genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  58  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22584471--22584541	21	3.4	21	84	0	88	30	16	47	4	1.66
22598337--22598404	3	23.0	3	92	3	93	0	36	0	63	0.95
22603708--22603748	17	2.3	17	87	8	55	26	0	0	73	0.84
22603708--22603771	24	2.6	24	83	11	69	26	0	3	70	1.02
22606988--22607265	125	2.2	123	91	1	439	30	23	16	28	1.97
22609690--22609732	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
22609826--22609982	43	3.7	43	89	0	224	29	29	17	22	1.97
22612024--22612118	27	3.5	28	72	13	76	27	2	3	67	1.17
22614171--22614408	115	2.0	119	83	3	304	33	15	16	34	1.90
22614442--22614532	23	3.7	25	79	13	109	40	6	0	52	1.27
22614442--22614539	50	2.0	50	93	4	171	41	6	0	52	1.26
22615140--22615192	21	2.5	22	81	9	65	41	33	0	24	1.55
22615159--22615208	14	3.5	15	76	13	52	38	36	0	26	1.57
22615569--22615675	41	2.6	41	90	0	169	28	28	19	24	1.99
22622425--22622464	18	2.2	19	90	4	64	55	5	0	40	1.22
22623741--22623773	16	1.9	18	88	11	52	60	0	0	39	0.97
22625179--22625287	50	2.2	50	98	0	209	38	9	9	43	1.69
22627437--22627491	30	1.9	30	82	10	71	56	3	3	36	1.34
22627789--22627815	11	2.5	11	100	0	54	0	37	62	0	0.95
22630904--22631201	146	2.0	146	99	0	589	32	22	11	33	1.90
22632778--22632822	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
22635946--22636213	92	3.0	89	81	10	294	45	2	3	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22636082--22636129	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
22636194--22636404	66	3.4	62	68	21	172	41	2	6	49	1.42
22636173--22636448	120	2.3	120	93	3	459	42	2	5	50	1.36
22636281--22636332	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22636410--22636451	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22636401--22636442	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22636980--22637035	19	3.0	19	79	7	62	55	5	0	39	1.23
22641400--22641427	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
22646415--22646440	11	2.4	11	100	0	52	19	7	7	65	1.43
22651097--22651187	44	2.1	44	91	4	148	29	9	9	50	1.68
22653838--22653875	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
22664351--22664383	14	2.4	14	90	5	50	81	0	18	0	0.68
22669400--22669427	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22674530--22674578	22	2.2	21	79	10	53	22	30	0	46	1.52
22675924--22675966	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
22677125--22677399	94	2.9	96	77	4	270	41	16	4	37	1.69
22678029--22678060	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22678895--22678923	14	2.0	15	93	6	51	65	0	0	34	0.93
22680016--22680065	21	2.3	22	86	10	68	56	0	2	42	1.11
22680021--22680050	16	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
22687135--22687185	25	2.1	24	82	10	59	13	19	5	60	1.53
22691408--22691461	25	2.1	26	82	3	65	35	7	9	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22695809--22695857	3	16.3	3	100	0	98	0	32	0	67	0.91
22698123--22698147	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
22703180--22703212	13	2.4	14	85	10	50	30	33	15	21	1.94
22703187--22703226	21	2.0	20	85	5	53	35	32	12	20	1.90
22706211--22706290	30	2.7	29	79	9	81	48	10	5	36	1.58
22711948--22712055	31	3.5	30	70	13	85	53	6	2	37	1.41
22716964--22717431	44	10.7	44	70	11	167	28	21	19	31	1.97
22716950--22717518	175	3.3	175	94	0	967	28	21	19	30	1.97
22717522--22717780	87	3.0	87	84	5	317	25	25	21	27	1.99
22718997--22719030	16	2.2	16	89	5	52	8	17	0	73	1.08
22718988--22719042	14	3.9	15	75	17	55	10	20	0	69	1.18
22718990--22719072	6	12.8	6	82	13	60	7	16	0	75	1.01
22719039--22719071	11	2.8	12	86	13	50	3	12	0	84	0.72
22719909--22719982	11	6.5	11	77	14	53	2	16	0	81	0.81
22719925--22719953	11	2.6	11	100	0	58	6	17	0	75	1.01
22719911--22719976	18	3.8	17	75	18	57	3	16	0	80	0.84
22719909--22719980	28	2.5	29	80	14	87	2	16	0	80	0.83
22719949--22720005	18	3.1	18	82	12	55	5	8	5	80	1.00
22719974--22720025	15	2.9	19	75	24	67	11	0	9	78	0.95
22724759--22724791	12	2.8	12	95	0	57	57	3	0	39	1.14
22727492--22727537	16	2.9	16	83	6	58	41	0	6	52	1.27
22742127--22742194	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22742127--22742194	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
22742324--22742632	157	2.0	157	94	0	537	43	3	4	47	1.41
22747635--22747681	22	2.1	23	88	4	69	51	4	2	42	1.33
22750334--22750416	31	2.6	31	86	1	94	26	14	10	48	1.77
22751639--22751683	18	2.5	18	74	0	54	60	8	0	31	1.28
22751878--22751907	12	2.4	13	88	11	53	23	0	0	76	0.78
22754155--22754188	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
22754290--22754314	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
22754289--22754318	15	2.0	15	93	0	51	90	0	10	0	0.47
22755968--22756128	46	3.6	46	88	3	240	29	23	13	33	1.93
22758647--22758687	18	2.3	18	86	0	55	70	4	0	24	1.06
22758855--22758893	19	2.0	20	90	5	62	38	5	2	53	1.37
22764699--22764746	20	2.4	21	79	6	55	43	2	0	54	1.12
22766758--22766804	7	6.4	7	80	14	51	53	0	2	44	1.12
22774621--22774659	2	19.5	2	94	0	69	0	46	0	53	1.00
22782962--22784411	72	20.3	73	78	5	1250	15	30	12	41	1.84
22782953--22784411	144	10.2	144	80	3	1406	15	30	12	41	1.84
22784344--22785363	111	9.0	110	76	10	801	14	28	15	41	1.86
22784344--22785092	111	6.6	111	83	4	844	14	28	15	41	1.87
22784679--22785620	240	4.0	238	85	6	1165	14	28	14	42	1.85
22785256--22785489	129	1.8	129	85	5	330	14	29	13	41	1.85
22785385--22785605	111	2.0	111	86	5	313	14	28	12	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22785661--22785940	138	2.0	138	86	1	382	15	30	12	41	1.83
22785617--22785998	72	5.4	72	80	5	409	14	30	13	41	1.84
22785931--22787906	111	17.0	111	73	12	1260	14	28	14	42	1.86
22786843--22787907	123	8.9	123	78	9	1040	15	28	14	42	1.85
22785931--22787903	363	5.6	353	77	11	1556	14	28	14	42	1.86
22786266--22787909	240	7.0	234	82	6	1705	14	28	14	42	1.85
22785931--22787903	474	4.2	465	80	7	2110	14	28	14	42	1.86
22789340--22789414	30	2.5	30	76	4	80	34	17	5	42	1.72
22794391--22794457	29	2.3	29	81	2	80	26	16	14	41	1.87
22801888--22801975	44	2.0	44	93	0	149	47	10	6	35	1.64
22802501--22802545	22	2.0	24	86	8	67	46	4	0	48	1.22
22803089--22803126	16	2.4	16	90	0	58	34	0	26	39	1.57
22804547--22804583	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
22804700--22804821	60	2.0	60	85	6	167	54	13	1	30	1.48
22804815--22804925	23	4.8	23	80	16	140	53	17	0	29	1.44
22804814--22804905	42	2.2	42	98	0	175	53	17	0	29	1.44
22804851--22805114	27	10.0	27	68	18	119	55	14	0	30	1.39
22804838--22805316	107	4.6	102	84	10	580	55	13	0	30	1.40
22804901--22805087	80	2.3	80	95	0	347	56	13	0	30	1.38
22805047--22805143	46	2.1	45	81	14	110	56	14	0	28	1.38
22804814--22805319	19	24.3	20	67	22	151	55	13	0	30	1.40
22805324--22805396	27	2.7	27	95	0	128	17	30	23	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22809102--22809130	11	2.6	11	100	0	58	20	27	6	44	1.77
22809956--22809980	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
22810631--22810666	18	2.0	18	94	0	63	25	27	8	38	1.84
22810926--22810974	21	2.3	21	78	0	53	32	34	28	4	1.76
22811099--22811146	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
22811239--22811695	45	10.0	45	76	11	387	49	24	0	26	1.53
22811189--22811686	114	4.4	112	80	8	474	48	24	0	26	1.53
22811190--22811680	251	2.0	250	86	3	702	49	24	0	26	1.53
22811192--22811695	23	22.1	23	74	13	373	49	24	0	26	1.52
22811689--22811937	115	2.1	116	93	3	421	40	8	6	45	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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