genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  187  of  199  ( 23841 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59435004--59435053	25	2.0	25	88	0	73	34	20	20	26	1.96
59435254--59435303	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
59435379--59435428	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
59435503--59435552	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
59437329--59437366	3	12.7	3	88	0	58	34	5	0	60	1.19
59437329--59437366	12	3.2	12	96	0	67	34	5	0	60	1.19
59437712--59437786	5	15.4	5	82	10	70	21	2	2	73	1.08
59437729--59437830	4	23.8	4	77	13	64	21	3	3	70	1.20
59437962--59438283	106	3.0	107	88	1	439	30	16	18	34	1.93
59439082--59439116	18	2.0	18	94	5	63	34	25	0	40	1.56
59443442--59443479	19	1.9	20	89	10	60	39	7	5	47	1.55
59447120--59447175	25	2.2	25	87	6	78	17	26	19	35	1.94
59447139--59447207	25	2.8	25	80	10	63	23	20	20	36	1.95
59448781--59448824	17	2.6	17	88	0	70	34	29	11	25	1.91
59448781--59448851	17	4.2	17	85	0	61	39	28	9	22	1.86
59448823--59448861	17	2.3	17	95	0	69	43	28	7	20	1.79
59460219--59460258	20	2.0	20	90	5	62	35	2	0	62	1.09
59462729--59462801	35	2.1	35	100	0	146	39	19	13	27	1.89
59467543--59467621	30	2.6	30	86	11	90	29	12	5	53	1.60
59467565--59467615	15	3.3	15	76	13	59	29	9	1	58	1.41
59467828--59467869	14	3.0	14	76	13	50	50	0	0	50	1.00
59475420--59475454	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59479724--59479763	21	1.9	21	84	0	53	75	5	10	10	1.19
59480631--59480705	27	2.7	27	85	6	98	72	0	12	16	1.13
59480631--59480705	7	11.0	7	88	8	102	72	0	12	16	1.13
59480632--59480705	20	3.7	20	87	10	98	71	0	12	16	1.14
59482016--59482837	44	18.8	43	69	12	417	31	18	21	28	1.97
59481997--59482857	175	4.9	175	93	0	1429	31	18	21	28	1.97
59484457--59484488	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
59484625--59484659	2	17.5	2	87	0	52	45	5	0	48	1.26
59487882--59487917	17	2.2	16	90	5	54	50	8	5	36	1.56
59488043--59488077	18	1.9	17	88	11	52	57	0	0	42	0.99
59490245--59490307	29	2.1	29	82	11	74	46	0	6	47	1.28
59492050--59492165	33	3.5	33	74	8	112	37	6	4	51	1.46
59492975--59493010	18	1.9	19	88	5	56	19	25	22	33	1.97
59494708--59494757	17	2.7	20	78	15	70	60	0	2	38	1.09
59497029--59497070	14	3.1	14	83	16	61	26	19	0	54	1.44
59508458--59508497	20	2.0	20	85	4	55	37	0	7	55	1.29
59511887--59511918	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
59515099--59515257	77	2.1	77	96	0	291	29	16	6	46	1.73
59527241--59527324	35	2.4	36	76	7	93	23	14	28	33	1.94
59532560--59532590	14	2.2	14	100	0	62	38	6	19	35	1.77
59532586--59532645	31	1.9	31	83	6	77	38	11	10	40	1.75
59532645--59532707	31	2.1	30	85	8	85	46	14	9	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59532654--59532714	31	2.0	31	90	3	97	47	9	8	34	1.66
59534980--59535027	13	3.8	13	80	5	53	43	0	0	56	0.99
59539882--59539952	27	2.8	26	76	6	74	64	7	4	23	1.36
59542122--59542213	46	2.0	46	93	0	157	32	23	16	27	1.96
59545507--59545578	35	2.0	36	94	2	128	43	5	8	43	1.58
59547316--59547365	16	3.2	16	70	13	50	66	4	8	22	1.35
59547379--59547904	160	3.4	156	86	5	679	55	8	8	27	1.59
59547832--59547900	17	4.1	16	72	9	57	62	5	8	23	1.46
59549847--59550022	44	4.0	44	96	0	316	40	19	17	21	1.91
59550352--59550485	60	2.2	60	85	5	173	31	27	24	16	1.96
59550383--59550499	30	3.9	30	78	2	128	29	29	24	16	1.96
59551039--59551186	30	4.9	30	79	0	134	12	27	29	31	1.93
59553967--59554005	18	2.2	18	86	13	55	69	0	0	30	0.89
59553966--59554005	19	2.2	18	91	8	64	70	0	0	30	0.88
59553967--59554032	27	2.5	26	85	9	89	63	3	1	31	1.19
59556010--59556044	16	2.1	18	89	10	56	40	0	0	60	0.97
59557256--59557338	3	26.7	3	85	9	105	66	2	3	27	1.21
59558980--59560047	82	13.0	82	93	0	1717	23	21	24	31	1.98
59560014--59560321	132	2.4	131	90	1	474	27	24	17	29	1.98
59560312--59560626	89	3.6	89	89	2	490	22	24	24	29	1.99
59560312--59560705	177	2.2	174	82	4	461	23	23	24	28	2.00
59560578--59561048	86	5.5	86	89	0	717	25	23	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59562254--59562316	5	12.2	5	81	18	76	3	15	1	79	0.94
59566476--59566585	3	35.7	3	86	7	132	64	1	5	28	1.26
59567832--59567872	18	2.3	18	86	0	64	53	7	7	31	1.56
59571382--59571470	37	2.4	38	86	1	126	20	17	38	23	1.93
59573759--59573934	86	2.0	87	93	4	300	19	14	23	42	1.88
59577611--59577782	86	2.0	86	95	2	310	18	15	23	42	1.88
59585259--59585317	20	3.0	21	74	18	63	50	22	0	27	1.49
59587095--59587143	21	2.5	20	86	6	64	20	6	0	73	1.04
59590122--59590369	105	2.4	105	81	3	295	22	30	22	24	1.99
59591875--59591918	18	2.4	19	81	11	56	40	0	2	56	1.11
59606025--59606757	367	2.0	367	95	0	1313	27	17	24	30	1.97
59617009--59617066	17	3.5	17	72	13	59	39	0	1	58	1.08
59625577--59625636	27	2.2	27	85	5	77	66	3	5	25	1.27
59625577--59625660	27	3.3	26	78	18	72	67	3	3	25	1.22
59625633--59625766	69	2.0	68	90	1	214	56	8	7	27	1.55
59626681--59626720	21	1.9	21	89	0	62	62	10	2	25	1.39
59644863--59645035	41	4.3	39	82	6	161	39	19	24	16	1.91
59644863--59645040	81	2.2	81	82	2	214	40	19	24	15	1.90
59644847--59645040	40	4.8	40	81	1	199	39	19	24	16	1.92
59645429--59645476	25	1.9	25	100	0	96	33	8	0	58	1.28
59645769--59645834	32	2.1	32	100	0	132	24	13	18	43	1.86
59649082--59649300	72	3.1	72	74	7	212	35	4	12	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59650281--59650366	36	2.4	35	88	7	120	48	16	0	34	1.46
59650281--59650339	9	6.6	9	72	14	50	49	18	0	32	1.48
59656382--59656636	43	6.0	43	81	0	278	25	17	27	29	1.97
59656382--59656643	86	3.1	86	81	0	319	25	16	27	29	1.97
59659738--59659841	34	3.1	34	85	2	129	44	16	5	33	1.71
59659738--59659862	34	3.7	34	83	2	108	44	15	6	34	1.72
59660744--59660772	13	2.2	13	100	0	58	55	0	0	44	0.99
59665826--59665892	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
59667585--59667633	10	4.8	10	76	14	55	63	2	0	34	1.06
59668601--59668721	63	1.9	63	84	0	161	20	12	26	40	1.88
59669901--59669961	15	4.1	15	78	0	68	49	1	16	32	1.56
59671284--59671346	29	2.2	29	80	8	76	30	9	3	57	1.46
59671554--59671604	15	3.4	15	83	0	66	39	0	17	43	1.49
59671777--59671860	40	2.1	40	97	0	159	40	8	5	45	1.59
59676636--59676676	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
59679273--59679306	6	5.7	6	100	0	68	35	32	14	17	1.91
59681063--59681124	31	2.0	31	84	6	81	43	6	9	40	1.63
59681886--59682028	43	3.3	43	82	3	173	32	27	16	24	1.96
59682513--59682584	19	3.7	19	90	7	117	34	11	16	37	1.84
59691427--59691456	15	1.9	16	93	6	53	73	3	0	23	0.98
59694111--59694150	2	20.0	2	89	0	62	5	0	45	50	1.23
59695921--59696260	149	2.3	142	83	9	416	31	9	7	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59696257--59697219	151	6.4	152	87	6	1320	51	7	10	30	1.63
59697307--59697336	13	2.4	12	89	10	51	16	0	6	76	0.99
59697321--59697354	18	1.9	18	88	5	52	20	0	5	73	1.04
59697743--59697796	19	2.9	19	81	8	58	55	3	0	40	1.17
59697743--59697781	18	2.1	19	85	4	53	58	2	0	38	1.12
59697730--59697812	28	2.9	28	78	12	71	55	3	0	40	1.17
59705977--59706051	32	2.3	32	74	17	75	20	25	18	36	1.95
59718628--59718673	23	2.0	23	86	0	65	54	0	0	45	0.99
59719926--59719975	20	2.3	23	74	25	54	56	2	0	42	1.11
59719928--59719973	22	2.2	21	85	14	60	52	2	0	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199