genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  3  of  199  ( 23841 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835185--835256	29	2.4	30	75	11	85	33	5	18	43	1.73
847686--847751	31	2.1	31	86	5	89	34	16	6	42	1.73
858021--858046	4	6.5	4	100	0	52	50	0	26	23	1.50
863437--863535	42	2.4	42	92	0	162	38	17	26	18	1.92
864047--864154	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
864040--864154	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
868737--868844	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
868730--868844	30	3.8	30	96	0	194	45	6	22	25	1.77
873533--873568	16	2.2	16	90	9	56	83	0	16	0	0.65
884119--884180	27	2.3	26	86	8	81	53	3	4	38	1.39
885395--885425	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
896075--896112	20	1.9	20	89	10	60	65	5	10	18	1.41
916651--916798	72	2.1	72	92	0	242	30	27	12	29	1.93
920561--921592	514	2.0	515	97	0	1960	42	11	13	32	1.80
926038--926067	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
926412--926469	25	2.3	25	85	5	73	15	25	22	36	1.94
926448--926515	22	3.1	22	72	8	66	14	23	19	42	1.88
928628--928661	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
933266--933299	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
936578--936602	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
945239--945316	27	2.9	27	86	0	111	29	21	30	17	1.97
945392--945460	19	3.7	19	82	5	97	37	10	0	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945392--945466	18	4.1	19	81	6	93	37	10	0	52	1.37
945396--945466	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
945660--945718	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
945715--945761	18	2.6	19	86	6	62	53	0	8	38	1.32
945724--945762	19	2.1	18	90	4	60	56	0	5	38	1.22
945974--946044	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
945980--946048	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
945715--946408	291	2.4	287	95	1	1228	44	8	13	32	1.75
946265--946340	19	4.1	18	84	5	98	50	0	11	38	1.39
946265--946337	37	2.0	37	97	0	137	47	0	12	39	1.41
946414--946484	27	2.6	27	90	0	106	16	30	21	30	1.95
946534--946583	26	2.0	25	88	11	75	54	0	10	36	1.34
946520--946583	28	2.4	28	86	5	87	50	1	9	39	1.44
947778--947802	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
965167--965192	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
976624--976665	12	3.5	12	81	9	50	0	0	11	88	0.53
976626--976664	8	4.9	8	87	6	53	0	0	12	87	0.55
998048--998075	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
999777--999866	44	2.0	44	93	0	153	44	8	6	40	1.62
1001006--1001075	22	3.2	22	83	0	86	42	18	22	15	1.88
1001002--1001111	22	4.6	24	71	15	77	42	20	20	16	1.89
1002435--1002472	13	2.9	13	100	0	76	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1004032--1004280	50	4.8	50	85	3	291	20	28	23	26	1.99
1004031--1004280	100	2.4	104	87	5	346	21	28	23	26	1.99
1004375--1004406	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1004618--1004675	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1011597--1011842	50	4.8	51	85	5	295	20	29	23	26	1.99
1011596--1011842	100	2.4	103	88	7	362	21	29	23	25	1.99
1011937--1011968	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1015852--1015947	26	3.5	26	73	15	93	44	0	2	53	1.12
1015854--1015969	58	2.0	58	81	3	135	46	1	1	50	1.22
1017083--1017546	123	3.7	123	86	6	639	47	8	13	30	1.73
1030903--1030935	6	5.5	6	100	0	66	18	51	15	15	1.77
1031680--1031705	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
1031748--1031865	37	3.2	37	63	23	93	44	3	6	44	1.47
1031753--1031907	75	2.1	75	97	0	292	44	4	7	43	1.51
1033788--1034042	51	5.0	51	87	1	343	40	27	15	16	1.88
1044185--1044369	50	3.7	50	87	3	257	19	30	23	27	1.98
1044464--1044495	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1044707--1044764	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
1047384--1047428	23	2.0	23	100	0	90	37	4	4	53	1.41
1079389--1079427	20	1.9	21	85	15	55	41	5	0	53	1.23
1080535--1080591	26	2.2	26	96	0	105	31	5	21	42	1.75
1080883--1080984	33	3.2	33	87	5	145	37	7	3	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1080890--1080983	31	3.0	31	90	3	125	38	8	3	50	1.49
1085000--1085060	26	2.4	26	88	2	88	60	1	0	37	1.07
1086768--1086825	24	2.4	24	82	5	64	17	31	22	29	1.96
1093342--1093420	30	2.5	32	75	23	85	62	5	0	32	1.17
1093358--1093414	30	1.9	30	89	7	89	61	5	0	33	1.18
1099656--1099708	26	2.0	26	88	0	79	22	26	24	26	2.00
1107904--1107934	4	7.8	4	92	0	53	29	22	22	25	1.99
1112854--1113050	72	2.7	73	81	6	236	38	14	6	41	1.70
1113575--1113626	27	1.9	27	96	0	95	26	23	30	19	1.98
1113930--1113993	19	3.4	19	76	4	76	34	10	3	51	1.53
1114228--1114286	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
1114920--1114982	27	2.4	27	97	2	119	49	0	9	41	1.35
1126351--1126394	21	2.1	21	100	0	88	27	43	13	15	1.85
1127360--1127388	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
1129804--1129897	48	2.0	48	85	8	129	40	26	12	20	1.88
1133730--1133792	30	2.0	32	90	6	103	53	1	0	44	1.10
1134483--1134536	24	2.2	25	86	3	74	66	14	1	16	1.34
1138915--1138952	3	12.7	3	88	0	58	36	31	28	2	1.71
1139335--1139378	20	2.2	20	84	8	54	40	2	0	56	1.11
1141231--1141267	16	2.3	16	90	9	58	56	5	27	10	1.55
1156351--1156493	75	1.9	75	89	2	225	23	42	16	16	1.88
1156397--1156579	99	1.8	99	87	2	269	24	40	16	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1156472--1156517	24	1.9	24	90	0	74	26	41	13	19	1.88
1156525--1156857	93	3.6	92	76	6	321	22	41	16	19	1.90
1157848--1157876	14	2.1	14	100	0	58	24	0	6	68	1.13
1158440--1158544	3	35.0	3	72	19	53	63	1	3	30	1.22
1172505--1172667	82	2.0	82	91	0	263	33	16	14	35	1.90
1173967--1174027	17	3.5	17	73	8	68	47	16	11	24	1.79
1173967--1174039	36	2.0	36	97	0	137	47	15	15	21	1.81
1178854--1178897	23	1.9	23	95	0	79	56	13	22	6	1.61
1185529--1185598	31	2.3	31	77	2	79	35	20	4	40	1.72
1188614--1188728	21	5.5	21	69	8	72	18	20	17	43	1.88
1188614--1188743	42	3.1	42	70	8	113	18	20	16	43	1.88
1192703--1192751	20	2.5	20	82	0	71	42	2	16	38	1.60
1192980--1193127	58	2.6	58	84	0	188	46	15	10	27	1.79
1193019--1193149	58	2.3	58	81	4	149	49	14	10	25	1.75
1194076--1194151	28	2.8	28	80	11	70	63	2	1	32	1.17
1209452--1209528	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
1209468--1209507	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
1209456--1209522	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
1209741--1209777	19	1.9	19	89	10	58	72	5	2	18	1.15
1210446--1210485	21	2.0	20	90	5	62	40	2	17	40	1.63
1214120--1214146	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1215806--1215863	10	5.9	10	84	6	57	75	3	17	3	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1218192--1218284	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1218425--1218495	24	2.8	25	81	14	67	30	21	0	47	1.51
1219388--1219427	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
1219558--1219625	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
1219604--1219642	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
1222222--1222272	19	2.6	19	87	3	66	35	3	1	58	1.28
1230769--1230811	21	2.0	21	100	0	86	46	4	9	39	1.57
1239664--1239709	17	2.7	17	81	15	51	50	4	2	43	1.34
1239675--1239709	18	2.0	17	88	5	52	51	5	0	42	1.25
1257928--1258176	50	4.8	50	83	5	275	20	28	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199