genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28645433--28645477	17	2.6	17	89	10	74	80	0	15	4	0.87
28652238--28652278	21	2.0	21	85	0	55	21	2	19	56	1.54
28654032--28654072	18	2.3	18	86	0	55	60	12	2	24	1.43
28654320--28654356	19	1.9	19	94	0	65	43	2	10	43	1.53
28656455--28656551	3	32.3	3	93	0	167	37	0	0	62	0.95
28656821--28656857	14	2.6	14	86	0	56	43	16	0	40	1.48
28660503--28660543	19	2.2	19	86	4	57	17	53	24	4	1.63
28665997--28666045	20	2.5	20	83	9	57	67	2	18	12	1.32
28666947--28666986	6	6.7	6	100	0	80	70	0	15	15	1.18
28668208--28668452	43	5.7	43	90	0	375	31	20	24	23	1.98
28668614--28668749	44	3.1	44	78	4	114	32	17	22	27	1.97
28668764--28668888	45	2.8	46	78	6	139	30	20	24	24	1.99
28668637--28668977	44	7.8	43	68	13	151	30	18	22	28	1.97
28669655--28669696	22	1.9	22	85	0	57	64	9	19	7	1.46
28674111--28674152	22	2.0	22	85	4	59	38	4	7	50	1.51
28678439--28678510	34	2.1	35	89	2	110	22	9	16	51	1.73
28693417--28693570	59	2.6	59	85	9	138	62	9	19	8	1.51
28702750--28703002	43	5.9	42	79	6	231	25	24	20	28	1.99
28702795--28703019	87	2.6	86	80	4	231	24	25	20	30	1.98
28702755--28703005	130	1.9	128	83	6	319	23	24	21	30	1.99
28702733--28703019	43	6.7	43	76	3	218	25	24	20	29	1.99
28705122--28705185	9	7.6	9	70	19	57	34	0	18	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28705123--28705195	25	2.9	25	73	15	78	32	0	20	46	1.51
28705110--28705169	16	3.9	16	71	18	56	36	0	18	45	1.50
28705126--28705200	16	4.6	16	76	12	71	32	0	21	46	1.51
28705215--28705377	16	10.0	16	64	23	56	33	1	18	46	1.60
28705275--28705751	9	54.4	9	64	19	111	34	2	17	45	1.62
28705301--28705751	25	19.2	25	67	16	195	34	2	17	45	1.63
28705277--28705771	113	4.5	112	75	13	406	35	2	17	45	1.61
28705381--28705441	20	3.1	20	81	9	72	36	0	14	49	1.44
28705405--28705575	43	3.8	43	72	11	144	36	2	16	44	1.60
28705500--28705593	20	4.5	20	68	15	64	38	2	14	44	1.58
28705519--28705630	32	3.5	32	70	18	106	39	0	12	47	1.48
28705498--28705649	21	7.1	21	71	8	119	38	1	14	45	1.53
28705498--28705647	64	2.3	64	98	0	291	38	1	14	45	1.54
28705706--28705744	20	2.0	19	95	5	69	30	0	15	53	1.42
28705768--28705850	42	2.0	42	83	9	107	51	1	3	43	1.26
28705812--28705856	23	2.0	22	86	4	63	46	0	6	46	1.29
28705805--28705865	30	2.0	30	84	6	79	47	0	6	45	1.28
28707916--28707965	22	2.3	22	100	0	100	44	18	16	22	1.87
28708776--28708967	105	1.9	105	86	5	284	29	9	11	48	1.72
28708910--28708949	21	1.9	21	94	0	71	27	0	0	72	0.85
28708910--28708950	19	2.0	20	86	9	57	29	0	0	70	0.87
28708920--28709192	137	2.0	137	84	4	363	27	13	14	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28709531--28709559	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
28709539--28709580	21	2.0	22	85	4	59	38	42	0	19	1.51
28709860--28709886	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
28709391--28709972	295	2.0	289	83	9	725	41	27	2	27	1.68
28709994--28710655	114	5.8	114	85	2	848	28	26	20	24	1.99
28709986--28710655	229	2.9	227	87	3	925	28	26	20	24	1.99
28721967--28722013	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
28726525--28726647	44	3.0	42	67	9	108	31	22	18	26	1.97
28733277--28733328	23	2.3	23	90	6	79	23	13	11	51	1.73
28750728--28750757	15	2.0	15	93	0	51	63	6	16	13	1.50
28753916--28753993	40	2.0	38	80	9	86	43	1	1	53	1.16
28757621--28757652	11	2.9	11	95	0	55	50	9	15	25	1.74
28768726--28768765	18	2.2	18	86	0	53	35	10	10	45	1.71
28775504--28775610	30	3.4	30	71	22	92	28	16	25	29	1.97
28775507--28775674	66	2.5	66	80	3	169	26	15	25	32	1.96
28782622--28782834	43	5.0	43	79	4	214	27	30	17	23	1.97
28782583--28782834	86	2.9	87	83	6	291	26	29	18	25	1.98
28782812--28782861	26	1.9	26	100	0	100	40	24	18	18	1.91
28783203--28783295	21	4.4	21	83	2	116	5	43	17	34	1.72
28783203--28783295	42	2.2	42	88	0	132	5	43	17	34	1.72
28783271--28783315	21	2.1	21	84	8	56	6	37	15	40	1.74
28783286--28783432	66	2.2	66	84	7	183	13	28	17	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28783325--28783448	66	1.9	66	86	3	178	13	26	17	41	1.87
28788981--28789100	9	14.2	9	76	13	121	32	1	18	47	1.58
28788985--28789100	25	4.6	25	86	0	169	32	1	18	46	1.60
28788981--28789100	50	2.4	50	91	0	195	32	1	18	47	1.58
28788981--28789127	50	2.9	49	84	4	170	30	2	17	49	1.58
28789149--28789211	12	5.2	12	72	1	54	28	3	17	50	1.61
28789380--28789454	29	2.6	29	97	0	141	28	2	22	46	1.65
28789346--28789457	16	7.2	16	65	15	74	29	3	23	43	1.70
28790219--28790252	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
28790884--28790943	29	2.1	29	93	0	102	50	25	6	18	1.71
28792688--28792733	23	2.0	23	91	0	74	28	50	2	19	1.60
28793175--28793208	15	2.2	16	94	5	61	47	32	0	20	1.51
28793494--28793729	41	5.8	41	76	7	228	28	25	22	22	1.99
28793790--28793922	40	3.3	40	78	8	130	24	21	20	33	1.97
28793771--28793905	40	3.4	40	77	8	134	21	20	21	37	1.95
28799833--28799909	38	2.0	38	92	0	127	27	0	41	31	1.56
28801804--28801898	42	2.2	43	81	10	115	29	17	22	30	1.97
28801804--28801916	43	2.7	42	78	9	122	27	16	24	30	1.97
28802700--28802982	22	12.9	22	85	1	325	28	9	19	42	1.83
28805558--28805582	12	2.1	12	100	0	50	32	20	40	8	1.81
28810469--28810545	38	2.0	38	90	5	120	28	2	38	29	1.70
28824425--28824500	31	2.5	30	79	8	91	47	2	11	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28832261--28832287	14	1.9	14	100	0	54	74	7	0	18	1.05
28832564--28832602	17	2.3	17	95	0	69	28	33	17	20	1.96
28846751--28846844	39	2.4	39	87	1	125	34	3	20	42	1.68
28866407--28866446	16	2.5	16	88	8	55	65	0	0	35	0.93
28866418--28866457	16	2.4	16	83	8	53	55	0	2	42	1.13
28870553--28870582	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
28870723--28870781	9	6.4	9	79	11	66	22	8	27	42	1.82
28897969--28898773	402	2.0	401	96	0	1493	31	27	17	23	1.97
28901065--28901124	30	2.0	31	83	3	77	50	10	8	31	1.66
28905393--28905483	42	2.1	43	95	2	166	20	21	5	51	1.67
28908698--28908809	44	2.6	43	76	5	118	26	26	17	28	1.98
28913240--28913267	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
28913423--28913451	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
28913921--28914062	73	2.0	71	89	8	216	26	20	19	33	1.96
28931649--28931870	43	5.2	43	90	4	340	27	33	16	21	1.95
28936269--28936322	27	2.0	27	96	0	99	22	20	3	53	1.61
28937014--28937047	14	2.4	14	95	0	59	29	52	0	17	1.45
28936992--28937047	20	2.8	19	82	15	60	33	46	1	17	1.59
28937486--28937718	41	5.7	41	86	6	328	31	30	21	16	1.96
28937486--28937721	82	2.9	82	89	3	368	30	31	21	16	1.95
28946964--28947005	21	1.9	22	90	9	68	64	0	0	35	0.94
28962347--28962457	40	2.8	41	71	5	111	38	18	19	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28962513--28962670	41	3.8	41	85	3	201	23	20	28	27	1.99
28962515--28962670	83	1.9	82	84	6	208	23	21	27	27	1.99
28963052--28963092	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
28969008--28969159	37	3.9	37	80	13	164	25	22	15	36	1.94
28969076--28969298	52	4.6	46	87	7	266	28	22	13	35	1.92
28969119--28969292	52	3.3	52	91	1	267	27	22	13	36	1.92
28969075--28969298	98	2.3	98	80	9	253	28	22	13	35	1.93
28970944--28970985	21	2.0	21	85	0	57	45	9	7	38	1.64
28981728--28981818	28	3.3	27	66	17	62	24	3	28	43	1.70
28982503--28982555	25	2.4	23	80	20	60	52	3	3	39	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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