genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  74  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27268406--27268466	17	3.4	18	86	8	90	88	9	0	1	0.58
27268405--27268464	23	2.5	23	91	5	93	88	10	0	1	0.59
27268401--27268466	34	2.0	34	91	5	109	87	10	0	1	0.60
27268404--27268467	24	2.6	25	82	7	87	87	10	0	1	0.61
27269856--27270321	44	10.7	44	68	12	242	28	19	25	25	1.99
27269856--27270427	131	4.4	131	90	1	824	29	19	25	25	1.99
27269941--27270321	87	4.4	87	69	14	212	29	20	24	25	1.99
27270250--27270830	220	2.6	220	89	0	874	29	20	24	25	1.99
27273142--27273297	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
27273147--27273298	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
27281198--27281352	27	5.7	27	79	7	154	28	27	16	27	1.97
27281177--27281353	54	3.3	55	76	11	186	27	28	15	27	1.96
27281198--27281352	81	1.9	81	82	5	197	28	27	16	27	1.97
27283974--27284157	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
27284054--27284204	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
27291859--27292042	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
27291859--27292039	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
27291940--27292089	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
27293443--27293763	130	2.5	130	94	0	561	31	18	20	29	1.96
27295350--27295415	3	21.0	3	75	9	60	37	3	3	56	1.30
27295367--27295404	20	1.9	20	88	0	58	31	5	5	57	1.43
27297131--27297329	51	4.0	51	75	9	196	27	17	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27297236--27297353	44	2.7	43	80	5	110	30	16	14	38	1.88
27297253--27297762	44	11.6	43	75	10	248	33	17	15	33	1.91
27297297--27297762	88	5.3	88	85	4	442	33	17	15	33	1.92
27297335--27297718	132	2.9	132	83	1	430	34	18	14	32	1.91
27297341--27297762	132	3.2	132	82	2	400	33	18	15	32	1.92
27298883--27298917	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
27304472--27304509	15	2.4	17	86	13	62	60	2	10	26	1.43
27304598--27304651	21	2.6	20	82	11	56	72	3	1	22	1.10
27304598--27304665	26	2.6	25	81	9	82	72	2	2	22	1.12
27304793--27304827	17	2.0	18	88	5	54	71	8	2	17	1.23
27308196--27308227	14	2.3	14	94	0	55	37	0	6	56	1.25
27311283--27311328	14	3.3	14	96	0	83	41	0	4	54	1.20
27311459--27311493	3	11.7	3	93	0	61	31	0	2	65	1.07
27311819--27311857	16	2.4	16	95	0	69	35	0	33	30	1.58
27315172--27315210	19	2.0	20	90	5	62	46	30	0	23	1.53
27319917--27319955	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27320167--27320219	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
27324845--27324869	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27332426--27332474	20	2.4	22	76	16	59	55	2	6	36	1.37
27332482--27332613	38	3.5	36	83	12	160	45	3	10	40	1.57
27335650--27335686	19	2.0	19	89	5	58	24	21	18	35	1.96
27343083--27343131	25	2.0	25	84	8	64	26	16	12	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27354547--27354594	25	1.9	25	83	8	62	43	0	2	54	1.12
27354613--27354649	19	1.9	19	89	10	58	45	16	24	13	1.83
27354719--27354768	20	2.5	20	83	6	66	12	36	16	36	1.85
27355575--27355613	16	2.5	15	88	8	60	41	0	2	56	1.13
27355577--27355611	16	2.2	16	94	0	61	37	0	2	60	1.12
27362335--27362397	34	1.9	34	84	12	87	38	11	11	39	1.76
27366329--27366366	6	6.3	6	85	11	51	84	5	10	0	0.77
27367728--27368035	132	2.4	122	82	11	418	28	17	24	29	1.97
27367780--27368127	132	2.6	132	87	2	466	27	17	25	29	1.97
27369639--27369731	37	2.5	38	77	10	102	34	4	4	56	1.38
27371258--27371381	58	2.2	55	86	4	167	49	10	13	26	1.75
27372466--27372499	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
27372584--27372643	27	2.2	27	80	13	70	63	1	0	35	1.05
27372583--27372642	28	2.1	28	82	11	70	61	1	0	36	1.06
27375055--27375084	10	3.0	10	90	0	51	53	0	0	46	1.00
27378473--27378549	33	2.3	32	80	6	82	33	15	22	28	1.94
27385676--27385872	105	1.9	105	81	2	243	33	15	24	26	1.95
27392194--27392232	20	1.9	21	84	5	53	56	2	5	35	1.35
27409229--27409263	17	2.1	17	100	0	70	45	14	5	34	1.68
27414360--27414488	50	2.6	50	86	2	179	17	17	32	32	1.93
27419493--27419661	89	1.9	88	83	6	216	39	13	7	39	1.72
27420020--27420074	22	2.4	22	82	14	58	21	3	3	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27420516--27420545	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
27420527--27420583	27	2.1	27	83	3	71	31	1	3	63	1.22
27430622--27431253	320	2.0	320	99	0	1255	24	14	17	43	1.86
27431921--27431964	8	5.3	9	76	17	51	68	0	31	0	0.90
27431921--27431960	16	2.5	16	91	0	62	70	0	30	0	0.88
27448274--27448406	27	5.4	24	75	15	96	49	9	15	25	1.74
27448320--27448380	22	2.8	23	83	11	85	54	9	14	21	1.69
27448282--27448406	12	10.1	13	68	21	65	52	9	14	24	1.71
27448804--27448859	21	2.8	20	74	17	53	39	10	3	46	1.56
27455183--27455241	17	3.4	17	76	17	66	55	1	3	38	1.26
27456044--27456098	9	6.1	9	91	0	92	29	10	14	45	1.79
27456788--27456817	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
27460454--27460503	23	2.0	23	81	11	55	56	12	12	20	1.67
27472988--27473152	4	41.0	4	78	14	85	67	0	32	0	0.91
27473052--27473175	32	3.7	33	78	16	139	70	0	29	0	0.88
27472988--27473194	8	29.3	7	73	16	71	68	0	31	0	0.90
27473064--27473194	69	1.9	68	92	3	217	71	0	28	0	0.86
27475147--27475180	3	11.3	3	87	0	50	64	2	0	32	1.08
27476813--27476843	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
27481707--27481782	27	2.8	27	93	0	125	17	28	27	26	1.97
27481707--27481791	27	3.1	27	89	0	80	16	30	27	25	1.97
27481832--27481861	13	2.3	13	100	0	60	0	0	6	93	0.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27481858--27481919	27	2.3	28	88	5	92	51	0	6	41	1.27
27485544--27485633	44	2.0	45	83	12	114	36	3	22	37	1.71
27506831--27506864	10	3.3	10	84	8	50	52	0	0	47	1.00
27513703--27513740	20	1.9	20	94	0	67	52	18	10	18	1.73
27513936--27513972	18	2.1	19	90	10	60	78	2	0	18	0.87
27513970--27514071	30	3.4	30	86	2	134	29	21	3	45	1.70
27514497--27514536	14	2.9	15	82	14	50	55	0	42	2	1.13
27514622--27514714	12	8.3	11	78	14	84	74	0	24	1	0.89
27514613--27514704	23	4.0	22	81	18	100	72	0	26	1	0.91
27514613--27514683	11	6.2	12	78	16	71	73	0	26	0	0.84
27514613--27514719	12	9.2	12	73	17	75	72	0	26	0	0.90
27514622--27514719	37	2.7	35	81	13	110	74	0	24	1	0.88
27514613--27514719	47	2.3	47	83	6	128	72	0	26	0	0.90
27514623--27514718	20	4.4	21	76	16	88	73	0	25	1	0.89
27514828--27514867	14	2.9	13	88	7	53	77	7	15	0	0.98
27514838--27514873	14	2.6	14	91	4	56	75	5	19	0	1.00
27515021--27515052	12	2.6	13	85	14	50	84	0	15	0	0.63
27515017--27515051	16	2.3	15	90	5	52	88	0	11	0	0.51
27515580--27515905	17	18.8	17	66	17	91	32	13	11	42	1.79
27515572--27515712	34	4.2	34	75	12	112	37	12	11	39	1.78
27515611--27515765	18	8.8	18	71	9	97	31	14	10	43	1.78
27515607--27515659	16	3.2	16	82	10	70	41	11	11	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27515572--27515713	35	4.2	34	77	9	116	37	11	11	39	1.78
27515645--27515905	18	14.8	17	70	15	79	31	13	11	44	1.78
27515955--27515990	17	2.2	17	90	5	56	36	8	8	47	1.64
27516061--27516114	17	3.2	16	81	5	63	31	7	9	51	1.61
27516061--27516114	16	3.3	15	80	15	54	31	7	9	51	1.61
27527870--27528615	72	10.4	72	89	3	1105	30	15	19	34	1.93
27527870--27528615	217	3.5	216	90	2	1103	30	15	19	34	1.93
27527870--27528615	145	5.2	144	92	2	1141	30	15	19	34	1.93
27528559--27528781	54	4.0	55	91	5	353	29	15	17	37	1.90
27528579--27528781	111	1.8	110	93	3	354	31	15	18	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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