genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21540778--21541208	88	4.9	88	89	3	613	28	22	23	25	2.00
21540778--21541208	175	2.5	175	88	3	627	28	22	23	25	2.00
21542814--21542861	18	2.6	18	93	3	78	33	6	0	60	1.22
21542796--21542880	40	2.2	39	85	8	111	34	7	0	58	1.25
21542819--21542880	18	3.2	18	75	16	61	32	8	0	59	1.26
21546359--21546394	13	2.8	12	91	8	54	30	0	0	69	0.89
21549091--21549154	19	3.2	19	75	12	56	64	0	4	31	1.14
21549082--21549146	18	3.7	17	68	13	51	58	0	4	36	1.19
21549698--21549741	20	2.2	20	83	0	52	52	0	18	29	1.46
21555533--21555598	33	1.9	35	84	6	91	30	16	13	39	1.87
21556130--21556187	31	1.9	31	89	6	93	32	1	10	55	1.44
21557763--21557791	7	4.1	7	100	0	58	27	44	13	13	1.82
21565662--21565815	21	7.3	21	80	2	166	15	22	16	46	1.84
21565661--21565815	42	3.7	42	88	0	202	15	21	16	46	1.84
21574689--21574760	31	2.3	29	80	13	81	43	8	8	40	1.65
21574686--21574805	61	2.0	61	80	14	140	45	12	5	36	1.66
21584706--21584735	5	6.0	5	96	0	51	0	16	60	23	1.36
21597587--21597627	19	2.1	20	82	13	50	31	0	4	63	1.15
21606017--21606147	3	43.7	3	78	6	122	29	36	3	30	1.75
21607534--21607575	22	1.9	22	100	0	84	11	19	11	57	1.65
21609113--21609313	46	4.3	45	89	5	258	34	14	22	28	1.93
21609164--21609350	46	4.3	45	84	11	239	36	14	20	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21609277--21609385	37	3.0	37	93	2	186	36	16	22	24	1.94
21613295--21613336	3	14.0	3	84	0	57	28	35	4	30	1.78
21617543--21617583	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
21623404--21623696	127	2.3	127	81	4	344	52	7	3	37	1.46
21623425--21623699	126	2.2	126	81	5	324	52	7	3	36	1.46
21624397--21624457	30	2.0	30	100	0	122	26	9	21	42	1.84
21630008--21630053	23	2.0	23	95	0	83	39	10	26	23	1.88
21637762--21637837	35	2.2	35	83	9	93	53	5	0	40	1.23
21641554--21641596	22	2.0	22	85	0	59	55	11	13	18	1.68
21692371--21692399	8	3.8	8	95	4	51	51	27	0	20	1.47
21692436--21692662	50	4.4	51	86	8	296	29	24	13	33	1.93
21692436--21692662	51	4.4	50	86	8	292	29	24	13	33	1.93
21702263--21702511	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
21702262--21702511	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
21702606--21702637	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
21702849--21702906	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
21709855--21710103	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
21709854--21710103	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
21710198--21710229	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
21710441--21710498	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
21712630--21712696	34	2.0	34	96	0	125	52	25	2	19	1.60
21716028--21716095	25	2.7	25	83	0	82	35	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21718186--21718221	19	1.9	18	88	5	54	22	2	0	75	0.94
21718492--21718535	22	2.0	22	82	13	54	22	2	6	68	1.25
21718489--21718527	20	2.0	20	85	10	53	23	2	7	66	1.30
21721187--21721510	165	2.0	165	94	0	576	47	4	17	30	1.66
21732830--21732910	3	27.7	3	72	14	62	37	2	2	58	1.25
21733319--21733362	18	2.4	18	92	3	70	72	4	11	11	1.25
21733316--21733362	9	5.2	9	82	14	53	74	4	10	10	1.20
21734366--21734520	39	3.8	39	78	9	157	20	20	18	40	1.91
21734378--21734522	45	3.3	45	80	12	185	21	20	17	40	1.91
21734366--21734522	84	1.9	85	89	1	244	21	20	18	40	1.92
21737433--21737457	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21740765--21740806	18	2.4	19	88	11	63	50	9	0	40	1.35
21741535--21741731	98	2.0	98	95	0	358	38	22	9	29	1.86
21742417--21742451	16	2.2	16	89	0	52	60	2	8	28	1.41
21742896--21742940	14	3.3	14	81	3	56	2	24	0	73	0.95
21743070--21743142	19	3.8	19	90	0	110	36	12	9	41	1.75
21743047--21743142	38	2.4	39	84	6	122	39	12	8	39	1.73
21744774--21744815	20	2.1	20	90	0	66	45	4	0	50	1.23
21749013--21749067	23	2.6	21	80	13	60	54	7	1	36	1.39
21752470--21752525	9	6.0	10	76	15	50	64	0	1	33	1.04
21757519--21757576	29	2.1	27	83	6	71	48	0	3	48	1.18
21761012--21761046	16	2.1	16	89	5	52	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21761145--21761207	30	2.2	29	81	15	71	61	1	1	34	1.15
21762068--21762160	41	2.2	42	86	3	134	52	4	3	39	1.37
21766664--21766729	30	2.2	30	81	2	80	45	7	21	25	1.78
21777973--21778032	30	2.0	30	100	0	120	40	10	20	30	1.85
21782717--21782750	7	4.9	7	88	0	50	26	0	14	58	1.36
21783285--21783338	26	2.2	25	87	9	76	5	20	0	74	1.02
21785550--21785635	44	2.0	43	86	6	120	50	4	9	36	1.56
21803558--21803583	10	2.6	10	100	0	52	38	0	19	42	1.51
21825533--21825590	22	2.7	22	89	7	84	70	0	5	24	1.07
21825526--21825590	4	15.0	4	73	20	51	69	0	4	26	1.08
21825522--21825590	22	2.8	24	78	17	79	68	0	5	26	1.12
21827666--21827847	90	2.0	90	94	1	321	48	5	6	39	1.51
21828517--21828542	5	5.2	5	100	0	52	0	19	61	19	1.35
21830957--21832762	899	2.0	900	95	0	3256	34	18	11	35	1.87
21834965--21835068	50	2.1	51	90	1	165	40	20	3	35	1.71
21835569--21835594	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
21836730--21836765	19	1.9	18	88	5	54	44	13	8	33	1.74
21839364--21839422	6	9.0	7	87	5	56	57	0	0	42	0.98
21839387--21839423	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
21840111--21840144	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21840273--21840448	41	4.3	41	82	1	219	19	19	25	35	1.95
21841328--21841392	23	2.8	23	82	13	71	36	12	15	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21841326--21841392	25	2.9	22	77	18	64	35	11	16	35	1.86
21845141--21845380	50	4.7	50	78	6	223	30	27	16	25	1.97
21845135--21845322	52	3.7	50	79	9	193	30	27	16	25	1.97
21850591--21850675	20	4.1	20	76	11	80	12	20	24	42	1.87
21850601--21850730	44	3.0	44	87	0	179	11	16	25	46	1.80
21850628--21850698	24	3.1	24	74	15	87	9	14	29	46	1.76
21850632--21850702	22	3.2	22	71	15	74	11	12	26	49	1.74
21851155--21851202	10	4.9	10	78	12	55	66	0	0	33	0.92
21851151--21851202	15	3.6	14	85	10	77	65	0	0	34	0.93
21851133--21851567	111	4.0	111	78	11	358	50	6	9	34	1.60
21851360--21851552	98	2.0	98	85	1	262	47	8	11	32	1.69
21854137--21854179	9	4.8	9	77	11	52	51	13	9	25	1.71
21854137--21854179	18	2.4	19	88	11	72	51	13	9	25	1.71
21854315--21854358	18	2.4	18	84	0	52	13	0	40	45	1.44
21860780--21860813	6	5.7	6	100	0	68	52	32	0	14	1.42
21881215--21881240	5	5.2	5	100	0	52	0	19	61	19	1.35
21883462--21883517	22	2.5	22	77	5	60	23	3	8	64	1.38
21883470--21883510	11	3.7	11	83	0	55	26	4	2	65	1.25
21889247--21889293	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
21892005--21892093	43	2.1	43	97	0	169	34	6	21	37	1.80
21896120--21896156	17	2.2	17	90	9	58	35	0	8	56	1.29
21897751--21897791	6	7.2	6	91	2	59	53	26	0	19	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21898243--21898322	30	2.7	31	86	7	105	56	1	3	38	1.25
21901195--21901237	18	2.4	18	88	0	59	11	2	44	41	1.53
21905955--21906078	42	3.0	41	79	4	149	49	15	18	16	1.80
21905980--21906078	21	4.7	21	67	14	60	48	15	18	18	1.81
21907813--21907862	23	2.2	23	82	7	57	52	2	2	44	1.24
21910876--21910912	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
21912131--21912358	46	5.0	46	89	3	352	38	9	24	28	1.87
21915400--21915471	31	2.3	29	77	13	81	27	15	13	43	1.85
21918884--21918977	26	3.6	25	81	2	89	42	18	11	27	1.85
21918909--21918988	26	3.1	26	78	7	74	42	20	13	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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