genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25616263--25616305	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
25616723--25616792	8	8.8	8	78	12	72	81	0	18	0	0.69
25616706--25616793	23	4.0	23	81	8	94	78	1	20	0	0.82
25616721--25616793	15	4.9	15	83	3	94	80	0	19	0	0.71
25616706--25616796	38	2.4	39	83	5	107	76	1	21	0	0.84
25617333--25617375	22	2.0	22	86	8	63	53	16	4	25	1.62
25617371--25617556	17	10.6	17	75	10	151	29	12	10	47	1.75
25617392--25617532	35	4.1	35	81	4	164	29	12	11	47	1.75
25625995--25626669	81	8.3	81	89	5	999	28	17	19	34	1.94
25626014--25626645	161	3.9	162	91	4	1045	28	17	20	33	1.95
25626012--25626645	329	1.9	327	95	0	1151	28	17	20	33	1.95
25626997--25627094	15	6.5	15	78	8	92	78	2	19	0	0.85
25626995--25627090	8	12.0	8	74	12	81	78	2	19	0	0.86
25626995--25627095	23	4.6	22	75	11	82	77	1	20	0	0.87
25626997--25627090	28	3.2	28	75	14	84	78	2	19	0	0.85
25627634--25627677	23	2.0	22	86	8	63	54	15	4	25	1.60
25627673--25627835	17	9.4	16	74	17	105	30	12	10	46	1.76
25627693--25627835	17	8.3	17	76	14	125	31	12	10	45	1.76
25627673--25627835	35	4.7	34	78	8	159	30	12	10	46	1.76
25627796--25627923	34	3.4	37	71	15	111	35	10	12	41	1.77
25641770--25641822	25	2.2	25	80	12	58	30	11	1	56	1.45
25642066--25642098	14	2.4	14	94	0	57	45	6	0	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25643350--25643790	115	3.8	116	92	2	694	33	14	15	37	1.87
25643350--25643790	231	1.9	229	91	1	713	33	14	15	37	1.87
25643899--25643931	16	2.1	15	94	5	57	0	15	0	84	0.61
25644375--25644436	31	2.0	30	82	14	74	43	1	6	48	1.38
25646302--25646374	10	7.2	10	73	16	53	28	2	5	63	1.31
25646336--25646377	21	2.0	21	86	4	59	35	2	4	57	1.33
25649372--25649413	22	2.0	21	86	9	59	64	2	2	30	1.19
25649440--25649504	16	4.0	16	71	16	62	21	1	32	44	1.62
25650628--25650657	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
25650659--25650754	49	2.0	49	81	4	113	32	15	9	42	1.79
25651486--25651931	41	10.9	41	92	2	691	16	18	27	37	1.92
25651490--25652006	205	2.5	203	85	5	596	17	19	25	37	1.93
25652365--25652434	16	4.4	16	67	16	56	27	1	21	50	1.57
25652367--25652447	23	3.5	23	72	22	80	23	1	24	50	1.56
25656575--25656636	21	3.0	22	92	4	94	37	19	40	3	1.68
25662178--25662213	18	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
25662178--25662215	19	1.9	19	89	5	58	52	0	2	44	1.14
25677047--25677095	21	2.5	19	80	9	53	53	2	4	40	1.32
25682108--25682142	17	2.0	18	88	5	54	57	0	11	31	1.34
25683362--25683413	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25685329--25685380	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25685674--25685716	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25689401--25689510	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
25689656--25689690	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25689543--25689858	156	2.0	157	96	0	589	44	3	5	47	1.41
25689792--25689833	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25689801--25689842	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25689827--25690014	61	3.1	60	67	19	174	48	6	2	42	1.42
25689790--25690080	120	2.4	121	93	4	491	49	5	3	42	1.40
25689911--25689962	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25690128--25690175	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
25690084--25690310	92	2.5	92	82	6	239	47	3	3	45	1.37
25690118--25690310	92	2.1	92	86	6	268	46	3	4	45	1.39
25695127--25695153	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
25701806--25701867	30	2.0	31	84	9	83	29	1	0	69	0.98
25701822--25701867	20	2.4	18	89	7	65	28	0	0	71	0.86
25706891--25706952	28	2.1	28	85	5	79	40	3	4	51	1.39
25707061--25707099	20	2.0	20	95	5	71	51	0	5	43	1.24
25708903--25708938	18	2.0	18	94	0	63	52	0	13	33	1.41
25709322--25709370	18	2.6	18	78	18	55	36	2	0	61	1.08
25710652--25710796	72	2.0	72	97	0	272	35	9	13	41	1.77
25714563--25714593	15	2.1	15	93	0	53	29	0	3	67	1.06
25717837--25717875	17	2.4	15	80	19	51	69	0	0	30	0.89
25719330--25719372	22	2.0	21	86	4	59	51	2	6	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25720446--25720478	7	4.7	7	100	0	66	75	0	0	24	0.80
25721583--25721652	24	3.1	23	66	17	56	40	5	4	50	1.46
25721569--25721657	44	2.0	44	88	0	133	41	4	3	50	1.39
25722316--25722653	125	2.7	125	95	0	606	30	14	22	32	1.94
25723708--25724084	188	2.0	188	100	0	754	33	14	25	25	1.95
25725954--25726087	56	2.4	56	77	4	146	46	7	10	35	1.66
25726060--25726116	26	2.2	26	93	3	98	63	5	7	24	1.41
25726114--25726555	28	15.4	27	85	8	533	28	0	22	48	1.54
25726114--25726555	113	3.9	113	91	4	715	28	0	22	48	1.54
25726114--25726555	85	5.1	84	87	5	607	28	0	22	48	1.54
25726633--25726681	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
25726795--25726847	24	2.2	24	89	0	79	1	24	32	41	1.66
25728896--25728945	10	4.9	10	80	4	55	70	0	0	30	0.88
25728896--25728955	29	2.0	29	90	6	93	65	0	0	35	0.93
25729004--25729054	22	2.3	22	93	0	84	39	0	33	27	1.57
25730655--25730700	24	1.9	24	86	8	67	36	0	4	58	1.18
25730767--25730943	66	2.9	59	85	11	255	45	8	5	41	1.57
25730797--25730965	66	2.5	66	95	1	293	47	7	4	40	1.51
25730954--25730995	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
25730969--25731024	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
25731523--25731559	19	2.1	19	85	14	53	78	0	21	0	0.75
25751111--25751202	18	5.2	18	85	2	132	34	15	21	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25765674--25765820	59	2.5	59	82	2	188	43	13	16	26	1.85
25766198--25766246	20	2.4	20	77	12	55	53	2	0	44	1.12
25766701--25766765	25	2.5	26	82	9	89	33	0	6	60	1.22
25767960--25767997	19	2.0	20	89	5	60	65	0	5	28	1.14
25768012--25768061	12	4.5	11	88	11	75	64	0	10	26	1.25
25767960--25768061	10	9.9	10	79	12	75	63	0	7	28	1.22
25769007--25769043	4	9.5	4	83	16	51	75	0	0	24	0.80
25786864--25787242	125	3.0	125	91	1	614	34	17	18	28	1.95
25786864--25787234	127	2.9	127	92	0	611	34	17	19	28	1.94
25787834--25787930	51	1.9	51	87	4	142	45	2	26	25	1.65
25787894--25787947	22	2.5	22	80	19	69	46	1	29	22	1.62
25791660--25791710	24	2.1	23	85	7	66	41	0	3	54	1.19
25795512--25795543	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
25797350--25797375	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
25799570--25799635	25	2.7	24	83	4	87	21	24	16	37	1.93
25801078--25801130	25	2.2	24	86	3	70	24	26	15	33	1.95
25801594--25801644	23	2.2	23	86	6	68	39	19	11	29	1.87
25807698--25807786	41	2.3	39	82	7	110	28	17	22	31	1.97
25810571--25810606	14	2.6	15	87	12	51	77	0	13	8	0.98
25811405--25811598	95	2.0	95	88	0	289	27	21	18	32	1.96
25811661--25811786	67	1.9	67	91	0	207	29	23	25	21	1.99
25811774--25812014	44	5.5	43	70	15	179	24	24	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25811717--25812014	88	3.4	88	93	0	497	25	24	23	25	2.00
25813092--25813138	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
25813752--25814146	198	2.0	198	98	0	772	29	21	16	32	1.96
25814270--25814311	6	7.3	6	89	5	61	0	16	0	83	0.65
25814324--25814381	29	2.0	29	90	6	91	10	0	8	81	0.89
25814324--25814394	18	3.8	19	87	12	103	12	0	9	77	0.99
25814324--25814391	9	7.3	9	79	17	77	11	0	8	79	0.94
25815083--25815123	21	1.9	22	90	5	66	46	0	21	31	1.52
25818730--25818820	45	2.0	43	82	16	105	60	5	2	31	1.32
25819564--25819599	14	2.6	15	87	12	51	77	0	13	8	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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