genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27529035--27529070	17	2.1	18	90	10	58	77	2	0	19	0.88
27529068--27529169	30	3.4	30	86	2	134	29	21	3	45	1.70
27529594--27529633	14	2.9	15	82	14	50	55	0	42	2	1.13
27529716--27529814	11	8.6	11	72	24	64	74	0	24	1	0.88
27529717--27529799	22	3.7	22	80	10	89	74	0	24	1	0.89
27529721--27529813	8	10.3	9	70	19	61	74	0	24	1	0.89
27529710--27529829	45	2.6	45	80	11	120	74	0	23	2	0.94
27529710--27529814	36	3.0	35	85	10	126	73	0	25	0	0.90
27529920--27529958	13	2.9	13	88	3	51	76	7	15	0	0.99
27530108--27530141	15	2.3	15	90	10	52	88	0	11	0	0.52
27530670--27530996	17	18.8	17	66	18	77	33	13	11	42	1.79
27530701--27530856	18	8.8	18	69	10	81	32	14	9	43	1.77
27530744--27530847	52	2.0	53	86	1	147	31	14	9	44	1.77
27530755--27530996	18	13.8	17	68	16	77	31	13	11	43	1.79
27531046--27531081	17	2.2	17	90	5	56	36	8	8	47	1.64
27531156--27531204	16	3.0	15	80	14	53	26	8	10	55	1.61
27554456--27554503	16	2.8	16	81	9	51	62	0	31	6	1.20
27557534--27557594	33	1.9	31	90	6	95	60	11	1	26	1.40
27557536--27557605	32	2.2	31	82	12	81	61	11	2	24	1.43
27559977--27560076	49	2.0	50	81	11	118	37	16	25	22	1.93
27560004--27560105	50	2.1	49	81	7	118	39	17	25	17	1.92
27564597--27564777	91	2.0	90	81	6	213	32	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27566250--27566318	34	2.0	34	88	5	104	40	13	11	34	1.80
27566495--27566580	44	1.9	45	83	2	111	30	17	17	34	1.93
27566683--27566725	21	2.0	21	86	0	59	34	25	16	23	1.95
27582275--27582301	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
27584553--27585130	113	5.1	114	73	10	486	32	15	20	30	1.94
27584553--27585102	227	2.4	228	90	2	851	33	16	20	29	1.95
27584569--27585144	114	5.1	114	71	10	453	33	16	20	29	1.95
27584934--27585330	188	2.1	188	90	0	625	31	14	22	31	1.94
27585746--27585782	7	5.6	7	81	12	51	16	0	48	35	1.46
27585746--27585782	12	2.9	12	92	8	56	16	0	48	35	1.46
27585751--27585803	19	2.7	20	82	5	54	20	0	43	35	1.52
27585746--27585797	26	2.0	26	81	7	61	21	0	44	34	1.52
27585881--27585977	7	13.9	7	77	4	79	22	2	45	29	1.64
27585906--27585977	14	5.2	13	86	8	90	22	1	47	29	1.60
27585906--27586001	21	4.7	21	77	11	92	21	1	43	33	1.60
27585938--27586132	95	2.0	96	80	3	214	28	2	28	41	1.67
27586242--27586282	18	2.3	18	91	4	66	82	0	4	12	0.81
27586757--27587167	198	2.1	197	90	1	635	28	17	19	34	1.95
27587666--27587690	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
27588440--27588483	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
27588487--27588566	7	11.3	7	81	2	88	5	12	11	71	1.29
27588489--27588566	28	2.8	28	86	2	102	5	12	11	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27588898--27588990	44	2.1	42	84	11	125	43	4	2	50	1.34
27588970--27589328	198	1.8	199	97	1	684	39	7	4	48	1.51
27588970--27589328	100	3.6	100	96	0	659	39	7	4	48	1.51
27591952--27592122	66	2.6	65	85	4	218	40	19	28	12	1.87
27592104--27592205	42	2.4	42	86	0	132	34	15	44	5	1.71
27592093--27592205	21	5.4	21	83	0	118	34	15	43	6	1.72
27592368--27592421	9	6.2	9	75	14	51	27	0	3	68	1.06
27592554--27592688	43	3.1	42	71	8	119	22	18	28	30	1.97
27592811--27592885	29	2.5	31	89	4	109	38	22	22	16	1.92
27592870--27592912	22	2.0	22	90	0	68	44	25	20	9	1.81
27593215--27593248	11	3.1	11	84	16	52	47	0	0	52	1.00
27593207--27593248	22	1.9	22	95	0	75	47	0	0	52	1.00
27593449--27593527	29	2.7	29	84	4	86	25	13	13	46	1.81
27594855--27594892	18	2.2	18	85	4	51	21	0	15	63	1.31
27596302--27596361	28	2.2	28	91	5	97	28	25	23	23	2.00
27596473--27596536	26	2.5	26	84	5	85	35	23	23	17	1.95
27598398--27598432	15	2.3	15	90	0	52	37	11	25	25	1.90
27600532--27600764	62	3.7	62	90	4	335	34	7	11	46	1.68
27600642--27600670	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
27600666--27600823	65	2.4	67	94	0	243	31	10	14	43	1.79
27600532--27600846	62	5.0	61	83	10	307	35	7	10	45	1.68
27603611--27603635	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27603918--27603943	13	2.0	13	100	0	52	15	7	30	46	1.74
27605304--27605375	26	3.1	23	78	13	60	55	1	2	40	1.23
27605310--27605375	23	2.7	23	82	15	64	59	1	1	37	1.16
27605938--27605968	13	2.3	14	94	5	55	25	0	0	74	0.82
27607906--27607938	11	3.1	11	86	4	50	72	0	3	24	0.98
27608563--27608607	16	3.0	16	78	18	60	48	13	6	31	1.68
27609937--27609965	12	2.5	12	94	5	51	48	6	20	24	1.74
27611434--27611499	31	2.1	31	88	5	98	36	13	13	36	1.85
27612881--27612914	16	2.1	16	94	0	59	41	2	5	50	1.42
27612985--27613032	25	1.9	25	100	0	96	47	8	4	39	1.53
27613650--27613717	13	5.2	13	84	7	84	55	5	2	35	1.39
27613654--27613770	13	8.9	13	75	16	82	53	5	2	38	1.37
27613650--27613732	40	2.1	40	88	4	123	54	4	3	37	1.39
27613738--27613770	16	2.0	17	88	5	50	51	6	0	42	1.26
27613986--27614019	7	4.7	7	85	7	50	52	14	2	29	1.56
27616865--27616936	35	2.1	35	97	0	135	27	19	6	45	1.76
27618046--27618112	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
27618995--27619039	3	14.7	3	82	13	56	62	0	4	33	1.15
27619051--27619087	17	2.1	18	90	5	58	67	2	5	24	1.25
27620533--27621909	44	30.5	44	67	11	388	29	20	18	32	1.96
27620533--27620827	90	3.3	90	86	1	362	27	18	20	32	1.96
27620533--27621909	181	7.6	181	82	2	1415	29	20	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27620584--27621835	364	3.5	363	86	2	1558	28	19	18	32	1.96
27621240--27621916	89	7.5	89	70	13	405	29	20	17	32	1.96
27625768--27625800	17	1.9	17	100	0	66	60	6	3	30	1.36
27635134--27635265	54	2.6	48	85	11	160	53	1	2	43	1.22
27635160--27635279	54	2.2	54	98	1	231	52	2	1	43	1.24
27636949--27636987	7	5.6	7	93	0	69	61	10	0	28	1.28
27638117--27638147	5	6.0	5	96	3	53	77	0	3	19	0.90
27657072--27657117	23	2.0	23	83	8	58	52	19	6	21	1.69
27663939--27663984	22	2.0	23	83	4	58	36	2	2	58	1.22
27671588--27671639	27	1.9	27	84	0	68	30	15	34	19	1.93
27671620--27671670	24	2.1	24	85	0	66	29	11	35	23	1.90
27671709--27671756	18	2.7	18	76	0	51	41	20	25	12	1.87
27673153--27673195	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
27678183--27678324	25	5.8	25	77	12	125	33	21	28	16	1.95
27678185--27678324	73	1.9	73	83	11	180	33	21	28	16	1.95
27678176--27678323	48	3.0	49	76	12	151	35	21	26	16	1.95
27678280--27678473	105	1.8	105	83	0	253	31	21	26	20	1.97
27678754--27678799	21	2.2	21	88	7	67	43	15	0	41	1.46
27680591--27680640	25	1.9	26	84	8	66	64	2	6	28	1.28
27681850--27681920	26	2.6	27	89	8	101	40	9	1	47	1.45
27681987--27682053	27	2.5	27	92	0	107	29	29	25	14	1.95
27682096--27682233	4	34.0	4	74	17	92	70	0	28	1	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27682096--27682179	18	4.6	17	79	15	71	69	0	29	1	0.97
27682098--27682200	22	4.7	23	73	15	78	69	0	29	0	0.94
27682127--27682255	39	3.1	44	81	15	182	71	0	27	0	0.92
27682103--27682268	21	8.4	19	72	23	96	69	0	29	1	0.96
27682127--27682256	44	3.0	44	79	13	164	71	0	27	0	0.91
27682137--27682298	82	2.0	82	86	7	233	69	0	29	1	0.96
27683093--27683678	313	1.9	315	92	3	989	51	7	11	29	1.66
27687536--27687580	20	2.2	21	88	7	67	57	8	2	31	1.41
27687538--27687588	20	2.6	19	81	6	66	54	9	1	33	1.44
27688447--27688519	31	2.4	30	77	11	76	36	6	0	56	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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