genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26135095--26135134	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
26139613--26139659	24	2.0	24	95	0	85	40	12	23	23	1.89
26139915--26139968	19	2.8	19	97	0	99	35	11	16	37	1.84
26139931--26139991	19	2.9	22	78	9	56	36	11	16	36	1.85
26140516--26140591	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
26142370--26142400	11	2.8	11	95	0	53	54	3	0	41	1.16
26142381--26142458	41	1.9	40	94	2	138	64	0	1	34	1.02
26143157--26143192	17	2.2	17	90	5	56	27	11	0	61	1.30
26143640--26143669	12	2.5	12	100	0	60	26	30	0	43	1.55
26143638--26143759	51	2.4	51	91	4	192	27	29	0	42	1.56
26143767--26143824	31	1.9	31	96	3	109	41	0	0	58	0.98
26144902--26144926	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
26146014--26146198	71	2.6	71	93	0	325	37	3	14	44	1.61
26146225--26146369	23	5.4	23	70	26	101	46	24	0	28	1.53
26146204--26146411	30	7.3	29	89	8	320	45	24	0	29	1.53
26146284--26146393	52	2.1	51	96	3	211	47	23	0	29	1.52
26146258--26146411	82	1.9	82	93	2	265	45	24	0	30	1.53
26146460--26146484	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
26148969--26149316	124	2.8	124	92	0	563	33	21	15	29	1.94
26149633--26149675	15	3.2	12	81	18	50	13	6	0	79	0.93
26150191--26150254	30	2.2	30	86	8	87	20	9	12	57	1.62
26152241--26152279	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26152528--26152673	50	2.9	50	78	0	157	23	30	21	24	1.99
26152933--26153023	43	2.1	43	97	0	173	19	27	7	45	1.78
26159827--26159865	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
26160127--26160259	50	2.7	49	79	6	151	21	27	22	28	1.99
26162170--26162259	26	3.4	27	71	17	64	34	2	2	61	1.21
26163001--26163048	21	2.3	22	85	7	64	56	6	6	31	1.49
26163018--26163056	21	1.9	21	84	5	53	56	7	7	28	1.55
26164740--26164790	22	2.3	22	83	10	68	7	11	15	64	1.48
26166120--26166278	78	2.0	78	98	0	309	22	19	13	44	1.85
26172860--26172907	20	2.3	20	85	3	60	62	2	4	31	1.26
26183210--26183248	18	2.2	18	85	0	51	76	0	2	20	0.90
26184596--26184640	20	2.2	20	88	0	63	37	0	4	57	1.19
26184722--26184754	17	1.9	17	100	0	66	27	0	0	72	0.85
26184724--26184764	18	2.4	17	87	4	55	31	2	0	65	1.05
26186898--26186938	3	13.7	3	85	10	57	0	39	0	60	0.96
26188245--26188294	23	2.2	23	82	7	57	54	18	4	24	1.61
26190017--26190067	26	2.0	26	88	7	77	41	27	11	19	1.86
26197448--26197493	20	2.3	20	81	7	58	41	13	0	45	1.43
26203667--26203848	92	2.0	92	85	4	251	28	21	14	35	1.93
26206018--26206292	71	3.9	71	79	1	212	25	21	20	32	1.98
26206123--26206297	35	4.9	35	65	5	100	24	21	20	34	1.97
26206017--26206297	142	2.0	142	83	2	359	24	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26210666--26210724	29	2.0	29	83	0	73	28	37	16	16	1.92
26226118--26226168	6	8.2	6	77	16	50	21	1	1	74	1.02
26226611--26226647	8	5.0	8	81	18	53	89	0	0	10	0.49
26226606--26226647	15	2.9	15	85	3	59	88	2	0	9	0.61
26226606--26226647	21	2.0	21	90	0	66	88	2	0	9	0.61
26226606--26226644	14	2.8	14	88	0	60	89	2	0	7	0.56
26242148--26242278	46	2.9	47	72	4	115	33	21	18	26	1.96
26251114--26251161	25	1.9	25	91	0	78	31	22	14	31	1.94
26253472--26253511	19	2.1	19	85	0	53	57	5	5	32	1.42
26254221--26254258	12	3.2	12	78	14	51	34	2	15	47	1.60
26255034--26255269	93	2.5	94	82	6	318	37	20	8	33	1.83
26255034--26255269	92	2.5	93	85	6	311	37	20	8	33	1.83
26255365--26255401	17	2.1	19	85	10	51	67	2	2	27	1.17
26255346--26255435	9	9.2	9	73	17	56	63	2	1	33	1.14
26255352--26255428	10	7.6	11	70	20	53	63	1	1	33	1.11
26255681--26255795	19	6.2	19	68	11	85	38	0	2	58	1.18
26255677--26255748	37	1.9	37	83	5	92	33	1	4	61	1.24
26255725--26255807	19	4.4	18	76	14	71	44	0	0	55	0.99
26255827--26256055	91	2.5	92	84	6	279	31	8	24	35	1.86
26260723--26260761	21	1.9	21	89	5	62	66	12	2	17	1.35
26261444--26261468	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
26263341--26263373	13	2.4	14	85	10	50	30	6	3	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26263762--26263792	15	2.1	15	93	0	53	61	0	0	38	0.96
26263777--26263870	48	2.0	48	83	10	122	59	3	4	32	1.33
26280953--26280995	22	2.0	22	100	0	86	55	4	6	32	1.47
26286595--26286643	21	2.2	23	82	7	57	51	6	2	40	1.38
26286596--26286646	23	2.4	22	78	12	61	49	5	1	43	1.38
26287201--26287239	18	2.2	17	86	4	51	51	0	2	46	1.14
26304920--26304948	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
26305651--26305684	18	1.9	17	94	5	59	14	29	44	11	1.81
26312015--26312043	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
26312748--26312795	18	2.8	17	78	6	60	12	25	43	18	1.85
26325387--26325429	22	2.0	21	82	13	52	23	11	16	48	1.78
26326431--26326495	34	1.9	34	90	0	103	40	4	23	32	1.75
26329992--26330121	37	3.6	36	83	7	156	18	12	27	41	1.86
26331126--26331272	54	2.7	54	87	2	206	25	19	37	17	1.94
26332528--26332834	152	2.0	152	94	0	542	25	14	16	43	1.85
26332798--26332835	15	2.6	15	83	4	51	31	5	5	57	1.43
26343680--26343768	20	4.4	20	76	5	81	44	19	25	10	1.81
26346482--26346556	25	3.2	25	76	18	97	45	14	8	32	1.74
26346482--26346571	45	2.0	45	97	0	171	44	14	6	34	1.71
26346921--26347029	41	2.7	41	88	0	146	29	23	20	26	1.99
26353581--26353617	18	2.1	18	94	0	65	59	32	0	8	1.27
26357884--26357966	42	2.0	42	87	0	121	30	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26357926--26358031	28	3.8	28	87	1	133	28	25	25	20	1.99
26357994--26358045	27	1.9	27	88	7	79	32	26	23	17	1.96
26358379--26358653	27	10.2	26	81	5	246	18	17	18	45	1.86
26358394--26358653	81	3.2	81	84	2	301	18	16	19	45	1.86
26370016--26370074	29	2.0	29	81	15	68	8	16	10	64	1.48
26371063--26371098	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
26371334--26371368	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26371221--26371537	157	2.0	157	95	0	571	44	3	4	47	1.41
26371471--26371512	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
26371480--26371521	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26371276--26371622	157	2.2	154	80	7	333	46	4	3	44	1.41
26371634--26371870	92	2.6	91	80	8	232	47	3	3	45	1.37
26384828--26384868	10	4.2	10	82	14	50	51	7	0	41	1.30
26387600--26387651	22	2.4	22	80	0	59	34	26	17	21	1.95
26403408--26403587	42	4.3	42	79	8	172	35	24	16	23	1.95
26406652--26406678	14	1.9	14	100	0	54	44	11	14	29	1.80
26421817--26421899	40	2.1	40	86	0	112	42	8	21	27	1.82
26424456--26424490	14	2.6	14	90	4	54	54	14	2	28	1.54
26436414--26436572	82	1.9	82	93	0	273	32	23	16	27	1.96
26438039--26438076	17	2.2	17	86	9	51	47	0	7	44	1.32
26444377--26444437	29	2.1	29	87	0	86	29	27	8	34	1.86
26445327--26445852	263	2.0	262	95	1	939	30	12	7	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26446278--26446403	10	12.6	10	72	22	88	0	30	0	69	0.95
26446255--26446403	38	3.8	39	81	15	173	0	30	0	69	0.94
26446249--26446401	44	3.4	44	80	12	159	0	29	0	69	0.93
26446278--26446402	14	9.1	14	71	16	93	0	29	0	69	0.94
26446216--26446417	82	2.5	80	79	12	227	0	33	0	66	0.96
26453186--26453529	171	2.0	173	91	2	557	32	18	18	30	1.95
26453674--26453709	19	1.9	19	94	5	65	27	2	5	63	1.30
26462178--26462224	25	2.0	24	87	8	69	12	23	21	42	1.87
26467821--26467847	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
26473154--26473189	16	2.2	17	90	5	56	38	5	5	50	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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