genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28374001--28374171	88	1.9	88	89	2	263	43	27	1	26	1.65
28374172--28374239	21	3.2	22	77	6	77	39	33	0	26	1.57
28374680--28374955	41	6.7	41	85	2	338	29	23	21	25	1.99
28374680--28374955	123	2.2	122	86	3	381	29	23	21	25	1.99
28375430--28375466	18	2.0	20	89	10	60	5	10	13	70	1.32
28381661--28381704	16	2.7	17	82	10	56	40	2	25	31	1.68
28382402--28382431	10	2.8	11	95	5	53	13	6	0	80	0.91
28383026--28383084	3	19.3	3	79	10	66	35	5	0	59	1.20
28383029--28383084	24	2.3	25	90	3	87	35	5	0	58	1.21
28385289--28385333	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
28387878--28387971	49	1.9	49	91	0	152	48	13	23	13	1.78
28387878--28388008	49	2.6	49	83	4	138	43	15	26	14	1.85
28389273--28389996	89	8.1	88	77	10	539	30	17	23	29	1.97
28389317--28390020	222	3.2	222	90	3	1021	30	16	23	29	1.96
28389270--28389973	311	2.3	310	87	3	952	29	17	23	28	1.97
28389289--28390020	133	5.5	131	78	7	584	30	16	24	28	1.96
28390956--28390985	10	2.8	11	95	5	53	13	6	0	80	0.91
28391579--28391635	3	18.3	3	82	7	69	35	5	0	59	1.20
28391582--28391635	16	3.4	16	87	2	74	35	5	0	59	1.21
28391579--28391635	19	3.1	19	80	12	73	35	5	0	59	1.20
28391745--28391787	22	2.0	21	86	8	61	32	4	2	60	1.30
28392820--28392857	18	2.1	18	95	0	67	57	2	0	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28392928--28392973	18	2.6	18	86	10	60	58	0	0	41	0.98
28392852--28393503	121	5.4	121	96	0	1200	51	4	1	42	1.32
28392852--28393503	362	1.8	362	96	0	1216	51	4	1	42	1.32
28403073--28403125	26	2.0	27	82	10	65	45	32	5	16	1.71
28415640--28415969	88	3.7	90	82	7	300	32	19	19	29	1.96
28415740--28416219	44	10.6	44	76	12	384	32	17	19	30	1.95
28415740--28416219	132	3.5	132	77	11	452	32	17	19	30	1.95
28416123--28416235	44	2.6	44	84	2	120	31	19	23	25	1.98
28417660--28417711	24	2.2	24	82	6	61	21	7	1	69	1.24
28417859--28417901	3	14.3	3	90	0	68	32	4	0	62	1.15
28422033--28422095	33	1.9	33	93	0	108	38	19	17	25	1.93
28424997--28425123	44	2.9	42	71	23	102	32	28	14	24	1.95
28426317--28426360	22	2.0	23	86	13	65	38	2	4	54	1.33
28430056--28430095	21	1.9	21	89	0	62	32	17	15	35	1.91
28436731--28436761	16	1.9	16	93	0	53	41	6	0	51	1.27
28436891--28436927	4	9.5	4	94	5	67	48	0	0	51	1.00
28440568--28440639	33	2.2	34	78	16	80	27	1	5	65	1.23
28440598--28440642	17	2.8	17	83	6	58	28	2	4	64	1.25
28442599--28442641	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
28451816--28451884	31	2.2	32	82	14	83	18	5	0	75	1.00
28451815--28451871	17	3.6	16	77	15	64	17	5	0	77	0.95
28452890--28452926	17	2.2	17	95	0	65	83	0	8	8	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28459595--28459689	42	2.3	42	86	0	136	25	25	33	15	1.95
28459812--28461444	813	2.0	813	99	0	3221	27	15	20	37	1.92
28463256--28463288	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
28465023--28465381	44	8.0	44	75	8	242	28	18	18	33	1.95
28465039--28465381	88	3.8	87	76	9	280	28	19	18	33	1.95
28466723--28466980	41	6.3	41	90	0	408	22	28	20	29	1.98
28466729--28466980	82	3.1	82	99	0	495	22	28	19	28	1.98
28467192--28467228	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
28474435--28474692	41	6.3	41	90	0	408	22	28	20	29	1.98
28474441--28474692	82	3.1	82	99	0	495	22	28	19	28	1.98
28474904--28474940	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
28489831--28489860	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
28490034--28490062	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
28491345--28491402	21	2.7	23	76	17	70	46	5	0	48	1.24
28499166--28499205	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
28502003--28502032	16	1.9	15	93	6	51	53	16	0	30	1.44
28508337--28508371	8	4.1	8	89	10	52	22	5	0	71	1.07
28512760--28512787	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
28514839--28514880	21	2.0	21	90	0	66	35	7	11	45	1.69
28516320--28516390	32	2.2	32	87	0	106	32	2	14	50	1.57
28519247--28519294	19	2.5	19	80	6	53	50	2	0	47	1.12
28529292--28529349	23	2.4	24	88	8	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28529292--28529429	24	5.3	24	72	20	93	52	0	0	46	1.11
28529371--28529443	24	2.9	25	82	10	87	53	0	1	45	1.09
28530426--28530490	32	2.0	32	100	0	130	38	12	9	40	1.75
28532222--28532246	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
28532266--28532313	20	2.5	20	76	10	55	39	10	2	47	1.49
28534654--28534707	20	2.7	20	85	5	65	35	7	1	55	1.39
28535110--28535147	18	2.1	18	90	0	58	31	0	5	63	1.17
28543202--28543260	5	11.8	5	75	13	59	74	0	1	23	0.91
28549754--28549787	17	2.0	17	88	0	50	14	26	2	55	1.53
28566100--28566168	33	2.1	33	91	5	113	42	36	7	14	1.73
28573132--28573163	15	2.1	15	94	0	55	31	15	0	53	1.43
28573910--28573945	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
28578531--28578645	27	4.3	26	77	11	124	24	29	13	33	1.93
28578510--28578628	54	2.2	54	83	5	161	22	28	15	33	1.94
28578541--28578645	54	1.9	54	84	0	138	23	28	13	34	1.93
28585160--28585202	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
28585274--28585628	42	8.4	42	89	4	473	30	23	21	24	1.99
28586072--28586129	21	2.8	21	83	0	71	5	41	17	36	1.72
28591590--28591688	16	5.9	17	76	13	73	28	3	21	47	1.65
28591590--28591697	9	12.6	9	75	16	86	28	2	21	47	1.65
28591764--28591825	12	5.5	11	87	11	74	29	1	16	53	1.52
28591771--28591825	12	4.8	12	88	4	78	29	1	16	52	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28591764--28591832	24	3.0	24	87	8	92	27	1	17	53	1.52
28591784--28591838	24	2.5	22	85	8	67	27	1	21	49	1.60
28591969--28592016	21	2.3	21	81	0	60	56	2	0	41	1.11
28592020--28592095	9	8.4	9	68	16	50	38	1	18	42	1.59
28592067--28592105	18	2.2	17	86	4	51	48	2	15	33	1.58
28593802--28593901	45	2.2	44	84	3	128	36	10	32	22	1.87
28595075--28595140	7	9.3	7	79	9	53	43	37	0	18	1.50
28595079--28595133	29	1.9	28	85	3	74	43	34	0	21	1.53
28595549--28595903	114	3.1	114	82	4	480	30	21	18	29	1.97
28595507--28595903	115	3.5	114	80	4	485	29	21	18	29	1.97
28595490--28595903	229	1.8	229	90	1	677	29	21	19	29	1.97
28598346--28598378	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
28602197--28602276	30	2.7	30	90	0	124	48	6	18	26	1.71
28602201--28602254	15	3.6	15	73	9	56	48	7	16	27	1.73
28611438--28612590	571	2.0	573	89	2	1748	41	27	9	21	1.84
28615074--28615123	14	3.7	14	76	7	59	82	4	2	12	0.90
28615074--28615123	20	2.5	20	77	6	57	82	4	2	12	0.90
28616485--28616536	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
28616497--28616646	70	2.1	71	92	1	248	30	30	16	23	1.96
28616566--28616788	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
28623744--28623794	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
28623650--28623872	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28625198--28625274	13	5.9	13	73	15	70	38	18	6	36	1.76
28627933--28627986	26	2.1	26	86	13	76	40	12	18	27	1.87
28635258--28635347	42	2.2	42	97	2	173	33	23	7	35	1.84
28638437--28638484	20	2.5	20	76	10	55	39	10	2	47	1.49
28639531--28639598	30	2.3	29	90	7	111	42	7	5	44	1.56
28639538--28639598	30	2.1	30	96	3	115	42	6	6	44	1.56
28642027--28642133	26	4.1	26	90	2	153	39	23	18	18	1.92
28644665--28644801	65	2.1	65	82	6	172	21	22	25	29	1.99
28645433--28645477	6	7.7	6	80	19	51	80	0	15	4	0.87
28645427--28645477	17	3.1	16	83	8	66	78	0	15	5	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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