genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7769868--7769900	14	2.4	14	90	5	50	45	3	3	48	1.33
7772194--7772257	31	2.1	31	96	0	119	34	15	17	32	1.91
7786765--7786805	21	2.0	21	85	0	55	70	2	0	26	0.99
7790602--7790638	19	2.0	19	89	5	58	56	2	0	40	1.13
7790636--7790676	20	2.0	20	90	0	64	58	4	0	36	1.20
7802339--7802387	24	2.0	26	88	8	75	42	2	0	55	1.11
7803091--7803137	21	2.2	21	88	7	69	55	6	0	38	1.26
7803305--7803344	17	2.3	18	86	4	55	17	0	5	77	0.94
7803620--7803778	19	8.4	19	67	15	80	39	1	1	57	1.18
7803689--7803755	35	1.9	36	87	6	102	41	0	0	58	0.98
7803730--7803825	10	10.6	9	72	15	74	33	3	0	63	1.10
7803730--7803795	29	2.3	29	82	10	75	37	3	0	59	1.13
7803730--7803825	19	5.3	18	73	16	74	33	3	0	63	1.10
7804389--7804431	22	1.9	22	85	4	59	58	9	16	16	1.63
7817403--7817457	27	2.0	27	85	0	74	21	29	25	23	1.99
7817472--7817714	103	2.4	103	87	4	359	55	15	0	27	1.43
7817687--7817797	34	3.1	38	64	25	94	63	17	0	19	1.32
7818734--7818801	27	2.5	26	81	9	82	17	17	36	27	1.93
7823264--7823514	122	2.0	124	90	1	398	38	16	12	32	1.86
7827668--7827727	23	2.4	25	76	18	63	51	0	3	45	1.17
7841110--7841148	20	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
7843019--7843087	35	2.0	35	85	0	93	36	7	24	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7844942--7845017	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
7845104--7845132	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
7845251--7845289	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
7852291--7852366	23	3.3	23	92	0	134	30	26	21	22	1.99
7852453--7852481	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
7852600--7852638	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
7855836--7855913	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
7855847--7855914	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
7856790--7856838	18	2.7	18	93	0	80	36	0	8	55	1.30
7856792--7856839	3	16.0	3	82	0	60	35	0	6	58	1.23
7856792--7856839	12	4.0	12	91	0	69	35	0	6	58	1.23
7856980--7857051	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
7857195--7857290	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
7860544--7860612	35	2.0	35	85	0	93	34	7	26	31	1.84
7862125--7862172	5	9.2	5	93	6	78	39	0	0	60	0.97
7862193--7862258	17	3.5	17	70	21	60	65	12	22	0	1.26
7862182--7862276	40	2.3	41	90	3	156	65	8	26	0	1.21
7862985--7863042	30	1.9	30	85	0	80	41	1	24	32	1.65
7863367--7863608	50	4.7	50	84	4	261	26	24	28	19	1.99
7863367--7863616	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	20	1.99
7868174--7868239	34	1.9	34	96	0	123	24	25	22	27	2.00
7877575--7877620	15	2.8	17	75	18	53	63	6	0	30	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7881746--7881787	20	2.0	20	86	9	57	69	7	16	7	1.34
7889631--7889670	20	2.0	20	90	0	62	37	7	2	52	1.43
7889778--7889807	15	1.9	15	93	6	51	36	0	3	60	1.14
7889977--7890023	24	1.9	25	86	4	69	46	4	2	46	1.34
7899983--7900036	21	2.6	21	76	2	65	51	1	1	44	1.22
7906744--7906782	20	2.0	21	85	10	55	38	7	5	48	1.54
7907087--7907136	19	2.6	19	84	9	66	58	0	2	40	1.10
7908399--7908441	21	2.0	22	86	4	61	32	4	6	55	1.47
7908489--7908540	8	6.6	8	84	4	61	30	5	0	63	1.18
7908496--7908540	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
7912066--7912126	29	2.1	29	84	3	79	27	8	6	57	1.53
7934052--7934091	19	2.2	18	86	4	53	50	0	0	50	1.00
7934060--7934100	16	2.3	19	88	12	61	48	0	0	51	1.00
7937185--7937213	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
7942275--7942478	41	5.0	41	92	0	336	24	26	19	29	1.98
7942269--7942485	82	2.6	82	95	1	391	23	27	18	29	1.98
7944706--7944743	15	2.5	16	87	12	62	26	44	10	18	1.82
7945621--7945646	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
7946307--7946361	18	3.1	18	91	0	83	36	0	7	56	1.27
7946309--7946362	3	18.0	3	84	0	72	35	0	5	59	1.21
7946505--7946576	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
7946720--7946815	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7948245--7948290	24	1.9	24	95	0	83	32	13	15	39	1.85
7948564--7948599	9	4.2	9	86	13	58	55	11	0	33	1.35
7948565--7948602	16	2.4	16	95	0	67	55	10	0	34	1.34
7948538--7948677	75	1.9	74	94	4	246	45	9	5	40	1.58
7952229--7952477	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
7952228--7952477	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
7953582--7953649	17	3.6	18	71	22	59	0	26	10	63	1.26
7953588--7953656	21	3.3	21	64	24	56	0	24	8	66	1.19
7953564--7953658	40	2.3	40	89	7	138	0	28	7	64	1.20
7953676--7953750	3	26.7	3	75	20	65	61	0	0	38	0.96
7953668--7953743	5	14.2	5	88	12	107	59	0	0	40	0.98
7953670--7953740	28	2.5	28	84	15	92	59	0	0	40	0.98
7953667--7953777	48	2.3	47	79	8	118	54	3	1	39	1.28
7954938--7954996	9	6.4	9	81	11	75	22	10	27	40	1.85
7958720--7958756	18	2.1	18	89	0	56	67	0	0	32	0.91
7964610--7965048	218	2.0	218	98	0	842	25	15	21	38	1.92
7972676--7972740	33	2.0	33	84	6	87	30	23	10	35	1.89
7976105--7976172	26	2.7	26	77	4	77	39	19	5	35	1.76
7979770--7979797	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
7981427--7981478	22	2.5	20	82	14	61	40	1	3	53	1.30
7989929--7989970	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
7999807--7999889	43	1.9	43	85	4	114	26	19	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8001092--8001116	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8038016--8038056	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8043359--8043525	50	3.4	50	79	1	183	17	26	25	30	1.98
8044132--8044178	3	15.7	3	90	0	76	36	2	0	61	1.08
8045133--8045198	26	2.5	26	97	0	123	31	13	31	22	1.93
8052781--8052828	21	2.3	21	92	3	80	39	22	6	31	1.79
8053200--8053255	21	2.8	20	83	5	67	33	10	14	41	1.80
8054094--8054230	69	2.0	69	98	0	265	40	10	12	36	1.78
8054885--8054971	36	2.5	36	94	3	151	43	5	4	45	1.48
8055631--8055674	23	1.9	24	90	9	74	54	2	20	22	1.56
8055915--8055961	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
8056209--8056267	27	2.2	26	79	8	64	25	0	27	47	1.52
8059553--8059593	19	2.1	20	90	4	66	68	0	0	31	0.90
8081721--8081776	3	18.7	3	100	0	112	67	0	32	0	0.91
8082863--8082903	19	2.2	18	91	8	64	36	9	17	36	1.82
8087727--8087754	13	2.2	13	100	0	56	35	14	14	35	1.86
8089768--8089847	40	2.0	40	97	0	151	32	13	5	48	1.64
8093492--8093556	3	21.7	3	100	0	130	0	32	0	67	0.91
8103602--8103697	41	2.4	40	82	5	122	25	12	22	39	1.89
8110401--8110480	40	2.0	40	85	9	110	32	22	2	42	1.67
8111229--8111259	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02
8114701--8114782	43	1.9	43	85	2	112	29	19	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8129960--8129999	20	2.0	20	100	0	80	40	10	10	40	1.72
8133081--8133121	21	2.0	21	90	9	66	39	2	7	51	1.43
8133139--8133164	12	2.2	12	100	0	52	57	7	34	0	1.27
8139280--8139333	27	2.0	27	82	7	65	35	7	5	51	1.53
8143872--8143920	26	2.0	25	88	11	75	34	6	8	51	1.57
8144014--8144070	18	3.3	18	71	14	66	59	5	5	29	1.41
8144551--8144597	16	2.9	17	81	9	55	46	0	0	53	1.00
8145340--8145405	21	3.3	19	73	16	53	25	4	1	68	1.18
8147309--8147496	92	2.0	92	94	0	331	37	3	4	54	1.37
8147313--8147462	48	3.2	47	64	21	116	39	4	5	51	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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