genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21195262--21195408	71	2.1	72	98	1	287	38	18	12	31	1.87
21195372--21195432	29	2.1	29	100	0	122	24	36	6	32	1.81
21199146--21199786	320	2.0	319	88	2	946	31	22	15	31	1.94
21202480--21202756	50	5.5	50	91	0	428	21	31	23	24	1.98
21203991--21204042	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
21204000--21204151	70	2.1	71	91	2	243	30	28	17	23	1.97
21204000--21204188	70	2.6	71	86	7	229	30	30	17	20	1.96
21204070--21204292	104	2.2	103	93	2	376	31	31	19	17	1.95
21204614--21204677	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
21204621--21204677	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
21211496--21211543	25	1.9	25	95	0	87	31	35	20	12	1.90
21211504--21211654	72	2.1	70	90	3	232	30	29	17	23	1.97
21211504--21211691	72	2.6	71	85	8	229	30	30	17	20	1.96
21211573--21211785	105	2.0	105	94	2	376	31	29	20	18	1.96
21213115--21213144	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
21213358--21213413	30	1.9	28	85	7	76	30	25	3	41	1.72
21216020--21216064	4	11.2	4	100	0	90	48	26	0	24	1.51
21224264--21224769	252	2.0	252	98	0	976	28	17	22	31	1.97
21229780--21229811	12	2.5	13	95	5	57	71	0	15	12	1.14
21230114--21230151	18	2.1	19	90	5	60	44	0	18	36	1.50
21230710--21230838	40	3.3	40	69	7	111	25	16	24	34	1.95
21233508--21233547	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21233496--21233562	34	1.9	35	87	3	100	47	10	7	34	1.66
21233531--21233573	14	3.1	14	86	0	59	46	11	6	34	1.67
21235134--21235187	20	2.7	20	73	23	58	27	5	3	62	1.34
21238706--21238737	11	2.9	11	95	0	55	78	0	15	6	0.95
21251361--21251487	65	2.0	65	91	0	209	43	11	12	32	1.79
21258320--21258353	16	2.1	17	88	5	52	29	2	2	64	1.22
21285377--21285403	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
21285587--21285616	12	2.5	12	94	0	51	23	6	13	56	1.60
21287177--21287201	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
21288835--21288956	23	5.3	23	86	0	181	21	21	26	31	1.98
21288837--21288956	46	2.6	46	93	0	204	20	21	26	30	1.98
21291918--21292056	46	3.0	46	87	2	190	28	25	8	37	1.85
21294187--21294249	25	2.5	25	87	5	83	30	22	26	20	1.98
21303452--21303518	25	2.7	24	88	4	89	37	2	1	58	1.23
21303501--21303534	18	1.9	17	94	5	59	52	0	0	47	1.00
21305279--21305311	16	2.2	15	89	10	50	39	3	0	57	1.14
21306347--21306520	21	8.6	20	74	16	119	29	0	13	56	1.42
21306450--21306816	23	17.3	21	66	23	107	30	0	12	56	1.39
21306350--21306608	102	2.5	102	90	4	394	30	0	12	57	1.39
21306513--21306633	27	4.2	27	65	25	70	29	0	9	60	1.29
21306493--21306768	88	3.2	88	87	8	442	30	0	12	56	1.39
21306575--21306747	80	2.2	80	93	0	301	30	0	12	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21306688--21306810	42	2.6	46	76	18	110	31	0	13	54	1.40
21306743--21306811	19	3.4	19	85	14	102	31	0	14	53	1.41
21306721--21306797	27	3.0	27	83	12	117	31	0	14	54	1.40
21307180--21307204	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
21309113--21309140	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
21309709--21309745	4	9.2	4	93	0	65	48	24	2	24	1.64
21313288--21313321	16	2.2	16	89	5	52	70	5	0	23	1.09
21313311--21313352	17	2.4	18	80	4	50	59	4	0	35	1.19
21314292--21314338	20	2.3	20	85	7	60	29	2	4	63	1.25
21314300--21314338	20	2.0	20	90	10	62	30	2	5	61	1.31
21315802--21316031	105	2.2	101	83	4	273	27	24	15	32	1.95
21315769--21316031	33	7.7	33	68	10	91	27	25	15	31	1.96
21317689--21317776	41	2.1	43	85	6	117	32	2	6	57	1.37
21336342--21336370	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
21345261--21345289	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
21345549--21345595	20	2.4	19	82	10	58	53	0	10	36	1.36
21345552--21345598	21	2.3	20	81	3	58	53	0	10	36	1.36
21347051--21347084	16	2.2	16	89	5	52	23	17	20	38	1.93
21348967--21349002	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21350071--21350105	18	1.9	18	100	0	70	22	11	40	25	1.88
21352138--21352187	18	2.9	16	73	21	55	28	12	0	60	1.32
21352139--21352188	21	2.5	21	81	9	61	28	12	0	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21376318--21376369	3	17.3	3	87	0	59	5	38	0	55	1.24
21391005--21391039	17	2.1	17	100	0	70	34	11	20	34	1.88
21394578--21394680	34	3.1	32	73	18	95	38	4	1	54	1.33
21394530--21394680	33	4.9	31	69	16	100	39	3	1	54	1.28
21395550--21395603	25	2.2	24	81	12	65	55	3	9	31	1.49
21395752--21395797	14	3.0	16	84	12	53	32	0	4	63	1.14
21399955--21400082	57	2.2	57	90	0	202	42	27	13	16	1.85
21403511--21403560	26	1.9	26	91	0	82	52	6	6	36	1.51
21403567--21403626	16	3.5	16	74	22	59	50	8	1	40	1.43
21418312--21418336	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21421511--21421557	20	2.3	20	86	13	62	34	2	4	59	1.29
21433871--21434308	44	10.0	44	69	11	211	30	19	22	27	1.98
21433971--21434213	132	1.8	133	81	4	303	28	20	23	27	1.99
21434103--21434264	87	1.9	87	84	2	218	29	20	24	25	1.99
21435790--21435837	25	1.9	25	91	0	78	33	2	6	58	1.35
21435798--21435844	20	2.3	20	86	13	62	34	2	4	59	1.29
21442093--21442129	14	2.7	14	88	12	51	59	0	2	37	1.12
21444278--21444587	38	7.6	45	76	20	244	37	12	20	29	1.90
21444314--21444544	38	6.0	36	81	13	282	38	12	19	29	1.89
21444314--21444544	74	3.0	72	81	14	282	38	12	19	29	1.89
21444278--21444587	120	2.6	120	95	1	545	37	12	20	29	1.90
21451778--21451884	42	2.5	42	80	5	110	20	25	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21451853--21451913	21	2.9	21	75	0	50	16	26	16	40	1.89
21451805--21451913	42	2.6	43	85	4	132	16	23	16	43	1.87
21454963--21455071	42	2.6	42	86	1	137	14	24	18	42	1.88
21454968--21455080	21	5.4	21	68	0	64	14	25	20	39	1.90
21462530--21462567	18	2.1	19	85	5	51	50	2	0	47	1.15
21462894--21462950	23	2.5	23	79	0	69	14	8	15	61	1.56
21463885--21463919	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
21464058--21464090	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
21464212--21464276	30	2.2	30	91	0	103	56	13	3	26	1.52
21464306--21464348	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
21464313--21464353	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
21464314--21464363	22	2.3	22	86	6	66	60	6	16	18	1.55
21465015--21465050	19	1.9	18	88	5	54	63	8	2	25	1.36
21465362--21465423	32	1.9	32	86	0	88	70	3	6	19	1.22
21465568--21465620	20	2.5	22	78	9	56	66	3	1	28	1.20
21466244--21466305	25	2.3	27	76	17	67	41	4	0	53	1.22
21474561--21474598	7	5.4	7	96	0	67	63	0	36	0	0.95
21486154--21486233	40	2.0	40	100	0	160	25	25	5	45	1.73
21492379--21492417	13	3.0	12	82	17	51	51	0	0	48	1.00
21496905--21496974	6	11.7	6	100	0	140	34	0	15	50	1.45
21498236--21498288	23	2.2	24	78	21	58	33	1	5	58	1.32
21501579--21501615	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21501748--21501790	21	2.0	21	86	0	59	20	30	0	48	1.50
21504248--21504277	16	1.9	16	93	6	53	43	0	16	40	1.48
21505628--21505677	15	3.3	15	74	0	55	58	2	8	32	1.39
21508906--21508944	20	2.1	19	85	9	53	56	5	0	38	1.22
21510086--21510133	22	2.4	19	79	10	51	35	0	6	58	1.23
21517738--21517926	99	1.9	98	86	5	265	27	10	19	43	1.82
21529256--21529303	18	2.6	18	93	3	78	33	6	0	60	1.22
21529261--21529322	18	3.2	18	75	16	61	32	8	0	59	1.26
21529526--21529604	27	2.7	30	81	11	101	40	10	3	45	1.56
21538516--21538549	9	3.7	9	84	7	50	70	14	0	14	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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