genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19272596--19272630	18	1.9	18	88	0	52	25	0	28	45	1.54
19276249--19276279	16	1.9	16	93	0	53	19	6	35	38	1.77
19277111--19277135	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
19277975--19278001	14	1.9	14	100	0	54	66	22	0	11	1.22
19278472--19278533	24	2.5	24	81	2	70	37	20	8	33	1.83
19284489--19284534	22	2.1	23	84	8	60	2	32	2	63	1.19
19289058--19289082	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
19290581--19290615	15	2.3	15	100	0	70	11	5	25	57	1.56
19300109--19300161	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
19300992--19301018	10	2.7	10	100	0	54	7	18	29	44	1.77
19320617--19320669	24	2.2	24	80	9	65	32	5	7	54	1.52
19324245--19324324	27	3.0	27	83	1	99	37	10	25	27	1.88
19325305--19325342	19	2.0	19	100	0	76	31	0	26	42	1.56
19332831--19332860	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
19334680--19334713	16	2.1	16	88	0	50	23	23	0	52	1.47
19337069--19337203	29	4.7	29	81	0	144	35	22	14	26	1.93
19337069--19337203	58	2.3	58	81	0	162	35	22	14	26	1.93
19340181--19340350	31	5.5	31	74	13	145	33	5	17	42	1.73
19340135--19340356	92	2.4	92	91	0	356	32	6	18	42	1.76
19340363--19340497	31	4.3	32	72	10	102	28	10	17	44	1.81
19356040--19356085	22	2.1	22	95	0	83	34	2	41	21	1.66
19358015--19358335	27	11.9	27	82	2	340	44	20	17	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19358015--19358336	81	4.0	81	85	1	405	44	20	17	17	1.87
19358694--19358783	28	3.2	28	85	1	108	25	20	24	30	1.99
19361100--19361159	31	1.9	32	82	3	77	20	20	5	55	1.62
19361565--19361603	20	1.9	21	84	5	53	56	7	10	25	1.59
19375285--19375381	35	2.7	35	90	1	140	17	11	29	41	1.84
19377734--19377930	109	1.8	109	97	0	376	35	8	21	35	1.83
19380163--19380245	25	3.3	25	91	3	123	39	22	21	15	1.91
19380513--19380594	42	1.9	43	82	2	103	68	9	1	20	1.25
19381172--19381200	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
19384473--19384514	21	2.0	22	90	4	68	57	4	2	35	1.33
19385278--19385323	19	2.6	18	80	12	60	28	2	0	69	1.00
19385278--19385339	30	2.1	30	84	6	81	29	1	0	69	0.98
19385269--19385334	23	2.8	24	78	15	68	28	1	1	68	1.08
19393778--19393928	21	7.3	22	71	11	81	17	21	17	43	1.88
19393778--19393913	42	3.3	41	79	6	139	19	20	16	44	1.87
19393885--19393928	19	2.2	20	88	4	63	13	20	20	45	1.85
19397391--19397630	51	4.7	51	85	4	306	24	16	28	30	1.96
19397532--19397612	25	3.2	25	66	27	71	23	12	32	32	1.92
19397638--19397736	46	2.2	43	81	12	110	24	18	25	32	1.97
19404386--19404524	42	3.3	42	73	6	111	20	19	15	44	1.87
19405956--19405997	19	2.3	18	84	8	50	42	33	0	23	1.55
19407557--19407627	37	1.9	37	94	0	124	39	15	2	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19419880--19419919	21	2.0	20	85	5	53	60	20	2	17	1.48
19420554--19420617	32	2.0	32	93	0	110	29	10	15	43	1.81
19426585--19427028	221	2.0	219	86	5	610	27	18	14	39	1.90
19427580--19427638	29	2.2	26	77	16	66	15	22	8	54	1.68
19454746--19454895	61	2.4	61	77	3	167	44	14	4	36	1.66
19457254--19457315	32	1.9	32	90	0	97	29	8	24	38	1.84
19457670--19457784	4	28.8	4	100	0	230	25	24	0	50	1.50
19461808--19461924	53	2.2	53	96	1	218	36	2	9	51	1.48
19473703--19473768	27	2.5	27	87	2	98	34	22	24	18	1.96
19473971--19474022	27	1.9	27	88	0	77	32	23	13	30	1.93
19474009--19474145	27	5.0	27	71	7	98	31	12	18	37	1.88
19482446--19482481	14	2.6	14	100	0	72	61	0	5	33	1.19
19484263--19484363	35	2.9	35	79	4	114	20	25	39	13	1.90
19484253--19484360	17	6.2	17	74	5	90	20	25	40	12	1.88
19490155--19490747	296	2.0	296	94	1	1055	35	13	16	35	1.87
19491389--19491420	13	2.5	13	94	0	55	34	37	21	6	1.79
19492557--19492590	17	1.9	17	88	5	50	11	0	14	73	1.10
19495513--19495546	17	2.0	17	88	0	50	26	38	14	20	1.91
19496656--19496698	20	2.2	20	86	0	59	16	4	2	76	1.05
19496737--19496784	15	3.3	15	85	2	53	14	4	4	77	1.08
19498434--19498483	6	8.3	6	90	0	82	16	0	4	80	0.87
19501205--19501235	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19505263--19505333	26	2.7	26	86	4	90	30	18	11	39	1.86
19513510--19513538	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
19515560--19515604	20	2.2	20	96	0	81	28	8	17	44	1.79
19519583--19519844	133	2.0	134	81	2	312	28	16	17	37	1.92
19524626--19524669	6	7.7	6	92	5	56	15	79	4	0	0.89
19530348--19530518	85	2.0	85	82	2	209	27	15	18	39	1.90
19531653--19531698	5	8.8	5	90	4	56	78	0	21	0	0.76
19536015--19536063	26	1.9	26	87	4	73	65	12	10	12	1.48
19536009--19536068	25	2.4	24	78	8	66	66	11	8	13	1.44
19538129--19538419	75	3.8	76	81	9	319	43	3	8	43	1.53
19543245--19543275	16	1.9	16	93	0	53	41	0	16	41	1.48
19543333--19543366	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
19549279--19549317	12	3.1	12	85	7	51	41	0	2	56	1.13
19549275--19549316	14	3.2	13	80	12	59	38	0	2	59	1.10
19556008--19556572	50	11.3	50	69	7	317	33	24	19	22	1.97
19555979--19556667	100	6.9	100	82	4	658	33	24	19	22	1.97
19559346--19559402	6	9.2	6	81	7	60	14	5	5	75	1.15
19559428--19559502	3	25.0	3	91	0	123	32	4	0	64	1.12
19559591--19559671	23	3.6	22	75	17	60	38	4	2	54	1.35
19563971--19564004	6	5.7	6	96	0	59	70	11	2	14	1.27
19563926--19564025	51	2.0	51	84	4	130	71	11	8	10	1.32
19563965--19564011	18	2.6	18	82	3	58	74	8	4	12	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19564841--19564901	22	2.7	21	80	7	50	75	1	13	9	1.12
19564841--19564901	14	4.1	15	77	8	54	75	1	13	9	1.12
19566199--19566665	44	10.2	44	69	17	240	32	17	22	28	1.96
19566250--19566430	98	1.8	97	80	6	213	32	19	20	27	1.97
19566204--19566633	142	3.0	142	96	1	781	32	17	21	27	1.96
19566709--19567379	50	13.6	50	70	6	238	32	23	19	24	1.97
19566692--19567366	100	6.8	100	81	5	748	32	23	20	23	1.98
19566759--19567350	292	2.0	292	84	3	782	32	23	20	23	1.98
19567094--19567381	101	2.9	100	87	3	400	34	21	19	24	1.96
19568755--19568811	6	9.2	6	81	7	60	14	5	5	75	1.15
19568837--19568926	3	30.0	3	93	0	153	32	3	0	64	1.10
19569015--19569074	23	2.6	22	73	17	59	40	3	1	55	1.27
19570313--19570348	15	2.4	15	90	0	54	36	2	5	55	1.38
19570333--19570369	18	2.1	17	90	10	56	32	0	5	62	1.18
19570609--19570650	14	3.2	13	87	12	68	35	0	2	61	1.09
19577635--19577677	19	2.3	19	76	4	52	51	2	0	46	1.13
19584674--19584714	20	2.0	20	100	0	82	41	14	14	29	1.86
19585069--19585182	56	2.0	56	87	0	165	32	14	22	30	1.93
19590243--19590278	7	5.1	7	93	0	63	13	2	44	38	1.59
19593873--19593905	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
19600092--19600144	26	2.0	26	100	0	106	28	22	3	45	1.70
19600935--19601694	44	17.5	43	73	12	470	27	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19601061--19601616	89	6.4	86	70	14	399	27	19	25	27	1.99
19601109--19601434	173	1.9	172	81	7	392	27	19	24	28	1.99
19600923--19601748	217	3.8	217	94	0	1409	28	19	24	27	1.99
19603728--19603760	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
19609908--19609973	19	3.5	18	71	20	55	50	1	1	46	1.20
19609950--19610013	33	1.9	33	84	6	85	39	0	3	57	1.14
19610258--19610282	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
19610588--19610801	110	1.9	110	95	0	383	35	13	21	30	1.92
19616800--19616855	20	2.8	20	81	5	60	35	19	10	33	1.87
19620616--19620650	17	2.1	17	100	0	70	34	0	11	54	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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