genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654342--2654406	30	2.2	29	82	12	80	58	1	3	36	1.23
2657889--2657918	15	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
2662300--2662666	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
2662300--2662666	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
2662314--2662666	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
2662630--2662812	37	5.0	37	93	1	307	37	15	21	24	1.93
2662300--2662655	150	2.4	149	89	4	467	34	14	21	28	1.93
2664067--2664259	49	3.9	49	95	0	323	23	15	30	31	1.95
2667383--2667749	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
2667383--2667749	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
2667397--2667749	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
2667713--2667886	37	5.0	37	84	10	226	36	16	22	25	1.94
2667713--2667842	37	3.5	37	95	2	235	37	16	20	25	1.93
2667813--2667870	30	1.9	30	89	0	89	29	15	25	29	1.96
2669672--2669800	49	2.7	46	82	10	138	38	20	25	15	1.92
2669675--2669800	22	5.3	24	81	10	136	38	20	25	15	1.92
2670864--2670895	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
2670865--2670896	16	2.0	16	100	0	64	56	0	0	43	0.99
2672502--2672560	21	2.8	21	68	0	55	42	16	23	16	1.89
2672479--2672583	42	2.5	42	79	0	120	46	17	20	15	1.84
2675978--2676019	12	3.5	12	84	12	59	54	0	9	35	1.33
2677082--2677125	23	1.9	23	85	0	61	25	25	36	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701951--2702016	26	2.3	26	80	12	69	48	0	0	51	1.00
2701964--2702025	26	2.3	26	73	10	63	46	0	0	53	1.00
2701975--2702030	26	2.3	25	81	9	71	44	0	0	55	0.99
2705354--2705423	23	3.1	23	81	2	88	22	17	35	24	1.95
2706886--2706927	20	2.1	20	95	0	75	42	9	11	35	1.74
2709132--2709196	30	2.2	30	86	5	87	26	1	9	63	1.34
2712460--2712519	5	12.2	5	84	10	79	36	0	1	61	1.06
2712662--2712700	20	2.0	20	89	0	60	79	5	7	7	1.05
2717805--2717835	5	6.2	5	100	0	62	80	0	19	0	0.71
2724629--2724658	14	2.1	15	93	6	53	50	3	0	46	1.18
2735934--2736023	36	2.5	35	76	5	90	23	17	34	24	1.96
2736193--2736291	50	2.0	50	84	7	130	35	20	26	18	1.95
2737598--2737636	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2737854--2737975	23	5.3	23	80	0	145	24	21	23	30	1.99
2737854--2737968	46	2.5	46	88	2	169	24	21	23	30	1.99
2761706--2761756	17	3.0	17	80	13	52	47	9	13	29	1.75
2761755--2761807	16	3.3	17	79	12	67	58	7	3	30	1.43
2763990--2764023	18	1.9	17	88	5	50	52	17	0	29	1.45
2787947--2787978	15	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
2792902--2792970	16	4.2	16	90	3	111	24	1	36	37	1.65
2792902--2792970	33	2.1	32	91	2	111	24	1	36	37	1.65
2793246--2793444	66	3.2	66	69	21	219	48	5	3	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2793189--2794171	120	8.2	120	98	0	1867	47	5	2	43	1.41
2793326--2793360	18	2.0	18	94	5	63	57	0	0	42	0.99
2793566--2793600	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2798487--2798537	26	2.0	26	96	0	93	47	23	11	17	1.81
2801260--2801300	19	2.2	18	86	4	55	60	4	0	34	1.18
2801260--2801302	18	2.3	19	88	4	61	58	4	0	37	1.19
2808182--2808206	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2809330--2809371	14	3.1	14	80	16	52	73	2	7	16	1.15
2820427--2820457	6	5.2	6	92	0	53	48	0	3	48	1.17
2821272--2821316	20	2.3	19	85	11	56	71	2	6	20	1.20
2821240--2821356	60	2.0	59	86	5	164	64	1	5	29	1.25
2821272--2821356	19	4.3	19	70	12	64	67	2	5	24	1.25
2821663--2821715	18	2.8	18	78	16	54	43	0	0	56	0.99
2821673--2821713	18	2.3	18	87	8	57	43	0	0	56	0.99
2824618--2824678	26	2.3	26	78	13	63	37	3	3	55	1.32
2833754--2833793	14	2.8	15	85	11	57	27	17	5	50	1.67
2838024--2838090	33	2.0	33	100	0	134	35	20	16	26	1.94
2850147--2850171	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
2858075--2858114	19	2.0	21	85	9	57	60	0	7	32	1.25
2864730--2864762	15	2.1	16	94	5	59	57	0	0	42	0.98
2866264--2866299	10	3.5	10	92	3	54	41	2	0	55	1.14
2868817--2868865	21	2.3	21	85	0	62	44	4	10	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2872805--2872832	11	2.5	11	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2884259--2884283	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2905009--2905136	42	3.0	42	93	2	204	36	15	31	16	1.90
2907609--2907640	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
2935911--2935969	31	1.9	31	92	0	100	37	8	10	44	1.69
2936283--2936331	19	2.7	18	78	12	55	44	0	2	53	1.12
2938552--2938603	27	1.9	27	92	0	86	28	32	23	15	1.95
2938562--2938711	71	2.1	71	90	3	232	30	29	16	23	1.96
2938631--2938853	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
2939181--2939244	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
2939188--2939244	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
2941175--2941265	25	3.6	25	90	0	146	38	18	23	19	1.93
2942490--2942515	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2942709--2942756	25	1.9	25	86	0	69	37	22	22	16	1.94
2943230--2943273	21	2.1	21	82	0	52	36	25	0	38	1.56
2943243--2943275	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
2945550--2945583	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
2945554--2945608	25	2.1	27	83	6	69	38	3	3	54	1.36
2946219--2946261	22	2.0	22	86	9	61	55	2	0	41	1.12
2950213--2950315	50	2.0	51	98	1	199	18	5	25	50	1.69
2952830--2952896	33	2.0	33	82	11	82	41	4	2	50	1.37
2969200--2969238	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2969343--2969371	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
2969458--2969535	23	3.3	23	90	1	129	20	19	26	33	1.96
2971688--2971809	55	2.2	55	98	0	235	29	15	22	31	1.95
2971688--2971824	55	2.5	55	92	2	231	29	16	22	30	1.96
2973923--2973998	33	2.3	33	97	0	143	26	6	19	47	1.74
2977006--2977030	6	4.2	6	100	0	50	32	16	36	16	1.90
2977666--2977700	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2977860--2977954	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
2977933--2977986	16	3.4	16	94	0	90	31	35	0	33	1.58
2979921--2979956	18	2.0	18	89	10	56	55	2	0	41	1.14
2985244--2985280	19	2.0	18	89	5	56	16	2	2	78	0.98
2985243--2985285	21	2.1	20	82	4	50	20	2	2	74	1.04
2987350--2987381	15	2.2	15	94	5	57	0	12	0	87	0.54
3002410--3002458	18	2.7	19	73	17	50	38	2	0	59	1.09
3002706--3002736	7	4.4	7	100	0	62	74	0	0	25	0.82
3023347--3023399	18	2.7	19	77	11	54	52	3	3	39	1.37
3025019--3025061	21	2.0	21	95	0	77	13	25	18	41	1.88
3026754--3026784	16	1.9	16	93	0	53	48	9	12	29	1.73
3027721--3027774	16	3.4	17	80	12	69	29	3	7	59	1.42
3027705--3027774	31	2.3	31	85	9	90	30	4	8	57	1.48
3027774--3027821	16	3.0	16	84	0	69	29	16	8	45	1.76
3031253--3031501	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3031252--3031501	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
3031596--3031627	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
3031839--3031896	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
3040007--3040248	50	4.8	50	82	9	266	21	30	22	26	1.99
3040006--3040249	106	2.4	97	83	12	300	21	29	22	26	1.99
3040343--3040374	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
3040586--3040643	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
3047588--3047835	49	4.8	50	84	5	293	20	29	24	26	1.99
3047587--3047835	99	2.4	104	88	7	366	20	28	24	26	1.99
3047930--3047961	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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