genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19403744--19403772	10	2.9	10	100	0	58	0	31	31	37	1.58
19411711--19411747	18	2.1	18	89	0	56	67	0	32	0	0.91
19414437--19414491	25	2.3	23	81	12	65	60	3	0	36	1.15
19414456--19414506	19	2.6	20	73	14	52	58	1	0	39	1.09
19415009--19415033	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
19422364--19422538	88	2.0	90	87	3	255	41	7	25	26	1.81
19427410--19427483	37	2.0	37	100	0	148	35	2	16	45	1.61
19430402--19430438	18	2.1	18	94	0	65	27	18	18	35	1.95
19438581--19438789	103	2.0	104	95	4	381	47	11	5	34	1.63
19438906--19438956	22	2.3	23	89	3	77	50	1	1	45	1.24
19440947--19440999	27	2.0	27	92	3	90	56	5	0	37	1.23
19441644--19441731	18	4.7	18	74	14	81	38	14	0	46	1.45
19441651--19441739	37	2.4	37	88	3	135	37	15	0	47	1.46
19441644--19441739	19	5.2	18	75	7	86	38	14	0	46	1.45
19441808--19441972	82	2.0	82	96	0	303	38	6	10	44	1.63
19442487--19442545	26	2.2	25	88	8	82	45	0	6	47	1.29
19442494--19442545	26	2.0	27	92	3	88	50	0	5	44	1.26
19442494--19442556	26	2.4	27	83	5	83	42	0	6	50	1.27
19442541--19442572	14	2.4	13	90	10	55	15	0	3	81	0.82
19447540--19447593	19	2.8	19	78	8	65	64	7	9	18	1.45
19450752--19450795	18	2.5	17	82	10	52	52	4	2	40	1.34
19453204--19453262	30	2.0	30	89	0	91	33	8	13	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19453306--19453347	21	2.0	21	90	0	66	35	11	14	38	1.83
19475960--19476000	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19481061--19481403	119	3.0	116	91	7	546	35	11	4	48	1.60
19495845--19495869	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
19496766--19496833	22	3.1	22	72	8	66	35	1	1	61	1.14
19496765--19496844	35	2.2	36	80	14	94	35	1	2	61	1.18
19501468--19501531	21	3.0	22	70	25	64	39	25	15	20	1.92
19503783--19503878	47	2.0	47	95	0	174	47	4	4	43	1.41
19509706--19509980	137	2.0	137	97	0	514	26	13	14	45	1.82
19517246--19517285	18	2.2	18	90	0	62	27	5	47	20	1.70
19524581--19524648	32	2.1	33	94	2	120	29	10	2	57	1.47
19526243--19526280	14	2.8	14	80	4	51	44	0	0	55	0.99
19526427--19526472	19	2.3	20	81	7	58	43	2	4	50	1.34
19527093--19527173	20	4.1	20	79	9	85	64	7	2	25	1.33
19527204--19527240	10	3.8	10	96	3	67	59	0	0	40	0.97
19527204--19527250	20	2.5	19	86	10	69	59	0	2	38	1.09
19527208--19527268	10	5.9	10	80	14	52	62	1	1	34	1.15
19527795--19527941	9	16.0	9	70	17	56	34	1	4	59	1.27
19527874--19527941	28	2.5	26	76	9	73	38	0	1	60	1.06
19528392--19528437	5	8.8	5	83	7	56	43	0	2	54	1.12
19529760--19529798	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
19530294--19530334	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19534836--19534890	5	10.8	5	82	9	67	43	0	1	54	1.10
19534836--19534891	26	2.4	24	78	18	64	44	0	1	53	1.11
19536199--19536237	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
19536733--19536773	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
19558183--19558406	58	3.9	56	78	11	156	26	17	16	38	1.91
19558217--19558414	58	3.4	58	83	1	227	26	18	16	38	1.92
19578575--19578668	31	3.0	31	92	3	152	43	12	9	34	1.75
19581801--19581849	14	3.4	14	78	15	64	0	14	12	73	1.10
19581815--19581925	43	2.6	44	84	12	167	1	17	10	70	1.24
19581834--19581915	22	3.7	22	85	4	121	2	18	10	68	1.30
19581901--19581954	10	5.7	9	84	8	63	0	11	14	74	1.08
19582508--19582601	31	3.0	31	92	3	152	43	12	9	34	1.75
19588085--19588129	23	1.9	24	81	4	56	42	0	8	48	1.34
19590719--19590753	17	2.0	18	94	5	63	34	11	8	45	1.71
19611410--19611569	80	2.0	80	95	2	286	33	18	29	18	1.95
19611649--19611695	7	6.7	7	95	0	76	23	0	0	76	0.78
19616563--19616588	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
19616629--19616679	20	2.8	19	85	14	72	72	7	19	0	1.08
19616629--19616683	18	3.0	19	80	20	64	72	7	20	0	1.07
19617555--19617612	25	2.3	25	82	5	64	15	24	22	37	1.93
19617593--19617636	22	2.0	22	90	0	70	13	20	20	45	1.85
19618706--19618744	17	2.3	17	86	0	51	28	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19620411--19620456	22	2.1	22	100	0	92	13	21	28	36	1.91
19623906--19623979	39	2.0	36	82	12	87	35	21	0	43	1.53
19628651--19628761	40	2.8	40	78	12	113	54	0	9	34	1.40
19628822--19628864	21	2.0	22	90	4	70	55	4	4	34	1.41
19632077--19632208	67	2.0	67	92	3	221	26	34	18	19	1.95
19641322--19641358	6	6.2	6	100	0	74	48	0	0	51	1.00
19647954--19648004	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
19648162--19648228	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
19654680--19654720	16	2.6	16	88	7	57	48	41	7	2	1.44
19657123--19657188	21	3.2	21	74	8	82	46	4	24	24	1.71
19662903--19663198	99	3.0	99	94	1	511	22	24	18	34	1.96
19677048--19677085	20	1.9	20	88	0	58	50	7	7	34	1.61
19677034--19677100	34	1.9	35	87	3	100	47	10	7	34	1.66
19677354--19677389	18	2.0	18	89	10	56	72	5	2	19	1.17
19680359--19680400	23	1.9	22	85	9	59	30	19	11	38	1.88
19690923--19690952	15	2.0	15	93	0	51	66	0	10	23	1.21
19695575--19695823	50	4.8	50	86	4	293	20	28	24	26	1.99
19695574--19695823	100	2.4	104	88	6	366	20	28	24	26	1.99
19695918--19695949	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
19728023--19728075	21	2.5	20	85	8	70	60	1	1	35	1.19
19728934--19729205	103	2.6	104	86	4	379	34	19	17	28	1.94
19735158--19735198	21	2.0	21	90	0	64	41	24	0	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19738161--19738344	41	4.5	41	95	0	325	23	19	29	27	1.98
19740935--19741029	22	4.3	22	69	15	70	37	9	2	50	1.47
19746099--19746135	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
19748125--19748166	16	2.5	17	84	7	59	40	11	0	47	1.40
19750584--19750608	9	2.8	9	100	0	50	32	60	8	0	1.26
19754107--19754146	18	2.2	19	86	4	55	20	7	5	67	1.34
19763384--19763693	85	3.6	84	71	12	245	31	20	20	28	1.97
19763514--19763844	129	2.6	129	82	2	353	30	19	22	27	1.98
19763378--19763758	173	2.2	173	84	2	487	31	19	20	28	1.97
19763379--19763882	44	11.7	43	69	7	215	30	20	21	27	1.98
19763552--19763888	129	2.6	129	80	5	308	29	20	23	26	1.99
19765857--19765897	19	2.2	19	86	4	57	34	2	2	60	1.23
19766643--19766686	23	1.9	23	95	0	79	40	9	0	50	1.34
19766871--19766911	10	4.0	10	90	3	64	73	0	26	0	0.84
19768798--19768911	5	24.6	5	76	13	79	0	34	0	65	0.93
19768817--19768910	4	23.0	4	74	16	68	0	31	0	68	0.90
19768785--19768884	52	1.9	52	91	4	166	0	31	0	69	0.89
19768800--19768910	42	2.8	41	83	12	153	0	33	0	66	0.92
19768864--19768919	27	2.1	27	90	6	87	0	37	0	62	0.95
19768953--19769032	27	3.0	27	85	7	108	17	27	27	27	1.98
19774332--19774371	20	2.0	21	90	5	64	60	0	0	40	0.97
19774416--19774452	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19776828--19776856	7	4.3	7	95	4	51	68	0	31	0	0.89
19783812--19784159	87	4.0	87	88	0	455	14	26	13	45	1.83
19787532--19787565	9	3.8	9	88	0	50	23	29	2	44	1.68
19798914--19798953	22	2.0	20	85	14	55	22	12	0	65	1.26
19802655--19802894	46	5.5	45	84	11	304	34	15	22	27	1.94
19802691--19802763	36	2.0	36	94	0	128	38	15	20	26	1.92
19802655--19802881	82	2.6	86	88	7	320	34	15	21	28	1.94
19814056--19814082	12	2.2	12	100	0	54	0	14	0	85	0.61
19834313--19834338	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
19845532--19845569	18	2.0	20	85	10	53	31	2	2	63	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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