genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60429187--60429488	148	2.0	149	96	0	561	51	9	8	29	1.64
60433481--60433505	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
60437370--60437401	12	2.7	12	95	0	55	62	0	3	34	1.11
60438583--60438970	89	4.4	89	88	1	537	26	23	18	31	1.97
60438582--60439137	44	12.5	44	74	6	431	27	23	18	31	1.97
60438602--60438952	177	2.0	179	89	1	544	26	23	17	31	1.97
60438656--60439042	177	2.2	177	84	5	453	27	24	18	30	1.97
60443967--60444005	20	2.0	20	94	0	69	30	23	12	33	1.92
60452034--60452253	89	2.5	89	80	3	228	30	17	23	28	1.97
60452032--60452499	223	2.1	223	86	2	638	30	17	24	27	1.97
60452217--60452678	89	5.2	89	89	1	665	31	19	23	26	1.98
60452217--60452760	267	2.0	268	83	2	682	31	18	23	26	1.98
60453377--60454104	44	16.4	44	71	6	446	27	23	17	31	1.97
60453434--60453920	89	5.5	89	86	2	638	27	24	17	31	1.97
60453593--60454105	223	2.3	222	83	4	622	27	23	18	30	1.98
60453820--60454103	89	3.2	89	77	5	252	28	23	17	30	1.97
60459372--60459879	89	5.7	88	83	5	337	30	18	23	27	1.98
60459367--60459834	223	2.1	223	85	4	631	30	18	23	27	1.98
60459368--60459924	44	12.5	43	72	6	351	30	18	23	27	1.98
60459552--60459908	89	4.0	89	90	1	545	31	18	23	26	1.97
60459536--60459990	178	2.6	178	84	3	488	30	18	23	27	1.98
60460661--60460690	12	2.5	12	100	0	60	0	16	6	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60460718--60460747	10	2.8	11	90	10	53	10	6	6	76	1.15
60461491--60461532	18	2.6	16	82	14	50	19	2	7	71	1.20
60463394--60463435	18	2.3	18	87	0	57	54	2	2	40	1.26
60469812--60469859	16	3.0	16	76	8	53	83	4	12	0	0.79
60470341--60470390	23	2.2	22	85	7	64	68	0	16	16	1.22
60470341--60470376	16	2.2	16	90	0	54	72	0	13	13	1.13
60471851--60472593	44	16.9	42	66	18	240	26	17	25	30	1.98
60471678--60472715	131	7.9	131	92	0	1592	26	18	24	30	1.98
60471678--60472715	263	3.9	263	92	0	1603	26	18	24	30	1.98
60485341--60485373	14	2.4	14	94	0	57	12	0	15	72	1.12
60485964--60486016	26	2.0	26	85	7	72	22	7	5	64	1.41
60486540--60486571	16	2.0	16	100	0	64	25	6	37	31	1.81
60488311--60488442	65	2.0	65	100	0	264	12	18	15	54	1.71
60490787--60491070	59	4.7	58	67	18	150	43	2	4	49	1.36
60490780--60491070	120	2.4	122	89	4	462	43	2	4	49	1.35
60491014--60491050	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
60491215--60491305	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
60491286--60491338	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
60492467--60492509	17	2.6	16	82	10	50	46	4	2	46	1.36
60492458--60492510	21	2.6	21	78	3	54	47	5	1	45	1.37
60498569--60498670	15	7.0	15	68	10	77	23	16	29	30	1.96
60498569--60498671	29	3.6	29	77	4	100	23	16	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60501931--60501961	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
60504777--60504821	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
60505110--60505151	18	2.3	18	95	0	75	33	0	16	50	1.46
60505110--60505160	18	2.8	18	85	11	61	33	0	17	49	1.47
60505219--60505258	21	2.0	21	90	5	64	37	10	0	52	1.35
60513013--60513080	22	3.3	21	76	19	81	42	1	1	54	1.18
60514443--60514481	18	2.2	17	86	4	51	43	10	7	38	1.67
60514452--60514512	26	2.2	28	82	5	72	45	11	6	36	1.66
60515260--60515312	16	3.3	15	76	10	52	49	0	32	18	1.48
60524747--60524778	9	3.6	9	100	0	64	46	0	0	53	1.00
60527422--60527474	27	1.9	28	85	11	74	24	0	1	73	0.93
60528084--60528157	9	7.8	9	72	14	51	63	0	0	36	0.95
60528084--60528134	20	2.6	20	87	3	68	68	0	0	31	0.90
60528105--60528195	11	8.4	11	74	20	59	50	0	1	48	1.08
60528102--60528158	20	2.8	20	85	12	73	57	0	0	42	0.98
60528102--60528158	9	6.0	9	79	20	55	57	0	0	42	0.98
60528148--60528184	13	2.8	13	84	15	58	37	0	2	59	1.12
60528429--60528502	29	2.6	29	85	8	91	35	0	1	63	1.03
60528458--60528506	18	2.6	19	83	9	64	34	0	0	65	0.93
60528458--60528518	19	3.2	19	86	6	79	32	1	0	65	1.02
60534305--60534347	16	2.7	15	82	10	50	67	2	25	4	1.22
60543909--60543945	18	2.1	18	94	0	65	10	48	27	13	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60545117--60545160	18	2.4	18	92	7	72	15	0	50	34	1.45
60545608--60545642	14	2.5	14	90	0	52	42	11	5	40	1.65
60547788--60547843	24	2.4	24	81	3	69	50	1	5	42	1.35
60549775--60550150	173	2.2	168	87	5	535	26	20	21	31	1.98
60564981--60565014	14	2.4	14	90	0	50	47	8	8	35	1.66
60567072--60567109	15	2.4	17	86	8	53	65	5	0	28	1.14
60567390--60567434	21	2.2	20	84	4	54	60	17	2	20	1.47
60569954--60569988	18	1.9	18	88	11	54	51	8	5	34	1.56
60570002--60570030	3	9.7	3	100	0	58	34	0	65	0	0.93
60570641--60570717	33	2.3	33	84	6	102	35	15	22	27	1.94
60571403--60571463	13	4.7	13	91	0	104	21	9	27	40	1.85
60574595--60574652	29	2.0	29	90	10	91	39	12	37	10	1.77
60577612--60577678	35	1.9	35	93	6	118	55	2	19	22	1.57
60580373--60580403	15	2.1	15	100	0	62	19	25	6	48	1.72
60594713--60594799	40	2.2	40	87	4	131	22	17	34	25	1.96
60595680--60595705	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
60596925--60596953	10	2.7	11	94	5	51	44	0	0	55	0.99
60596921--60596962	22	1.9	22	85	0	57	45	0	0	54	0.99
60602455--60602508	28	1.9	28	88	0	81	27	5	25	40	1.78
60606863--60606900	20	2.1	19	85	14	53	36	10	0	52	1.36
60612536--60612655	34	3.5	34	85	3	125	27	15	16	40	1.88
60617438--60617462	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60621715--60621746	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
60622104--60622177	37	2.0	36	84	2	94	24	1	16	58	1.46
60622164--60622207	23	2.0	22	86	4	61	29	0	6	63	1.20
60624753--60624797	23	2.0	23	86	0	63	55	15	6	22	1.63
60630554--60630634	42	1.9	42	100	0	162	22	23	20	33	1.97
60636449--60636477	12	2.3	13	94	5	51	72	0	0	27	0.85
60636576--60636600	9	2.8	9	100	0	50	36	0	8	56	1.29
60637009--60637037	12	2.4	12	100	0	58	24	0	13	62	1.32
60637869--60638256	161	2.4	161	96	0	717	38	11	11	38	1.79
60638780--60639829	161	6.6	161	92	2	1663	39	10	12	37	1.78
60648479--60648529	22	2.3	22	82	0	66	11	11	47	29	1.76
60653309--60653341	4	8.2	4	87	12	50	75	3	0	21	0.93
60665709--60665928	110	2.0	110	100	0	440	33	16	13	36	1.88
60667867--60667979	57	2.0	57	87	0	163	30	21	19	29	1.97
60668683--60668748	32	2.1	32	91	0	105	31	9	15	43	1.77
60673113--60673221	57	1.9	57	83	3	139	48	11	11	28	1.74
60673194--60673598	87	4.6	88	76	13	331	42	9	12	35	1.76
60680059--60680083	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
60680763--60680791	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
60683094--60683135	3	14.3	3	83	14	52	69	2	0	28	1.01
60686583--60686613	11	2.8	11	90	0	53	32	0	3	64	1.09
60692597--60692655	27	2.2	27	90	0	91	16	33	33	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60692710--60692746	4	10.0	4	83	16	53	75	0	24	0	0.80
60692710--60692850	10	14.3	10	69	12	69	67	0	30	1	1.04
60692719--60692829	20	5.4	20	73	15	84	66	0	30	1	1.08
60692729--60692876	30	4.6	30	65	21	84	64	0	33	1	1.07
60694170--60694202	5	6.6	5	89	10	50	18	0	0	81	0.68
60694176--60694202	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
60695207--60695262	12	5.0	12	75	14	57	32	7	3	57	1.43
60698891--60698917	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
60701819--60701844	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
60701889--60701932	22	2.0	22	86	8	63	75	9	0	15	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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