genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60093355--60093387	16	1.9	18	88	11	52	54	3	3	39	1.31
60095033--60095090	19	3.1	19	85	9	66	37	0	5	56	1.21
60095033--60095091	20	3.0	20	80	9	61	37	0	5	57	1.21
60095038--60095090	20	2.7	20	82	11	65	35	0	5	58	1.22
60095166--60095195	9	3.3	9	90	0	51	30	10	13	46	1.75
60096731--60096767	18	2.1	18	100	0	74	21	10	16	51	1.74
60099966--60099998	17	1.9	17	88	11	50	24	3	12	60	1.46
60105544--60105580	18	2.0	19	94	5	67	27	16	10	45	1.80
60109359--60109395	18	2.0	19	94	5	67	27	16	10	45	1.80
60121953--60122025	9	8.1	9	74	17	62	34	1	1	63	1.12
60121952--60122023	16	4.1	17	71	16	65	34	1	1	62	1.13
60121963--60122050	38	2.3	37	75	9	88	28	3	2	65	1.20
60121971--60122062	47	2.0	47	80	8	107	32	3	2	61	1.24
60122159--60122225	34	2.0	33	85	2	89	64	4	8	22	1.41
60124592--60124629	17	2.2	18	90	9	62	65	0	0	34	0.93
60125348--60125389	20	2.1	20	86	0	57	26	0	7	66	1.17
60125401--60125440	17	2.4	17	83	4	55	30	2	2	65	1.19
60146049--60146099	24	2.1	24	85	0	66	43	1	3	50	1.31
60150978--60151020	22	2.0	22	85	0	59	46	6	2	44	1.43
60151276--60151314	13	2.9	14	81	11	55	41	23	0	35	1.55
60159967--60160010	18	2.5	18	88	3	63	13	29	43	13	1.83
60183408--60183454	3	15.7	3	100	0	94	68	31	0	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60183788--60183863	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
60184943--60185278	132	2.5	132	87	1	460	25	26	19	29	1.99
60185251--60186350	45	24.4	45	87	0	1455	32	23	15	28	1.95
60188632--60188661	10	2.9	10	95	5	51	3	16	0	80	0.85
60188640--60188686	14	3.1	15	84	6	51	6	10	2	80	0.96
60188660--60188692	14	2.3	15	89	5	50	12	3	6	78	1.04
60188629--60188677	21	2.3	21	79	6	55	8	12	0	79	0.93
60191393--60191427	16	2.2	16	89	0	52	42	22	17	17	1.88
60192856--60192891	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
60193076--60193145	26	2.7	26	73	20	74	54	2	7	35	1.43
60198559--60198596	15	2.7	15	92	8	62	63	0	0	36	0.95
60203251--60203285	17	2.1	16	89	5	52	28	0	0	71	0.86
60203349--60203388	21	1.9	21	100	0	80	42	27	0	30	1.56
60207463--60207630	9	18.7	9	66	21	77	60	4	0	33	1.22
60207465--60207567	10	10.2	10	69	14	59	61	5	0	32	1.26
60207493--60207556	33	1.9	33	84	6	85	57	6	1	34	1.33
60207463--60207630	19	9.3	19	67	18	67	60	4	0	33	1.22
60207591--60207632	8	5.0	8	78	21	50	64	0	0	35	0.94
60208336--60208389	18	2.9	18	81	5	72	35	0	1	62	1.06
60208336--60208414	10	8.6	9	75	20	67	34	1	1	63	1.11
60208613--60208651	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
60212298--60212359	21	2.9	22	87	4	99	12	11	50	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60213405--60213570	86	1.9	88	82	3	210	35	20	18	25	1.95
60213481--60214829	73	18.2	72	77	13	1077	33	20	16	28	1.95
60213402--60214306	145	5.9	156	80	12	539	33	20	17	27	1.95
60213673--60214829	145	7.9	145	80	13	1152	33	19	16	30	1.94
60213717--60214170	155	3.0	155	84	9	630	33	20	17	28	1.95
60213870--60214825	71	13.1	71	80	12	837	33	19	16	30	1.94
60214829--60215002	69	2.5	71	85	5	214	33	22	14	29	1.93
60228282--60228343	21	2.9	22	87	4	99	12	11	50	25	1.74
60240070--60240138	30	2.3	31	87	9	99	49	1	13	36	1.51
60246011--60246056	22	2.1	22	87	0	65	15	13	0	71	1.14
60246885--60246923	14	2.8	14	84	0	51	56	7	2	33	1.41
60249220--60249412	44	4.4	44	65	12	126	27	23	18	31	1.97
60249126--60249887	132	5.8	133	85	3	986	28	24	18	28	1.98
60249126--60249887	397	1.9	396	87	3	1131	28	24	18	28	1.98
60249155--60249900	265	2.8	268	86	3	1028	28	23	18	29	1.98
60251242--60251279	14	2.7	15	84	12	53	13	10	0	76	1.02
60251241--60251280	21	2.0	19	90	9	62	15	10	0	75	1.05
60252224--60252264	20	2.0	20	90	0	64	68	7	12	12	1.39
60254634--60254685	16	3.2	16	86	5	68	44	21	15	19	1.87
60254634--60254685	17	3.1	17	88	2	70	44	21	15	19	1.87
60255940--60255978	14	2.8	14	84	0	51	56	7	2	33	1.41
60259833--60259857	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60259896--60259929	15	2.3	15	89	0	50	73	5	0	20	1.04
60260893--60260957	14	4.4	14	74	14	60	40	3	1	55	1.25
60262014--60262052	20	2.0	19	85	5	51	12	5	2	79	1.00
60267347--60267400	26	2.1	25	89	3	81	53	1	0	44	1.11
60269751--60269785	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
60270663--60270812	42	3.6	42	80	8	191	21	21	24	33	1.97
60270884--60271605	132	5.5	132	98	0	1381	30	26	16	26	1.97
60285555--60285600	21	2.2	21	84	0	56	41	0	0	58	0.98
60294685--60294729	21	2.1	22	87	4	65	44	2	0	53	1.13
60299049--60299121	30	2.4	30	81	6	85	53	20	5	20	1.65
60299834--60299872	19	2.0	20	95	5	71	23	20	5	51	1.67
60306278--60306354	29	2.6	28	76	15	84	48	6	16	28	1.71
60306979--60307163	92	2.0	92	90	0	289	28	23	21	26	1.99
60309299--60309345	19	2.5	19	92	0	76	21	21	34	23	1.97
60317385--60317430	23	2.0	24	87	12	69	34	4	0	60	1.16
60318074--60318106	7	5.0	7	96	3	52	0	9	0	90	0.44
60318077--60318113	17	2.1	18	90	5	58	0	8	2	89	0.58
60325211--60325250	20	2.0	20	100	0	80	30	25	10	35	1.88
60325955--60326007	27	1.9	28	84	3	72	52	0	3	43	1.19
60329230--60329254	11	2.3	11	100	0	50	36	0	28	36	1.58
60332638--60333083	132	3.4	132	90	1	698	27	24	19	28	1.98
60334325--60334376	23	2.2	23	89	6	77	0	11	1	86	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60334325--60334376	8	6.6	8	78	12	63	0	11	1	86	0.65
60334325--60334374	20	2.5	20	81	15	68	0	12	2	86	0.67
60334325--60334375	15	3.4	14	84	15	66	0	11	1	86	0.66
60337485--60337527	19	2.3	19	84	8	52	37	6	25	30	1.82
60340645--60340682	19	2.0	20	89	5	60	68	7	2	21	1.28
60345143--60345179	16	2.3	17	81	13	51	51	8	2	37	1.46
60349381--60350721	659	2.0	664	93	2	2269	41	17	11	29	1.85
60352096--60352124	14	2.0	15	93	6	51	75	3	13	6	1.13
60353746--60353793	21	2.3	20	79	10	51	18	33	27	20	1.96
60356010--60356090	3	27.0	3	100	0	162	66	0	33	0	0.92
60357412--60357509	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
60357724--60357879	41	3.8	41	89	6	226	27	22	21	28	1.99
60365048--60365145	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
60365362--60365517	41	3.8	41	89	6	226	27	22	21	28	1.99
60382077--60382128	3	17.3	3	100	0	104	67	0	32	0	0.91
60388709--60388784	34	2.2	33	86	9	100	38	9	3	48	1.54
60390614--60390686	29	2.5	30	82	13	89	34	4	4	57	1.37
60395153--60395796	324	2.0	324	98	0	1252	34	15	21	28	1.94
60399091--60399168	38	2.0	39	92	2	131	51	26	2	19	1.60
60399302--60399364	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
60399299--60399373	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
60399378--60399429	9	5.8	9	93	0	68	25	9	25	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60399378--60399429	18	2.9	18	91	0	77	25	9	25	40	1.85
60402739--60403102	94	4.0	94	87	8	554	31	18	17	31	1.95
60402910--60403087	82	2.2	82	97	0	338	32	19	17	30	1.95
60412105--60412205	53	1.9	53	87	0	148	46	12	5	34	1.67
60422658--60422692	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
60422730--60422908	9	20.4	9	74	14	133	50	2	0	46	1.16
60422725--60422895	63	2.6	63	76	16	170	50	2	0	46	1.16
60422723--60422897	28	6.2	27	86	9	192	51	2	0	45	1.16
60422723--60422897	59	3.1	56	86	8	239	51	2	0	45	1.16
60422934--60423021	24	3.7	24	89	3	133	39	3	0	56	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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