genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28910486--28910542	21	2.7	21	86	0	78	22	24	15	36	1.94
28912281--28912426	20	7.3	20	66	13	86	30	19	31	18	1.96
28912267--28912479	40	5.3	40	87	1	275	30	18	29	21	1.97
28912236--28912465	120	1.9	120	84	1	309	31	17	28	21	1.96
28930417--28930603	101	1.8	101	86	5	268	28	16	25	29	1.97
28930594--28930644	23	2.2	23	82	6	59	78	1	3	15	0.99
28931549--28933237	843	2.0	843	94	0	2977	27	19	17	35	1.95
28941304--28941338	5	7.0	5	90	0	52	22	2	37	37	1.69
28943199--28943253	21	2.6	21	85	0	74	23	7	36	32	1.82
28947298--28947380	6	13.5	6	83	8	105	18	46	1	33	1.56
28947298--28947380	13	6.2	13	82	14	107	18	46	1	33	1.56
28947139--28947343	112	1.8	111	94	1	365	14	48	4	32	1.64
28947299--28947380	25	3.1	25	91	8	119	18	47	1	32	1.56
28949887--28949949	21	3.1	20	77	8	65	53	15	26	3	1.57
28949910--28949946	19	1.9	19	88	0	56	51	18	27	2	1.60
28951693--28951751	27	2.1	28	81	9	68	64	0	0	35	0.94
28951714--28951774	21	3.0	20	79	15	72	67	0	1	31	1.01
28951776--28951845	28	2.4	30	76	11	74	57	5	2	34	1.37
28951719--28951864	29	5.1	28	70	19	95	60	3	3	32	1.30
28951729--28951885	58	2.7	58	78	8	158	61	3	4	30	1.34
28952045--28952116	36	2.0	36	86	5	101	33	2	2	61	1.25
28952079--28952158	30	2.6	29	80	9	79	38	2	2	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952196--28952376	93	2.0	92	85	2	247	35	9	19	34	1.85
28959105--28959150	5	8.6	5	84	13	56	0	36	0	63	0.95
28959097--28959163	23	3.0	23	86	2	91	0	34	0	65	0.93
28959157--28959206	25	2.0	26	84	4	66	12	10	10	68	1.41
28960381--28960471	34	2.8	32	86	5	121	30	2	20	46	1.63
28969501--28969550	11	4.5	11	76	14	50	46	0	4	50	1.20
28969499--28969545	23	2.0	23	95	0	85	46	0	4	48	1.21
28976110--28976244	50	2.7	50	82	0	162	25	17	28	28	1.97
28977147--28977204	5	11.6	5	83	0	71	34	0	39	25	1.56
28977158--28977208	25	2.0	25	100	0	102	39	0	35	25	1.56
28989576--28989633	19	3.0	20	75	12	66	17	36	15	31	1.91
28989576--28989670	39	2.4	39	82	0	109	18	31	15	33	1.93
28995100--28995295	50	3.8	50	83	4	221	27	21	28	22	1.99
28998365--28998432	28	2.4	28	85	4	93	36	4	10	48	1.57
29004898--29004941	23	1.9	23	85	0	61	40	15	22	20	1.90
29009299--29009339	14	3.0	14	96	3	75	14	0	12	73	1.11
29019917--29020094	40	4.5	39	79	6	155	25	20	26	26	1.99
29019923--29020094	79	2.2	78	81	7	195	25	21	27	26	1.99
29029414--29029439	10	2.6	10	100	0	52	19	19	11	50	1.77
29039221--29039370	30	5.0	30	89	3	178	14	26	32	26	1.95
29039220--29039370	60	2.5	60	83	2	196	14	26	32	26	1.95
29041190--29041255	6	10.5	6	80	15	71	80	4	3	12	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29042493--29042547	26	2.1	27	86	3	76	69	1	10	18	1.27
29042601--29042630	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
29050452--29050669	108	2.0	108	100	0	436	38	8	24	29	1.84
29058814--29058856	21	2.1	21	86	4	61	9	9	4	76	1.14
29058783--29058840	18	3.4	16	75	15	55	3	12	3	81	0.95
29063254--29063360	53	2.0	53	98	0	205	32	10	11	45	1.73
29073760--29073812	18	2.9	19	81	10	67	39	15	0	45	1.46
29080362--29080462	7	14.4	7	86	4	96	42	0	28	27	1.62
29080408--29080476	14	4.9	15	87	7	74	47	0	23	28	1.52
29080408--29080475	21	3.2	21	85	4	84	48	0	22	29	1.51
29081255--29081303	26	1.9	25	83	4	62	40	46	4	8	1.52
29082936--29082970	6	6.0	6	96	3	63	0	14	0	85	0.59
29084973--29085900	309	3.0	309	99	0	1838	34	15	13	36	1.86
29085875--29085914	9	4.4	9	90	0	62	37	25	10	27	1.88
29085922--29085982	17	3.4	17	70	12	59	50	14	3	31	1.59
29085913--29085987	37	2.0	37	100	0	150	45	16	5	33	1.69
29085913--29086004	37	2.5	37	91	7	134	46	15	5	32	1.68
29090954--29091079	62	2.0	61	95	1	225	33	20	12	33	1.90
29093719--29094369	112	5.9	111	92	3	1041	31	16	17	33	1.93
29106116--29106898	101	7.8	101	90	1	1169	32	25	21	20	1.98
29106943--29107101	50	3.2	49	76	3	131	33	19	19	27	1.96
29109311--29110066	109	6.9	109	90	1	1176	32	16	16	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29109312--29110066	220	3.5	220	94	0	1304	32	16	16	34	1.92
29109311--29110066	329	2.3	330	90	1	1209	32	16	16	34	1.92
29112325--29112448	18	6.6	18	69	12	61	8	6	59	25	1.51
29112271--29112365	30	3.2	30	72	8	77	8	5	57	28	1.50
29112342--29112431	42	2.1	42	85	0	117	8	4	62	24	1.43
29112283--29112495	60	3.5	59	80	5	178	10	6	58	24	1.54
29112385--29112551	78	2.1	78	84	2	210	12	5	59	22	1.54
29112462--29112512	24	2.1	24	85	0	66	9	3	58	27	1.47
29112463--29112502	15	2.7	15	80	0	53	7	5	60	27	1.45
29112479--29112524	24	1.9	24	86	8	67	6	6	58	28	1.48
29112606--29113025	60	7.0	60	91	0	633	13	10	55	20	1.66
29112806--29112918	36	3.5	35	66	26	95	12	10	56	20	1.65
29112897--29112942	24	1.9	24	86	0	65	8	4	65	21	1.38
29113120--29113211	18	4.9	18	73	10	78	10	0	58	30	1.32
29113042--29113145	42	2.5	42	88	0	154	11	6	60	21	1.53
29113044--29113183	42	3.4	42	83	2	133	12	5	58	24	1.53
29113047--29113199	30	5.1	30	74	9	105	12	4	58	24	1.53
29113166--29113217	18	2.9	18	80	5	61	9	0	55	34	1.32
29119490--29119674	50	3.7	50	86	1	228	22	29	21	26	1.99
29131147--29131313	22	8.0	22	72	20	89	68	0	31	0	0.94
29131160--29131214	18	2.9	18	79	15	67	63	0	34	1	1.05
29131157--29131293	44	2.9	49	75	18	144	69	0	29	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29131179--29131321	39	3.4	43	81	15	169	70	0	28	0	0.92
29131156--29131282	8	15.5	8	69	23	70	68	0	30	0	0.95
29131179--29131349	83	2.0	83	84	10	224	70	0	29	0	0.92
29131874--29131904	15	2.1	15	93	0	53	74	3	0	22	0.96
29136241--29136299	27	2.2	27	84	0	73	15	30	27	27	1.96
29136357--29136424	27	2.6	27	90	2	111	45	0	10	44	1.38
29136477--29136502	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
29137338--29137398	13	4.7	13	83	0	86	34	26	6	32	1.82
29140134--29140175	21	2.0	21	90	9	68	52	4	4	38	1.44
29140481--29140547	29	2.4	28	85	9	93	4	7	20	67	1.34
29142262--29142395	62	2.2	62	84	0	169	25	26	26	20	1.99
29147537--29147780	50	4.9	50	88	1	346	24	21	31	22	1.98
29147715--29147845	66	2.0	66	83	3	165	26	22	29	21	1.99
29154347--29154489	49	2.9	50	88	2	207	25	23	32	19	1.98
29154424--29154554	66	2.0	66	83	0	163	25	23	30	19	1.98
29161239--29161304	32	2.1	32	94	0	114	39	19	10	30	1.86
29168896--29168938	16	2.7	16	82	7	52	44	2	16	37	1.60
29174231--29174263	17	1.9	17	93	0	57	63	3	18	15	1.43
29177446--29177518	36	2.0	36	94	0	128	35	13	10	39	1.80
29185685--29185720	18	2.0	18	94	0	63	41	27	8	22	1.82
29187365--29187416	21	2.5	22	71	6	54	17	9	21	51	1.73
29191989--29192091	20	5.1	20	74	7	82	13	31	16	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29192014--29192094	40	2.0	40	85	4	110	11	30	19	38	1.87
29193990--29194024	13	2.7	13	86	0	52	34	11	5	48	1.63
29199110--29199134	11	2.3	11	100	0	50	36	8	16	40	1.77
29211281--29211329	20	2.5	20	78	15	57	12	22	6	59	1.55
29211534--29211777	50	4.8	49	78	8	204	24	28	21	25	1.99
29211985--29212026	21	2.0	21	100	0	84	42	23	4	28	1.74
29225054--29225107	27	2.0	27	96	0	99	42	18	9	29	1.81
29225567--29225887	160	2.0	160	98	0	624	35	21	11	30	1.90
29234079--29234133	23	2.4	23	90	6	85	27	18	21	32	1.96
29234212--29234318	28	3.9	27	76	6	88	24	28	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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