genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  22  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7280183--7280220	19	2.1	19	95	5	69	60	0	0	39	0.97
7281691--7281749	31	1.9	31	86	6	84	33	6	11	47	1.67
7296819--7296857	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7297086--7297135	23	2.2	23	92	0	82	22	18	28	32	1.97
7302292--7302429	60	2.3	58	79	4	159	41	15	14	28	1.87
7305506--7305552	16	2.9	16	80	3	58	27	21	12	38	1.90
7308363--7308398	19	1.9	18	88	5	54	72	13	0	13	1.13
7309125--7309168	15	2.9	15	82	0	52	45	2	2	50	1.27
7311479--7311597	53	2.3	53	94	1	204	41	32	10	15	1.81
7317495--7317523	13	2.1	14	93	6	51	62	3	0	34	1.12
7318453--7318486	16	2.1	16	100	0	68	47	11	17	23	1.81
7320631--7320681	25	2.0	25	96	0	93	21	13	17	47	1.82
7323870--7324010	21	6.8	21	72	1	95	43	17	19	19	1.88
7323854--7323966	42	2.7	42	82	5	140	41	18	23	16	1.90
7335747--7335776	14	2.1	14	93	0	51	30	13	33	23	1.93
7349630--7349668	17	2.2	18	86	4	53	48	2	2	46	1.29
7362714--7362777	19	3.4	18	85	12	76	68	1	3	26	1.13
7362715--7362786	19	3.6	19	80	14	67	69	1	4	25	1.14
7363042--7363080	20	2.0	20	85	10	53	28	5	5	61	1.39
7363089--7363124	9	3.9	9	89	7	54	38	5	0	55	1.23
7363702--7363742	19	2.2	19	86	4	57	51	7	2	39	1.43
7365569--7365641	23	3.4	20	72	20	58	42	0	1	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7372481--7373370	178	5.0	178	99	0	1762	30	12	12	44	1.79
7373991--7374055	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
7374621--7374652	9	3.6	9	95	0	55	75	15	9	0	1.05
7381929--7381974	19	2.4	19	82	7	58	47	4	0	47	1.21
7382078--7382126	13	3.8	13	77	0	62	36	28	4	30	1.76
7395710--7395754	18	2.6	17	82	6	54	13	6	2	77	1.05
7396391--7396447	3	18.7	3	78	3	60	31	5	3	59	1.36
7408688--7409705	134	7.6	134	90	0	1554	30	17	23	28	1.97
7408688--7409712	45	22.9	45	77	5	900	30	16	23	28	1.97
7409716--7409825	43	2.5	43	79	7	116	30	19	20	30	1.97
7411168--7411221	3	17.7	3	80	3	63	31	3	3	61	1.31
7419070--7419110	20	2.0	20	90	0	64	41	7	7	43	1.60
7421670--7421720	13	3.9	13	75	7	50	47	5	0	47	1.26
7423025--7423055	14	2.1	15	94	5	55	83	0	12	3	0.75
7426897--7426934	12	2.9	13	77	14	51	36	23	5	34	1.78
7430267--7430301	12	2.9	12	91	0	52	68	0	0	31	0.90
7431111--7431166	27	2.1	27	100	0	112	25	7	32	35	1.83
7455546--7455784	127	1.9	126	84	2	318	38	15	17	28	1.90
7455546--7455815	127	2.1	126	82	3	310	37	15	17	30	1.91
7458903--7458959	25	2.3	24	80	11	71	54	3	0	42	1.17
7458907--7459099	92	2.1	92	97	0	359	55	4	2	37	1.33
7460993--7461044	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7464241--7464284	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
7469815--7469870	19	2.8	21	79	17	73	55	0	5	39	1.23
7473237--7473275	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
7475550--7475622	27	2.7	27	82	4	85	32	12	26	28	1.92
7475550--7475633	27	3.1	25	80	13	78	34	11	25	28	1.91
7480748--7480792	24	1.9	24	86	4	65	28	6	0	64	1.19
7480748--7480798	23	2.2	23	82	6	59	29	7	0	62	1.23
7505518--7505564	20	2.3	20	88	0	67	23	25	10	40	1.87
7515126--7515231	21	4.8	23	70	22	59	50	0	2	46	1.16
7522124--7522191	22	3.2	20	76	10	64	63	10	2	23	1.40
7522132--7522196	22	3.0	22	81	4	78	61	12	3	23	1.45
7524179--7524232	14	3.6	14	73	22	56	27	0	5	66	1.13
7524175--7524233	31	1.9	31	100	0	118	27	0	6	66	1.17
7524454--7524498	22	2.0	22	91	0	72	64	13	8	13	1.49
7524435--7524498	33	1.9	33	81	6	76	62	12	9	15	1.54
7538079--7538116	15	2.3	17	82	17	53	23	2	5	68	1.23
7540864--7540920	21	2.7	21	83	0	78	17	17	17	47	1.83
7540846--7541011	44	3.8	43	81	5	131	17	22	13	45	1.84
7540932--7541005	23	3.3	23	67	7	71	16	25	13	44	1.84
7540931--7541022	44	2.1	44	91	0	148	16	23	14	45	1.84
7540864--7541016	21	7.0	21	69	12	69	18	20	14	46	1.84
7547778--7547893	43	2.7	43	78	9	121	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7554495--7554603	34	3.2	33	82	10	148	40	0	17	42	1.49
7554755--7554816	31	2.0	31	93	0	106	41	19	17	20	1.90
7559235--7559260	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
7559231--7559267	14	2.7	14	80	19	51	24	0	18	56	1.41
7559918--7559957	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
7560220--7560591	192	1.9	192	82	5	457	29	9	19	41	1.83
7561331--7561385	21	2.6	21	86	13	85	47	32	0	20	1.50
7564578--7564626	2	24.5	2	95	0	89	0	46	0	53	1.00
7566254--7566347	44	2.1	44	98	0	179	38	13	5	42	1.67
7566272--7566342	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
7566959--7567035	13	5.9	13	89	0	118	38	24	10	25	1.87
7568276--7568593	126	2.5	126	89	2	462	29	23	16	29	1.97
7572654--7572708	27	2.0	27	85	0	74	38	14	5	41	1.69
7580642--7580681	21	1.9	21	84	0	53	37	7	2	52	1.43
7580762--7580829	17	3.6	19	68	20	54	39	8	1	50	1.43
7580790--7580829	21	1.9	21	85	10	55	45	7	2	45	1.45
7586372--7586412	21	2.0	21	85	9	57	29	9	9	51	1.67
7592914--7592950	16	2.1	19	85	14	53	43	0	2	54	1.14
7600706--7600731	12	2.2	12	100	0	52	57	0	15	26	1.38
7601454--7601506	13	4.1	13	78	9	63	39	26	3	30	1.74
7603450--7603503	24	2.2	24	86	0	72	37	5	9	48	1.59
7607683--7607736	24	2.2	24	90	0	81	37	3	9	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7610265--7610299	17	2.1	17	100	0	70	62	0	20	17	1.32
7611919--7611961	22	2.0	22	81	9	52	23	25	20	30	1.99
7616354--7616635	40	6.8	40	79	12	298	24	20	23	32	1.98
7616328--7616595	86	3.1	86	93	1	450	22	19	24	33	1.97
7616356--7616720	126	2.9	126	78	13	385	23	20	23	32	1.98
7616764--7616865	40	2.5	40	91	0	159	30	19	21	28	1.98
7616854--7617302	44	10.2	43	65	11	169	28	23	19	28	1.98
7616835--7617369	132	4.1	132	94	0	926	27	23	19	28	1.98
7617353--7617827	132	3.6	132	89	0	648	30	26	13	29	1.94
7617357--7618015	44	15.0	43	74	9	440	30	26	13	28	1.94
7617429--7618015	219	2.7	217	86	3	750	31	26	13	28	1.94
7626212--7626244	16	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
7673926--7673980	21	2.6	22	82	8	69	32	7	30	29	1.84
7676264--7676323	22	2.7	22	97	0	111	46	15	20	18	1.84
7676329--7676368	11	3.8	11	75	24	50	47	15	5	32	1.66
7683810--7683857	24	2.0	25	83	4	62	14	14	4	66	1.39
7687423--7687627	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
7695455--7695660	27	7.6	27	85	4	245	30	28	15	26	1.96
7699416--7699454	20	2.0	20	90	5	62	17	20	0	61	1.34
7701706--7703126	132	10.8	132	89	0	1851	28	19	24	28	1.98
7704029--7704076	24	2.0	25	83	4	62	14	14	4	66	1.39
7717717--7717771	16	3.2	18	72	12	62	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7717869--7717918	7	7.6	7	78	17	54	40	0	0	60	0.97
7717972--7718004	16	2.0	17	88	5	50	36	6	0	57	1.23
7719862--7719900	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
7746697--7746738	17	2.4	18	92	4	68	30	2	0	66	1.04
7747677--7747703	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7747929--7747965	15	2.5	16	83	16	53	70	0	2	27	1.01
7747929--7747970	20	2.1	20	82	8	50	71	2	2	23	1.10
7749106--7749136	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
7752674--7752698	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
7761502--7761538	17	2.1	19	90	10	60	62	5	0	32	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218