genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14795024--14795073	17	3.3	15	83	8	57	44	0	0	56	0.99
14800536--14800565	14	2.2	14	94	5	53	23	0	0	76	0.78
14800534--14800573	20	2.0	20	85	0	53	32	0	0	67	0.91
14803848--14803921	24	3.2	24	69	18	75	35	4	31	29	1.76
14803846--14803984	46	3.0	46	91	1	217	35	6	28	29	1.82
14803872--14803945	21	3.3	21	67	20	60	40	5	27	27	1.78
14806657--14806730	37	2.1	35	92	5	121	40	8	1	50	1.41
14807096--14807154	30	2.0	31	86	6	86	57	11	3	27	1.50
14808712--14808857	46	3.2	46	97	0	265	28	27	8	34	1.87
14815339--14815375	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
14816126--14816219	46	2.0	46	91	4	154	31	9	28	29	1.89
14820039--14820117	2	39.5	2	100	0	158	50	0	49	0	1.00
14828248--14828294	23	2.0	23	100	0	94	31	4	8	55	1.49
14828255--14828301	23	2.2	22	81	11	53	29	8	10	51	1.66
14837773--14837815	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
14846133--14846178	17	2.7	17	83	6	58	47	0	6	45	1.28
14846753--14846783	15	2.1	15	93	0	53	29	12	6	51	1.65
14847033--14847078	21	2.2	21	88	0	65	41	0	0	58	0.98
14851663--14851772	11	10.5	11	75	21	71	37	1	0	60	1.07
14851675--14851717	10	4.7	9	80	13	52	30	0	0	69	0.88
14851663--14851794	51	2.6	52	89	7	191	36	2	0	61	1.09
14851753--14851813	32	1.9	31	83	3	77	32	1	3	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14852927--14852994	29	2.3	29	75	5	75	23	7	1	67	1.24
14853291--14853329	20	2.0	20	89	0	60	58	2	2	35	1.25
14853867--14853904	18	2.1	18	85	9	51	26	0	2	71	1.00
14874825--14875141	125	2.5	125	94	0	553	30	19	21	28	1.98
14878142--14878272	16	7.3	18	64	25	55	39	3	8	48	1.52
14878151--14878369	53	4.0	53	74	13	228	39	6	7	46	1.58
14878443--14878603	21	7.5	21	85	4	223	24	0	29	45	1.58
14878443--14878603	43	3.8	43	86	5	229	24	0	29	45	1.58
14878620--14878659	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
14878617--14878659	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
14878873--14878912	21	1.9	21	85	10	55	10	20	35	35	1.86
14881021--14881077	29	2.0	28	82	3	69	49	1	21	28	1.59
14881943--14881973	16	1.9	16	93	0	53	51	0	22	25	1.48
14882212--14882268	29	1.9	30	89	3	89	38	0	42	19	1.51
14888116--14888163	22	2.2	22	85	10	64	27	8	0	64	1.22
14888962--14888998	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
14889733--14889918	46	4.0	46	92	0	282	35	8	26	30	1.85
14892591--14892715	62	2.0	63	90	4	200	36	12	24	28	1.91
14892584--14892718	61	2.2	58	83	12	180	37	11	22	28	1.90
14892658--14892804	46	3.3	44	89	6	226	34	14	22	28	1.94
14897161--14897318	46	3.5	46	93	2	250	28	24	13	34	1.93
14910202--14910242	21	2.0	21	85	0	55	24	9	19	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14911113--14911151	6	6.3	6	85	5	51	64	5	12	17	1.46
14911102--14911151	18	2.8	19	80	11	54	66	6	10	18	1.42
14923408--14923454	25	2.0	23	87	8	67	57	2	0	40	1.11
14923507--14923558	23	2.2	24	80	6	63	44	3	3	48	1.39
14925473--14925532	21	2.9	21	82	0	75	38	5	20	36	1.74
14925515--14925560	18	2.6	17	83	10	56	30	8	23	36	1.85
14932967--14933004	19	2.0	20	84	5	51	26	0	10	63	1.27
14936651--14936684	17	2.0	17	88	0	50	14	5	8	70	1.31
14936762--14936803	21	2.0	21	81	9	50	69	4	2	23	1.20
14937593--14937634	20	2.0	21	86	4	59	64	16	0	19	1.30
14947198--14947259	32	1.9	32	96	0	115	30	35	11	22	1.89
14947419--14947527	57	1.9	57	87	7	159	24	26	18	30	1.98
14950720--14950824	31	3.4	31	68	21	92	42	14	11	31	1.81
14950703--14950797	32	3.0	33	66	25	85	43	16	8	31	1.78
14950703--14950864	63	2.4	67	89	6	242	42	16	9	31	1.80
14950978--14951095	41	2.9	41	85	0	146	28	23	18	28	1.98
14952384--14952474	44	2.1	44	93	0	155	57	17	8	16	1.64
14953559--14953593	16	2.2	16	89	0	52	48	0	14	37	1.44
14954097--14954238	24	5.9	25	73	8	107	16	26	23	33	1.96
14954097--14954236	72	1.9	73	82	7	178	16	26	24	32	1.96
14954093--14954248	72	2.2	73	77	5	174	16	25	23	34	1.95
14957777--14957872	48	2.0	48	89	4	149	26	14	12	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14966578--14966649	36	2.0	36	94	0	126	25	0	45	29	1.53
14994229--14994288	22	2.8	21	82	12	68	55	3	0	41	1.16
14994261--14994312	16	3.2	16	71	10	52	65	0	0	34	0.93
14994279--14994332	28	2.0	28	96	3	101	61	0	1	37	1.07
14994351--14994397	17	2.8	17	78	12	51	59	2	0	38	1.09
14996537--14996605	30	2.3	29	80	9	77	28	2	1	66	1.14
14998601--14998625	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
15003529--15003603	31	2.4	31	81	0	105	33	14	16	36	1.89
15025793--15025841	18	3.0	16	80	16	64	40	2	0	57	1.10
15026094--15026130	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
15026648--15026694	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
15027141--15027167	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
15034764--15034885	38	3.2	39	78	13	121	42	17	7	32	1.77
15035060--15035172	41	2.8	41	88	0	163	22	28	22	27	1.99
15035055--15035213	82	1.9	82	81	7	189	22	27	22	28	1.99
15035384--15035408	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15041913--15041966	20	2.7	19	83	16	65	70	5	1	22	1.18
15050267--15050322	20	2.7	20	86	10	69	64	0	0	35	0.94
15063479--15063508	9	3.3	9	90	0	51	0	16	0	83	0.65
15063479--15063515	18	2.1	18	90	5	58	0	18	0	81	0.70
15064048--15064096	26	1.9	25	84	12	64	22	16	40	20	1.91
15066452--15066496	20	2.2	21	88	11	76	60	2	0	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15066454--15066523	19	3.7	20	86	7	92	55	5	0	38	1.24
15078911--15078969	19	3.1	18	73	7	55	33	10	13	42	1.78
15081165--15081217	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
15081347--15081419	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
15132268--15132339	9	7.8	9	71	17	58	36	2	1	59	1.20
15133418--15133463	24	1.9	24	86	8	67	47	4	6	41	1.49
15133429--15133480	24	2.2	24	82	0	59	50	5	3	40	1.45
15141243--15141286	19	2.2	21	80	15	58	65	4	13	15	1.41
15150654--15150884	41	5.6	41	86	3	322	23	29	20	26	1.99
15150654--15150884	82	2.8	82	92	2	365	23	29	20	26	1.99
15150654--15150881	123	1.8	124	91	0	377	23	28	20	26	1.99
15151458--15151829	153	2.4	156	85	5	436	43	14	3	38	1.64
15151559--15151837	78	3.6	78	93	1	470	43	13	3	39	1.63
15157557--15157592	6	6.0	6	90	0	54	2	11	69	16	1.29
15159859--15159925	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
15166102--15166133	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
15170826--15170850	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15181795--15181830	18	1.9	19	88	5	56	50	0	2	47	1.15
15188756--15188848	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
15189204--15189251	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
15189205--15189253	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
15189204--15189251	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15189905--15189930	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
15190288--15190330	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
15190803--15190840	20	1.9	20	89	10	60	23	10	10	55	1.65
15191241--15191305	31	2.1	31	97	0	121	56	9	15	18	1.65
15197764--15197813	19	2.5	20	78	18	50	42	18	2	38	1.61
15199243--15199286	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
15199375--15199519	50	2.9	50	81	4	175	28	28	18	24	1.98
15200421--15200450	11	2.7	11	100	0	60	36	16	6	40	1.75
15204138--15204192	23	2.4	23	81	0	65	34	25	9	30	1.87
15209248--15209288	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98

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