genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  42  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12995411--12995463	24	2.1	25	82	6	63	50	5	7	35	1.54
13001690--13001757	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
13002008--13002318	61	5.2	61	67	17	245	47	6	2	43	1.44
13002092--13002134	15	2.8	16	82	10	63	51	4	0	44	1.22
13001976--13002267	57	4.9	56	65	20	137	49	5	2	42	1.40
13001976--13002329	120	3.0	120	96	0	636	48	6	2	42	1.43
13002231--13002267	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
13008940--13009005	13	5.1	13	76	7	62	33	10	25	30	1.90
13014665--13014702	18	2.1	19	85	14	53	34	0	13	52	1.40
13014937--13015020	36	2.3	37	87	6	118	16	9	29	44	1.80
13016178--13016379	4	50.5	4	100	0	404	24	0	25	50	1.50
13018672--13018723	27	1.9	27	88	0	77	32	17	0	50	1.47
13018706--13019165	27	17.3	26	69	9	144	33	19	2	44	1.65
13018703--13018820	40	3.0	40	83	5	175	33	21	2	42	1.66
13018706--13018954	67	3.7	68	84	3	204	33	20	2	42	1.67
13018803--13018881	40	2.0	40	85	5	106	34	18	3	43	1.69
13018867--13019162	40	7.4	40	85	7	381	33	19	2	44	1.65
13018772--13018954	67	2.7	66	86	5	269	34	20	2	42	1.66
13018867--13019162	120	2.5	117	89	5	427	33	19	2	44	1.65
13022364--13022404	16	2.7	15	85	7	55	43	2	0	53	1.13
13028263--13028300	17	2.3	17	90	4	60	81	0	15	2	0.80
13028854--13028905	10	5.0	10	80	17	52	32	1	5	59	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13030304--13030337	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
13032464--13032501	14	2.6	15	87	4	51	36	0	7	55	1.29
13042194--13042298	31	3.4	31	68	7	97	34	2	8	54	1.46
13049591--13049641	23	2.2	23	96	0	93	37	29	11	21	1.89
13050847--13050884	16	2.4	16	90	0	58	31	42	2	23	1.68
13059555--13059614	26	2.3	26	100	0	120	25	0	23	51	1.48
13060492--13060575	36	2.3	37	85	2	107	34	5	17	41	1.74
13070343--13070637	124	2.4	123	94	1	509	27	14	20	37	1.92
13073871--13073999	22	5.5	22	72	19	109	44	0	27	27	1.54
13073847--13074001	73	2.1	73	93	1	267	45	0	26	27	1.58
13073984--13074016	10	3.0	11	86	13	50	45	0	36	18	1.49
13075221--13075285	32	2.0	32	94	5	114	23	18	3	55	1.56
13077327--13077396	34	2.0	35	83	8	90	17	7	18	57	1.62
13080034--13080518	174	2.8	175	90	2	742	42	16	12	28	1.85
13087048--13087081	6	5.7	6	100	0	68	32	0	0	67	0.91
13087442--13087481	17	2.3	18	91	4	64	45	2	5	47	1.38
13094810--13094880	30	2.4	30	77	15	76	42	5	4	47	1.46
13095158--13095251	26	3.5	27	76	9	77	42	1	1	55	1.14
13095187--13095245	26	2.3	25	85	8	82	42	0	0	57	0.98
13095226--13095272	23	2.0	24	84	15	64	40	2	4	53	1.32
13095110--13095346	120	2.0	119	90	3	381	43	1	3	51	1.30
13095490--13095578	44	2.0	46	88	4	137	38	30	4	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13095878--13095927	21	2.6	18	81	15	55	46	18	6	30	1.73
13104473--13104528	15	3.9	14	76	23	62	30	12	0	57	1.36
13104473--13104509	14	2.6	14	91	4	56	27	13	0	59	1.35
13105892--13105963	21	3.4	21	80	3	83	4	37	18	40	1.70
13111505--13111779	9	32.8	9	71	14	205	33	1	19	45	1.61
13111494--13111750	25	10.3	25	78	8	183	32	0	19	47	1.55
13111505--13111779	34	8.2	34	71	15	205	33	1	19	45	1.61
13111509--13111750	41	5.6	41	77	13	209	33	0	19	46	1.56
13111775--13111803	12	2.4	12	100	0	58	41	0	10	48	1.37
13112037--13112086	18	2.8	18	90	3	75	44	0	10	46	1.37
13112138--13112190	17	3.1	17	81	5	70	35	1	15	47	1.56
13114626--13114667	21	2.0	21	85	4	57	40	38	0	21	1.53
13115712--13115887	42	4.2	42	82	5	180	37	30	17	14	1.89
13115712--13115921	83	2.5	83	83	5	219	36	30	17	15	1.90
13115651--13115968	41	7.7	41	78	4	264	37	29	16	16	1.91
13117332--13117389	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
13130800--13130836	12	3.0	13	88	7	51	83	8	0	8	0.80
13133068--13133208	39	3.6	39	87	0	183	43	18	4	33	1.69
13136628--13136654	14	1.9	14	100	0	54	29	22	0	48	1.51
13138649--13138684	12	3.0	12	91	0	63	50	5	0	44	1.25
13143220--13143271	11	5.1	10	80	11	61	59	0	0	40	0.97
13143227--13143271	21	2.1	21	88	8	65	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13143212--13143268	30	1.9	29	82	10	71	59	0	1	38	1.08
13146263--13146342	22	3.5	22	72	13	63	47	0	1	51	1.08
13146263--13146347	12	7.6	11	74	17	52	47	0	1	51	1.08
13146457--13146513	24	2.3	24	81	3	69	52	3	8	35	1.50
13158685--13158714	15	2.0	15	100	0	60	40	26	0	33	1.57
13163115--13163219	51	2.1	51	100	0	210	41	0	22	35	1.54
13167848--13168139	46	6.5	46	91	4	452	28	22	15	33	1.95
13174240--13174465	43	5.3	43	78	8	228	29	26	19	25	1.98
13174240--13174465	85	2.6	85	79	8	235	29	26	19	25	1.98
13174833--13174883	21	2.4	21	86	0	66	5	47	13	33	1.67
13174768--13174927	87	1.8	87	91	0	257	14	30	16	39	1.88
13180322--13180735	9	48.4	9	65	18	136	36	2	18	42	1.63
13180327--13180409	25	3.3	25	83	6	98	37	0	16	45	1.48
13180335--13180654	16	19.1	16	66	16	107	35	2	17	44	1.62
13180366--13180421	25	2.2	25	87	0	76	37	1	17	42	1.60
13180417--13180701	25	11.3	25	75	11	181	35	2	18	43	1.64
13180544--13180621	41	1.9	41	91	0	129	39	3	14	42	1.63
13180657--13180729	25	3.0	25	85	2	94	39	1	19	39	1.60
13180613--13180733	49	2.5	49	82	8	140	34	0	20	43	1.58
13181520--13181592	21	3.3	21	68	17	67	58	6	5	28	1.46
13182004--13182059	29	1.9	29	92	7	96	41	19	5	33	1.74
13182025--13182064	19	2.1	18	90	9	62	45	20	5	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13186944--13187123	94	1.9	94	93	4	310	52	23	1	22	1.56
13189289--13189399	4	28.5	4	86	5	120	18	0	31	48	1.55
13189304--13189344	2	20.5	2	84	0	55	7	0	41	51	1.30
13189300--13189348	10	4.7	10	80	9	62	10	0	38	51	1.36
13208400--13208479	40	2.0	40	100	0	160	45	15	15	25	1.84
13211011--13211046	17	2.1	17	89	0	54	50	0	8	41	1.33
13212658--13212759	53	1.9	52	92	2	168	34	13	23	28	1.93
13217979--13218018	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
13229265--13229292	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
13236281--13236333	27	2.0	27	92	0	88	20	0	49	30	1.50
13238419--13238486	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
13238308--13238635	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	30	1.95
13238588--13238666	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
13246514--13246581	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
13246683--13246761	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
13251729--13251765	19	1.9	19	94	0	65	45	8	13	32	1.73
13255204--13255235	13	2.4	14	89	10	57	62	0	25	12	1.30
13265828--13265874	22	2.1	22	100	0	94	31	0	0	68	0.90
13265822--13265871	22	2.3	21	90	6	82	30	0	2	68	1.01
13266385--13266431	17	2.9	16	73	17	51	72	0	0	27	0.85
13266393--13266417	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
13268484--13268533	26	1.9	26	91	0	82	48	16	10	26	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13289484--13289576	46	2.0	46	100	0	186	46	19	19	15	1.84
13291166--13291258	45	2.1	45	91	0	150	21	26	12	38	1.90
13295117--13295275	81	2.0	81	87	0	228	35	20	24	19	1.96
13298799--13299097	41	7.3	41	91	0	472	21	28	21	28	1.98
13298799--13299097	123	2.4	123	96	0	544	21	28	21	28	1.98
13305242--13305540	41	7.3	41	92	0	481	22	28	20	28	1.98
13305242--13305540	123	2.4	123	96	0	553	22	28	20	28	1.98
13307721--13307809	44	2.0	45	93	2	153	32	10	22	34	1.88
13312400--13312450	21	2.4	22	83	3	59	56	7	0	35	1.28
13313586--13313611	9	2.9	9	100	0	52	23	11	19	46	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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