genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  62  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18807754--18810057	28	86.6	28	75	17	1599	46	22	0	30	1.52
18807720--18807981	23	10.5	23	71	20	122	46	20	0	32	1.54
18807906--18808021	23	5.0	23	73	20	98	47	23	0	29	1.52
18808694--18808785	23	3.8	21	75	21	67	46	26	0	27	1.53
18808790--18809515	23	29.3	23	72	21	289	46	22	0	30	1.52
18809116--18809178	32	2.0	32	90	3	101	42	28	0	28	1.56
18809073--18810064	79	12.9	74	72	22	357	46	22	0	31	1.52
18809302--18809646	21	15.4	21	69	25	139	45	22	0	32	1.53
18809376--18809471	43	2.3	38	86	12	120	48	19	0	31	1.49
18813202--18813430	124	1.8	124	90	3	372	31	24	14	29	1.95
18813202--18813482	124	2.3	124	85	4	370	33	23	14	28	1.94
18814218--18814251	18	1.9	18	94	5	61	14	5	5	73	1.21
18814394--18814461	28	2.4	28	90	0	100	27	4	23	44	1.72
18814394--18814471	28	2.8	28	84	0	75	29	6	21	42	1.78
18814904--18814938	16	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
18833242--18833320	40	2.0	40	82	5	97	20	25	20	34	1.96
18833524--18833559	17	2.1	17	90	10	56	36	2	13	47	1.58
18835041--18835071	15	2.1	15	93	0	53	41	0	16	41	1.48
18852071--18852256	42	4.5	41	78	7	160	40	17	22	19	1.91
18852105--18852259	84	1.9	83	84	4	213	40	16	23	19	1.91
18852196--18852248	21	2.6	20	81	3	61	41	18	18	20	1.91
18852599--18852633	15	2.3	15	90	0	52	51	14	25	8	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18859656--18859681	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
18859673--18859747	16	4.7	16	68	12	64	62	1	1	34	1.12
18861367--18861433	25	2.6	26	81	13	77	34	26	10	28	1.90
18862539--18862570	16	2.0	16	93	0	55	6	18	28	46	1.73
18864217--18864288	30	2.4	30	90	0	117	34	2	1	61	1.19
18867243--18867319	27	2.9	27	77	9	68	28	25	10	35	1.89
18887589--18887621	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
18887605--18887671	11	6.4	11	75	18	54	35	2	0	61	1.12
18887587--18887680	40	2.4	40	92	1	163	34	2	0	63	1.06
18887654--18887693	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
18898271--18898317	13	3.4	14	80	11	51	25	6	2	65	1.27
18898505--18898533	12	2.4	12	100	0	58	41	10	0	48	1.37
18902969--18903032	32	2.0	32	93	0	110	17	17	25	40	1.90
18903286--18903341	22	2.5	21	77	13	58	51	1	0	46	1.11
18903348--18903483	5	27.6	5	86	10	183	38	1	0	59	1.06
18903555--18903593	17	2.3	17	90	0	60	23	0	5	71	1.05
18905733--18905831	43	2.3	43	87	3	146	32	26	17	24	1.97
18911607--18911676	9	8.0	9	78	9	65	32	1	18	47	1.58
18911800--18911839	21	1.9	21	100	0	80	55	5	10	30	1.54
18913604--18913824	114	1.9	114	83	2	284	35	22	15	27	1.94
18914392--18914640	7	34.9	7	68	10	67	44	32	0	21	1.58
18914466--18914645	72	2.5	72	81	5	206	46	28	1	23	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18914441--18914645	14	14.4	14	70	7	108	44	31	0	22	1.59
18915229--18915325	40	2.4	40	78	0	104	23	19	22	34	1.97
18915685--18915727	20	2.2	20	91	0	68	27	2	20	48	1.62
18916278--18916311	11	3.0	11	87	8	50	29	0	0	70	0.87
18916278--18916310	12	2.8	12	90	4	50	27	0	0	72	0.85
18917719--18917757	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
18918046--18918148	50	2.1	50	84	0	134	18	31	22	28	1.97
18919439--18919502	32	2.0	32	84	6	85	68	9	7	14	1.38
18919775--18919900	62	2.0	63	84	7	168	40	7	0	51	1.31
18919826--18919874	21	2.3	21	89	6	73	36	8	0	55	1.30
18919837--18919902	20	3.4	19	77	12	71	43	6	0	50	1.27
18923244--18923294	26	2.0	26	84	0	66	23	3	3	68	1.23
18923252--18923294	15	2.8	15	82	6	50	23	2	4	69	1.18
18923252--18923294	21	2.1	20	82	4	50	23	2	4	69	1.18
18923252--18923277	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18929228--18929275	19	2.5	19	89	0	69	20	20	27	31	1.98
18932583--18932607	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
18940195--18940227	6	5.5	6	100	0	66	33	0	0	66	0.92
18944209--18944346	66	2.1	66	85	5	181	17	22	18	42	1.89
18945338--18945427	45	2.0	45	95	0	162	47	13	6	32	1.68
18950507--18950549	5	8.2	5	85	10	59	44	0	0	55	0.99
18958986--18959018	11	3.0	11	90	0	57	18	0	24	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18960423--18960518	37	2.6	38	88	3	149	30	38	15	15	1.89
18963385--18963427	19	2.3	18	80	11	50	67	2	9	20	1.30
18965479--18965519	3	13.3	3	84	5	55	34	4	0	60	1.18
18970515--18970551	6	6.3	6	85	14	51	86	0	13	0	0.57
18971846--18972096	50	5.0	50	72	4	229	29	21	24	25	1.99
18971846--18972104	100	2.6	100	95	2	475	28	21	24	25	1.99
18971861--18972130	50	5.4	50	73	5	224	30	20	24	24	1.99
18972124--18972571	132	3.4	132	90	0	673	28	19	24	27	1.98
18972556--18972695	44	3.2	44	69	6	113	30	21	25	23	1.99
18974134--18974177	3	14.3	3	85	4	61	34	4	0	61	1.16
18980658--18980724	22	2.9	22	80	6	62	37	22	25	14	1.93
18980681--18980788	25	4.3	25	89	2	155	39	21	21	17	1.92
18981089--18981122	11	3.2	11	87	4	52	20	2	0	76	0.92
18981822--18981847	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
18981907--18981941	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
18981898--18981941	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
18982696--18982906	64	3.3	64	68	14	182	36	14	16	32	1.89
18982584--18982997	130	3.2	130	87	3	548	36	14	16	32	1.88
18986214--18986262	24	2.0	24	88	0	71	46	16	10	26	1.78
18987506--18987582	41	1.9	41	91	2	129	66	10	11	11	1.46
18993325--18993374	24	2.1	24	88	0	73	56	2	6	36	1.36
18993329--18993381	24	2.2	23	80	9	61	56	1	5	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18993412--18993727	159	2.0	161	91	2	521	53	3	6	36	1.43
18993739--18993779	19	2.2	19	86	0	55	53	2	2	41	1.27
18993566--18993947	189	2.1	187	90	4	605	54	3	5	36	1.40
18996808--18997085	90	3.1	88	75	8	272	50	13	7	28	1.69
19008351--19008400	26	2.0	25	84	11	66	54	0	2	44	1.11
19012699--19012739	13	3.1	13	80	19	57	39	0	2	58	1.11
19014716--19014768	19	2.7	19	85	8	63	24	5	0	69	1.09
19014753--19014794	21	2.0	21	85	4	57	45	7	0	47	1.30
19014815--19014861	9	5.4	9	80	17	55	46	0	2	51	1.13
19014810--19014861	16	3.0	17	86	11	70	44	0	1	53	1.11
19020281--19020385	28	3.6	29	67	22	74	57	3	4	34	1.38
19020941--19020979	13	2.8	13	88	7	51	58	0	0	41	0.98
19020958--19020998	19	2.0	22	86	13	61	56	0	0	43	0.99
19029982--19030224	88	2.8	87	78	7	230	39	15	7	36	1.77
19030234--19030281	20	2.4	20	100	0	96	35	16	10	37	1.83
19030358--19030435	28	2.8	28	88	0	111	66	0	3	29	1.09
19030402--19030503	19	5.3	18	77	12	69	63	3	5	26	1.35
19030358--19030493	10	14.3	9	71	15	80	63	2	4	30	1.26
19030962--19031171	90	2.4	89	84	7	250	31	7	21	38	1.82
19032720--19032951	43	5.5	41	80	9	234	22	15	26	35	1.94
19032720--19032958	85	2.8	84	89	0	334	22	17	25	34	1.95
19035914--19036023	34	3.3	32	81	13	141	38	0	17	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19036094--19036364	125	2.2	124	84	7	352	36	16	18	29	1.92
19043322--19043379	3	19.7	3	89	3	91	68	0	31	0	0.89
19048307--19048366	27	2.3	26	82	8	68	33	15	28	23	1.94
19049395--19049433	21	1.9	20	84	5	51	15	15	5	64	1.46
19054410--19054446	18	2.1	18	100	0	74	21	0	10	67	1.21
19056254--19056290	12	3.1	12	88	0	56	24	32	29	13	1.93
19056743--19057064	48	6.7	48	92	1	493	48	12	7	31	1.70
19060242--19060301	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
19060515--19060551	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
19060605--19060635	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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