genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25231714--25231804	44	2.1	44	89	4	139	21	16	18	42	1.89
25231687--25231831	71	2.0	71	86	2	202	21	13	20	44	1.85
25231660--25231841	98	1.9	98	86	4	260	21	14	19	44	1.86
25231758--25231923	27	6.1	27	75	8	142	22	13	18	46	1.83
25231833--25231955	27	4.5	27	78	7	113	26	11	16	45	1.81
25231781--25231980	82	2.4	81	85	2	283	23	12	17	47	1.81
25231799--25231955	27	5.8	26	74	8	107	24	11	17	46	1.81
25231768--25231984	55	4.0	54	73	10	149	23	11	17	47	1.81
25232210--25232244	17	2.0	18	94	5	63	22	42	22	11	1.85
25232212--25232270	20	3.2	19	81	11	52	22	44	18	15	1.87
25235637--25235712	27	2.9	26	86	9	102	30	14	13	42	1.84
25241528--25241625	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
25256004--25256035	16	1.9	17	93	6	57	56	9	3	31	1.47
25260273--25260435	86	1.9	87	88	2	247	27	31	10	30	1.90
25261964--25262000	9	4.1	9	89	0	56	45	13	8	32	1.73
25263284--25263369	20	4.2	20	79	8	84	44	12	5	37	1.67
25263409--25263472	20	3.3	19	77	14	67	42	17	9	31	1.81
25267053--25267126	26	2.8	26	87	0	94	31	17	8	43	1.78
25272855--25272904	26	1.9	26	91	4	75	56	0	0	44	0.99
25272972--25273092	64	1.9	64	98	0	233	52	9	7	30	1.62
25276292--25276527	47	5.1	47	68	17	181	45	2	3	48	1.34
25276457--25276648	101	2.0	92	76	15	176	46	3	2	47	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25276273--25276571	91	3.3	91	96	0	526	46	3	3	46	1.37
25276598--25276906	59	5.2	58	66	20	197	43	2	4	49	1.36
25276587--25277004	120	3.5	120	94	1	721	43	2	5	49	1.36
25276660--25276967	61	5.1	61	65	19	196	43	1	6	48	1.39
25276708--25276742	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25276714--25276888	44	4.2	44	65	20	126	44	1	4	49	1.31
25276841--25276887	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
25276661--25276964	59	5.1	59	66	21	184	43	1	6	48	1.39
25276961--25277002	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25276952--25276993	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25277131--25277235	44	2.5	40	77	18	115	33	29	4	32	1.78
25277148--25277236	45	2.0	44	89	6	135	35	28	5	30	1.80
25277217--25277249	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
25277430--25277569	50	3.0	45	75	11	138	28	6	12	52	1.63
25277442--25277541	50	2.0	50	88	0	146	28	6	12	54	1.60
25278628--25278687	30	2.0	30	84	12	79	23	23	31	21	1.98
25286959--25287064	52	2.0	52	98	0	203	44	9	17	28	1.80
25292918--25292969	20	2.6	20	75	0	59	44	13	11	30	1.79
25293275--25293309	17	2.1	17	88	0	52	48	2	22	25	1.64
25298066--25298203	58	2.3	57	79	13	145	40	0	3	55	1.23
25298407--25298452	16	2.9	16	86	0	56	30	23	2	43	1.66
25305665--25305797	45	3.0	43	81	11	148	24	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25307856--25307926	35	2.0	35	97	0	133	36	12	21	29	1.90
25307863--25307936	35	2.2	32	86	9	96	37	12	21	28	1.89
25308765--25308941	44	4.0	44	94	0	291	27	27	19	25	1.99
25308955--25309612	88	7.5	88	86	4	772	23	24	24	27	2.00
25315654--25315701	15	3.3	15	71	11	55	41	2	12	43	1.54
25315646--25315701	28	2.0	28	100	0	112	42	3	10	42	1.56
25334215--25334276	3	21.0	3	80	3	54	32	6	1	59	1.32
25334215--25334276	15	4.2	15	79	2	72	32	6	1	59	1.32
25336850--25336908	24	2.4	24	80	8	75	27	1	3	67	1.16
25352172--25352329	79	2.0	79	82	0	190	41	15	12	29	1.84
25358025--25358056	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25361923--25361954	2	16.5	2	93	6	57	0	50	0	50	1.00
25370668--25370695	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
25371754--25371795	21	2.0	21	95	0	75	26	33	26	14	1.94
25372013--25372069	16	3.2	16	74	25	60	70	1	1	26	1.07
25372209--25372549	146	2.4	146	80	10	407	55	11	9	23	1.64
25378898--25378938	19	2.3	18	84	12	57	41	0	31	26	1.56
25385253--25385280	8	3.5	8	100	0	56	25	0	25	50	1.50
25393404--25393467	13	4.9	13	84	0	92	35	28	7	28	1.85
25393404--25393467	26	2.5	26	89	0	110	35	28	7	28	1.85
25394747--25394963	47	4.6	47	92	1	335	29	30	7	32	1.86
25399018--25399127	42	2.6	42	85	0	157	18	38	25	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25398951--25399244	146	2.0	146	84	1	383	20	31	25	23	1.98
25403834--25403865	14	2.3	14	94	0	55	46	0	6	46	1.27
25403947--25403993	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
25403950--25403998	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
25404100--25404134	12	2.8	12	91	4	52	62	5	0	31	1.18
25404212--25404296	3	28.3	3	73	17	63	65	1	3	29	1.16
25404212--25404296	11	7.4	11	71	19	66	65	1	3	29	1.16
25404212--25404293	24	3.4	23	74	14	76	65	1	3	29	1.17
25404212--25404296	35	2.3	36	78	8	91	65	1	3	29	1.16
25404622--25404676	23	2.3	25	87	9	87	65	27	0	7	1.19
25404626--25404669	22	2.0	22	91	8	72	70	25	0	4	1.06
25404628--25404699	23	3.2	22	84	7	74	61	27	1	9	1.36
25405169--25405320	40	3.8	40	79	3	187	26	19	21	31	1.98
25405153--25405321	40	4.1	42	75	6	157	26	17	21	34	1.96
25405153--25405321	82	2.0	83	88	1	250	26	17	21	34	1.96
25405481--25405671	46	4.2	45	65	12	111	29	24	20	25	1.99
25405483--25405787	136	2.3	135	94	1	531	28	22	21	27	1.99
25405725--25406437	132	5.4	132	94	0	1174	30	25	16	27	1.97
25418612--25418641	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
25418726--25418780	17	3.1	18	82	10	69	60	7	0	32	1.24
25418874--25418908	12	2.8	12	91	4	52	62	5	0	31	1.18
25418986--25419068	3	28.3	3	73	20	54	66	1	3	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25418984--25419065	12	6.5	12	73	17	60	65	1	3	29	1.17
25419395--25419448	23	2.3	24	93	3	92	64	27	0	7	1.20
25419400--25419471	23	3.2	22	84	7	74	61	27	1	9	1.36
25438623--25438667	4	11.2	4	100	0	90	24	0	24	51	1.49
25438654--25438733	40	2.0	40	100	0	160	35	2	17	45	1.62
25440402--25440458	19	2.9	21	80	17	68	36	0	0	63	0.95
25440503--25440561	29	2.0	30	83	3	75	38	10	3	47	1.54
25440942--25440972	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
25446209--25446596	88	4.4	88	87	0	515	28	28	22	20	1.99
25446209--25446643	176	2.5	176	83	1	514	28	28	22	20	1.99
25446612--25447661	44	24.7	44	78	9	1016	29	17	24	28	1.97
25446612--25447664	126	8.2	128	82	7	1041	29	17	24	28	1.97
25446741--25447654	82	10.8	82	73	16	544	29	17	24	28	1.98
25446612--25447654	170	6.1	168	79	10	968	29	17	24	28	1.97
25447980--25448137	44	3.7	44	76	7	121	28	20	21	29	1.98
25449874--25449930	19	2.9	21	80	17	68	36	0	0	63	0.95
25449974--25450032	29	2.0	30	83	3	75	38	10	3	47	1.54
25450413--25450443	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
25451328--25451356	10	3.0	10	95	5	51	93	0	6	0	0.36
25452217--25452246	13	2.3	13	100	0	60	50	6	0	43	1.28
25453912--25453947	13	2.8	12	91	8	54	66	5	0	27	1.13
25453912--25453947	6	5.7	6	90	9	54	66	5	0	27	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25464513--25464714	105	1.9	105	86	4	291	32	12	25	28	1.93
25464513--25464754	105	2.3	105	81	4	238	34	13	23	29	1.92
25469072--25469096	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
25470626--25470669	19	2.3	19	84	11	54	59	4	0	36	1.18
25470639--25470700	18	3.4	17	72	12	52	54	4	3	37	1.38
25478442--25478480	20	1.9	21	89	5	62	17	17	2	61	1.46
25489701--25489745	23	2.0	23	86	4	65	42	4	17	35	1.70
25490275--25490349	37	2.1	37	80	12	84	36	9	2	52	1.48
25492578--25492603	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
25494174--25494404	105	2.2	105	86	1	311	32	12	23	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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