genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20909934--20909986	20	2.7	20	84	0	70	13	13	0	73	1.10
20910934--20910980	14	3.4	14	82	2	60	8	6	2	82	0.90
20910936--20910979	13	3.3	13	87	9	54	6	6	2	84	0.86
20919262--20919316	24	2.3	24	84	6	76	25	9	47	18	1.78
20920589--20920613	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
20926424--20926569	61	2.4	61	79	6	154	39	14	6	39	1.73
20926764--20926890	60	2.1	58	78	8	137	35	7	18	39	1.78
20927584--20927608	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
20930542--20930575	15	2.3	15	90	5	52	82	0	11	5	0.83
20939346--20939423	27	2.8	28	90	1	122	20	10	8	60	1.56
20940173--20940227	9	6.8	9	71	21	50	41	3	0	54	1.18
20941023--20941078	16	3.6	16	75	20	55	44	3	0	51	1.18
20941034--20941088	22	2.5	22	82	2	67	52	1	0	45	1.11
20942906--20942952	16	2.9	16	77	20	53	14	8	0	76	1.01
20948463--20948510	22	2.1	22	81	11	53	20	6	8	64	1.43
20948520--20948581	23	2.5	25	75	19	58	19	9	0	70	1.14
20950866--20950909	19	2.2	19	84	8	52	50	13	11	25	1.75
20951470--20951542	23	3.2	23	83	11	80	56	26	9	8	1.59
20958924--20958978	27	2.0	27	92	0	92	45	29	0	25	1.54
20959844--20959996	26	6.2	26	67	19	85	39	17	20	22	1.92
20961087--20961241	30	5.2	30	79	13	151	33	24	4	37	1.76
20961793--20961867	26	3.1	25	72	16	68	73	0	25	1	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20961958--20961998	20	2.0	20	85	9	55	70	19	9	0	1.14
20961973--20962006	16	2.1	16	88	5	50	67	14	14	2	1.34
20962108--20962150	18	2.4	19	81	14	56	32	11	6	48	1.66
20962108--20962151	17	2.5	18	85	10	56	31	11	6	50	1.65
20962401--20962585	18	10.6	17	68	16	76	35	12	8	43	1.74
20962473--20962580	52	2.1	51	81	10	121	35	12	9	42	1.75
20962511--20962578	34	2.0	34	88	0	100	27	16	10	45	1.79
20962688--20962990	34	8.9	33	75	7	266	31	14	9	45	1.76
20962676--20962990	68	4.6	68	93	1	540	31	13	9	44	1.77
20962668--20963054	17	22.4	17	71	4	209	31	13	10	44	1.78
20969504--20970548	74	13.7	75	84	7	860	27	15	20	36	1.93
20969486--20970548	150	6.9	149	82	8	820	26	15	20	37	1.93
20969508--20970469	156	6.3	153	83	8	783	27	15	19	36	1.93
20969816--20970489	78	8.7	78	87	6	704	27	16	20	35	1.94
20970755--20970922	30	5.7	29	70	11	108	33	21	7	37	1.81
20970851--20970952	29	3.4	29	67	14	91	30	17	9	42	1.82
20970820--20970950	59	2.2	59	95	0	235	32	19	9	38	1.84
20971484--20971606	36	3.2	36	67	22	106	68	0	26	4	1.10
20971548--20971589	13	3.3	13	87	9	52	76	0	23	0	0.79
20971551--20971610	11	5.5	11	71	9	52	75	0	25	0	0.81
20971463--20971619	79	2.0	78	98	1	305	66	0	25	7	1.17
20971702--20971745	23	2.0	23	86	4	63	68	20	11	0	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20972388--20972435	17	2.7	18	81	15	64	31	16	8	43	1.78
20972627--20972668	21	2.0	21	95	0	75	40	11	9	38	1.75
20972987--20973179	34	5.7	34	76	5	185	32	16	9	42	1.79
20972968--20973196	69	3.4	68	90	3	363	31	14	10	43	1.79
20972960--20973260	17	17.4	17	71	4	163	30	14	10	43	1.80
20973277--20973318	19	2.2	19	87	8	59	40	11	7	40	1.69
20973333--20973377	23	1.9	23	86	4	63	37	17	11	33	1.85
20977774--20977819	21	2.1	22	92	4	76	21	26	4	47	1.69
20982276--20982307	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
20990984--20991065	31	2.6	31	94	0	137	28	20	3	47	1.67
20991258--20991302	20	2.2	20	88	7	65	26	0	0	73	0.84
21008766--21008960	81	2.4	81	79	9	204	41	6	9	43	1.61
21015582--21015624	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
21020231--21020283	18	2.9	18	86	8	63	54	1	1	41	1.22
21020225--21020283	19	3.2	19	83	7	68	57	1	1	38	1.19
21020225--21020293	18	3.7	18	77	12	61	55	1	2	40	1.24
21020417--21020450	17	1.9	18	88	5	52	70	0	5	23	1.09
21020480--21020532	20	2.5	21	82	14	65	30	5	1	62	1.29
21022118--21022152	15	2.5	14	86	13	54	34	0	0	65	0.93
21022142--21022166	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21028533--21028855	158	2.0	158	89	0	493	32	23	14	29	1.94
21029080--21029141	33	1.9	32	83	9	81	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21031249--21031302	6	8.7	6	82	8	63	81	0	11	7	0.87
21042979--21043024	22	2.1	22	100	0	92	8	8	8	73	1.24
21054999--21055084	31	2.7	32	83	3	102	25	17	12	44	1.84
21055060--21055167	56	1.9	57	83	9	141	26	12	8	51	1.68
21062898--21062986	38	2.2	40	88	5	128	37	2	6	53	1.40
21070098--21070165	33	2.1	33	97	0	127	35	23	19	22	1.96
21070557--21070708	46	3.4	46	93	2	247	28	22	15	34	1.94
21073519--21073552	17	1.9	17	88	5	50	58	0	2	38	1.13
21074890--21074937	21	2.3	21	85	0	60	54	8	0	37	1.31
21076240--21076274	7	5.0	7	100	0	70	14	0	57	28	1.38
21092963--21093006	23	1.9	23	86	9	63	13	36	13	36	1.85
21095965--21096007	21	1.9	24	86	13	65	46	9	13	30	1.75
21141856--21141923	23	3.0	23	80	6	68	11	7	11	69	1.37
21145543--21145590	21	2.3	20	79	6	60	58	0	0	41	0.98
21147777--21147812	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
21148048--21148082	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21148130--21148187	24	2.4	25	77	13	68	43	0	6	50	1.29
21148272--21148313	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21148281--21148322	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21148270--21148567	120	2.5	121	92	5	498	49	4	2	43	1.36
21148391--21148442	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
21148502--21148580	28	2.9	27	70	19	65	54	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21148608--21148655	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
21152173--21152279	25	4.2	25	79	12	112	38	6	4	50	1.49
21152217--21152309	23	4.0	23	83	10	134	31	8	7	52	1.60
21152200--21152302	48	2.1	48	100	0	206	34	7	5	51	1.55
21152425--21152476	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
21152457--21152551	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
21152711--21152745	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21161498--21161531	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
21161659--21161708	24	2.0	25	84	3	66	68	6	6	20	1.33
21163316--21163394	36	2.2	36	88	4	115	30	13	5	50	1.63
21167355--21167393	19	2.0	20	85	5	53	71	2	7	17	1.21
21175314--21175363	20	2.5	20	83	3	57	36	8	2	54	1.42
21178170--21178518	123	2.8	124	92	1	576	30	15	22	32	1.94
21180948--21181033	29	2.9	29	87	1	127	25	0	31	43	1.55
21180981--21181080	47	2.1	47	94	0	173	28	0	26	46	1.53
21181010--21181051	18	2.3	18	95	0	75	28	0	23	47	1.52
21181028--21181207	29	5.8	29	72	20	150	25	0	30	45	1.54
21181081--21181114	16	2.2	16	89	5	52	17	0	32	50	1.47
21181096--21181257	53	3.2	52	85	11	235	25	0	29	45	1.54
21181057--21181272	47	4.5	45	84	9	204	26	0	28	45	1.54
21180976--21181207	127	1.9	120	88	6	347	25	0	28	45	1.54
21181184--21181279	18	5.7	18	76	16	107	27	0	25	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21181275--21181338	25	2.5	26	82	2	85	37	10	1	50	1.47
21181747--21181781	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
21182433--21182457	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21185444--21185472	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21185911--21185976	31	2.2	30	89	8	98	63	1	0	34	1.04
21185987--21186075	40	2.2	40	93	0	151	42	0	24	32	1.55
21191428--21191485	29	2.0	29	100	0	116	51	13	17	17	1.76
21193208--21193263	29	1.9	29	85	0	76	19	25	19	35	1.95
21194518--21194572	28	2.0	28	85	0	74	16	10	20	52	1.73
21194542--21194580	20	2.0	20	89	0	60	17	12	20	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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