genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  85  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24836434--24836492	21	2.8	21	87	5	75	5	42	18	33	1.72
24838409--24838487	39	2.0	39	100	0	158	40	10	20	29	1.85
24842014--24842314	9	34.3	9	73	14	247	32	0	20	45	1.58
24842003--24842107	25	4.2	25	78	11	115	33	1	19	45	1.61
24842003--24842076	16	4.4	16	79	15	69	35	2	17	44	1.63
24842122--24842160	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
24843830--24843911	39	2.1	37	82	10	94	45	23	12	19	1.84
24843808--24844102	114	2.6	114	78	4	297	43	21	14	20	1.87
24844262--24844474	103	2.1	103	96	0	390	38	30	4	26	1.76
24844462--24844663	7	29.0	7	66	10	56	46	32	2	18	1.65
24844463--24844502	21	1.9	21	89	0	62	60	25	0	15	1.35
24844262--24844503	103	2.3	103	91	2	353	40	30	3	25	1.73
24844466--24844543	41	1.9	41	86	0	111	52	33	0	14	1.41
24844462--24844543	14	5.9	14	75	2	76	52	32	0	14	1.42
24844550--24844649	43	2.4	42	75	12	107	42	32	5	21	1.74
24844627--24844692	15	4.4	15	72	12	55	43	34	1	19	1.60
24844627--24844669	22	2.0	22	86	9	61	44	32	0	23	1.54
24844712--24844778	22	3.0	22	76	8	66	35	41	5	16	1.73
24844984--24845321	114	3.0	114	86	1	471	29	23	21	25	1.99
24845222--24845393	72	2.4	72	90	0	281	26	25	21	26	1.99
24845111--24845698	186	3.2	185	86	2	829	26	25	21	26	1.99
24845416--24845572	73	2.2	71	81	2	188	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24845294--24845862	300	1.9	300	92	0	967	25	24	22	27	2.00
24845482--24845807	114	2.9	113	88	2	449	26	24	21	27	1.99
24845707--24845850	73	2.0	73	91	0	234	25	22	22	29	1.99
24849539--24849580	18	2.3	18	87	0	57	4	47	4	42	1.45
24855099--24855140	20	2.1	20	100	0	84	59	14	14	11	1.61
24860236--24860266	16	1.9	16	100	0	62	25	0	9	64	1.24
24860827--24860864	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
24861047--24861104	3	18.7	3	80	19	66	65	1	3	29	1.19
24862803--24863734	44	20.3	43	66	16	164	30	18	16	34	1.93
24862973--24863321	189	1.8	189	82	3	443	29	19	16	33	1.94
24863228--24863695	96	5.0	96	75	8	419	30	17	15	36	1.92
24863256--24863728	45	10.3	45	69	13	180	30	17	16	35	1.92
24863322--24863683	89	4.0	89	75	7	316	30	17	16	35	1.92
24863265--24863695	185	2.3	185	87	0	621	30	17	15	35	1.92
24870417--24870515	3	32.7	3	81	6	110	60	4	1	34	1.22
24870586--24870616	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
24870684--24870729	21	2.2	20	85	11	58	65	2	4	28	1.23
24870686--24870730	15	3.0	15	81	18	58	64	2	6	26	1.30
24877511--24877556	23	1.9	25	86	8	69	50	8	0	41	1.33
24877508--24877561	23	2.4	21	80	17	63	53	7	0	38	1.29
24877681--24877741	30	1.9	33	87	9	92	55	0	1	42	1.09
24877711--24877754	22	2.0	21	87	12	63	56	0	2	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24879852--24879915	3	22.3	3	87	6	53	62	0	37	0	0.95
24885259--24885389	39	3.4	39	84	4	174	47	19	2	30	1.62
24888973--24889012	15	2.7	15	84	0	53	45	25	7	22	1.78
24889422--24889465	14	3.1	14	80	6	52	54	11	2	31	1.48
24894094--24894169	37	2.1	37	87	0	107	26	30	19	23	1.98
24894291--24894752	47	9.7	47	92	1	719	29	29	8	32	1.87
24898710--24899092	40	9.6	40	93	1	597	26	27	21	24	1.99
24900315--24900393	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
24900511--24900972	47	9.7	47	93	1	737	29	29	8	32	1.87
24908503--24908601	48	2.1	48	98	0	189	48	4	19	28	1.67
24909881--24909953	26	2.8	26	84	10	96	32	15	9	42	1.79
24910097--24910121	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24912670--24912754	26	3.2	26	80	6	89	29	23	18	28	1.98
24919834--24919877	17	2.6	17	82	7	54	20	6	0	72	1.07
24921716--24921818	30	3.4	30	81	11	104	23	24	29	23	1.99
24921746--24921833	30	3.0	30	85	6	126	27	20	28	23	1.99
24921739--24921833	28	3.4	28	81	7	120	28	21	27	23	1.99
24921934--24922010	26	3.0	26	78	0	91	41	22	19	16	1.90
24922191--24922574	27	14.2	27	86	2	466	17	19	20	43	1.88
24926994--24927218	53	4.2	53	79	2	202	19	16	22	41	1.90
24927049--24927222	80	2.2	80	84	2	224	18	17	22	41	1.90
24927024--24927218	107	1.8	107	84	2	266	17	16	22	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24927024--24927218	27	7.3	27	79	6	164	17	16	22	43	1.88
24933037--24933071	17	2.1	17	94	0	61	62	0	14	22	1.31
24938966--24939005	21	1.9	21	84	0	53	10	10	35	45	1.71
24942704--24942746	22	2.0	22	85	0	59	18	41	23	16	1.89
24944620--24944669	19	2.5	20	81	18	59	34	4	14	48	1.62
24944835--24944901	24	2.7	25	81	2	73	31	20	19	28	1.97
24952902--24952954	26	2.0	26	88	0	79	41	15	9	33	1.79
24958856--24959053	102	1.9	102	86	4	283	40	27	8	23	1.83
24962150--24962265	29	4.0	29	83	4	153	18	33	22	25	1.97
24963517--24963601	30	2.8	30	80	3	100	25	18	24	30	1.98
24970973--24971009	13	2.8	14	80	12	51	35	5	0	59	1.20
24979034--24979073	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
24981179--24981279	50	2.0	51	94	1	177	40	11	22	24	1.88
24981405--24981631	49	4.6	50	78	6	237	22	15	22	38	1.92
24981405--24981631	99	2.3	99	82	1	276	22	15	22	38	1.92
24988017--24988065	20	2.5	20	89	0	71	30	10	18	40	1.84
24988312--24988341	13	2.2	14	94	5	53	43	0	3	53	1.17
24989829--24989885	23	2.6	22	81	13	64	38	8	14	38	1.77
24989836--24989895	23	2.7	23	79	7	61	38	5	15	41	1.68
24990056--24990094	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
24990315--24990357	3	14.3	3	80	9	52	30	0	0	69	0.88
24990605--24990752	12	14.4	10	73	16	76	33	2	0	63	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24990623--24990768	11	13.9	11	72	16	80	38	2	0	58	1.12
24990573--24990768	41	4.8	41	91	3	281	36	3	0	60	1.13
24990583--24990752	11	16.3	11	73	17	107	34	3	0	62	1.12
24990647--24990680	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
24990634--24990697	30	2.1	30	85	5	85	32	3	0	64	1.10
24990675--24990734	30	2.0	30	83	6	77	35	3	0	61	1.12
24992715--24992747	16	2.1	16	88	5	50	27	12	9	51	1.69
24994987--24995065	9	8.6	9	72	21	58	63	1	2	32	1.16
24996671--24996990	124	2.5	126	88	2	439	32	16	22	28	1.96
25000159--25000306	21	7.0	21	74	12	117	25	1	29	43	1.63
25000161--25000971	22	36.0	22	72	13	435	26	0	26	46	1.58
25000252--25000343	28	3.5	27	76	20	97	22	0	33	43	1.54
25000161--25000965	43	17.8	44	73	14	509	26	0	25	46	1.58
25000295--25000366	7	10.0	7	75	11	56	20	0	33	45	1.52
25000274--25000347	28	2.6	28	91	4	123	21	0	33	44	1.53
25000292--25000367	8	10.2	8	75	16	56	21	0	31	47	1.51
25000286--25000366	14	5.7	14	76	12	76	22	0	30	46	1.52
25000292--25000366	15	5.1	15	73	22	70	21	0	32	46	1.51
25000514--25000563	15	3.3	15	75	10	57	28	2	20	50	1.59
25000416--25000971	117	4.9	115	79	10	520	26	0	25	47	1.57
25000502--25000563	30	2.0	31	87	3	90	27	1	22	48	1.60
25000436--25000971	96	5.9	92	77	12	397	26	0	25	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25000743--25000778	16	2.2	16	90	0	54	22	0	25	52	1.47
25000743--25000776	15	2.2	16	89	5	52	20	0	26	52	1.46
25000533--25000971	89	4.9	86	78	10	386	25	0	25	48	1.56
25001243--25001283	21	2.0	21	85	0	55	2	24	39	34	1.69
25001544--25001586	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
25002428--25002465	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
25003391--25003450	22	2.7	23	84	7	79	46	0	26	26	1.53
25003391--25003450	12	5.2	12	74	11	54	46	0	26	26	1.53
25007728--25007752	13	1.9	13	100	0	50	24	12	24	40	1.88
25008680--25008711	7	4.6	7	92	0	55	43	37	0	18	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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