genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22811689--22811937	116	2.1	116	93	3	421	40	8	6	45	1.58
22814948--22815296	124	2.8	125	90	2	551	34	21	15	29	1.94
22816366--22816405	19	2.1	19	90	0	62	25	2	15	57	1.50
22816465--22816514	11	4.5	11	80	12	50	50	6	0	44	1.26
22816463--22816503	21	1.9	22	90	5	66	53	4	0	41	1.22
22816656--22816716	29	2.1	29	81	6	70	34	1	1	62	1.15
22821736--22821783	5	9.6	5	95	0	87	58	0	0	41	0.98
22822448--22822502	25	2.2	26	78	12	62	14	20	5	60	1.54
22826777--22826812	17	2.2	16	90	5	54	69	0	27	2	1.02
22827613--22827685	31	2.4	32	77	13	82	23	10	20	45	1.83
22835696--22835981	101	2.8	101	94	1	493	23	17	27	31	1.97
22835696--22835979	51	5.6	50	79	10	292	23	17	27	30	1.97
22835903--22835983	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
22836003--22836117	41	2.7	44	77	10	132	20	18	25	35	1.95
22844507--22844538	9	3.6	9	95	0	55	62	0	9	28	1.26
22844993--22845113	21	5.8	21	75	3	91	14	21	20	43	1.87
22844992--22845115	42	3.0	42	83	3	133	14	21	20	42	1.88
22844975--22845096	63	1.9	63	83	3	156	15	21	20	42	1.89
22865613--22866603	201	5.0	201	89	4	1386	19	30	19	30	1.96
22866439--22866734	162	1.8	162	90	1	477	21	30	20	27	1.98
22869407--22869463	27	2.1	28	83	9	73	50	0	3	45	1.18
22872451--22872475	12	2.1	12	100	0	50	64	0	16	20	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22881158--22881277	62	1.9	62	86	3	170	40	4	11	43	1.60
22887471--22887562	40	2.2	41	84	3	114	54	9	1	34	1.41
22893040--22893193	37	4.2	37	73	3	121	18	14	27	39	1.89
22904686--22904768	42	2.0	43	85	2	114	34	22	14	27	1.93
22908755--22908789	17	2.2	17	90	10	56	20	34	31	14	1.92
22913237--22913302	19	3.4	19	73	10	62	30	3	6	60	1.36
22913863--22913919	30	1.9	30	88	0	87	19	35	0	45	1.50
22918449--22918483	7	5.0	7	100	0	70	71	0	0	28	0.86
22923044--22923094	20	2.6	19	84	9	66	41	15	15	27	1.88
22923811--22923847	12	3.0	13	76	15	51	56	0	0	43	0.99
22925422--22925519	25	4.0	25	70	11	76	34	18	23	23	1.96
22925629--22925695	25	2.7	25	95	2	118	35	17	29	16	1.92
22926136--22926178	21	2.0	21	90	0	68	39	18	0	41	1.51
22927570--22927617	9	5.1	9	80	7	51	70	2	0	27	0.98
22927575--22927623	9	5.2	9	85	9	53	69	2	0	28	1.00
22927570--22927623	19	2.9	19	76	13	58	68	1	0	29	1.00
22927570--22927623	10	5.9	9	81	12	56	68	1	0	29	1.00
22928345--22928382	18	2.1	18	95	0	67	60	2	13	23	1.45
22932942--22933022	22	3.7	22	71	14	60	38	4	0	56	1.21
22939068--22939093	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
22944135--22944195	25	2.5	26	86	10	76	21	24	18	36	1.95
22944156--22944238	24	3.4	25	79	14	93	19	26	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22944159--22944259	49	2.1	49	83	7	125	19	26	21	31	1.98
22951135--22951174	20	2.0	20	85	9	55	15	10	5	70	1.32
22951919--22951978	29	2.1	29	90	0	93	16	23	33	26	1.96
22952890--22952942	17	3.2	16	86	7	79	45	5	24	24	1.75
22956470--22956519	17	2.9	17	90	0	73	44	4	24	28	1.72
22970594--22971782	640	1.9	640	82	3	1518	38	8	17	34	1.81
22973789--22973875	24	3.5	26	73	16	69	19	19	20	40	1.92
22979158--22979213	27	2.1	27	96	0	103	26	19	3	50	1.64
22979339--22979374	14	2.6	14	100	0	72	38	13	36	11	1.81
22996903--22996999	27	3.7	27	87	4	135	18	17	22	41	1.90
23012124--23012232	31	3.6	29	76	14	105	27	10	20	42	1.84
23012061--23012735	184	3.7	184	88	3	944	29	9	18	42	1.82
23030105--23030212	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
23030098--23030212	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
23034791--23034898	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
23034784--23034898	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
23041105--23041144	12	3.3	12	78	0	53	12	12	25	50	1.75
23041098--23041146	24	2.0	24	100	0	98	12	12	20	55	1.68
23042782--23042813	5	6.2	5	96	3	55	40	0	0	59	0.97
23042822--23042926	45	2.3	44	85	8	140	64	8	26	0	1.22
23044343--23044417	39	2.0	37	82	10	89	20	24	26	29	1.99
23044678--23044733	25	2.3	23	77	17	58	48	1	14	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047618--23047654	17	2.2	17	100	0	74	40	5	5	48	1.49
23053374--23053411	13	2.7	14	88	8	51	55	5	23	15	1.61
23056894--23056999	52	2.0	52	92	0	176	37	16	2	43	1.62
23058247--23058271	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
23058376--23058675	50	5.7	52	89	4	378	25	22	29	23	1.99
23062289--23062323	17	2.1	17	94	0	61	11	20	28	40	1.87
23066044--23066284	50	4.7	50	86	5	286	26	20	29	23	1.99
23066037--23066284	100	2.4	104	83	6	317	27	20	29	23	1.99
23068970--23069135	24	6.6	24	71	10	82	33	18	25	22	1.97
23069027--23069093	27	2.5	26	85	7	89	35	16	22	25	1.94
23069043--23069103	27	2.3	27	82	0	77	34	19	22	22	1.97
23069201--23069288	25	3.6	24	76	4	88	37	17	21	23	1.94
23070509--23070853	190	1.8	188	97	1	654	22	14	15	47	1.82
23075957--23075989	17	1.9	17	93	0	57	39	21	15	24	1.91
23082881--23082949	36	1.9	36	90	0	111	47	8	2	40	1.49
23092165--23092206	16	2.6	16	75	14	50	54	0	0	45	0.99
23095994--23096069	29	2.6	29	91	0	125	48	9	11	30	1.71
23096004--23096050	14	3.3	14	72	16	51	48	8	8	34	1.64
23099524--23099575	17	2.9	18	78	15	63	46	0	0	53	1.00
23099524--23099575	20	2.9	17	76	15	59	46	0	0	53	1.00
23103492--23103580	11	8.0	11	72	7	72	64	3	3	29	1.26
23104955--23105210	131	1.9	133	88	3	383	52	7	10	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23105086--23105536	156	2.9	154	88	5	680	50	6	10	31	1.63
23105906--23105934	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23106026--23106054	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23105886--23106124	120	2.0	120	96	0	442	36	18	9	34	1.84
23108959--23109041	37	2.2	38	85	8	107	53	9	3	33	1.51
23109028--23109074	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
23121335--23121369	16	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
23125378--23125453	36	2.1	37	95	2	136	36	10	18	34	1.85
23125335--23125539	89	2.3	89	81	11	217	33	14	21	30	1.93
23136842--23136892	6	8.5	6	100	0	102	33	0	15	50	1.44
23137590--23137642	27	2.0	27	81	7	63	45	0	5	49	1.26
23138923--23139195	88	3.1	84	83	7	323	35	20	11	32	1.89
23139294--23139360	26	2.5	26	82	7	80	67	0	2	29	1.06
23139382--23139463	20	4.1	19	75	9	74	64	3	2	29	1.23
23139390--23139463	29	2.5	30	75	4	78	64	4	2	28	1.25
23139679--23139774	27	3.6	27	78	12	83	30	3	2	64	1.20
23139704--23139781	27	2.9	25	82	14	93	29	1	2	66	1.13
23141491--23141532	21	2.0	21	85	0	57	26	4	2	66	1.23
23154363--23155126	44	17.8	44	66	14	245	31	16	21	30	1.96
23154493--23155173	85	7.9	86	65	14	262	31	17	21	30	1.96
23154364--23155149	129	6.1	129	92	0	1243	30	17	21	30	1.96
23158793--23158856	30	2.2	29	82	2	74	46	1	6	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23159432--23159499	31	2.3	30	87	5	93	29	5	14	50	1.67
23161277--23161320	21	2.2	20	87	4	61	38	18	25	18	1.92
23161417--23161446	11	2.6	11	94	5	51	46	0	3	50	1.18
23161354--23161501	79	1.9	81	84	8	205	62	0	2	35	1.12
23184438--23184509	24	3.0	24	93	0	117	44	9	26	19	1.81
23184586--23184649	21	3.0	21	77	8	67	18	21	17	42	1.89
23184594--23184687	42	2.2	42	82	0	107	18	21	17	43	1.88
23186986--23187036	19	2.7	20	84	6	61	68	5	1	23	1.22
23191185--23191218	17	1.9	18	88	5	52	82	2	0	14	0.79
23204780--23204952	89	1.9	88	82	6	215	41	19	6	32	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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