genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  65  of  199  ( 23841 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24701532--24701630	21	4.8	21	83	5	121	46	16	21	16	1.84
24705493--24705562	19	3.8	19	83	7	99	37	0	25	37	1.57
24705511--24705564	17	3.1	17	79	10	72	37	0	22	40	1.54
24705493--24705564	36	2.0	36	100	0	144	36	0	25	38	1.56
24710650--24710695	16	2.9	16	96	0	83	36	0	0	63	0.95
24710720--24710753	11	3.0	11	86	4	50	41	2	2	52	1.31
24720311--24720351	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
24729775--24729867	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
24730011--24730071	24	2.4	26	82	17	76	31	27	0	40	1.57
24730222--24730265	18	2.4	18	92	0	70	54	9	0	36	1.32
24730223--24730263	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
24730971--24731005	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
24731008--24731071	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
24735986--24736028	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
24736369--24736407	17	2.3	17	100	0	78	43	35	5	15	1.69
24737088--24737180	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
24737324--24737384	24	2.4	26	82	17	76	31	27	0	40	1.57
24737536--24737580	18	2.6	18	89	6	67	53	8	0	37	1.32
24737537--24737578	12	3.4	12	90	3	57	54	7	0	38	1.28
24738277--24738319	16	2.8	16	82	6	54	2	13	9	74	1.16
24738322--24738385	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
24739833--24739863	8	3.8	8	95	4	53	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24740645--24740742	28	3.6	26	73	17	74	59	4	1	35	1.23
24740660--24740737	27	3.0	26	78	12	79	57	3	1	37	1.25
24741617--24741665	22	2.3	22	82	3	55	46	4	0	48	1.20
24742984--24743025	16	2.6	16	85	7	59	73	9	14	2	1.18
24743961--24744151	44	4.3	44	74	4	179	30	15	25	27	1.96
24743961--24744162	88	2.3	88	89	0	296	31	15	24	28	1.95
24744246--24744707	50	9.2	50	66	5	243	31	22	19	26	1.98
24744210--24744770	100	5.6	100	85	0	683	31	22	20	25	1.98
24744794--24745250	40	10.9	40	71	13	312	32	23	19	23	1.98
24744779--24745298	128	4.1	127	93	1	898	33	23	19	23	1.97
24744779--24745298	255	2.0	255	94	1	918	33	23	19	23	1.97
24751946--24751974	4	7.2	4	100	0	58	0	27	0	72	0.85
24757383--24757435	16	3.5	16	76	23	60	39	3	3	52	1.37
24759063--24759112	23	2.2	23	85	0	64	44	20	10	26	1.82
24781181--24781483	167	1.8	168	88	0	464	35	17	12	34	1.87
24782225--24782361	63	2.2	62	78	18	135	48	0	1	49	1.15
24782283--24782366	19	4.4	18	75	13	55	51	0	1	47	1.08
24782279--24782361	27	3.0	26	75	20	80	50	0	1	48	1.08
24783784--24783967	71	2.6	71	99	0	359	39	17	11	31	1.86
24784497--24784842	4	86.5	4	89	1	496	25	1	28	44	1.61
24786498--24786559	25	2.5	25	84	7	74	50	19	30	0	1.48
24786502--24786569	25	2.9	23	80	8	73	47	19	30	2	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24786660--24786688	15	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
24790287--24790423	42	3.3	42	79	6	125	46	17	20	15	1.84
24797571--24797727	42	3.7	41	79	3	143	45	17	20	16	1.86
24799947--24800035	29	3.0	29	88	8	117	35	2	0	61	1.08
24799975--24800010	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
24800766--24800806	20	2.0	20	86	9	57	60	4	0	34	1.18
24801284--24801318	18	2.0	17	88	5	52	34	5	17	42	1.73
24813984--24814237	124	2.1	123	86	3	350	30	14	23	31	1.95
24817414--24818088	28	24.5	28	76	12	623	31	0	22	46	1.55
24817503--24817545	23	2.0	21	86	13	61	25	0	25	48	1.51
24817715--24817817	23	4.2	24	78	13	102	29	0	23	47	1.52
24817985--24818028	22	2.0	22	100	0	88	31	0	18	50	1.47
24818017--24818041	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
24817962--24818081	62	1.9	64	81	14	151	27	0	24	48	1.51
24818035--24818120	23	3.7	23	77	9	102	29	0	24	46	1.53
24819672--24819747	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
24819833--24819863	8	4.0	8	95	4	55	38	25	12	22	1.90
24819971--24820009	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
24827010--24827085	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
24827172--24827200	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
24827305--24827343	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
24830285--24830321	19	2.0	19	85	15	51	54	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24830395--24830436	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24830386--24830488	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
24830438--24830529	22	4.2	22	84	8	116	41	1	27	30	1.63
24835366--24835432	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
24841214--24841247	9	3.8	9	84	0	50	73	11	2	11	1.20
24842220--24842288	30	2.3	30	80	16	81	40	0	4	55	1.20
24842274--24842345	27	2.6	27	91	2	108	33	0	4	62	1.14
24842305--24842350	18	2.6	18	78	0	56	34	0	2	63	1.07
24842361--24842434	9	7.9	10	73	11	59	35	0	2	62	1.10
24842361--24842434	18	4.1	17	78	13	76	35	0	2	62	1.10
24842361--24842434	37	2.0	36	84	2	94	35	0	2	62	1.10
24844516--24844571	28	2.0	27	86	3	76	33	10	0	55	1.35
24844523--24844579	27	2.1	28	83	3	71	31	8	0	59	1.28
24844523--24844591	27	2.5	27	79	6	68	30	7	1	60	1.32
24868385--24868440	27	2.1	27	86	0	76	30	16	26	26	1.96
24868394--24868456	27	2.3	27	91	0	99	23	22	30	23	1.99
24872870--24872905	17	2.1	17	100	0	72	33	33	16	16	1.92
24880681--24880726	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
24888156--24888216	31	2.0	31	96	0	113	42	4	13	39	1.65
24892564--24892702	60	2.3	60	88	5	208	31	14	11	42	1.81
24896957--24896995	15	2.7	15	88	4	53	58	0	0	41	0.98
24896973--24897033	23	2.7	23	75	12	63	57	0	1	40	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24897007--24897072	19	3.4	19	71	10	62	56	1	1	40	1.18
24897532--24897575	20	2.1	22	84	16	58	36	2	2	59	1.23
24900367--24900417	18	2.7	20	81	12	70	43	17	15	23	1.88
24900635--24900693	7	8.3	7	81	3	73	16	16	13	52	1.75
24900937--24901045	37	3.0	37	85	6	159	33	3	14	47	1.62
24901045--24901137	9	10.4	9	87	2	116	29	8	25	36	1.86
24901045--24901137	18	5.2	18	89	2	134	29	8	25	36	1.86
24901045--24901137	27	3.5	27	91	1	152	29	8	25	36	1.86
24901199--24901260	30	2.1	29	85	5	81	40	8	14	37	1.76
24903612--24903658	24	2.0	24	87	8	69	6	8	10	74	1.22
24906054--24906120	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
24906502--24906552	23	2.2	24	85	3	68	27	3	3	64	1.28
24908031--24908081	21	2.4	21	90	0	75	31	35	7	25	1.85
24909054--24909122	30	2.3	30	81	13	81	57	7	1	33	1.35
24909535--24909574	19	2.0	20	85	4	55	27	2	2	67	1.16
24909714--24909746	17	1.9	18	88	11	52	24	9	9	57	1.58
24917615--24917642	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
24925205--24925274	29	2.3	31	78	7	81	44	1	18	35	1.59
24925619--24925653	5	7.2	5	96	3	63	62	0	37	0	0.95
24933031--24933068	17	2.1	19	85	9	53	31	0	2	65	1.06
24938552--24938585	13	2.6	13	90	0	50	32	14	0	52	1.42
24941552--24941659	15	7.2	15	68	12	78	25	22	7	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24941552--24941666	30	3.8	30	96	0	203	24	22	6	46	1.76
24947188--24947214	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24950796--24950831	15	2.3	16	90	4	56	66	0	16	16	1.25
24952562--24952600	4	9.8	4	100	0	78	51	0	23	25	1.49
24959546--24959588	17	2.5	17	96	0	77	23	37	27	11	1.89
24962418--24962592	87	2.0	87	94	0	305	26	14	14	44	1.85
24962587--24962673	43	2.0	43	84	4	113	40	21	1	36	1.61
24970425--24970476	25	2.1	25	100	0	104	32	0	36	30	1.58
24975488--24975536	20	2.5	20	78	15	57	22	2	2	73	1.04
24978215--24978266	24	2.2	24	83	13	63	71	5	0	23	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199