genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100639--2100677	21	1.9	20	84	5	51	20	10	12	56	1.65
2107261--2107303	20	2.2	20	95	0	77	51	13	11	23	1.74
2113243--2113285	21	2.0	22	86	4	61	41	4	0	53	1.21
2122944--2122993	24	2.1	23	85	3	64	52	0	2	46	1.12
2129853--2129922	34	2.1	34	97	0	131	42	4	5	47	1.47
2132806--2133100	135	2.2	135	94	0	509	34	15	23	25	1.95
2135216--2135271	29	1.9	29	85	0	76	33	17	8	39	1.81
2150268--2150321	25	2.2	26	80	10	67	64	3	5	25	1.32
2152027--2152079	25	2.2	24	86	3	70	16	22	22	37	1.94
2153360--2153407	20	2.4	20	100	0	96	43	0	12	43	1.42
2153360--2153407	9	4.7	11	73	17	50	43	0	12	43	1.42
2156764--2156805	17	2.5	17	75	17	52	38	4	11	45	1.62
2161260--2161292	9	3.8	9	88	8	50	36	0	0	63	0.95
2165414--2165468	16	3.5	16	72	20	53	40	1	1	56	1.21
2181598--2181622	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2185614--2185662	23	2.2	23	85	3	64	51	6	6	36	1.52
2185619--2185662	23	1.9	23	90	0	70	50	4	6	38	1.50
2185644--2185679	17	2.0	19	89	10	58	61	5	5	27	1.41
2190267--2190308	22	1.9	22	85	0	57	45	14	16	23	1.84
2190421--2190457	18	2.1	18	100	0	74	37	8	10	43	1.69
2191789--2191867	29	2.6	32	80	10	101	40	8	3	46	1.53
2195863--2195924	25	2.4	27	86	5	83	37	0	1	61	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195827--2195904	38	2.0	39	92	2	131	35	1	0	62	1.03
2200652--2200706	23	2.4	23	87	6	76	20	18	10	50	1.76
2205481--2205600	38	3.0	38	82	15	159	42	10	19	27	1.84
2205499--2205590	45	2.0	45	100	0	184	42	10	21	25	1.85
2208721--2208752	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2210143--2210210	31	2.2	31	86	5	93	44	10	10	35	1.73
2216242--2216313	31	2.3	32	80	4	85	36	8	16	38	1.79
2219756--2219793	15	2.5	15	87	8	51	55	28	0	15	1.41
2220046--2220085	19	2.0	20	85	4	55	67	0	5	27	1.11
2221615--2221688	28	2.6	28	78	2	85	37	1	0	60	1.05
2227150--2227210	30	2.0	30	84	12	81	60	0	1	37	1.07
2229251--2229307	26	2.2	26	87	0	78	24	22	29	22	1.99
2231256--2231362	51	2.1	51	81	6	119	35	13	9	42	1.76
2234257--2234284	13	2.2	13	100	0	56	32	0	21	46	1.52
2234501--2234621	64	1.9	64	85	0	170	22	20	20	36	1.95
2240060--2240098	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2245192--2245255	30	2.1	30	85	0	83	51	9	21	17	1.73
2248963--2249024	27	2.3	26	84	10	81	64	3	1	30	1.19
2254079--2254119	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2260808--2260849	19	2.2	19	87	8	59	66	7	4	21	1.35
2266920--2267064	72	2.0	72	91	0	236	37	19	14	28	1.91
2267279--2267303	6	4.2	6	100	0	50	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271608--2271655	20	2.4	20	86	6	62	58	0	2	39	1.10
2272416--2272441	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
2275556--2275612	30	2.0	28	83	12	73	33	10	7	49	1.64
2278939--2278994	22	2.6	22	81	10	71	48	1	1	48	1.22
2292891--2292989	31	3.2	31	71	7	85	44	7	10	38	1.65
2296978--2297043	24	3.3	19	67	22	53	69	0	0	30	0.88
2296981--2297031	24	2.1	25	88	3	77	72	0	0	27	0.85
2310166--2310199	14	2.3	15	90	5	52	38	2	2	55	1.30
2310529--2310574	21	2.2	21	84	3	58	34	41	10	13	1.79
2313525--2313994	154	3.0	153	89	3	667	20	7	22	50	1.73
2327842--2327893	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2329813--2329864	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2335804--2335837	14	2.4	14	90	0	50	35	0	14	50	1.44
2347050--2347119	32	2.2	32	84	2	88	31	8	11	48	1.69
2358123--2358297	75	2.3	75	96	0	314	19	21	16	42	1.89
2362590--2362614	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2362659--2362710	16	3.2	16	83	0	68	34	0	3	61	1.14
2369092--2369161	33	2.1	33	100	0	140	40	8	8	42	1.66
2369831--2369885	8	6.8	8	76	12	58	36	0	1	61	1.06
2370902--2370976	19	4.0	19	70	20	68	36	2	25	36	1.70
2373718--2373845	54	2.3	56	89	6	190	22	12	3	61	1.45
2374012--2374078	19	3.5	19	71	18	66	26	4	2	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374003--2374083	39	2.1	39	97	0	153	25	3	2	67	1.19
2375972--2376024	25	2.0	25	82	7	61	24	0	5	69	1.09
2381979--2382124	37	4.0	37	90	1	224	25	22	15	36	1.94
2381978--2382171	74	2.5	78	84	9	238	26	22	14	36	1.93
2382088--2382362	52	5.6	48	89	5	310	28	22	14	35	1.93
2382131--2382356	52	4.3	52	93	1	344	27	23	13	35	1.92
2382088--2382362	104	2.7	100	85	7	378	28	22	14	35	1.93
2384005--2384046	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
2385888--2385939	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2390735--2390783	24	2.0	24	96	0	89	32	36	8	22	1.84
2393353--2393389	17	2.1	19	90	10	60	18	0	10	70	1.16
2398258--2398328	31	2.3	32	80	9	85	43	21	12	22	1.86
2398357--2398397	21	2.0	21	90	0	64	26	19	26	26	1.99
2399005--2399201	98	2.0	98	95	0	358	37	23	10	28	1.87
2400481--2400614	19	6.7	21	77	10	68	40	14	6	38	1.73
2400481--2400538	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
2400517--2400627	19	5.8	19	86	0	168	37	14	9	38	1.78
2400517--2400620	38	2.7	38	95	0	190	38	13	8	39	1.75
2400956--2401195	132	1.8	132	90	3	394	28	26	17	27	1.98
2406576--2406771	97	2.0	98	95	1	358	37	22	9	29	1.86
2408058--2408112	23	2.6	21	78	13	60	41	16	7	34	1.76
2408061--2408105	23	2.0	22	86	4	63	40	17	6	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408084--2408137	19	2.8	19	85	0	81	38	14	9	37	1.79
2409130--2409169	17	2.4	17	95	0	71	5	27	0	67	1.11
2410136--2410173	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
2411029--2411068	21	1.9	21	85	10	55	27	5	0	67	1.11
2418397--2418518	41	3.1	39	74	9	124	27	17	20	35	1.95
2418698--2418740	21	2.0	21	86	8	61	46	4	23	25	1.71
2419250--2419289	21	1.9	22	85	10	57	20	0	20	60	1.37
2427339--2427374	3	12.3	3	88	5	56	0	36	0	63	0.94
2427908--2427968	31	2.0	31	86	0	86	52	8	9	29	1.63
2428427--2428491	34	1.9	34	84	6	87	58	1	4	35	1.28
2439152--2439177	10	2.6	10	100	0	52	30	11	11	46	1.76
2444409--2444454	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
2444760--2444820	24	2.5	24	76	5	61	16	1	6	75	1.09
2444876--2444917	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
2450751--2450790	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2450739--2450805	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
2450774--2450813	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
2452681--2452746	18	3.6	18	74	15	64	65	1	1	31	1.11
2454706--2454788	39	2.2	36	82	8	103	54	0	0	45	0.99
2454778--2454811	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
2456005--2456043	20	2.0	19	85	5	51	46	0	7	46	1.31
2470542--2470588	18	2.5	19	77	22	55	23	10	19	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476992--2477048	20	2.8	20	74	10	62	42	1	7	49	1.40
2483508--2483577	11	6.4	11	75	6	61	18	4	8	68	1.32
2483526--2483581	14	3.6	14	78	21	67	23	3	5	67	1.27
2491274--2491305	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2491857--2491889	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2492179--2492266	17	5.5	16	69	13	56	46	2	0	51	1.13
2492221--2492267	24	1.9	25	83	12	62	51	0	0	48	1.00
2493407--2493460	21	2.6	20	79	5	54	61	5	5	27	1.41
2504591--2504616	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2504590--2504618	11	2.5	12	88	11	51	37	6	0	55	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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