genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51890008--51890038	5	6.2	5	100	0	62	0	0	19	80	0.71
51890166--51890193	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
51890187--51890277	43	2.1	43	86	6	123	35	10	9	43	1.73
51891199--51891258	18	3.2	19	76	23	56	48	0	0	51	1.00
51891641--51891731	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
51892111--51892309	43	4.7	43	81	6	219	27	19	25	28	1.98
51892142--51892298	83	1.9	83	91	0	260	27	19	24	28	1.98
51892719--51892940	43	5.1	43	78	9	234	25	15	26	32	1.95
51892816--51892909	49	2.0	49	85	4	129	26	12	26	34	1.92
51895986--51896378	161	2.4	162	85	2	540	25	20	17	36	1.94
51912166--51912210	4	10.8	4	82	17	56	22	2	0	75	0.91
51912169--51912207	9	4.3	9	87	6	53	20	2	0	76	0.90
51912166--51912210	13	3.5	13	88	11	67	22	2	0	75	0.91
51912168--51912224	22	2.6	22	83	5	62	24	1	1	71	1.04
51919419--51919467	19	2.6	19	83	3	55	51	0	8	40	1.32
51929995--51930117	61	2.0	61	100	0	246	33	16	16	34	1.91
51939091--51939127	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
51939272--51939312	19	2.2	19	86	4	57	34	0	7	58	1.26
51939257--51939313	18	3.1	18	80	14	55	36	0	5	57	1.21
51944257--51944286	13	2.3	13	94	0	51	40	3	0	56	1.16
51946481--51946515	15	2.2	16	90	5	54	20	5	2	71	1.19
51952513--51952950	215	2.0	216	86	2	612	26	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51953041--51953164	44	2.8	44	92	0	203	32	26	16	24	1.96
51955517--51955587	23	3.2	21	80	11	79	14	2	8	74	1.16
51955539--51955571	17	1.9	17	93	0	57	15	3	6	75	1.11
51956629--51956694	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
51964101--51964214	44	2.6	44	80	2	122	32	21	17	28	1.96
51964361--51964653	132	2.2	131	79	6	304	28	26	17	27	1.98
51964448--51964656	88	2.4	88	88	3	321	30	26	15	27	1.96
51964448--51964656	44	4.8	44	82	6	262	30	26	15	27	1.96
51964625--51964803	88	2.0	88	81	4	209	21	25	24	29	1.99
51972150--51972213	34	1.9	33	83	3	83	75	4	9	10	1.19
51980681--51980878	107	1.9	107	82	4	256	25	16	23	34	1.95
51985265--51985328	14	4.1	14	78	17	56	75	3	17	4	1.11
51989434--51989467	15	2.3	15	94	0	59	61	0	2	35	1.11
51993971--51994034	26	2.5	26	86	0	83	34	18	3	43	1.66
51995955--51996003	25	2.0	25	91	0	80	30	18	30	20	1.96
51996092--51996149	26	2.3	26	91	8	93	41	24	22	12	1.87
51998355--51998610	107	2.4	107	86	1	343	33	24	16	25	1.96
52003006--52003047	19	2.2	19	83	8	50	64	0	2	33	1.07
52006093--52006126	16	2.0	18	88	11	54	17	5	5	70	1.28
52009191--52009245	26	2.1	26	89	0	83	36	21	20	21	1.95
52009392--52009645	27	9.4	27	89	0	364	17	18	23	40	1.90
52009392--52009646	81	3.1	81	91	0	420	17	18	23	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52011145--52011217	27	2.7	27	85	8	112	19	15	21	43	1.87
52013484--52013696	27	7.9	26	79	8	212	44	20	17	17	1.87
52013485--52013701	54	4.0	54	88	0	290	44	19	17	17	1.87
52013486--52013696	81	2.6	81	81	4	246	45	19	17	17	1.86
52013879--52013950	26	2.8	26	84	0	99	15	22	23	38	1.92
52014054--52014172	28	3.8	32	72	17	90	25	21	22	31	1.98
52018816--52018898	41	2.0	41	93	4	141	24	13	30	32	1.93
52025880--52025931	27	1.9	27	84	0	68	23	15	17	44	1.86
52025892--52026121	27	8.7	27	85	3	297	16	14	23	45	1.84
52025892--52026121	53	4.3	54	85	2	297	16	14	23	45	1.84
52026144--52026209	29	2.3	29	97	0	123	24	33	25	16	1.96
52033703--52033832	64	2.0	65	95	1	235	38	6	16	38	1.74
52040804--52040870	9	7.3	9	73	17	50	53	2	7	35	1.44
52042145--52042169	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
52043219--52043281	11	5.7	11	87	12	85	26	34	0	38	1.57
52044487--52044547	7	8.7	7	100	0	122	27	0	14	57	1.38
52046639--52046929	126	2.3	125	92	0	474	26	21	20	31	1.98
52047857--52047886	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
52049754--52049929	86	2.0	87	84	6	234	40	17	10	31	1.83
52050014--52050069	21	2.7	22	81	8	64	62	0	1	35	1.06
52050038--52050109	10	7.3	10	72	21	55	62	0	4	33	1.14
52050037--52050131	41	2.3	40	76	15	97	63	1	5	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52050380--52050406	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
52050390--52050441	19	2.7	19	75	13	54	36	0	1	61	1.07
52050360--52050471	38	3.0	37	79	8	111	36	0	2	59	1.17
52050361--52050476	48	2.5	46	79	13	114	34	0	2	62	1.15
52051070--52051126	26	2.2	26	100	0	114	14	19	7	59	1.57
52051829--52051855	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
52058819--52059552	46	16.3	46	64	13	247	26	21	23	28	1.99
52058819--52059622	134	6.0	134	97	0	1464	26	21	23	28	1.99
52058819--52059622	404	2.0	402	96	0	1464	26	21	23	28	1.99
52059558--52059715	45	3.4	45	68	17	133	29	18	23	29	1.98
52059504--52059724	95	2.4	88	82	11	291	28	19	23	28	1.98
52059524--52059717	95	2.0	95	96	0	361	29	19	22	28	1.98
52059390--52060076	229	3.0	229	96	0	1259	28	20	21	29	1.98
52059753--52059945	95	2.0	94	94	1	341	29	19	21	29	1.98
52059996--52060243	132	1.9	129	81	5	302	29	18	21	29	1.97
52060215--52060360	40	3.7	40	82	7	197	28	21	21	28	1.99
52060214--52060365	80	1.9	80	91	0	250	29	22	21	26	1.99
52061049--52061105	26	2.2	26	100	0	114	14	19	7	59	1.57
52061808--52061834	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
52061934--52061980	13	3.8	12	78	13	51	10	2	8	78	1.04
52068462--52068524	32	2.0	32	87	0	90	41	3	7	47	1.48
52068850--52068884	17	2.0	17	88	5	52	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52068854--52068897	21	2.2	21	88	8	65	77	0	0	22	0.77
52075406--52075463	15	3.9	15	75	13	57	68	8	0	22	1.16
52075417--52075466	14	3.5	14	76	13	57	68	8	0	24	1.16
52075411--52075466	29	2.0	28	89	6	87	67	8	0	23	1.18
52075451--52075506	29	2.0	29	85	3	78	57	5	5	32	1.44
52092481--52092519	14	2.7	14	84	4	51	35	0	0	64	0.94
52099840--52099924	2	42.5	2	100	0	170	50	49	0	0	1.00
52106758--52106836	38	2.1	38	100	0	158	32	26	7	32	1.85
52109823--52109978	46	3.5	46	93	2	264	33	15	23	27	1.95
52115173--52115231	30	2.0	30	82	0	73	40	18	25	15	1.90
52115400--52115473	36	2.1	36	100	0	148	25	10	16	47	1.79
52115400--52115459	20	3.2	20	65	26	58	25	11	16	46	1.81
52118819--52118918	49	2.0	49	98	0	191	38	24	13	25	1.91
52119470--52119506	17	2.2	17	100	0	74	37	29	16	16	1.90
52128033--52128164	66	2.0	66	96	0	246	33	23	14	28	1.94
52132203--52132260	23	2.6	23	86	8	75	67	12	1	18	1.31
52132781--52132852	38	1.9	37	97	2	135	34	13	18	33	1.90
52142445--52142538	27	3.5	27	82	0	98	42	25	13	18	1.87
52142441--52142552	54	2.1	54	83	6	138	42	23	14	19	1.88
52142480--52142566	27	3.2	27	75	4	77	37	26	13	21	1.91
52142922--52143023	28	3.7	28	94	2	179	19	21	25	33	1.97
52143882--52143924	22	1.9	22	85	4	59	32	20	4	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52144076--52144111	17	2.1	18	89	5	56	27	0	2	69	1.02
52144555--52144753	7	28.6	7	70	12	70	44	32	3	20	1.67
52144544--52144753	21	10.0	21	74	7	88	44	32	2	20	1.66
52144548--52144735	14	13.4	14	71	6	112	44	31	2	20	1.66
52144627--52144753	20	6.6	20	70	17	97	45	31	2	20	1.64
52145150--52145254	40	2.6	40	76	8	106	26	17	19	37	1.93
52144936--52145270	155	2.2	155	79	8	360	28	21	17	32	1.96
52145289--52145406	40	2.9	40	81	3	130	23	20	23	32	1.98
52145126--52145399	145	1.9	145	82	4	347	25	18	19	36	1.95
52152356--52153019	40	16.6	40	93	0	1080	28	19	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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