genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  66  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24988058--24988084	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
24989116--24989143	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
24999655--24999723	31	2.3	30	80	11	79	31	8	10	49	1.67
25000721--25000803	29	2.7	31	79	9	98	51	13	3	31	1.58
25008605--25008656	24	2.2	24	92	0	86	34	1	7	55	1.39
25020039--25020068	15	1.9	15	93	6	51	23	6	0	70	1.11
25030464--25030488	12	2.1	12	100	0	50	64	12	16	8	1.49
25036775--25036876	52	2.0	52	100	0	204	23	17	28	30	1.97
25044403--25044445	13	3.5	13	75	18	56	37	0	13	48	1.43
25044395--25044445	23	2.3	23	96	3	95	39	0	11	49	1.40
25046159--25046188	14	2.1	14	93	0	51	50	6	3	40	1.45
25048162--25048220	17	3.6	17	71	19	63	47	0	18	33	1.49
25048150--25048227	30	2.6	30	93	0	129	48	0	15	35	1.45
25053952--25053991	20	2.0	20	85	0	53	37	12	25	25	1.91
25056923--25057055	19	7.3	19	66	19	52	65	1	2	30	1.14
25056979--25057047	28	2.5	28	82	0	75	69	0	2	27	1.02
25057005--25057081	10	8.2	10	75	15	67	68	0	3	27	1.06
25056998--25057142	28	5.2	27	75	13	116	62	1	4	31	1.25
25057001--25057081	18	4.4	18	71	22	53	67	0	3	28	1.07
25058824--25059027	108	1.9	106	86	4	293	35	20	16	27	1.93
25059555--25059587	13	2.6	13	90	4	50	81	0	0	18	0.68
25059824--25059860	18	2.1	18	89	0	56	70	0	2	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25059826--25059868	12	3.6	12	80	0	50	67	2	4	25	1.22
25061975--25062017	13	3.4	12	75	12	50	62	2	0	34	1.08
25062495--25062543	24	2.0	24	100	0	98	32	18	24	24	1.97
25064662--25064717	18	3.1	17	77	10	58	60	3	3	32	1.31
25069219--25069991	46	16.5	46	71	7	493	39	13	23	24	1.90
25069219--25069990	94	8.2	93	82	6	767	38	13	23	24	1.90
25069801--25069973	23	7.4	23	71	12	84	40	13	24	21	1.89
25071969--25072010	21	2.0	21	81	9	50	42	11	7	38	1.69
25073301--25073346	22	2.1	22	100	0	92	47	0	8	43	1.34
25078864--25078888	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
25079793--25079840	24	2.0	24	83	0	60	18	16	22	41	1.90
25082040--25082149	41	2.7	41	88	0	166	25	28	18	28	1.98
25082140--25082245	41	2.6	41	100	0	212	32	25	20	21	1.98
25089805--25089914	41	2.7	41	88	0	166	24	28	18	29	1.98
25089905--25090010	41	2.6	41	96	0	203	32	24	20	22	1.98
25110380--25110434	26	2.1	26	100	0	110	52	21	0	25	1.47
25118092--25118128	19	1.9	19	100	0	74	37	0	0	62	0.96
25118093--25118135	19	2.2	19	91	4	68	37	0	2	60	1.10
25119302--25119330	15	1.9	15	100	0	58	62	0	6	31	1.22
25119353--25119398	23	2.0	23	82	0	56	60	15	0	23	1.34
25119605--25119661	21	2.7	21	94	0	105	36	12	10	40	1.77
25120955--25121457	251	2.0	252	93	0	864	29	11	19	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25122327--25122355	6	4.8	6	100	0	58	17	0	34	48	1.47
25124303--25124328	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
25130796--25130839	16	2.7	16	78	3	52	61	0	6	31	1.22
25130913--25130959	18	2.6	17	83	9	58	63	0	6	29	1.19
25130918--25130974	15	3.7	15	77	20	55	61	1	8	28	1.36
25132502--25132995	44	11.2	44	64	9	146	28	25	18	27	1.98
25132460--25133051	132	4.5	132	89	1	875	28	24	18	28	1.98
25132460--25133051	265	2.2	264	89	3	888	28	24	18	28	1.98
25137276--25137317	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
25137348--25137373	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
25139266--25139312	18	2.6	17	83	9	58	63	0	6	29	1.19
25139271--25139328	15	3.7	15	76	19	57	60	1	10	27	1.39
25144017--25144073	25	2.3	26	84	6	73	56	19	0	24	1.42
25148246--25148277	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
25150389--25150425	16	2.3	16	90	0	56	32	18	2	45	1.64
25157584--25157657	31	2.5	29	82	4	85	50	12	12	25	1.74
25159102--25159134	6	5.5	6	92	0	57	51	3	0	45	1.16
25175875--25175969	42	2.3	42	79	3	111	22	31	20	26	1.98
25176788--25176845	20	2.9	20	73	0	53	29	15	36	18	1.92
25178937--25179030	30	3.1	30	89	1	134	28	22	6	42	1.78
25178947--25179023	15	5.1	15	72	12	68	29	18	7	44	1.78
25183597--25183690	30	3.1	30	89	1	134	28	22	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25183607--25183683	15	5.1	15	72	12	68	29	18	7	44	1.78
25189811--25189843	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
25193296--25193323	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
25193533--25193557	7	3.6	7	100	0	50	48	0	12	40	1.40
25194632--25194671	19	2.1	19	85	0	53	62	0	10	27	1.27
25194744--25194788	21	2.1	21	100	0	90	68	0	22	8	1.16
25195728--25195754	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
25198769--25198838	26	2.8	24	78	10	61	37	20	21	21	1.95
25201768--25201835	33	2.1	33	97	0	127	25	25	19	30	1.98
25206662--25206717	24	2.3	24	81	0	58	35	25	25	14	1.93
25206650--25206839	26	7.7	26	67	12	71	34	19	26	19	1.96
25215158--25215227	29	2.3	29	90	4	104	34	10	14	41	1.79
25215158--25215238	31	2.7	30	86	7	110	33	8	13	44	1.74
25215379--25215459	30	2.8	29	77	15	94	41	11	11	35	1.76
25217247--25217322	35	2.2	35	100	0	152	39	11	13	35	1.81
25227172--25227221	12	4.6	11	85	14	61	56	0	2	42	1.11
25227179--25227220	20	2.1	20	91	8	68	52	0	0	47	1.00
25227184--25227230	20	2.4	20	82	3	60	61	0	0	38	0.96
25228278--25228341	24	2.4	27	80	17	71	39	0	7	53	1.30
25230322--25230415	30	3.1	30	90	1	143	26	24	6	42	1.78
25230332--25230409	15	5.2	15	73	11	70	26	21	7	43	1.80
25232748--25232862	57	2.0	57	88	3	169	36	12	19	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25234562--25234703	73	1.9	73	91	0	230	36	19	17	26	1.94
25235117--25235197	35	2.3	34	83	8	101	48	3	12	35	1.59
25235426--25235459	12	2.8	12	86	4	50	85	2	0	11	0.71
25235473--25235502	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
25235455--25235502	23	2.1	23	84	7	62	62	2	2	33	1.18
25236139--25236181	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
25236280--25236333	9	5.9	9	84	2	72	22	12	25	38	1.90
25236280--25236333	18	2.9	18	91	2	81	22	12	25	38	1.90
25236377--25236404	13	2.2	13	100	0	56	57	14	7	21	1.61
25236636--25236667	10	3.4	10	83	16	50	12	0	0	87	0.54
25237013--25237041	7	4.3	7	91	8	51	86	0	0	13	0.58
25237013--25237041	13	2.1	14	93	6	51	86	0	0	13	0.58
25237758--25237818	31	2.0	31	86	0	86	32	16	9	40	1.81
25237820--25237851	16	2.0	16	93	0	55	18	15	12	53	1.73
25240301--25240497	96	2.1	96	90	1	306	34	20	9	36	1.85
25240512--25240536	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
25245188--25245250	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
25251586--25251640	26	2.1	27	83	16	71	52	9	7	30	1.60
25253338--25253375	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
25254742--25254769	12	2.3	12	100	0	56	57	14	0	28	1.38
25257003--25257062	30	2.0	31	83	3	77	21	38	0	40	1.54
25257705--25257730	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25258179--25258221	3	14.3	3	90	0	68	32	4	0	62	1.15
25258688--25258732	8	5.4	8	82	10	54	40	0	0	60	0.97
25258687--25258732	18	2.7	18	86	6	60	39	0	0	60	0.97
25260002--25260120	61	2.0	61	96	0	220	26	9	9	54	1.62
25266110--25266296	41	4.6	41	84	4	191	20	29	20	29	1.98
25266151--25266309	41	3.9	41	86	3	212	20	29	22	27	1.98
25274013--25274213	41	4.9	41	82	3	208	21	28	20	29	1.98
25274055--25274213	41	3.9	41	86	3	221	21	29	21	27	1.98
25279351--25279393	20	2.1	21	87	12	63	4	11	0	83	0.78
25286283--25286341	3	19.7	3	75	13	50	64	5	3	27	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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