genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  56  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17148431--17148490	28	2.3	26	83	11	70	48	3	10	38	1.53
17150498--17150539	20	2.1	20	86	8	59	59	4	0	35	1.19
17168000--17168025	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
17175206--17175254	26	1.9	26	88	12	75	44	8	28	18	1.78
17175204--17175260	26	2.2	25	78	9	71	52	7	24	15	1.67
17178432--17178460	10	2.9	10	100	0	58	62	20	0	17	1.33
17179794--17179846	24	2.2	24	82	0	70	15	20	11	52	1.72
17188893--17188948	3	18.7	3	100	0	112	33	0	32	33	1.58
17189216--17189253	19	2.0	19	94	0	67	23	23	15	36	1.94
17196143--17196186	22	2.0	22	86	8	63	25	0	0	75	0.81
17196148--17196202	21	2.5	22	85	11	69	21	3	0	74	0.97
17198861--17198984	66	1.9	66	80	6	144	30	8	6	54	1.55
17199585--17199647	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
17204900--17204951	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
17208118--17208178	24	2.6	24	82	7	72	36	14	14	34	1.87
17208648--17208685	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
17212715--17212830	25	4.7	25	76	10	85	29	20	25	24	1.99
17220325--17220383	21	2.8	21	78	0	73	20	38	20	20	1.93
17227703--17227750	20	2.3	20	79	10	53	33	0	8	58	1.28
17233374--17233462	26	3.5	26	86	7	128	42	21	19	16	1.89
17236367--17236404	20	1.9	20	88	0	58	50	10	5	34	1.59
17240652--17240770	23	5.2	23	84	6	161	31	26	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17240652--17240773	46	2.7	46	90	0	190	32	25	18	23	1.97
17240860--17240888	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
17250538--17250568	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
17252626--17252669	19	2.3	19	88	0	70	31	2	15	50	1.57
17256504--17256562	19	3.2	19	97	2	111	38	3	15	42	1.63
17264035--17264095	31	2.0	31	90	0	95	26	19	4	49	1.69
17274531--17274572	18	2.4	17	88	11	66	33	9	33	23	1.87
17275717--17275761	9	5.1	9	82	15	58	44	0	2	53	1.13
17275918--17275957	4	10.0	4	94	0	71	50	2	0	47	1.14
17278787--17278836	16	3.0	18	81	18	56	42	0	42	16	1.47
17293233--17293268	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
17293384--17293410	6	4.5	6	100	0	54	14	18	18	48	1.82
17298087--17298305	96	2.2	98	88	5	320	30	22	23	23	1.99
17298089--17298305	47	4.5	48	81	10	230	30	22	23	23	1.99
17298034--17298305	52	5.3	51	81	12	269	31	22	22	23	1.98
17299233--17299304	31	2.3	31	80	4	92	65	5	6	22	1.38
17299233--17299313	31	2.6	31	76	7	85	65	4	6	23	1.35
17301448--17301485	19	2.0	19	85	10	51	21	13	0	65	1.26
17301486--17301611	38	3.2	39	88	5	184	22	18	7	51	1.71
17301586--17301636	23	2.2	24	89	3	77	15	13	0	70	1.17
17301591--17301628	18	2.1	18	90	0	58	15	15	0	68	1.22
17301749--17301937	26	7.2	25	61	16	69	26	10	2	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17301755--17301953	54	3.8	53	96	2	364	28	11	1	58	1.42
17301755--17301956	53	3.8	53	96	1	361	28	11	1	58	1.41
17304311--17304660	50	6.8	50	81	8	353	21	23	23	32	1.98
17304358--17304660	159	1.9	158	87	4	441	21	23	23	31	1.98
17305063--17305091	8	3.6	8	100	0	58	58	0	0	41	0.98
17305298--17305363	33	2.0	34	84	3	89	51	4	1	42	1.31
17309749--17309781	15	2.3	15	89	5	50	27	0	30	42	1.56
17314962--17315060	43	2.3	43	85	0	126	34	29	13	23	1.92
17320391--17320470	40	2.0	40	97	0	151	30	17	11	41	1.84
17321238--17321281	19	2.2	20	84	4	54	65	4	2	27	1.23
17323763--17323805	21	2.1	20	82	4	50	39	11	13	34	1.82
17329299--17329332	15	2.2	16	89	5	52	0	23	0	76	0.79
17333596--17333639	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
17333684--17333772	45	2.0	45	90	0	142	32	21	19	26	1.97
17333779--17333860	26	3.2	26	61	22	64	31	29	13	25	1.94
17333783--17333918	50	2.7	52	87	5	206	29	28	16	25	1.97
17338196--17338289	35	2.7	35	81	1	100	28	21	18	31	1.96
17338228--17338313	35	2.5	35	84	0	109	25	25	17	31	1.97
17346297--17346322	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
17349005--17349050	16	2.9	16	83	0	56	28	28	6	36	1.82
17350961--17351000	19	2.2	19	86	4	55	20	15	2	62	1.43
17358046--17358098	27	2.0	27	96	0	97	32	3	26	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17363047--17363090	14	3.1	14	90	0	70	4	25	20	50	1.67
17363160--17363216	25	2.4	24	85	11	73	1	24	19	54	1.54
17365119--17365184	18	3.7	18	95	0	114	34	13	12	39	1.82
17365609--17365779	72	2.4	72	87	4	249	25	5	12	56	1.58
17368182--17368221	14	2.9	14	84	0	53	32	7	20	40	1.80
17368190--17368256	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
17380474--17380514	22	1.9	21	85	14	57	21	0	7	70	1.11
17385853--17385947	30	3.2	29	79	18	106	27	15	23	33	1.95
17385871--17385947	29	2.6	30	91	2	120	24	16	24	33	1.96
17388062--17388086	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
17388068--17388126	28	2.1	28	83	3	73	61	3	3	32	1.29
17390637--17390690	28	2.0	28	82	10	67	35	27	22	14	1.93
17392565--17392614	20	2.5	20	83	0	73	18	40	20	22	1.92
17394189--17394221	15	2.3	15	94	5	59	51	6	3	39	1.42
17394441--17394635	57	3.6	54	86	5	238	22	17	13	46	1.83
17394491--17394635	54	2.9	49	82	9	191	22	17	13	46	1.83
17397400--17397442	21	2.0	23	81	9	54	34	11	9	44	1.73
17404900--17405161	66	4.0	66	89	0	389	40	21	11	25	1.88
17409623--17409767	66	2.3	63	86	3	200	18	11	26	42	1.85
17411590--17412442	432	2.0	431	91	0	1402	31	15	22	30	1.95
17414150--17414253	52	2.0	52	100	0	208	44	13	23	19	1.86
17414658--17414717	19	3.4	19	69	21	67	15	16	0	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17414652--17414716	33	1.9	35	93	6	116	13	18	0	67	1.23
17414661--17414718	20	3.2	20	66	28	58	13	17	0	68	1.20
17415910--17415934	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
17426984--17427304	108	3.0	108	87	1	455	35	18	16	29	1.93
17427331--17427375	21	2.2	20	84	11	56	53	2	15	28	1.54
17429604--17429825	44	5.1	43	71	14	161	27	21	18	31	1.97
17429599--17429836	129	1.8	129	86	1	343	28	21	18	31	1.97
17429816--17430385	50	11.4	50	70	4	371	24	21	21	31	1.98
17429816--17430388	100	5.7	99	85	2	734	24	22	21	31	1.98
17430396--17431027	132	4.8	132	89	0	906	28	22	17	32	1.96
17431025--17431588	267	2.1	267	89	2	855	24	23	21	29	1.99
17431025--17431607	89	6.6	89	87	2	771	24	23	21	30	1.99
17432866--17432929	10	6.6	10	75	21	57	0	21	0	78	0.76
17432866--17432905	6	7.0	6	78	21	50	0	20	0	80	0.72
17432870--17432932	13	4.8	13	78	18	60	0	20	0	79	0.73
17432869--17432902	17	1.9	18	94	5	61	0	20	0	79	0.73
17432869--17432932	23	2.7	24	86	11	80	0	20	0	79	0.73
17432866--17432932	11	5.7	11	79	19	57	0	20	0	79	0.74
17433290--17433355	1	66.0	1	75	0	60	4	0	7	87	0.65
17433290--17433354	11	5.9	11	83	8	71	4	0	7	87	0.66
17433289--17433354	27	2.4	27	85	9	89	4	0	9	86	0.70
17435894--17436214	108	3.0	107	80	5	376	34	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17444759--17444836	33	2.4	33	85	10	106	33	16	24	25	1.96
17444630--17444851	101	2.2	101	87	1	320	30	16	25	27	1.97
17444655--17444880	101	2.3	101	83	3	269	32	15	23	27	1.95
17448144--17448249	42	2.6	41	82	4	133	37	17	14	30	1.90
17448617--17448679	32	2.0	32	81	6	74	49	6	4	39	1.49
17448682--17448718	14	2.6	15	87	8	51	56	5	0	37	1.22
17457636--17457665	15	2.0	15	100	0	60	0	13	20	66	1.24
17468777--17469074	152	2.0	152	87	1	427	27	12	23	36	1.90
17471006--17471045	15	2.7	14	84	7	53	57	5	0	37	1.21
17471113--17471165	18	2.9	18	86	8	72	50	0	1	47	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218