	23	2.0	23	84	7	62	57	4	2	36	1.30
19316790--19316857	21	3.3	21	68	15	61	20	27	22	29	1.98
19316780--19316897	40	3.0	40	86	5	159	20	27	25	26	1.99
19317684--19317813	67	1.9	67	90	3	208	14	32	8	44	1.75
19319515--19319993	102	4.4	108	80	11	509	37	15	15	30	1.90
19319515--19319993	214	2.2	212	81	11	523	37	15	15	30	1.90
19322435--19322499	19	3.2	19	74	19	67	26	15	3	55	1.55
19322488--19322552	14	4.6	14	90	0	103	32	18	0	49	1.48
19322588--19322652	14	4.6	14	76	0	58	29	18	4	47	1.68
19322479--19322696	100	2.2	100	88	0	312	27	18	3	50	1.63
19322665--19322937	53	5.3	52	71	17	187	27	20	0	51	1.52
19322550--19322901	153	2.3	149	85	4	456	26	18	2	51	1.58
19322741--19322805	14	4.6	14	82	0	85	33	18	0	47	1.49
19322775--19322901	54	2.4	52	85	12	170	28	18	0	53	1.44
19325962--19325989	7	4.0	7	100	0	56	14	14	28	42	1.84
19326023--19326266	102	2.2	108	84	11	313	25	14	14	45	1.82
19326299--19326328	16	1.9	15	93	6	51	0	10	6	83	0.81
19328191--19328217	13	2.1	13	100	0	54	37	29	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19328330--19328364	16	2.2	16	89	0	52	28	8	0	62	1.24
19340392--19340505	40	2.8	39	72	16	97	36	4	13	45	1.63
19340507--19341614	152	7.3	152	83	7	1351	31	10	6	51	1.62
19340497--19341733	304	4.1	304	87	5	1620	30	10	6	51	1.62
19341430--19341478	16	2.9	16	76	8	53	34	4	0	61	1.15
19340497--19341612	457	2.4	450	84	6	1458	31	10	6	51	1.62
19341468--19341734	139	1.9	139	83	6	344	28	12	6	52	1.64
19342082--19342134	4	14.5	4	77	18	62	0	22	0	77	0.77
19342081--19342134	11	4.6	11	80	19	65	0	22	0	77	0.76
19342070--19342121	24	2.2	24	96	0	95	0	26	0	73	0.84
19342075--19342127	10	4.8	10	77	20	52	0	24	0	75	0.80
19343457--19343495	20	2.0	20	85	5	53	71	7	0	20	1.10
19343724--19344679	151	6.3	151	85	6	1243	51	7	10	29	1.64
19348881--19348979	50	2.0	49	82	11	121	58	2	0	39	1.10
19359871--19359992	31	3.9	31	74	14	92	48	0	0	50	1.06
19359871--19359977	50	2.1	50	81	15	130	46	0	0	53	1.00
19364893--19365151	116	2.2	114	78	9	256	26	13	17	42	1.86
19369929--19370025	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
19379127--19379163	20	2.0	20	84	10	51	56	10	2	29	1.47
19380545--19380582	19	2.1	19	90	5	60	36	0	2	60	1.11
19380545--19380584	20	2.1	18	86	9	53	37	0	2	60	1.11
19380561--19380611	25	2.0	26	88	3	77	43	0	1	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19380617--19380661	18	2.5	18	77	0	54	44	0	6	48	1.29
19384736--19384784	3	16.3	3	83	8	64	34	2	2	61	1.19
19386087--19386137	18	2.8	18	90	0	75	66	0	0	33	0.92
19386094--19386154	27	2.2	27	86	13	81	68	0	0	31	0.89
19386123--19386187	20	3.2	20	82	8	69	63	0	1	35	1.04
19386107--19386186	26	3.1	25	77	12	65	65	0	1	33	1.01
19386122--19386187	23	3.0	23	74	17	77	63	0	1	34	1.04
19391355--19391414	30	2.0	31	90	3	95	18	18	8	55	1.67
19403133--19403225	18	5.2	18	88	0	141	33	17	22	26	1.96
19403133--19403225	36	2.6	36	92	0	159	33	17	22	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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