genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  57  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17471206--17471255	17	3.2	16	78	13	59	46	8	2	44	1.44
17485331--17485418	43	2.0	43	100	0	176	31	6	20	40	1.79
17492471--17492527	11	5.4	11	74	21	59	59	0	3	36	1.14
17492464--17492535	30	2.4	30	97	0	135	63	0	2	33	1.08
17493354--17493400	23	2.0	25	87	8	71	8	0	12	78	0.95
17493645--17494193	44	12.6	44	74	12	230	27	23	18	30	1.98
17493649--17494099	217	2.1	217	89	0	679	27	23	18	29	1.98
17493813--17494245	89	4.9	88	78	7	353	27	23	18	30	1.97
17493783--17494245	44	10.5	44	79	6	370	27	22	18	31	1.97
17502788--17502947	82	2.0	82	97	0	302	38	23	11	26	1.89
17506511--17506560	26	1.9	27	84	15	70	72	4	2	22	1.12
17506543--17506574	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
17506822--17506873	23	2.2	24	83	10	63	63	5	5	25	1.39
17507862--17507906	23	2.0	23	86	8	65	11	2	13	73	1.19
17516997--17517024	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
17522191--17522228	16	2.2	18	86	9	53	23	7	7	60	1.51
17522716--17522757	21	2.0	21	90	0	66	30	11	0	57	1.35
17524973--17525040	16	4.2	16	96	0	118	27	0	36	35	1.58
17525021--17525115	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
17525196--17525426	124	1.8	127	92	4	396	45	3	3	47	1.36
17525401--17525435	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17525209--17525594	124	3.0	125	82	8	390	47	4	2	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17525530--17525564	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
17525605--17525651	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
17525624--17525657	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
17525690--17525883	92	2.1	91	88	5	284	46	4	4	44	1.41
17527280--17527306	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
17537468--17537494	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
17538891--17539083	91	2.1	92	88	6	286	44	4	4	47	1.41
17539061--17539159	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
17539116--17539149	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
17539121--17539168	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
17539156--17539387	127	1.8	129	93	2	405	42	2	6	49	1.40
17539336--17539370	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17539345--17539575	124	1.8	127	92	4	396	47	3	3	45	1.36
17539656--17539750	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
17539731--17539798	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
17540382--17540408	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
17541681--17542515	227	3.6	226	85	8	1052	37	14	17	30	1.89
17541681--17542515	116	7.3	114	84	9	1035	37	14	17	30	1.89
17544461--17545674	119	10.5	114	80	12	1070	28	16	14	41	1.87
17544963--17545671	116	6.1	114	82	8	713	29	15	14	40	1.87
17547796--17547847	21	2.5	21	83	0	68	34	7	26	30	1.85
17549575--17549629	21	2.5	22	85	5	85	3	38	12	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17551685--17551807	13	8.6	13	68	24	70	38	2	47	12	1.54
17551685--17551764	7	11.1	7	71	24	60	40	1	46	12	1.50
17551690--17551823	43	3.1	43	88	6	191	36	3	48	11	1.57
17551876--17552333	30	15.5	29	94	3	774	52	0	10	37	1.36
17555894--17555942	21	2.3	21	92	0	80	32	34	8	24	1.85
17560015--17560077	10	6.3	10	75	17	60	58	0	4	36	1.19
17560028--17560061	11	3.2	11	87	8	52	58	0	0	41	0.98
17560025--17560077	21	2.7	19	82	5	61	58	0	3	37	1.16
17561165--17561201	16	2.3	16	90	0	56	10	0	27	62	1.28
17565277--17565301	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
17566750--17566790	15	2.7	15	96	0	73	21	41	29	7	1.80
17572388--17572422	18	1.9	18	94	0	61	14	20	0	65	1.26
17573401--17573489	13	6.9	13	69	12	67	57	7	4	30	1.47
17573407--17573489	38	2.2	36	85	6	103	56	7	4	31	1.47
17575140--17575329	102	1.9	102	88	2	292	26	21	20	31	1.98
17575228--17575578	143	2.5	143	85	0	472	26	23	20	30	1.98
17574990--17575472	245	2.0	245	87	2	711	26	22	20	30	1.98
17575512--17575626	44	2.7	43	82	4	133	29	24	20	26	1.99
17585592--17585680	13	6.9	13	66	12	58	57	6	6	29	1.50
17586926--17586954	13	2.1	14	93	6	51	6	0	10	82	0.83
17593042--17593072	14	2.2	14	100	0	62	22	12	29	35	1.91
17597634--17597684	13	4.1	13	78	19	63	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17597639--17597725	23	3.7	24	75	10	81	54	3	0	42	1.17
17597637--17597702	24	2.8	22	80	13	78	51	1	0	46	1.10
17597644--17597715	24	3.1	23	86	6	74	56	1	0	41	1.07
17597769--17597829	22	2.7	23	80	12	63	59	1	0	39	1.08
17597781--17597829	21	2.2	21	85	10	62	63	2	0	34	1.06
17597834--17597887	24	2.2	24	83	6	65	72	11	3	12	1.25
17597848--17597911	13	5.2	12	71	21	53	78	6	4	10	1.08
17597850--17597939	24	3.8	24	76	21	82	74	5	10	10	1.21
17597900--17597970	32	2.3	31	78	19	78	74	4	14	7	1.18
17602182--17602225	23	2.0	23	81	4	54	36	9	2	52	1.46
17618354--17618405	27	1.9	28	81	14	65	48	3	9	38	1.54
17619944--17620434	50	9.8	49	68	10	260	25	21	20	31	1.98
17619928--17620461	100	5.3	100	90	0	782	25	22	20	32	1.98
17620455--17621612	262	4.4	262	93	1	1856	26	24	19	29	1.98
17620455--17621615	132	8.8	131	88	2	1600	26	24	19	29	1.98
17622932--17622964	7	4.7	7	92	0	57	12	15	0	72	1.12
17622930--17622967	14	2.6	15	87	8	60	15	15	0	68	1.22
17628234--17628285	27	1.9	28	81	14	65	48	3	9	38	1.54
17633506--17633544	19	2.1	19	85	0	51	69	2	15	12	1.30
17633793--17633865	26	2.8	26	81	4	94	42	9	16	31	1.80
17634331--17634496	43	3.9	43	83	0	215	37	23	10	28	1.87
17634337--17634496	86	1.9	86	87	0	239	39	21	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17637726--17637767	21	2.0	21	85	0	57	26	16	7	50	1.71
17644613--17644705	47	2.0	46	82	2	114	37	23	6	32	1.80
17659576--17659646	35	2.0	36	89	8	110	47	5	2	43	1.41
17662955--17663004	17	2.9	17	75	16	50	2	30	8	60	1.37
17665679--17665736	25	2.4	25	88	2	82	46	6	13	32	1.70
17674068--17674106	18	2.2	18	86	9	53	25	20	12	41	1.88
17685116--17685204	31	2.8	31	79	15	94	43	6	4	44	1.50
17688055--17688113	27	2.2	27	81	0	64	28	11	27	32	1.92
17691415--17691446	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
17691599--17691769	43	4.0	43	74	8	161	33	25	17	23	1.96
17691598--17691753	84	1.9	84	83	5	208	32	26	17	23	1.96
17711132--17711185	2	27.0	2	92	0	81	46	48	3	1	1.30
17711569--17711599	16	1.9	16	93	0	53	32	29	0	38	1.57
17719891--17720107	105	2.1	101	84	5	274	32	16	23	26	1.96
17721176--17721231	23	2.6	21	75	8	58	33	0	1	64	1.04
17721247--17721296	20	2.4	21	80	3	57	36	2	2	60	1.20
17742859--17742894	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
17751020--17751100	37	2.2	37	82	4	92	40	6	18	34	1.76
17751091--17751129	7	5.9	7	91	8	64	58	0	25	15	1.37
17758240--17758295	23	2.5	23	80	8	62	35	23	23	17	1.95
17758285--17758329	22	2.0	22	95	0	81	37	22	22	17	1.94
17759569--17760211	320	2.0	320	100	0	1286	40	23	5	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17774644--17774685	21	2.0	21	100	0	84	61	9	4	23	1.45
17782688--17782721	13	2.6	13	90	0	50	41	32	20	5	1.76
17785937--17786006	20	3.7	19	84	9	90	60	8	0	31	1.27
17785938--17786021	39	2.2	38	83	12	100	54	7	0	38	1.28
17794162--17794217	5	10.3	6	78	18	52	62	0	37	0	0.95
17802398--17802458	31	2.0	31	86	0	86	42	18	13	26	1.86
17817366--17817504	69	2.0	69	98	0	269	37	7	5	48	1.56
17825321--17825360	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
17832848--17832942	25	3.8	24	81	4	91	34	22	20	23	1.96
17837468--17837525	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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