genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21924728--21924759	12	2.7	12	90	0	55	18	40	31	9	1.83
21927992--21928037	18	2.6	18	89	3	67	17	0	6	76	1.00
21929990--21930030	21	2.0	21	90	0	64	17	24	19	39	1.92
21935645--21935687	14	3.0	14	86	3	50	58	4	2	34	1.32
21935911--21935952	4	10.8	4	84	5	59	71	0	4	23	1.05
21937583--21937666	42	2.0	42	81	4	98	16	28	27	27	1.97
21939253--21939337	3	27.3	3	75	15	75	60	3	2	34	1.27
21939316--21939353	14	2.6	15	88	12	53	63	0	2	34	1.09
21940430--21941260	50	16.6	50	68	3	425	22	24	22	29	1.99
21940495--21941263	100	7.7	100	91	0	797	22	25	23	29	1.99
21942560--21942606	15	3.1	15	82	11	60	12	17	0	70	1.17
21947262--21947288	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21947556--21947640	3	27.3	3	75	15	75	60	3	2	34	1.27
21947538--21947640	29	3.6	28	77	16	79	59	2	2	34	1.27
21947619--21947656	14	2.6	15	88	12	53	63	0	2	34	1.09
21948177--21948228	21	2.4	21	84	12	70	78	7	9	3	1.06
21952276--21952431	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
21952275--21952428	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
21952276--21952431	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
21952268--21952452	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
21952268--21952452	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
21960353--21960508	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21960352--21960505	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
21960353--21960508	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
21960345--21960529	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
21960345--21960529	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
21962959--21963097	50	2.8	49	77	6	145	28	21	27	23	1.99
21969242--21969284	15	2.9	15	79	3	52	58	2	0	39	1.11
21969589--21969644	21	2.7	21	70	10	51	33	26	17	21	1.96
21970385--21970461	28	2.8	27	79	11	77	31	1	3	63	1.20
21970455--21970506	20	2.7	20	72	3	52	44	0	1	53	1.11
21970624--21970663	20	2.0	21	85	5	55	32	0	5	62	1.17
21975213--21975238	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21976791--21976832	22	1.9	22	95	0	75	28	4	14	52	1.62
21982650--21982675	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21982804--21982909	41	2.6	41	89	0	167	32	24	20	22	1.98
21993584--21993623	20	2.0	20	85	0	53	45	5	5	45	1.47
22002939--22002963	11	2.3	11	100	0	50	48	16	24	12	1.79
22006261--22006324	22	2.9	22	95	2	110	32	3	1	62	1.20
22010025--22010053	9	3.0	10	90	10	51	20	0	0	79	0.74
22010025--22010053	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
22012377--22012520	49	2.9	49	91	1	216	24	15	29	30	1.96
22015650--22016067	46	9.6	45	84	11	518	34	14	22	28	1.93
22015778--22015932	36	4.0	36	78	15	175	37	14	20	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22015732--22016067	82	4.0	81	86	7	451	34	15	22	28	1.94
22015686--22016067	128	3.0	126	81	12	469	34	14	22	28	1.94
22018855--22018957	29	3.6	29	78	6	102	33	25	3	36	1.74
22018906--22018963	30	1.9	31	89	3	91	37	20	5	36	1.75
22019424--22019530	3	35.0	3	76	14	78	72	0	27	0	0.84
22019428--22019548	13	9.2	13	71	16	81	74	0	25	0	0.82
22019425--22019561	6	21.3	6	76	15	89	74	0	25	0	0.82
22019428--22019562	26	5.1	26	75	18	109	74	0	25	0	0.81
22019432--22019563	36	3.5	37	75	18	112	75	0	25	0	0.81
22019985--22020027	5	8.4	5	82	10	52	20	0	2	76	0.89
22019983--22020021	20	2.0	20	90	10	62	20	0	2	76	0.90
22020332--22020364	14	2.2	15	89	10	50	27	9	12	51	1.69
22020406--22020470	21	3.1	21	75	4	60	41	13	9	35	1.77
22020425--22020493	19	3.6	18	72	16	59	40	13	8	37	1.75
22020478--22020611	17	7.6	17	72	9	90	33	12	7	46	1.70
22020478--22020666	72	2.7	68	75	11	173	34	12	8	44	1.73
22039294--22039324	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22039378--22039414	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22039688--22039718	7	4.4	7	100	0	62	12	70	0	16	1.16
22046208--22046272	19	3.5	18	75	14	53	24	3	9	63	1.39
22046395--22046457	30	2.1	31	87	3	92	53	3	3	39	1.33
22053437--22053498	16	3.7	16	79	12	79	37	3	30	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22053420--22053489	35	2.0	35	97	0	131	35	5	27	31	1.80
22053724--22053755	9	3.6	9	100	0	64	53	0	0	46	1.00
22053710--22053769	18	3.7	16	74	24	54	53	1	0	45	1.10
22053719--22053778	18	3.9	15	78	18	61	53	0	0	46	1.00
22054953--22055038	36	2.4	37	90	2	129	53	12	27	5	1.61
22055824--22055858	7	4.9	7	96	3	61	54	0	0	45	0.99
22056921--22056965	20	2.2	21	88	4	65	24	2	2	71	1.09
22069095--22069144	16	3.5	15	71	18	52	58	14	8	20	1.61
22073262--22073309	15	3.3	15	85	5	55	37	14	2	45	1.57
22073275--22073315	15	2.7	15	88	0	55	31	17	0	51	1.46
22075236--22075303	18	3.8	17	73	11	55	47	25	1	26	1.61
22079560--22079640	31	2.5	33	82	11	98	17	38	23	20	1.93
22082683--22082766	42	2.0	42	100	0	168	30	21	9	38	1.85
22084146--22084221	26	2.9	26	78	0	89	39	25	17	18	1.91
22084403--22084537	27	5.0	28	81	8	136	20	17	21	41	1.90
22084403--22084518	54	2.1	54	88	0	169	19	16	21	42	1.89
22084420--22084546	27	4.7	27	83	5	148	18	15	22	43	1.88
22088430--22088463	13	2.5	14	95	4	61	52	0	2	44	1.16
22089476--22089535	6	10.2	6	77	8	52	31	1	0	66	1.01
22089475--22089538	24	2.8	24	81	9	71	31	3	0	65	1.08
22089678--22089744	26	2.6	24	81	13	73	28	5	4	61	1.39
22094591--22094619	12	2.3	13	94	5	51	89	10	0	0	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22094591--22094648	15	3.9	15	78	14	57	84	5	8	1	0.83
22096462--22096906	44	10.2	43	68	16	182	26	18	24	31	1.97
22096456--22097192	132	5.6	132	92	0	1138	26	18	24	30	1.98
22098633--22098691	3	20.3	3	76	13	61	33	1	0	64	1.04
22098633--22098694	23	2.7	23	85	9	83	33	3	0	62	1.11
22098651--22098690	20	2.0	21	90	5	64	32	2	0	65	1.06
22098796--22098837	15	2.9	14	86	13	59	42	0	2	54	1.13
22098848--22098907	26	2.3	26	83	13	72	28	5	5	61	1.38
22098845--22098907	25	2.5	26	82	12	78	28	4	4	61	1.36
22100217--22100257	22	1.9	22	90	5	66	43	0	7	48	1.30
22108795--22108848	23	2.3	25	75	18	62	38	11	7	42	1.68
22115230--22115280	20	2.7	18	80	11	57	66	0	1	31	1.03
22115477--22115518	20	2.2	20	83	12	52	21	2	4	71	1.16
22115485--22115556	19	3.6	21	77	17	66	20	4	4	70	1.21
22115485--22115556	20	3.6	19	77	17	74	20	4	4	70	1.21
22117263--22117335	6	11.8	6	80	11	85	13	5	35	45	1.67
22117651--22117714	31	2.1	31	83	13	80	57	1	15	25	1.47
22118711--22118771	27	2.3	28	81	13	76	21	22	18	37	1.94
22129960--22130043	43	2.0	43	97	0	159	19	20	17	42	1.89
22144215--22144259	23	2.0	23	100	0	90	8	15	22	53	1.69
22150254--22150339	6	14.3	6	100	0	172	32	0	17	50	1.47
22151589--22151625	19	1.9	19	100	0	74	21	24	37	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22151590--22151633	19	2.3	19	92	0	70	25	22	34	18	1.96
22151855--22151892	12	3.2	12	85	7	51	26	31	0	42	1.56
22151863--22151898	11	3.2	11	92	4	54	19	33	0	47	1.50
22152931--22152970	20	2.0	21	85	14	57	40	2	5	52	1.37
22153811--22153848	18	2.1	18	90	0	58	21	28	5	44	1.73
22154376--22154903	21	24.5	22	69	15	173	47	27	0	24	1.55
22154836--22154881	14	3.2	14	78	6	56	52	21	0	26	1.47
22154836--22154911	29	2.6	30	81	8	77	55	22	0	22	1.44
22154849--22154924	22	3.4	21	80	12	73	52	26	0	21	1.47
22154917--22155310	22	17.9	21	67	14	82	48	27	0	23	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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