genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900496--5900637	41	3.5	41	91	0	212	24	21	27	26	1.99
5923894--5923958	30	2.2	30	97	0	121	10	15	18	55	1.68
5926729--5926786	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
5926998--5927029	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
5927184--5927370	50	3.7	50	87	2	268	25	24	31	18	1.98
5927182--5927377	100	2.0	101	90	3	315	25	23	30	19	1.98
5931619--5931827	92	2.3	91	85	5	260	45	4	3	46	1.39
5931755--5931802	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
5931881--5932103	66	3.6	61	69	21	171	43	2	5	48	1.40
5931843--5932135	120	2.4	120	92	3	475	43	2	4	49	1.37
5931968--5932019	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
5932072--5932381	157	2.0	157	96	0	566	47	4	2	44	1.39
5932241--5932275	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5932514--5932544	16	1.9	16	93	0	53	38	29	0	32	1.57
5935202--5935239	19	2.0	19	100	0	76	10	10	52	26	1.68
5936810--5936867	26	2.2	26	84	6	73	34	22	24	18	1.96
5936939--5937008	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
5936944--5937014	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
5937424--5937491	29	2.4	29	95	2	120	48	0	13	38	1.42
5938037--5938070	17	2.0	17	88	11	52	47	2	5	44	1.42
5945760--5945807	20	2.3	22	85	7	64	62	0	29	8	1.24
5945762--5945807	21	2.2	21	80	3	58	63	0	28	8	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5945821--5945850	16	1.9	15	93	6	51	66	0	26	6	1.16
5954685--5954727	11	3.8	11	84	6	59	69	6	0	23	1.12
5959462--5959508	25	1.9	25	86	4	69	42	21	10	25	1.85
5964864--5964955	23	3.9	23	75	15	71	20	25	23	30	1.99
5964874--5964955	23	3.4	23	85	8	85	20	25	24	29	1.99
5968176--5968201	12	2.2	12	100	0	52	7	26	26	38	1.83
5969067--5969193	67	1.9	67	88	3	193	28	30	16	24	1.96
5972415--5972523	37	3.2	36	82	12	140	34	27	8	29	1.86
5972714--5972876	82	2.0	82	97	0	308	23	26	19	30	1.98
5972713--5972876	41	4.0	41	91	0	265	23	26	20	29	1.98
5973097--5973140	17	2.7	17	89	6	65	43	18	2	36	1.63
5976680--5976724	24	2.0	22	82	8	54	33	17	0	48	1.48
5977516--5977643	43	3.0	42	74	11	125	21	20	28	29	1.98
5978105--5978152	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
5979374--5979504	46	2.8	46	81	4	158	36	9	25	28	1.88
5983684--5983708	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
5986546--5986585	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
5986518--5986570	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
5986596--5986735	59	2.4	59	98	0	271	39	4	9	47	1.55
5986717--5986744	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
5986841--5986886	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
6000458--6000504	20	2.2	22	77	11	53	65	8	8	17	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6000845--6000901	25	2.3	25	81	6	62	31	10	0	57	1.32
6001109--6001148	18	2.2	18	86	8	55	65	2	0	32	1.06
6004142--6004173	3	10.7	3	93	0	55	3	62	0	34	1.11
6007642--6008048	101	4.0	101	83	2	494	29	22	14	32	1.94
6007657--6008022	202	1.8	202	87	3	549	30	23	14	31	1.94
6010684--6010736	25	2.2	24	89	3	79	35	22	24	16	1.95
6011038--6011096	23	2.6	22	89	2	91	45	23	3	27	1.68
6011062--6011127	32	2.0	33	94	2	116	48	21	3	27	1.64
6028007--6028046	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
6028129--6028191	30	2.1	30	93	0	108	58	12	1	26	1.43
6030346--6030390	19	2.3	20	76	3	56	46	2	0	51	1.13
6036659--6036698	20	2.0	20	100	0	80	35	30	20	15	1.93
6038099--6038178	42	1.9	42	84	5	108	25	22	27	25	2.00
6051128--6051160	15	2.2	15	94	0	57	36	0	0	63	0.95
6052451--6052509	25	2.3	26	85	5	84	40	6	23	28	1.80
6052745--6052781	19	2.0	19	89	5	58	40	2	5	51	1.39
6053275--6053299	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
6056674--6056745	32	2.3	32	88	9	112	62	6	2	27	1.35
6058251--6058499	50	4.8	50	84	4	275	20	28	24	26	1.99
6058250--6058499	100	2.4	104	88	6	366	20	28	24	26	1.99
6058594--6058625	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
6059797--6059841	22	2.0	22	86	0	63	35	4	2	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6072919--6072949	15	2.1	15	93	0	53	64	0	3	32	1.09
6078651--6078690	16	2.5	16	84	11	55	65	5	0	30	1.14
6088624--6089493	432	2.0	432	99	0	1706	27	12	17	42	1.85
6090631--6090668	13	2.9	13	92	0	67	28	7	23	39	1.83
6096951--6096990	17	2.3	18	86	4	55	47	22	0	30	1.52
6101667--6101711	20	2.3	19	80	3	54	37	6	0	55	1.26
6103763--6104668	115	7.8	115	77	7	861	31	19	22	26	1.98
6103781--6104606	237	3.6	233	80	7	778	31	19	23	26	1.98
6104253--6104606	114	2.9	123	72	12	295	29	18	24	27	1.98
6105882--6106065	83	2.2	86	79	6	198	28	17	20	33	1.96
6110030--6110297	43	6.2	43	85	1	333	29	18	27	24	1.98
6114069--6114096	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
6114203--6114291	20	4.7	19	76	8	92	35	4	0	59	1.18
6114229--6114284	9	5.9	9	76	12	58	37	3	0	58	1.15
6114225--6114321	20	4.9	19	74	10	54	34	4	1	60	1.22
6114386--6114563	86	2.1	88	84	5	229	41	6	14	38	1.70
6114386--6114583	86	2.3	86	81	6	197	40	6	13	39	1.71
6119943--6120003	20	3.0	21	64	22	56	32	24	14	27	1.95
6126426--6126697	134	2.0	134	97	0	517	31	12	17	37	1.88
6161220--6161261	19	2.3	19	87	4	59	59	0	7	33	1.25
6162425--6162456	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
6166150--6166176	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6172820--6172882	30	2.1	30	87	0	90	57	11	3	28	1.49
6173514--6173561	21	2.2	23	88	7	73	12	4	14	68	1.34
6176202--6176581	189	2.0	189	97	0	724	26	12	22	38	1.90
6190378--6190765	46	8.6	46	85	10	498	34	14	22	28	1.93
6190558--6190630	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
6190512--6190765	82	3.0	81	84	10	314	33	15	21	28	1.94
6190466--6190722	128	2.0	128	93	0	433	34	14	21	29	1.93
6202238--6202268	16	1.9	16	93	0	53	74	6	9	9	1.23
6205766--6205905	31	4.5	30	75	15	108	23	16	13	46	1.82
6205828--6205905	31	2.5	32	89	2	113	25	17	11	44	1.83
6217004--6217036	17	1.9	18	88	11	52	45	3	0	51	1.16
6227267--6227303	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
6227536--6227570	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6227673--6227931	47	5.7	46	70	19	193	47	2	2	47	1.30
6227707--6227969	91	2.9	91	97	0	481	47	2	2	47	1.30
6241555--6241868	154	2.0	154	98	0	601	41	21	14	21	1.90
6247921--6247958	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
6252955--6253010	23	2.5	22	82	5	67	67	1	0	30	1.01
6252965--6253003	15	2.6	14	80	11	51	69	2	0	28	1.02
6258773--6258814	15	2.9	15	82	10	52	69	0	0	30	0.89
6274999--6275045	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
6278826--6278859	3	11.3	3	87	0	50	32	5	32	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6288228--6288286	5	11.6	5	96	3	109	40	0	0	59	0.97
6288289--6288333	14	3.2	14	84	6	56	73	8	6	11	1.25
6288357--6288385	12	2.3	13	94	5	51	72	0	20	6	1.07
6289199--6289321	40	3.1	39	74	8	124	26	18	23	30	1.98
6308563--6308603	21	1.9	22	90	5	66	24	0	29	46	1.53
6312741--6312933	58	3.3	61	73	12	222	45	5	5	44	1.48
6312933--6313011	34	2.3	35	93	4	133	51	5	5	37	1.46
6313134--6313172	20	2.0	20	85	5	53	2	20	41	35	1.66
6314078--6314103	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
6315150--6315230	11	7.4	11	78	10	94	43	0	33	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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