genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  88  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25497881--25498086	105	2.0	105	81	3	245	35	13	22	28	1.92
25504627--25504868	102	2.4	99	83	6	317	31	11	26	30	1.91
25509005--25509058	19	2.9	18	81	13	56	61	5	3	29	1.36
25510879--25510933	27	2.0	27	82	0	65	74	5	5	14	1.18
25518102--25518763	221	3.0	220	96	0	1184	45	6	20	27	1.76
25519164--25519212	22	2.4	22	80	10	59	46	10	20	22	1.80
25519363--25519387	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
25525700--25525724	13	1.9	13	100	0	50	32	24	4	40	1.73
25529799--25529888	25	3.6	25	79	5	85	34	20	22	23	1.97
25538721--25538959	54	4.4	54	85	3	313	42	19	16	21	1.89
25538721--25538962	27	9.0	27	80	3	258	42	19	16	21	1.89
25538721--25538959	107	2.2	108	87	2	347	42	19	16	21	1.89
25541414--25541447	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
25541513--25541572	30	2.0	31	83	9	79	50	11	6	31	1.65
25550361--25550403	15	2.9	15	79	3	52	32	9	18	39	1.83
25550662--25550697	17	2.1	18	89	5	56	38	2	0	58	1.13
25553237--25553281	10	4.6	9	86	13	54	51	0	2	46	1.13
25553237--25553280	15	3.0	14	81	18	54	50	0	2	47	1.13
25554676--25554701	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
25554671--25554711	11	3.6	12	83	9	50	31	0	4	63	1.15
25554735--25554784	25	2.0	25	100	0	100	36	16	12	36	1.85
25557749--25557794	22	2.1	22	88	8	67	56	0	2	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25558829--25558946	21	5.7	20	69	16	80	32	16	33	17	1.93
25558826--25559097	123	2.2	123	82	2	350	32	18	30	18	1.95
25558826--25559097	41	6.6	41	81	1	312	32	18	30	18	1.95
25559791--25559839	18	2.7	18	100	0	98	63	0	0	36	0.95
25589970--25590006	5	7.6	5	82	17	51	16	0	0	83	0.64
25589970--25590007	14	2.6	14	84	16	51	15	0	0	84	0.63
25590641--25590716	32	2.3	32	86	2	98	18	26	34	21	1.96
25597142--25597207	7	9.4	7	79	11	73	25	13	28	31	1.94
25597150--25597237	21	4.3	21	75	13	69	23	10	34	31	1.88
25599689--25599726	20	1.9	19	85	15	51	42	2	7	47	1.46
25602194--25602219	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
25604472--25604637	41	4.1	40	81	3	170	34	16	29	19	1.94
25604473--25604628	82	1.9	82	82	2	197	34	15	30	19	1.93
25612439--25612562	66	1.9	66	89	0	194	28	22	24	25	2.00
25612929--25613043	41	2.8	41	84	2	133	38	13	25	22	1.91
25617334--25617604	42	6.4	42	81	6	289	31	30	17	20	1.96
25617334--25617604	84	3.2	85	83	5	323	31	30	17	20	1.96
25618798--25618847	24	2.1	24	88	0	73	48	18	12	22	1.80
25622347--25622597	135	1.9	134	94	3	452	36	7	6	50	1.56
25623837--25624028	41	4.7	41	86	5	273	29	25	22	22	1.99
25624071--25624206	40	3.4	39	77	8	132	17	19	22	39	1.92
25624212--25624237	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25627233--25627267	17	2.1	17	100	0	70	28	37	11	22	1.89
25629354--25629384	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
25631992--25632018	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
25632037--25632071	17	2.1	17	88	0	52	65	2	0	31	1.07
25632118--25632162	15	2.8	17	80	19	60	68	4	0	26	1.08
25637137--25637165	15	2.0	15	93	6	51	37	6	13	41	1.72
25638349--25638560	64	3.3	64	69	13	180	33	13	13	39	1.84
25638260--25638560	131	2.3	131	89	0	449	33	14	13	37	1.86
25638485--25638688	95	2.1	95	85	1	275	30	13	16	39	1.87
25638352--25638882	226	2.3	226	85	1	713	32	14	15	37	1.88
25639578--25639609	12	2.7	12	95	0	55	12	31	6	50	1.65
25642929--25642954	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
25642981--25643006	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
25645319--25645526	91	2.3	91	88	2	292	45	3	3	47	1.37
25645668--25645709	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25645736--25646043	61	5.1	61	67	13	251	43	2	6	48	1.41
25645784--25645818	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25645542--25646075	120	4.4	120	95	1	939	42	2	5	49	1.40
25645616--25646040	59	7.1	59	65	21	240	42	2	6	48	1.42
25646024--25646058	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25646012--25646328	157	2.0	157	97	0	598	47	4	3	44	1.40
25646181--25646215	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25646013--25646251	75	3.1	75	64	18	200	46	3	3	46	1.35
25652879--25652920	20	2.2	19	87	12	59	61	7	2	28	1.35
25653723--25653806	38	2.2	38	97	0	159	23	17	15	42	1.88
25660012--25660074	25	2.5	26	74	20	64	19	25	20	34	1.96
25660078--25660129	24	2.1	25	89	3	79	11	28	21	38	1.88
25662776--25662916	27	5.3	26	78	6	131	46	16	17	19	1.85
25662776--25662927	53	2.8	53	80	5	153	44	17	17	21	1.87
25663308--25663370	28	2.2	28	86	5	83	23	23	25	26	2.00
25670197--25670303	25	4.3	24	72	9	81	16	26	22	34	1.95
25670808--25670850	17	2.5	17	96	0	77	25	11	32	30	1.91
25677621--25677655	10	3.6	10	92	3	54	17	2	5	74	1.14
25680034--25680141	33	3.2	33	85	3	137	15	10	36	37	1.82
25680719--25680754	15	2.4	15	90	0	54	33	19	16	30	1.94
25683508--25683621	47	2.4	47	81	11	144	21	13	20	45	1.84
25691631--25691692	26	2.4	26	91	0	97	40	14	11	33	1.82
25691742--25691782	14	3.0	14	83	13	50	51	17	2	29	1.58
25697843--25698054	53	4.0	52	77	10	171	41	18	16	23	1.89
25697814--25698054	105	2.3	105	83	5	301	41	18	17	23	1.90
25697814--25698054	26	9.2	26	76	10	206	41	18	17	23	1.90
25698268--25698317	26	1.9	26	83	0	64	26	22	18	34	1.96
25698742--25698785	21	2.0	22	86	4	63	36	20	2	40	1.65
25705613--25705660	23	2.1	23	84	7	62	10	31	10	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25706153--25706333	26	6.9	26	76	8	152	42	17	14	25	1.87
25706183--25706395	54	4.0	54	79	8	240	41	16	15	25	1.89
25706184--25706383	106	1.9	105	86	5	287	42	16	15	26	1.87
25710112--25710155	22	2.0	22	81	0	52	59	4	2	34	1.30
25716073--25716108	15	2.5	15	90	4	56	38	0	50	11	1.38
25716077--25716108	7	4.2	8	88	11	50	37	0	50	12	1.41
25741136--25741172	8	4.6	8	96	0	65	32	2	0	64	1.07
25741499--25741534	18	2.0	18	100	0	72	61	0	5	33	1.19
25741620--25741652	16	2.1	16	100	0	66	36	39	6	18	1.75
25745081--25745114	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
25746170--25746269	51	2.0	50	84	7	130	26	27	1	46	1.60
25748653--25748706	15	3.7	15	73	16	60	44	33	0	22	1.53
25748654--25748789	22	4.9	27	72	21	111	41	35	0	23	1.55
25748720--25748753	7	5.0	7	85	7	52	32	44	0	23	1.54
25750777--25751343	125	4.5	126	87	2	777	29	21	17	31	1.96
25750777--25751343	250	2.3	250	91	0	893	29	21	17	31	1.96
25753874--25753919	24	1.9	24	95	0	83	54	10	0	34	1.36
25755108--25755157	26	1.9	25	84	15	66	34	4	10	52	1.54
25755797--25755863	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
25756261--25756350	6	15.0	6	91	0	135	51	21	0	27	1.48
25760828--25760893	29	2.2	29	82	12	73	48	7	15	28	1.72
25765056--25765102	16	3.1	16	72	12	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25764957--25765103	79	1.9	75	80	8	170	44	2	1	51	1.24
25765314--25765346	15	2.2	15	100	0	66	30	6	6	57	1.47
25765832--25765879	17	2.5	20	80	16	66	39	0	0	60	0.97
25770675--25770723	24	2.0	24	100	0	98	28	16	20	34	1.94
25774589--25774625	17	2.1	18	90	5	58	13	29	43	13	1.82
25778145--25778445	150	2.0	150	97	0	566	31	7	20	40	1.80
25784466--25784498	14	2.4	14	100	0	66	33	30	18	18	1.94
25785994--25786018	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
25786283--25786472	98	1.9	98	93	0	326	27	10	24	37	1.88
25797744--25798230	44	11.1	43	69	14	260	30	18	24	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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