genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18165485--18166054	314	1.8	311	86	4	824	32	15	14	37	1.88
18166115--18166149	15	2.4	14	86	9	52	0	11	2	85	0.69
18171648--18171680	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
18171840--18171870	13	2.3	14	94	5	55	19	0	12	67	1.22
18171855--18171920	19	3.4	19	85	4	87	21	6	6	66	1.35
18171836--18171920	39	2.2	38	85	8	109	21	4	7	67	1.34
18172640--18172677	17	2.2	18	85	4	51	65	0	0	34	0.93
18179502--18179570	22	3.1	22	77	8	68	44	15	20	18	1.86
18188167--18188273	43	2.5	43	89	3	153	26	26	17	29	1.98
18190355--18190386	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
18190481--18190722	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
18190481--18190730	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
18197476--18197507	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
18197605--18197841	50	4.6	50	86	4	296	25	24	29	20	1.99
18197604--18197849	100	2.4	104	87	6	358	25	24	28	21	1.99
18200050--18200690	325	2.0	324	89	1	980	25	30	14	29	1.95
18209582--18209682	21	4.8	21	74	4	87	43	18	22	14	1.87
18209585--18209736	42	3.6	41	81	3	169	43	17	22	16	1.88
18209587--18209744	84	1.9	84	85	2	219	44	18	20	16	1.87
18214418--18214461	23	1.9	23	86	9	63	29	4	4	61	1.36
18218167--18218302	41	3.3	41	85	2	166	19	20	25	33	1.97
18221617--18221743	63	2.0	63	93	0	218	40	6	15	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18230129--18230382	127	2.0	127	99	0	499	33	16	16	32	1.92
18236856--18236912	31	1.9	30	82	13	73	47	15	8	28	1.75
18239889--18239924	18	1.9	18	88	5	54	44	0	2	52	1.15
18247476--18247539	31	2.1	31	88	5	94	37	9	15	37	1.80
18252596--18252646	26	2.0	26	84	7	68	31	3	3	60	1.33
18256258--18256323	34	1.9	34	100	0	132	33	22	3	40	1.69
18256966--18257067	48	2.1	47	81	12	111	72	5	12	8	1.26
18259107--18259452	128	2.7	128	89	0	530	31	19	23	24	1.98
18266273--18266306	18	2.0	16	88	11	50	64	5	0	29	1.17
18266608--18266651	19	2.4	19	88	3	63	65	0	0	34	0.93
18272205--18272262	29	2.0	29	93	0	98	37	0	24	37	1.56
18277436--18277511	6	12.8	6	97	2	145	84	0	15	0	0.63
18278736--18279055	44	7.3	44	61	9	123	27	29	22	19	1.98
18278724--18279063	88	3.9	88	92	0	545	28	28	23	19	1.98
18286383--18286411	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
18291747--18292064	159	2.0	159	91	1	521	38	19	12	29	1.88
18295394--18295455	21	3.0	21	80	0	79	16	20	17	45	1.86
18302730--18302754	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18304054--18304085	16	1.9	17	93	6	57	12	6	18	62	1.50
18304479--18304548	27	2.7	26	76	12	88	44	5	12	37	1.67
18308170--18308198	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
18312728--18312846	9	12.6	9	79	10	130	39	27	8	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18312726--18312834	20	5.6	21	76	16	85	41	27	8	22	1.82
18312726--18312843	29	4.1	29	93	0	191	40	27	8	22	1.83
18312728--18312846	38	3.1	36	82	9	139	39	27	8	24	1.84
18312853--18312950	17	5.4	17	65	13	61	51	13	3	32	1.56
18312847--18312959	37	3.1	37	93	1	192	48	14	4	32	1.63
18313000--18313058	24	2.5	24	91	0	100	30	27	0	42	1.56
18320238--18320488	24	10.8	24	70	14	150	55	4	5	34	1.44
18320238--18320530	70	4.2	68	74	10	222	54	5	5	34	1.47
18321482--18321642	42	3.9	41	72	7	119	25	22	20	31	1.98
18321475--18321655	83	2.1	84	83	9	215	29	22	18	28	1.98
18321959--18322093	66	2.0	66	94	2	236	12	28	17	41	1.86
18326703--18326756	16	3.5	15	80	12	56	37	40	0	22	1.54
18327013--18327572	214	2.5	218	84	4	743	26	26	21	25	1.99
18327208--18327572	114	3.2	114	92	0	586	26	27	20	25	1.99
18327472--18327609	73	1.9	74	89	1	215	24	24	24	26	2.00
18327358--18327758	187	2.1	188	82	4	463	26	23	23	26	2.00
18327566--18327872	114	2.7	112	83	6	370	26	22	25	25	2.00
18327257--18327922	301	2.2	299	82	4	793	26	24	23	26	2.00
18327786--18328016	72	3.2	72	81	6	288	26	22	24	25	2.00
18329105--18329162	30	1.9	30	82	6	73	25	13	17	43	1.86
18332220--18332244	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18332575--18332612	6	6.5	6	90	6	60	47	2	50	0	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18337822--18337855	18	2.0	18	88	11	54	23	20	11	44	1.84
18346362--18346406	17	2.5	18	82	17	58	28	2	2	66	1.15
18347056--18347083	12	2.3	12	100	0	56	0	46	25	28	1.53
18348223--18348284	25	2.5	25	89	2	99	32	16	27	24	1.96
18351469--18351570	46	2.3	46	84	5	129	30	22	14	32	1.94
18351505--18351694	62	3.0	62	89	1	281	29	24	11	35	1.90
18351631--18351748	45	2.6	46	89	6	172	30	22	12	33	1.92
18351817--18351863	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
18357006--18357580	296	1.9	296	94	0	1006	24	20	20	34	1.96
18358748--18358790	21	2.0	21	90	0	68	48	18	13	18	1.80
18359060--18359170	43	2.5	43	84	8	143	23	23	17	36	1.95
18366171--18366277	46	2.4	46	89	4	157	28	23	13	34	1.92
18366212--18366401	62	3.0	62	93	3	319	28	25	11	34	1.90
18366338--18366455	45	2.6	46	92	6	190	28	22	14	33	1.94
18368646--18368707	26	2.4	26	81	8	81	51	3	8	37	1.48
18373132--18373182	21	2.4	21	86	0	66	35	15	43	5	1.71
18373143--18373183	21	2.0	21	95	0	73	34	14	43	7	1.73
18373081--18373263	87	2.1	87	85	8	239	37	18	32	11	1.86
18373234--18373288	21	2.6	21	82	0	65	30	16	43	9	1.79
18373496--18373525	14	2.1	14	93	0	51	10	0	36	53	1.35
18373589--18374155	43	13.1	43	88	1	823	23	20	26	29	1.99
18374038--18374165	42	3.0	42	79	4	175	29	22	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18373994--18374220	86	2.6	86	88	0	247	27	20	26	25	1.99
18376407--18376485	28	2.9	28	76	17	76	34	32	10	22	1.88
18376472--18376518	7	6.6	7	82	7	51	31	36	12	19	1.89
18393475--18393518	17	2.5	18	85	7	63	77	4	4	13	1.08
18393475--18393523	18	2.8	18	78	12	57	75	6	4	14	1.14
18393477--18393532	17	3.5	16	78	14	62	73	5	5	16	1.21
18398888--18398927	11	3.5	11	83	12	53	17	17	30	35	1.93
18398893--18398935	13	3.4	13	90	9	63	16	16	32	34	1.91
18405298--18405324	6	4.5	6	100	0	54	18	0	33	48	1.49
18411918--18411942	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18416838--18416872	18	1.9	18	88	0	52	48	11	14	25	1.77
18417028--18417061	18	1.9	18	88	5	52	14	17	8	58	1.61
18423671--18423722	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
18425651--18425675	8	3.1	8	100	0	50	36	24	0	40	1.55
18428567--18428610	18	2.4	18	85	11	63	27	0	2	70	0.99
18431011--18431106	44	2.2	44	81	7	106	31	18	16	33	1.94
18431028--18431328	44	6.7	44	72	11	193	29	22	17	30	1.97
18431223--18431367	44	3.2	45	77	14	129	31	26	15	26	1.96
18438689--18438733	25	1.9	23	82	13	56	64	4	4	26	1.32
18438768--18438811	22	2.0	23	86	4	63	50	0	11	38	1.39
18438807--18438894	26	3.3	26	72	12	79	54	4	6	34	1.47
18440610--18440649	21	1.9	21	85	10	55	57	2	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18445718--18445769	25	2.1	25	100	0	104	46	11	15	26	1.80
18446805--18446845	20	1.9	23	85	14	61	48	14	9	26	1.75
18448870--18449030	26	6.2	26	83	2	164	31	16	21	30	1.95
18448869--18449020	52	2.9	52	86	3	200	30	15	23	29	1.96
18452867--18452897	7	4.4	7	100	0	62	29	12	25	32	1.93
18453176--18453288	4	28.2	4	98	0	217	24	0	24	49	1.56
18454111--18454180	27	2.6	27	90	0	113	30	21	20	28	1.98
18466641--18466689	15	3.3	15	76	20	50	28	2	0	69	1.00
18466717--18466749	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
18471285--18471322	3	13.3	3	89	10	62	65	0	34	0	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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