genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27954882--27955241	9	42.8	9	71	16	265	30	2	20	46	1.63
27954888--27955241	25	14.0	25	77	12	170	30	2	20	46	1.63
27954919--27955189	34	7.9	34	71	15	207	30	1	20	46	1.61
27954887--27955235	59	6.0	59	79	9	294	30	2	20	47	1.61
27954882--27955216	143	2.4	140	91	3	537	30	2	20	46	1.62
27954887--27955240	34	10.6	34	69	18	101	30	2	20	46	1.63
27954993--27955234	16	12.1	19	66	25	85	29	2	20	47	1.61
27955287--27955607	121	2.6	120	92	2	516	46	5	7	40	1.56
27955637--27955725	18	4.8	18	79	14	101	41	0	12	46	1.41
27955639--27955743	31	3.5	31	71	21	100	42	0	13	43	1.43
27955767--27955857	13	6.8	13	72	22	82	43	1	10	43	1.46
27955621--27955874	40	6.5	39	74	13	193	42	1	11	44	1.50
27959505--27959628	7	17.0	7	69	17	65	33	43	0	22	1.59
27959505--27959628	14	8.5	15	75	11	80	33	43	0	22	1.59
27959543--27959625	29	2.9	29	87	0	103	30	46	1	21	1.59
27959506--27959608	22	4.6	22	75	7	109	32	44	0	22	1.59
27959505--27959625	22	5.5	22	73	8	77	32	44	0	22	1.59
27960634--27960785	41	3.7	42	69	8	107	33	26	15	23	1.95
27964057--27964192	54	2.7	49	80	12	159	12	8	41	37	1.74
27964159--27964222	30	2.1	30	85	0	83	7	10	40	40	1.69
27963987--27964318	132	2.5	126	83	9	423	11	8	42	37	1.71
27964057--27964444	180	2.2	178	84	9	502	11	9	42	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27964213--27964337	24	5.2	24	63	21	73	11	8	43	37	1.70
27963987--27964577	132	4.6	126	74	13	370	11	9	42	36	1.74
27964189--27964355	48	3.5	48	90	0	262	10	9	43	36	1.72
27964285--27964495	84	2.5	84	89	3	309	9	9	44	36	1.70
27964285--27964573	84	3.4	83	80	8	259	10	9	42	37	1.72
27964578--27964641	30	2.1	30	82	0	74	10	6	39	43	1.65
27969380--27969455	3	25.3	3	94	5	136	67	1	0	31	0.99
27973717--27973766	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
27978346--27978395	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
27985634--27985734	37	2.6	39	84	6	125	31	25	18	23	1.98
27987645--27987682	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
27990356--27990467	37	2.8	39	80	9	129	34	23	16	25	1.95
27991347--27991390	21	2.1	21	86	0	61	2	22	2	72	1.07
27997222--27997323	33	3.1	33	84	2	125	48	9	9	32	1.69
27997369--27997401	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
28002818--28002844	12	2.2	12	100	0	54	18	14	29	37	1.91
28009029--28009065	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
28011556--28011754	42	4.8	42	83	6	212	21	21	26	31	1.98
28011552--28011754	83	2.4	84	84	9	247	20	20	27	31	1.98
28012558--28012582	7	3.6	7	100	0	50	12	0	40	48	1.40
28012619--28012693	21	3.5	22	73	8	66	26	1	33	38	1.65
28012659--28012699	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28012691--28012728	7	5.4	7	87	0	58	18	2	47	31	1.62
28013723--28013879	83	1.9	83	82	10	196	26	18	19	35	1.95
28013041--28013938	450	2.0	451	93	1	1532	30	16	19	33	1.94
28014920--28014951	12	2.7	12	95	0	55	6	9	15	68	1.36
28016192--28016411	9	25.8	9	69	15	146	45	21	2	30	1.64
28016199--28016297	20	5.1	19	69	27	73	50	19	1	29	1.54
28016198--28016405	25	8.9	23	72	18	137	46	21	1	30	1.62
28016244--28016411	34	4.7	34	73	15	133	45	21	1	30	1.62
28016218--28016406	59	3.2	59	79	7	233	46	21	2	30	1.63
28021834--28021982	66	2.3	66	87	4	203	38	17	27	16	1.91
28021951--28021999	21	2.3	21	85	0	62	36	14	40	8	1.75
28022351--28022582	43	5.4	42	82	5	243	26	16	31	25	1.96
28022821--28022865	22	2.1	21	91	4	72	42	28	17	11	1.84
28023601--28023667	33	2.0	33	97	0	125	40	22	4	32	1.74
28024698--28024731	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
28027531--28027571	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
28029477--28029510	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
28032535--28032608	30	2.4	30	80	10	80	31	17	8	43	1.78
28044200--28044228	13	2.1	14	93	6	51	34	17	13	34	1.89
28045519--28045576	24	2.4	24	85	8	73	22	0	6	70	1.10
28049041--28049085	24	1.9	23	86	13	65	40	0	4	55	1.20
28049054--28049086	17	1.9	17	88	11	50	36	0	6	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28051490--28051646	43	3.7	41	76	11	158	22	17	28	31	1.97
28051491--28051650	84	1.9	84	83	10	211	23	16	28	31	1.96
28051815--28051846	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
28054876--28054916	19	2.2	19	90	0	64	36	9	14	39	1.79
28060946--28061030	29	3.0	28	74	10	75	63	3	1	31	1.19
28078275--28078399	29	4.2	29	81	11	139	32	22	4	41	1.72
28078275--28078399	59	2.1	59	81	11	157	32	22	4	41	1.72
28078646--28078680	11	3.1	11	87	4	52	65	14	20	0	1.26
28078750--28078812	32	1.9	32	87	6	90	73	11	15	0	1.10
28078766--28078822	16	3.6	16	77	15	64	73	5	21	0	1.02
28078928--28079004	12	5.9	13	73	20	54	75	0	23	1	0.88
28078926--28078992	23	3.0	22	85	14	86	74	0	25	0	0.82
28078943--28079002	17	3.5	17	73	15	52	75	0	23	1	0.90
28078927--28078996	7	9.9	7	74	20	65	74	0	25	0	0.82
28079279--28079346	13	5.0	14	77	13	63	77	2	19	0	0.89
28079278--28079346	26	2.7	26	82	6	88	76	4	18	0	0.94
28079306--28079343	16	2.4	16	86	4	51	84	2	13	0	0.73
28079498--28079537	16	2.5	16	83	0	53	32	2	0	65	1.06
28079673--28079704	17	1.9	16	93	6	55	18	12	12	56	1.67
28079831--28079929	39	2.6	40	81	10	109	39	14	7	39	1.73
28079869--28079912	22	2.0	22	86	0	61	45	13	6	34	1.70
28079891--28079966	17	4.5	16	78	15	82	34	15	9	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28079909--28079962	16	3.2	16	75	14	56	35	16	9	38	1.81
28079891--28080154	34	7.7	34	68	21	126	34	12	10	42	1.77
28079821--28080223	18	21.8	17	67	19	136	32	12	10	44	1.77
28091179--28091218	13	3.0	13	88	3	53	87	5	7	0	0.66
28092092--28092838	77	9.6	79	89	4	950	27	15	19	36	1.93
28093070--28093146	30	2.6	30	84	13	106	35	20	1	42	1.61
28093054--28093178	59	2.1	59	77	11	130	32	21	4	41	1.74
28093091--28093181	30	3.1	30	83	3	103	31	24	5	38	1.78
28093425--28093459	11	3.1	11	87	4	52	65	11	20	2	1.37
28093529--28093595	34	1.9	34	87	6	98	74	10	14	0	1.07
28093545--28093600	18	3.2	18	76	14	64	76	5	17	0	0.96
28093572--28093609	12	2.9	13	88	7	51	76	0	23	0	0.79
28093710--28093786	4	18.8	4	74	15	68	72	0	24	2	0.97
28093710--28093791	35	2.4	34	82	11	96	74	0	23	2	0.94
28093928--28093981	26	2.1	25	82	3	63	25	40	22	11	1.87
28094058--28094113	12	4.5	12	78	14	51	83	0	14	1	0.72
28094071--28094115	10	4.4	10	81	13	56	84	0	13	2	0.72
28094060--28094129	7	10.1	7	76	6	63	78	1	18	1	0.90
28094282--28094324	21	2.1	20	86	4	59	34	2	0	62	1.08
28094600--28094681	21	4.1	21	74	15	84	37	12	8	41	1.73
28094600--28094715	17	6.1	21	71	21	78	35	13	8	42	1.75
28094596--28094982	18	21.5	18	72	17	229	30	13	10	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28094594--28094698	38	2.8	37	85	10	124	35	13	8	42	1.75
28094594--28094982	35	10.9	34	74	14	261	30	13	10	46	1.76
28095744--28095883	49	2.8	50	81	4	151	37	21	23	17	1.94
28095754--28095906	25	6.2	25	67	17	88	38	21	22	17	1.93
28095840--28095906	24	2.8	24	80	11	82	40	23	22	13	1.89
28099131--28099162	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
28099394--28099555	45	3.6	44	86	5	218	42	20	16	19	1.89
28106784--28106819	18	1.9	19	88	5	56	72	2	2	22	1.11
28108822--28109391	45	12.8	44	73	5	337	26	23	18	31	1.98
28108822--28109387	135	4.2	135	79	3	444	26	23	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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