genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  27  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8842559--8843547	503	2.0	502	83	2	1261	33	15	19	31	1.93
8844027--8844150	60	2.1	60	95	1	223	24	8	25	41	1.82
8844191--8844231	13	3.2	13	83	13	57	34	4	9	51	1.56
8844529--8844581	23	2.3	23	78	15	65	9	24	9	56	1.60
8845653--8845772	51	2.4	47	77	20	122	38	4	1	55	1.29
8845807--8845905	13	7.5	13	75	6	83	41	11	3	44	1.55
8845837--8845914	40	2.0	40	92	0	129	43	11	2	42	1.54
8845924--8846272	9	40.4	9	68	17	179	42	21	2	34	1.64
8845925--8845989	25	2.7	24	76	11	69	46	21	1	30	1.61
8845974--8846030	25	2.3	25	87	0	78	45	21	1	31	1.62
8845999--8846106	16	7.1	16	68	16	77	43	16	0	39	1.48
8846124--8846283	25	6.3	26	74	8	132	43	21	2	33	1.66
8846114--8846268	34	4.5	33	70	15	109	41	22	2	32	1.67
8852042--8852521	114	4.2	114	89	0	692	36	18	19	25	1.94
8853046--8853121	7	11.0	7	75	9	59	15	0	39	44	1.47
8853046--8853121	14	5.5	14	81	6	75	15	0	39	44	1.47
8853493--8853819	42	7.7	42	77	7	243	28	19	24	27	1.99
8857189--8857219	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8857293--8857326	5	6.6	5	86	6	50	79	0	0	20	0.73
8864391--8864448	29	2.0	29	82	0	71	24	15	20	39	1.91
8865504--8865558	24	2.2	25	81	15	62	65	0	3	30	1.10
8865502--8865579	15	5.3	14	70	14	50	61	0	6	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8866984--8867101	23	5.1	23	82	9	134	12	2	40	44	1.56
8866986--8867104	48	2.6	47	82	7	136	13	2	39	44	1.57
8871771--8871812	16	2.6	16	92	0	66	33	0	35	30	1.58
8872057--8872091	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8872016--8872255	79	3.1	79	65	18	205	47	3	2	45	1.34
8871944--8872257	154	2.0	156	93	1	533	45	3	4	46	1.40
8872220--8872413	61	3.2	61	66	17	161	50	7	2	40	1.42
8872194--8872485	120	2.4	120	89	6	441	50	5	2	40	1.41
8872310--8872361	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
8872287--8872377	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
8872229--8872412	59	3.1	59	65	21	148	49	7	2	41	1.42
8872446--8872484	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
8872451--8872484	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
8872517--8872711	93	2.1	92	88	4	286	46	4	4	44	1.43
8875231--8875281	24	2.1	24	100	0	102	33	7	23	35	1.84
8879369--8879461	25	3.8	25	77	5	100	22	25	17	34	1.96
8883671--8883701	12	2.6	12	89	0	53	19	22	29	29	1.98
8884654--8884751	40	2.5	39	78	4	110	28	24	19	27	1.98
8885595--8885670	4	19.0	4	77	17	70	1	25	2	71	1.07
8885589--8885643	22	2.4	23	82	11	69	0	27	0	72	0.85
8885587--8885670	27	2.9	29	81	10	93	1	25	3	70	1.11
8885595--8885670	34	2.2	34	83	4	91	1	25	2	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8893655--8893707	26	2.0	26	100	0	106	33	15	18	32	1.92
8896561--8896616	19	2.9	19	79	10	60	58	0	3	37	1.15
8912135--8912165	14	2.2	14	94	0	53	83	0	0	16	0.64
8912472--8912564	12	7.8	12	78	12	93	59	2	7	31	1.37
8912472--8912565	3	31.3	3	76	8	84	59	2	7	30	1.37
8917580--8917619	20	2.0	20	90	0	62	37	2	2	57	1.26
8917658--8917704	24	2.0	23	87	4	67	34	0	0	65	0.93
8917663--8917716	24	2.2	24	83	6	65	35	0	1	62	1.06
8919977--8920023	23	2.0	23	84	8	60	63	4	6	25	1.36
8935489--8935565	22	3.4	22	74	15	68	66	2	1	29	1.13
8936899--8936937	18	2.1	19	86	13	55	35	0	5	58	1.20
8943594--8943661	31	2.2	31	86	2	93	47	0	5	47	1.26
8943935--8944007	38	1.9	37	81	10	85	53	1	0	45	1.09
8943931--8944022	29	3.1	28	76	15	87	50	1	1	47	1.15
8956448--8956509	26	2.5	23	80	12	70	30	20	22	25	1.98
8957927--8957957	16	1.9	16	93	0	53	16	25	25	32	1.96
8957926--8958082	41	3.8	41	80	0	161	19	18	26	35	1.95
8958905--8959179	23	11.9	23	70	7	153	25	9	20	44	1.82
8958895--8959155	22	11.3	22	69	9	112	24	10	20	44	1.83
8958889--8959165	69	4.0	69	92	0	428	24	10	20	44	1.82
8958965--8959156	47	4.2	45	68	15	115	24	10	20	43	1.84
8960982--8961099	37	3.5	36	82	13	144	33	27	10	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8961284--8961452	41	4.1	41	89	0	266	22	27	20	29	1.99
8961290--8961452	82	2.0	82	97	0	308	22	27	20	29	1.98
8961672--8961715	17	2.7	17	89	6	65	43	18	2	36	1.63
8962851--8962875	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
8963152--8963266	43	2.7	44	86	2	135	33	24	17	24	1.96
8968519--8968585	28	2.4	28	89	0	98	29	11	28	29	1.92
8976272--8976320	25	2.0	25	84	8	64	46	0	4	48	1.20
8983981--8984051	26	2.7	26	84	0	97	22	28	23	25	2.00
8984255--8984328	13	5.7	13	83	0	85	45	1	20	32	1.59
8984258--8984328	26	2.7	26	91	0	106	45	1	21	32	1.61
8985594--8985681	35	2.5	35	90	0	149	12	14	35	37	1.84
8987423--8987583	18	9.3	17	70	11	69	43	8	12	36	1.72
8987458--8987641	18	10.3	18	73	16	96	43	8	15	32	1.77
8987602--8987662	21	3.1	21	86	9	76	37	8	16	37	1.78
8987543--8987666	56	2.2	56	86	11	166	42	8	15	33	1.76
8987458--8987678	17	12.3	18	73	13	170	44	9	13	33	1.75
8987602--8987699	38	2.5	40	83	6	114	42	8	11	37	1.70
8987619--8987699	21	4.0	21	78	12	80	43	8	8	39	1.66
8987764--8987813	17	2.9	17	74	14	57	46	8	14	32	1.73
8988122--8988171	5	9.8	5	77	16	50	78	4	0	18	0.91
8988468--8988550	33	2.7	28	77	20	78	4	20	46	27	1.70
8988689--8988762	6	12.3	6	74	16	55	0	24	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8988699--8988748	16	2.9	17	85	11	59	0	28	0	72	0.86
8988691--8988760	28	2.4	30	79	13	76	0	25	0	74	0.82
8988870--8988936	21	3.1	21	79	12	66	0	19	7	73	1.07
8988960--8988993	17	2.0	17	88	0	50	8	20	52	17	1.71
8989265--8989484	30	7.5	30	81	8	245	38	0	23	37	1.61
8989281--8989484	59	3.5	57	85	6	248	39	0	22	37	1.58
8990432--8990575	42	3.4	41	80	10	166	31	24	14	29	1.95
9001795--9001855	27	2.3	26	76	18	63	55	1	0	42	1.09
9005003--9005062	30	2.0	31	90	6	97	20	40	0	40	1.52
9004810--9005059	127	2.0	127	86	4	355	21	32	1	44	1.60
9005603--9005669	35	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
9005618--9005657	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
9007012--9007081	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
9008952--9009084	56	2.4	57	96	3	252	36	3	4	55	1.38
9008990--9009084	32	3.2	32	65	23	91	37	3	4	54	1.36
9009839--9009866	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
9013814--9013879	28	2.3	28	84	5	78	63	0	0	36	0.95
9013817--9013869	21	2.6	19	82	11	70	66	0	0	33	0.92
9013826--9013879	19	2.8	20	83	11	67	66	0	0	33	0.92
9013817--9013879	11	6.2	11	76	14	55	66	0	0	33	0.92
9014209--9014277	19	3.8	18	80	7	77	68	1	1	28	1.07
9014334--9014493	10	16.1	10	67	14	55	60	5	1	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9014399--9014482	21	4.1	21	76	10	75	59	5	1	33	1.29
9014898--9014954	16	3.2	18	68	12	55	21	3	12	63	1.43
9014960--9015117	18	8.4	18	71	21	67	33	1	2	62	1.17
9015049--9015106	9	6.4	9	83	15	75	29	0	1	68	0.99
9015125--9015158	12	3.0	11	87	8	50	29	0	2	67	1.05
9015036--9015181	18	7.4	20	68	18	69	33	1	3	61	1.21
9015525--9015769	86	2.8	86	90	1	357	27	32	18	21	1.97
9015525--9015769	43	5.7	43	79	4	262	27	32	18	21	1.97
9016068--9016180	21	5.4	21	84	0	127	5	39	16	38	1.72
9016151--9016297	66	2.2	66	86	4	199	12	28	18	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218