genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25823103--25823137	18	1.9	18	88	0	52	34	20	17	28	1.95
25824285--25824324	18	2.2	18	86	4	53	42	17	0	40	1.49
25827760--25827794	17	2.1	17	88	0	52	40	5	0	54	1.24
25827983--25828039	26	2.2	27	84	9	75	50	0	1	47	1.11
25838472--25838578	53	2.0	54	87	1	153	45	5	5	42	1.51
25838921--25838967	23	2.0	23	83	0	58	68	6	0	25	1.13
25839741--25839766	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
25849684--25849776	37	2.5	38	82	1	98	13	10	40	34	1.80
25851993--25852019	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25852159--25852188	13	2.3	13	94	0	51	33	0	3	63	1.11
25852666--25853100	110	4.0	110	89	2	637	30	16	18	34	1.93
25855821--25856016	62	3.1	63	71	8	220	48	3	12	36	1.56
25855848--25856040	61	3.1	62	70	8	212	46	3	13	36	1.60
25855885--25856081	32	6.4	32	68	12	99	44	3	12	40	1.59
25855881--25856077	61	3.2	61	71	8	218	43	3	12	41	1.57
25855821--25856084	124	2.1	124	99	0	519	46	3	12	37	1.58
25871708--25871755	17	2.8	16	78	12	51	22	2	6	68	1.23
25875668--25876201	276	1.9	276	90	1	847	34	18	13	33	1.90
25877882--25877960	40	2.0	40	87	0	113	20	29	17	32	1.95
25877905--25877960	20	2.8	19	78	7	67	19	32	17	30	1.95
25877883--25877976	40	2.3	40	83	3	109	23	27	17	31	1.96
25877905--25877989	40	2.1	40	82	4	100	22	28	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25878714--25878786	35	2.1	35	97	0	137	32	5	26	35	1.79
25882985--25883046	27	2.4	26	74	10	65	58	8	9	24	1.57
25891848--25891888	21	2.0	21	85	9	57	41	36	4	17	1.71
25905954--25906194	43	5.6	43	70	11	168	27	22	22	26	1.99
25905954--25906250	87	3.4	87	74	8	316	27	21	23	26	1.99
25906047--25906288	41	5.7	41	70	9	155	26	21	24	26	1.99
25906079--25906167	46	1.9	46	88	0	133	26	20	25	26	1.99
25905953--25906295	174	2.0	174	94	0	605	28	21	23	25	1.99
25923769--25923815	24	2.0	24	83	4	60	40	14	8	36	1.77
25927079--25927167	45	1.9	47	84	4	119	24	22	14	38	1.92
25927214--25927286	35	2.1	35	89	5	112	23	17	21	36	1.94
25928723--25928769	22	2.2	22	85	7	62	19	2	8	70	1.24
25931181--25931247	34	1.9	36	81	6	84	26	22	17	32	1.96
25931227--25931306	27	3.0	27	79	3	90	20	23	35	21	1.96
25936017--25936059	22	2.0	22	90	0	68	30	9	34	25	1.87
25941393--25941612	51	4.3	51	92	1	368	28	22	15	33	1.95
25941393--25941612	103	2.1	102	93	0	368	28	22	15	33	1.95
25944121--25944166	23	2.0	23	83	12	58	67	4	6	21	1.32
25948423--25948490	33	2.1	33	88	5	102	52	19	17	10	1.72
25948820--25948874	13	4.2	13	73	19	51	50	0	1	47	1.11
25948817--25948857	13	3.1	14	82	10	59	56	0	0	43	0.99
25954786--25954911	43	2.9	42	79	12	139	19	19	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25955558--25955606	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
25955833--25956042	47	4.5	47	91	5	327	32	11	14	40	1.83
25955833--25956040	95	2.2	93	91	5	330	33	12	14	40	1.83
25955836--25956072	47	5.1	45	87	7	214	32	11	15	40	1.83
25956502--25956663	43	3.8	43	91	0	236	30	32	17	19	1.95
25956567--25956700	43	3.2	42	86	3	117	29	31	15	23	1.96
25960660--25960686	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
25961149--25961200	21	2.4	21	76	20	54	38	40	0	21	1.53
25961175--25961314	76	1.9	75	84	4	192	42	27	1	28	1.64
25961492--25961528	14	2.6	14	91	0	65	45	29	0	24	1.53
25961864--25962107	41	6.0	41	91	0	389	28	28	23	19	1.98
25962143--25962277	40	3.4	39	82	6	157	20	20	21	37	1.95
25969405--25969544	71	2.0	71	81	2	165	40	17	13	29	1.87
25975352--25975402	15	3.4	15	80	20	70	41	29	0	29	1.57
25975343--25975417	30	2.4	30	93	4	123	42	25	1	30	1.63
25975341--25975418	15	5.5	14	78	21	67	41	25	1	32	1.64
25980195--25980237	21	2.0	21	82	8	52	41	18	6	32	1.77
25980491--25980552	30	2.1	30	87	6	90	30	11	17	40	1.85
25980991--25981100	57	1.9	57	94	0	193	39	9	1	50	1.45
25984497--25984534	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
25986747--25986792	20	2.3	20	80	0	56	23	13	32	30	1.93
25990408--25990440	15	2.1	17	88	11	52	42	24	0	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26005612--26005654	20	2.2	20	100	0	86	46	16	13	23	1.83
26010706--26010791	31	2.8	30	80	3	100	34	10	12	41	1.78
26010717--26010808	31	3.0	30	82	1	112	34	10	9	44	1.73
26010841--26010971	65	2.0	65	92	0	217	40	17	16	25	1.90
26028088--26028256	69	2.4	68	92	1	266	38	8	11	42	1.71
26032736--26032766	15	2.1	15	93	0	53	77	6	12	3	1.08
26038592--26038683	46	2.0	47	82	2	114	31	17	9	41	1.82
26043771--26043994	73	3.1	73	98	0	430	49	18	10	21	1.77
26047658--26047866	106	2.0	106	94	1	366	39	18	12	29	1.88
26048950--26048975	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26054635--26054672	16	2.4	17	82	13	53	52	0	0	47	1.00
26063438--26063480	20	2.2	20	84	12	54	51	0	2	46	1.13
26065886--26065930	17	2.6	17	78	0	63	48	0	0	51	1.00
26066344--26066396	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
26066789--26066828	21	1.9	21	89	0	62	22	7	5	65	1.38
26069094--26069167	37	2.0	38	84	7	98	66	1	0	32	1.00
26069093--26069158	8	8.6	8	77	12	50	69	0	0	30	0.88
26071807--26071845	19	2.1	19	100	0	78	20	15	10	53	1.70
26071944--26071987	23	1.9	23	81	9	54	63	4	15	15	1.46
26077400--26077604	107	1.9	108	92	5	344	34	19	17	29	1.94
26078459--26078487	12	2.3	13	94	5	51	55	0	3	41	1.17
26078566--26078620	16	3.6	16	73	14	53	65	5	1	27	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26078551--26078626	29	2.6	28	83	10	89	60	5	1	32	1.27
26083053--26083110	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
26083322--26083353	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
26083448--26083689	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
26083448--26083697	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
26090591--26090648	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
26090858--26090889	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
26090983--26091228	50	4.8	50	84	6	300	26	23	29	20	1.99
26090987--26091229	100	2.4	101	86	7	341	25	23	29	21	1.99
26098067--26098124	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
26098336--26098367	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
26098462--26098703	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
26098462--26098711	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
26102033--26102135	27	3.8	27	81	7	120	22	23	34	19	1.96
26102385--26102413	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
26105483--26105509	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
26109049--26109205	10	15.6	10	70	21	82	0	32	0	66	0.96
26109070--26109204	4	32.0	4	69	24	66	0	31	0	68	0.95
26109124--26109205	5	17.6	5	78	7	68	0	32	0	67	0.91
26108990--26109197	77	2.8	75	84	10	254	0	31	0	67	0.97
26109080--26109213	43	3.0	43	73	13	121	0	33	0	65	0.98
26109247--26109325	27	2.9	27	86	0	113	16	36	21	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26122989--26123088	30	3.3	30	85	0	119	26	23	14	37	1.92
26134976--26135025	16	3.2	15	81	13	57	56	0	8	36	1.29
26135993--26136040	22	2.2	21	85	14	62	54	2	0	43	1.12
26143026--26143067	15	2.8	15	89	10	68	19	0	14	66	1.25
26143247--26143288	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
26144389--26144430	11	3.8	11	87	0	57	35	2	4	57	1.33
26146604--26146634	3	10.3	3	100	0	62	0	0	67	32	0.91
26147270--26147321	24	2.2	24	85	0	68	36	3	5	53	1.43
26151427--26151566	47	3.0	47	94	0	244	37	16	21	24	1.93
26155338--26155362	10	2.5	10	100	0	50	8	8	16	68	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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