genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18726303--18726348	22	2.1	22	84	8	58	45	4	15	34	1.66
18732639--18732691	22	2.4	22	78	9	63	62	5	0	32	1.19
18732653--18732750	9	10.3	9	74	13	63	64	2	3	30	1.20
18733347--18733446	20	5.3	18	70	18	62	36	2	4	58	1.29
18749127--18749237	55	2.0	55	92	0	186	17	18	20	43	1.88
18749219--18749280	21	3.0	21	80	0	88	16	25	17	40	1.90
18749188--18749280	42	2.2	42	90	0	141	15	23	18	43	1.87
18753309--18753351	21	2.0	22	86	4	61	27	0	2	69	1.00
18753310--18753366	28	2.0	27	80	12	62	28	0	5	66	1.13
18756418--18756483	29	2.2	30	79	15	75	30	12	0	57	1.35
18757155--18757215	30	2.0	31	87	3	88	37	0	42	19	1.52
18757767--18757829	15	4.3	15	72	11	58	26	12	3	57	1.51
18761496--18761542	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
18761782--18761825	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
18762425--18762495	5	14.6	5	70	21	53	54	0	0	45	0.99
18762424--18762495	29	2.4	29	80	13	76	54	0	0	45	0.99
18763989--18764058	21	3.4	21	74	4	70	15	25	14	44	1.84
18763958--18764085	42	3.1	41	80	2	112	16	23	16	43	1.87
18766726--18766856	38	3.4	38	80	7	131	22	19	27	29	1.98
18769791--18769851	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
18771320--18771430	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
18771320--18771454	39	3.4	39	71	13	100	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18778096--18778170	37	2.0	37	86	0	105	41	14	18	25	1.89
18778639--18778666	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18783522--18783569	18	2.7	18	90	3	80	39	22	12	25	1.89
18783522--18783569	9	5.4	9	85	5	71	39	22	12	25	1.89
18801334--18801384	18	2.8	18	81	18	61	25	3	1	68	1.17
18801398--18801447	20	2.6	20	84	6	68	38	0	4	58	1.17
18802668--18802702	17	2.1	17	89	10	54	22	0	2	74	0.95
18805964--18806010	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
18812267--18812367	50	2.0	50	98	0	193	18	15	9	55	1.68
18815481--18815515	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
18816866--18816904	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
18817130--18817227	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
18817132--18817220	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
18822745--18822820	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
18830057--18830132	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
18834130--18834168	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
18834395--18834483	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
18834393--18834487	23	4.2	23	90	2	156	21	22	25	31	1.98
18842664--18842708	16	2.9	15	78	21	56	40	0	0	60	0.97
18847406--18847430	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
18850157--18850204	25	1.9	25	83	8	62	25	22	14	37	1.92
18851584--18851613	16	1.9	16	93	6	53	6	23	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18855644--18855698	29	2.0	27	85	7	74	58	3	9	29	1.46
18855994--18856041	23	2.1	22	88	3	69	39	6	10	43	1.64
18856630--18856668	9	4.3	9	81	12	53	51	5	0	43	1.24
18856633--18856670	18	2.1	19	90	5	60	55	7	0	36	1.29
18875555--18875651	5	20.0	5	74	21	82	38	1	4	56	1.25
18876492--18876546	27	2.1	26	89	3	83	52	0	12	34	1.40
18876492--18876546	26	2.1	27	86	10	78	52	0	12	34	1.40
18884104--18884181	23	3.2	23	78	12	77	43	3	2	50	1.34
18884113--18884163	22	2.3	23	86	3	68	50	3	1	43	1.31
18884207--18884390	93	2.0	93	95	0	332	40	4	6	48	1.51
18884285--18884358	33	2.2	34	87	4	105	39	2	8	50	1.46
18884289--18884357	16	4.2	16	68	17	52	39	2	8	49	1.49
18885660--18885748	27	3.1	27	83	14	124	30	10	7	51	1.64
18885660--18885742	32	2.9	28	91	8	123	28	10	8	51	1.66
18886248--18886309	30	2.1	30	81	6	72	51	1	3	43	1.27
18901553--18901627	20	3.8	20	72	10	57	36	2	1	60	1.20
18901597--18901668	24	3.3	21	73	19	60	33	0	8	58	1.28
18902746--18902810	34	1.9	34	93	0	112	30	33	18	16	1.94
18907252--18907279	7	4.0	7	100	0	56	14	28	28	28	1.95
18907617--18907688	31	2.4	30	81	4	81	33	12	12	41	1.80
18907636--18907696	31	2.0	31	83	0	77	36	13	9	40	1.77
18909277--18909867	300	2.0	300	100	0	1182	32	16	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18911728--18911753	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18912219--18912406	90	2.1	90	98	0	367	37	15	10	37	1.81
18912582--18912650	3	23.3	3	97	2	131	68	0	31	0	0.90
18912543--18912650	6	18.7	6	85	8	136	69	0	30	0	0.89
18912543--18912650	9	12.4	9	86	6	136	69	0	30	0	0.89
18913173--18913209	16	2.3	17	86	9	51	8	2	18	70	1.25
18923167--18923191	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
18923670--18923737	31	2.2	31	89	0	100	36	7	16	39	1.76
18925631--18925660	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
18933965--18934010	14	3.3	14	77	20	51	41	0	0	58	0.98
18952652--18952702	21	2.4	21	86	0	75	27	7	33	31	1.85
18960712--18960753	18	2.3	18	84	12	50	30	0	7	61	1.22
18962217--18962258	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
18962270--18962306	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
18962339--18962395	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
18971822--18971866	19	2.4	19	81	7	56	46	4	0	48	1.22
18971972--18971996	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
18982801--18982832	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18983335--18983388	22	2.4	23	81	3	65	61	5	3	29	1.36
18987861--18987965	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
18987929--18988243	52	6.2	52	86	7	411	28	22	13	34	1.93
18988031--18988249	46	4.7	46	85	8	280	29	22	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18987928--18988249	98	3.3	97	84	10	438	28	22	13	34	1.93
18991372--18991516	49	3.0	49	92	0	236	31	29	14	24	1.94
18992774--18992878	37	2.9	37	91	2	169	24	21	17	36	1.95
18992842--18993145	46	6.1	51	88	7	423	28	22	14	34	1.93
18993032--18993145	52	2.2	52	85	4	149	29	22	11	35	1.89
19037022--19037165	48	2.9	49	88	4	209	31	29	13	24	1.94
19038408--19038509	35	2.9	36	87	10	140	25	22	17	34	1.96
19038540--19038786	45	5.3	45	82	10	239	30	22	14	32	1.93
19038485--19038773	51	5.9	51	84	10	331	29	22	14	33	1.93
19038473--19038786	96	3.3	93	80	13	282	29	22	13	33	1.93
19041971--19042000	10	2.8	11	90	10	53	40	23	0	36	1.55
19058378--19058560	46	4.0	46	94	0	312	27	28	8	34	1.87
19059790--19059837	17	2.9	17	87	3	71	50	20	2	27	1.60
19062092--19062124	15	2.2	15	100	0	66	51	27	6	15	1.66
19073829--19073880	27	1.9	27	96	0	95	21	5	23	50	1.70
19076790--19076922	43	3.1	41	77	12	133	27	15	18	39	1.90
19076796--19076942	43	3.4	43	76	10	106	25	16	18	39	1.91
19077264--19077315	28	1.9	26	92	7	86	46	0	7	46	1.31
19078951--19079083	41	3.2	41	87	4	187	24	20	24	31	1.98
19079208--19079270	32	1.9	33	83	3	83	30	4	19	46	1.70
19086525--19086557	16	2.1	16	94	0	57	30	9	21	39	1.84
19088728--19088820	30	3.1	30	90	1	141	26	22	6	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19091555--19091591	15	2.5	15	95	0	65	29	21	0	48	1.50
19092192--19092244	17	3.4	17	67	20	51	28	16	5	49	1.69
19092175--19092268	30	3.1	30	92	1	143	27	23	6	42	1.78
19092185--19092262	15	5.2	15	73	11	70	28	20	7	43	1.79
19093041--19093118	32	2.4	33	81	8	88	26	5	5	62	1.37
19093052--19093118	33	2.1	32	83	10	84	26	5	4	62	1.38
19093081--19093132	25	2.1	25	82	7	61	34	7	3	53	1.48
19093201--19093251	14	3.6	14	76	12	50	35	0	1	62	1.06
19093179--19093252	29	2.6	28	75	14	71	37	0	2	59	1.12
19093179--19093254	28	2.7	27	74	9	80	39	0	2	57	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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