genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27688525--27688557	11	2.8	12	86	13	50	72	3	0	24	0.98
27693483--27693653	43	4.0	43	74	11	118	22	17	27	32	1.96
27696409--27696442	17	2.0	17	100	0	68	52	11	17	17	1.73
27697425--27697526	30	3.4	30	95	0	177	20	25	35	18	1.95
27701367--27701499	41	3.2	41	86	4	178	24	20	24	30	1.98
27708279--27708411	41	3.2	41	89	4	196	24	21	24	30	1.99
27712716--27712750	16	2.2	16	94	0	61	74	0	0	25	0.82
27714918--27714956	21	1.9	21	84	5	53	35	23	10	30	1.88
27715072--27715114	12	3.6	12	84	9	61	27	62	2	6	1.33
27720123--27720326	50	4.1	50	83	3	230	36	20	17	25	1.94
27720135--27720326	25	7.6	25	75	7	174	36	21	16	25	1.94
27720123--27720326	75	2.7	75	76	8	198	36	20	17	25	1.94
27733012--27733057	15	3.1	15	77	22	53	60	0	8	30	1.26
27733587--27733624	20	1.9	19	89	5	58	34	0	0	65	0.93
27733716--27733751	18	2.0	18	89	10	56	27	0	0	72	0.85
27734513--27734542	15	2.0	15	100	0	60	20	6	26	46	1.75
27734588--27734629	20	2.2	20	91	4	68	38	0	11	50	1.40
27735418--27735460	11	3.9	11	76	11	52	58	0	2	39	1.11
27736034--27736343	43	7.2	42	82	2	316	26	30	19	22	1.98
27736059--27736343	86	3.3	84	86	4	358	27	31	18	22	1.97
27736034--27736343	129	2.4	128	84	2	381	26	30	19	22	1.98
27736662--27736740	21	3.8	21	81	0	95	6	43	16	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27736662--27736753	21	4.4	21	80	0	94	7	41	16	34	1.77
27736724--27736870	66	2.2	66	81	4	181	14	27	16	41	1.87
27736763--27736891	66	2.0	66	85	3	179	16	24	17	42	1.88
27737919--27738123	43	4.8	43	81	5	211	30	30	15	22	1.95
27739326--27739350	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
27739979--27740018	15	2.9	13	86	13	62	50	2	0	47	1.14
27740963--27742867	957	2.0	944	97	1	3612	33	15	21	29	1.94
27743752--27743780	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27744916--27744948	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
27745353--27745462	41	2.7	41	97	0	202	30	29	21	19	1.97
27745501--27745624	40	3.1	38	75	7	113	22	19	21	36	1.95
27748123--27748154	11	3.1	11	91	8	50	59	9	6	25	1.52
27749405--27749522	62	1.9	62	81	5	141	24	17	17	39	1.91
27757482--27757545	31	2.0	32	84	3	85	54	3	3	39	1.32
27759135--27759341	43	4.9	42	78	12	208	28	28	16	25	1.97
27759121--27759341	85	2.6	86	82	8	256	28	29	17	24	1.97
27759715--27759759	21	2.1	21	84	8	56	6	40	17	35	1.76
27759735--27759900	66	2.5	65	84	4	208	13	27	19	39	1.89
27765320--27765379	16	3.6	16	81	4	66	35	0	16	48	1.47
27765331--27765654	31	11.7	28	65	19	128	40	1	12	46	1.50
27765325--27765410	34	2.6	34	83	3	104	39	0	13	46	1.44
27765357--27765456	41	2.4	43	80	10	116	41	1	14	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27765443--27765487	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
27765402--27765654	31	8.5	31	75	14	248	39	1	11	46	1.52
27765410--27765652	56	4.2	56	92	3	378	39	2	11	46	1.52
27765499--27765544	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
27768484--27768553	35	2.0	36	86	8	99	37	0	7	55	1.27
27769149--27769180	4	8.0	4	92	0	55	21	0	3	75	0.95
27770603--27771003	41	9.8	40	80	3	223	34	25	24	15	1.95
27770659--27770893	81	2.9	81	82	3	213	36	25	23	14	1.93
27770704--27771003	82	3.7	82	84	0	368	35	26	24	14	1.94
27770704--27771003	123	2.5	122	85	0	375	35	26	24	14	1.94
27772016--27772061	17	2.6	18	86	6	58	41	4	2	52	1.33
27772300--27772353	28	2.0	28	85	3	74	27	3	27	40	1.73
27777386--27777591	73	2.8	73	87	4	285	36	19	19	23	1.95
27777367--27777570	37	5.6	37	82	12	253	37	17	21	24	1.93
27778479--27778566	23	3.8	23	81	4	97	40	19	11	28	1.86
27787482--27787639	43	3.7	43	69	15	130	25	18	25	29	1.98
27802560--27802592	18	1.9	18	88	11	52	24	6	0	69	1.10
27805026--27805084	24	2.5	22	83	10	64	54	5	1	38	1.33
27810209--27810253	20	2.2	20	88	0	63	64	8	2	24	1.34
27810362--27810397	19	1.9	18	88	5	54	50	11	0	38	1.38
27810504--27810556	23	2.3	23	81	9	63	20	1	9	67	1.28
27812566--27812723	49	3.2	49	86	2	192	23	25	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27812563--27812779	49	4.4	49	82	6	172	23	26	22	28	1.99
27812645--27812788	50	2.9	50	82	3	173	24	29	20	25	1.99
27813837--27813927	25	3.7	24	85	4	128	37	20	23	18	1.94
27814996--27815032	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
27814995--27815026	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
27814995--27815075	13	6.1	13	73	17	53	55	3	0	40	1.17
27817895--27817991	23	4.3	23	93	5	171	30	26	21	20	1.98
27817902--27817991	44	2.0	44	97	0	171	31	26	22	20	1.98
27825258--27825354	23	4.3	23	93	5	171	30	26	21	20	1.98
27825265--27825354	44	2.0	44	97	0	171	31	26	22	20	1.98
27826993--27827027	16	2.2	16	89	0	52	68	0	2	28	1.04
27827205--27827262	2	30.5	2	77	10	50	55	1	3	39	1.27
27827205--27827243	19	2.1	19	90	0	60	51	2	2	43	1.29
27827322--27827368	17	2.8	17	78	15	62	59	6	4	29	1.41
27852564--27852616	21	2.5	21	87	0	70	33	9	11	45	1.72
27878639--27878666	6	4.7	6	100	0	56	17	0	50	32	1.47
27889522--27889575	24	2.4	21	82	14	63	29	0	3	66	1.09
27889523--27889582	23	2.6	23	76	7	68	31	1	3	63	1.20
27890373--27890426	26	2.1	26	86	10	76	37	1	1	59	1.19
27891888--27891943	21	2.8	20	89	7	87	14	25	17	42	1.87
27897732--27897779	3	16.3	3	81	12	55	62	0	2	35	1.07
27900470--27900521	26	2.0	26	84	0	68	32	13	28	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27907257--27907300	21	2.1	21	95	0	79	20	6	27	45	1.76
27907825--27907910	34	2.5	33	74	9	93	45	0	16	38	1.47
27907989--27908588	126	5.0	118	82	10	637	39	15	16	28	1.89
27907988--27908617	251	2.6	243	87	5	882	37	16	16	29	1.90
27908227--27908617	125	3.1	126	89	2	610	37	16	17	29	1.91
27910959--27911016	30	1.9	30	85	0	80	41	5	24	29	1.76
27911355--27911586	33	6.6	33	72	22	163	20	19	27	32	1.97
27911378--27911632	76	3.4	76	94	0	456	20	18	27	32	1.96
27911491--27911629	43	3.5	43	73	22	156	20	17	27	34	1.95
27911564--27911673	43	2.6	43	78	11	120	21	18	26	33	1.96
27915240--27915299	30	2.0	30	96	0	111	31	23	30	15	1.95
27915322--27915365	18	2.4	18	84	0	52	47	9	25	18	1.77
27916870--27916914	16	2.6	18	86	10	58	66	2	2	28	1.15
27924967--27924996	15	1.9	16	93	6	53	73	3	0	23	0.98
27930308--27930348	16	2.5	16	88	4	55	70	0	7	21	1.11
27935218--27935285	9	7.2	9	72	21	50	36	1	0	61	1.05
27935220--27935254	17	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
27937194--27937376	10	19.0	10	69	14	75	62	2	3	31	1.25
27937194--27937375	20	9.5	19	68	13	88	62	2	3	31	1.25
27937612--27937668	25	2.2	26	81	9	73	63	0	0	36	0.95
27937849--27937888	16	2.4	16	87	8	53	42	0	15	42	1.46
27942139--27942178	20	2.0	21	95	5	73	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27945198--27945255	9	6.5	8	81	15	53	39	20	12	27	1.88
27945198--27945255	27	2.1	27	96	0	107	39	20	12	27	1.88
27945198--27945255	18	3.2	18	85	9	75	39	20	12	27	1.88
27948259--27948303	22	2.1	21	87	4	63	11	15	28	44	1.81
27948548--27948880	43	7.7	43	85	2	355	28	32	18	21	1.97
27948544--27948902	129	2.8	128	83	1	414	27	31	18	22	1.97
27949233--27949299	21	3.2	21	78	0	71	8	38	14	37	1.78
27949227--27949329	42	2.5	41	80	4	107	6	35	16	40	1.75
27949316--27949457	66	2.2	66	87	7	200	14	28	19	38	1.90
27949316--27949481	66	2.5	64	85	6	199	13	27	19	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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