genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085208--2085260	23	2.3	23	90	0	88	22	20	24	32	1.98
2086296--2086323	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
2088074--2088388	46	6.6	46	83	9	373	29	22	14	34	1.93
2088074--2088382	98	3.2	98	83	10	382	28	22	14	34	1.93
2088074--2088388	144	2.2	144	90	1	481	29	22	14	34	1.93
2090712--2090954	50	4.8	50	90	0	351	20	30	22	26	1.98
2092580--2092690	46	2.4	46	95	1	197	29	21	17	31	1.96
2092567--2092837	37	6.6	45	86	9	216	28	21	14	36	1.92
2092652--2092799	37	4.0	37	95	0	260	27	19	13	39	1.89
2100266--2100374	44	2.5	44	95	1	191	30	21	16	32	1.95
2100253--2100481	37	5.6	44	81	13	217	28	21	14	35	1.93
2100355--2100443	34	2.5	35	92	5	144	26	17	16	38	1.92
2102559--2102684	28	4.5	28	84	4	164	32	11	25	30	1.92
2103357--2103485	47	2.8	46	82	8	131	27	11	17	43	1.83
2103410--2103513	23	4.5	23	74	11	104	27	16	16	39	1.90
2103395--2103490	47	2.0	47	88	4	140	29	14	14	41	1.85
2103409--2103584	71	2.5	70	81	9	198	28	13	19	38	1.90
2103992--2104028	18	2.1	18	100	0	74	43	10	21	24	1.84
2113659--2113806	74	2.0	74	94	0	260	22	19	14	43	1.88
2135217--2135275	24	2.5	24	82	0	73	10	57	1	30	1.42
2135364--2135456	36	2.6	36	82	0	105	13	48	20	17	1.81
2177365--2177399	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211007--2211046	20	2.0	20	100	0	80	45	25	15	15	1.84
2213976--2214023	19	2.7	18	78	9	53	39	6	0	54	1.26
2215278--2215304	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2228216--2228267	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2230695--2230787	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
2230931--2230999	24	2.7	25	82	14	72	33	20	0	46	1.51
2230944--2231002	24	2.5	24	81	13	77	33	20	0	45	1.51
2231143--2231187	3	15.0	3	80	0	54	57	6	0	35	1.25
2231143--2231189	18	2.6	18	93	0	76	55	8	0	36	1.31
2231147--2231187	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
2231850--2231875	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
2232233--2232275	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
2233086--2233137	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2239848--2239951	53	1.9	54	90	1	165	22	21	11	45	1.83
2241054--2241113	32	1.9	32	86	6	88	31	3	3	61	1.28
2245672--2245706	18	1.9	18	88	0	52	22	42	5	28	1.76
2258707--2258735	6	4.8	6	100	0	58	17	31	17	34	1.93
2264787--2264813	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
2265158--2265197	20	2.0	20	100	0	80	65	10	10	15	1.48
2285260--2285287	10	2.8	10	100	0	56	0	57	0	42	0.99
2285260--2285292	12	3.0	11	87	12	50	0	60	0	39	0.97
2286592--2286620	12	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289471--2289500	9	3.2	9	90	9	51	43	0	13	43	1.43
2289471--2289510	19	2.1	19	85	0	53	40	0	12	47	1.41
2293186--2293222	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
2293168--2293235	31	2.3	28	78	9	73	54	0	2	42	1.15
2293372--2293422	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
2293411--2293444	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
2294319--2294395	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
2294319--2294376	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
2295811--2295845	18	1.9	18	88	0	52	25	0	0	74	0.82
2309364--2309389	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2335317--2335370	23	2.6	19	75	18	54	42	0	1	55	1.10
2335309--2335362	11	4.6	12	76	17	51	40	0	0	59	0.98
2335325--2335376	21	2.3	23	80	12	63	42	0	1	55	1.10
2335897--2335934	19	2.1	19	85	5	51	65	0	0	34	0.93
2336415--2336462	23	2.0	24	88	4	71	45	0	2	52	1.12
2350881--2350938	23	2.5	24	77	8	66	58	5	0	36	1.20
2353080--2353261	51	3.6	51	78	6	183	30	28	18	23	1.97
2353075--2353259	101	1.8	101	84	5	257	31	27	17	23	1.97
2359793--2359978	73	2.5	73	98	0	354	40	24	6	28	1.79
2359979--2360013	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2364230--2364415	73	2.5	73	99	0	363	40	24	6	27	1.80
2364416--2364441	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374623--2374663	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2382220--2382331	30	3.7	30	93	0	188	25	22	6	45	1.75
2382220--2382325	15	7.1	15	68	11	74	26	21	6	45	1.76
2386784--2386865	30	2.7	30	90	0	128	26	20	6	46	1.74
2386784--2386859	15	5.1	15	71	10	66	27	19	6	46	1.75
2393129--2393195	29	2.3	29	94	0	116	49	8	11	29	1.70
2400801--2400967	81	2.1	81	93	0	280	42	16	11	29	1.83
2401173--2401197	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2404217--2404257	22	1.9	21	85	5	55	43	7	4	43	1.53
2413163--2413190	11	2.5	11	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2431133--2431366	72	3.3	71	91	2	364	55	15	5	23	1.60
2431802--2431849	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
2461014--2461116	52	2.0	52	92	0	170	49	14	18	17	1.80
2463637--2463894	46	5.3	46	75	19	245	34	13	22	29	1.93
2463604--2463870	56	5.0	56	77	16	250	33	13	23	29	1.93
2463637--2463911	102	2.8	99	85	8	373	33	13	24	28	1.93
2471588--2471624	18	2.1	18	100	0	74	16	10	5	67	1.38
2476694--2479170	825	3.0	826	99	0	4922	35	20	14	28	1.93
2476694--2479170	413	6.0	413	99	0	4922	35	20	14	28	1.93
2480914--2480949	16	2.1	18	90	10	58	41	0	0	58	0.98
2481819--2481843	10	2.5	10	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2490094--2490241	73	2.0	73	98	0	287	21	11	39	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514489--2514529	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2518620--2518645	11	2.4	11	100	0	52	30	0	7	61	1.24
2521413--2521456	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
2521417--2521459	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
2522504--2522575	31	2.4	30	86	4	92	40	5	6	47	1.54
2522717--2522768	23	2.1	27	82	17	76	55	15	0	28	1.40
2535632--2535666	17	2.0	18	94	5	63	34	14	0	51	1.42
2535722--2535754	17	2.0	17	88	5	50	12	15	9	63	1.51
2542239--2542300	30	2.1	30	96	0	115	41	6	24	27	1.79
2560601--2560632	10	2.8	12	81	18	50	50	0	0	50	1.00
2574916--2574943	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2579743--2579797	19	2.8	20	83	5	67	38	1	3	56	1.28
2579743--2579799	20	2.9	20	84	5	71	36	1	3	57	1.26
2579760--2579806	20	2.3	20	81	0	67	38	0	4	57	1.18
2587699--2587760	16	3.4	17	76	17	54	45	0	32	22	1.53
2593172--2593199	7	4.0	7	100	0	56	14	28	42	14	1.84
2616491--2616533	16	2.6	17	82	14	54	55	0	4	39	1.20
2620345--2620403	26	2.3	26	100	0	118	42	3	0	54	1.17
2620723--2620760	20	1.9	20	88	0	58	44	7	7	39	1.63
2621033--2621104	19	3.2	23	65	31	64	41	15	0	43	1.46
2621018--2621106	45	2.0	45	100	0	178	40	15	0	43	1.47
2621112--2621161	15	3.1	15	85	8	64	42	0	14	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621130--2621167	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
2621403--2621466	28	2.4	26	84	5	83	48	0	7	43	1.32
2623893--2623930	16	2.3	17	81	9	51	65	5	0	28	1.14
2625904--2625953	15	3.3	15	85	0	73	18	38	8	36	1.80
2625904--2625983	15	5.3	15	77	5	72	18	37	5	38	1.73
2625910--2625974	24	2.7	24	83	4	69	18	36	4	40	1.71
2625901--2625983	30	2.8	30	83	3	96	18	37	4	39	1.72
2625933--2625999	30	2.2	30	81	0	80	22	37	2	37	1.70
2633484--2633544	30	2.0	30	90	0	95	37	6	31	24	1.81
2653750--2653803	20	2.6	21	74	8	58	31	7	1	59	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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