genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  201  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59568851--59568933	34	2.3	36	85	8	116	39	1	0	59	1.05
59568877--59568913	13	2.7	14	88	12	51	37	0	0	62	0.96
59568983--59569050	22	3.2	22	80	12	72	35	0	2	61	1.11
59568978--59569043	22	3.1	22	77	12	75	34	0	4	60	1.17
59569034--59569074	19	2.2	19	83	12	50	31	0	0	68	0.90
59569054--59569187	15	8.9	15	67	17	57	41	1	2	54	1.25
59569128--59569192	17	4.1	17	69	18	59	44	0	0	55	0.99
59569115--59569193	30	2.7	30	81	16	94	44	0	1	54	1.08
59568949--59569179	124	1.9	122	85	7	324	37	2	3	56	1.30
59573274--59573329	29	1.9	30	82	13	73	44	0	19	35	1.51
59573858--59573935	25	3.2	24	76	8	77	24	23	20	32	1.98
59578169--59578216	21	2.3	20	78	3	51	31	4	0	64	1.12
59578300--59578356	21	2.8	20	78	7	62	57	0	3	38	1.16
59578330--59578370	12	3.2	13	83	13	50	63	2	0	34	1.08
59578477--59578549	22	3.3	21	75	20	69	54	4	1	39	1.28
59600085--59600130	24	1.9	24	86	0	65	30	4	15	50	1.63
59611925--59611981	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
59612026--59612066	21	1.9	22	85	14	59	26	9	4	58	1.50
59627501--59627637	70	2.0	67	85	4	184	37	9	9	43	1.70
59634040--59634078	17	2.3	17	90	0	60	38	5	0	56	1.22
59634782--59635183	109	3.7	109	91	3	650	30	17	18	33	1.94
59634787--59635183	217	1.8	217	95	0	722	29	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59638873--59638910	10	3.7	10	83	16	51	78	0	21	0	0.74
59638873--59638912	6	6.3	6	83	11	53	77	0	22	0	0.77
59638873--59638911	20	2.0	19	95	5	69	79	0	20	0	0.73
59641236--59641920	44	15.8	43	70	9	374	30	17	21	29	1.96
59641170--59641662	175	2.8	175	89	1	742	30	17	21	29	1.96
59641452--59642029	129	4.5	129	92	0	886	30	17	21	29	1.97
59643059--59643100	12	3.4	12	78	15	50	11	4	0	83	0.79
59643061--59643100	21	1.9	21	85	10	55	10	5	0	85	0.75
59643817--59643855	17	2.3	17	90	0	60	38	5	0	56	1.22
59644400--59644462	12	4.6	13	72	27	51	22	4	7	65	1.38
59645409--59645584	87	2.0	87	96	0	325	22	17	22	38	1.93
59647577--59647657	34	2.4	32	72	13	74	56	1	4	37	1.29
59663505--59663539	16	2.1	17	89	5	54	68	0	0	31	0.90
59663982--59664026	22	2.1	22	87	4	65	42	2	0	55	1.12
59666244--59666285	21	2.0	22	95	4	77	28	23	7	40	1.81
59671963--59672361	50	8.4	49	73	15	261	34	18	22	24	1.96
59672049--59672223	90	2.0	86	83	4	215	33	20	22	23	1.97
59671964--59672307	186	1.8	184	79	8	390	34	18	22	24	1.96
59675466--59675537	33	2.3	31	79	11	83	15	13	48	22	1.80
59675474--59675536	33	1.9	33	90	0	99	15	12	47	23	1.80
59676252--59676318	22	3.1	22	79	14	77	26	7	0	65	1.19
59676252--59676327	22	3.5	22	74	16	68	25	9	0	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59676251--59676371	44	2.7	44	78	10	111	26	10	1	61	1.38
59676270--59676434	90	1.8	90	82	8	210	27	12	1	59	1.40
59679584--59679859	50	5.5	50	80	6	281	24	25	21	29	1.99
59679586--59679869	103	2.8	98	79	6	302	23	24	19	32	1.98
59682317--59682365	23	2.1	23	100	0	98	57	0	4	38	1.18
59682316--59682379	23	3.0	22	86	8	87	56	1	3	39	1.25
59682365--59682426	27	2.3	27	83	5	72	62	6	1	29	1.29
59683002--59683036	9	3.9	9	92	0	61	80	0	0	20	0.72
59683201--59683253	22	2.3	23	84	9	65	37	0	7	54	1.29
59683311--59683364	21	2.7	20	82	5	65	25	5	5	62	1.39
59683333--59683379	20	2.3	20	85	3	58	25	2	6	65	1.27
59683328--59683375	11	4.3	12	77	17	50	27	2	8	62	1.35
59683347--59683392	20	2.3	20	85	3	58	28	0	6	65	1.17
59686720--59686759	19	2.1	19	95	0	71	37	12	22	27	1.90
59701726--59701763	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
59708899--59708939	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
59714471--59714510	19	2.2	19	86	8	57	77	0	2	20	0.88
59721278--59721336	29	2.0	29	86	0	82	23	11	22	42	1.86
59721844--59721902	12	5.0	12	76	10	50	28	10	11	49	1.72
59722074--59722128	23	2.3	23	81	9	58	27	10	20	41	1.85
59734687--59734763	35	2.2	36	92	2	138	48	2	2	46	1.29
59736256--59736440	72	2.5	73	97	1	354	28	6	24	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59740648--59740679	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
59740680--59740865	73	2.5	73	97	0	354	28	6	24	40	1.79
59751679--59751723	18	2.5	18	81	0	54	62	6	2	28	1.33
59751711--59751777	28	2.4	29	72	20	72	59	4	2	32	1.32
59759053--59759114	19	3.1	19	70	20	63	17	17	17	46	1.84
59759037--59759114	41	1.9	41	94	0	138	17	16	20	44	1.86
59765439--59765473	16	2.2	16	100	0	70	42	5	0	51	1.25
59768903--59768934	13	2.5	13	94	0	55	25	0	6	68	1.12
59771753--59771817	16	4.1	16	91	0	112	36	6	36	20	1.77
59771797--59771886	45	2.0	44	85	6	119	32	5	26	35	1.80
59772051--59772085	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
59772066--59772256	61	3.2	61	71	14	214	50	4	1	43	1.32
59772031--59772319	120	2.4	120	94	4	508	50	3	1	44	1.26
59779984--59780046	30	2.1	30	93	0	108	39	4	19	36	1.72
59782518--59782548	16	1.9	16	93	0	53	16	12	19	51	1.76
59783562--59783618	28	2.2	26	82	17	66	8	15	1	73	1.16
59784187--59784223	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
59786022--59786048	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
59789614--59789740	40	3.2	40	80	10	129	37	22	20	19	1.95
59789631--59789740	40	2.8	40	84	4	143	39	23	19	18	1.92
59789804--59790162	41	8.7	41	87	1	504	17	24	26	31	1.97
59790588--59790656	15	4.7	15	72	12	54	24	0	36	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59790655--59790715	8	8.1	8	78	10	58	19	0	42	37	1.52
59790648--59790715	22	3.0	23	80	6	86	19	0	42	38	1.51
59790638--59790701	8	8.5	8	81	6	55	15	0	45	39	1.47
59791419--59791474	16	3.5	16	80	7	69	66	3	7	23	1.33
59792264--59792321	27	2.1	27	100	0	116	13	13	10	62	1.55
59792383--59792422	12	3.3	12	85	0	53	22	5	12	60	1.52
59792372--59792433	24	2.7	24	76	14	67	24	6	14	54	1.63
59793361--59793423	25	2.6	26	83	14	82	41	20	0	38	1.53
59797576--59797621	21	2.2	21	88	0	65	34	19	43	2	1.63
59797725--59797762	19	2.0	19	94	0	67	28	10	2	57	1.45
59797955--59798294	43	7.9	43	83	4	330	25	20	27	27	1.99
59797956--59798295	129	2.6	128	85	4	409	25	20	27	27	1.99
59798931--59798966	18	2.0	18	94	0	63	13	11	2	72	1.23
59803018--59803071	27	2.0	27	85	7	74	40	16	1	40	1.59
59807656--59807698	18	2.2	20	88	8	63	65	0	6	27	1.18
59807652--59807754	10	10.6	10	66	14	54	62	0	4	32	1.23
59807657--59807746	29	3.2	28	79	6	92	64	1	5	28	1.23
59807918--59807987	35	2.0	35	86	5	97	32	2	1	62	1.18
59808086--59808253	88	1.9	88	81	2	201	29	8	19	42	1.82
59813807--59813851	22	2.0	22	87	8	65	60	4	2	33	1.29
59813820--59813866	19	2.5	19	82	6	60	61	4	2	31	1.27
59815329--59816325	132	7.6	132	91	1	1552	30	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59815611--59816319	44	16.1	45	64	17	172	31	23	18	27	1.97
59815476--59816120	88	7.3	90	63	13	223	31	24	17	26	1.97
59818139--59818204	9	7.4	9	77	14	57	0	12	3	84	0.72
59818139--59818202	17	3.9	17	81	4	78	0	12	3	84	0.74
59823051--59823095	22	2.0	22	87	8	65	60	4	2	33	1.29
59823064--59823110	19	2.5	19	82	6	60	61	4	2	31	1.27
59825865--59825959	46	2.1	45	82	7	111	26	21	15	36	1.93
59827084--59827309	43	5.3	42	89	2	299	34	30	16	17	1.93
59827297--59827406	41	2.7	41	94	0	184	32	20	17	29	1.96
59828021--59828050	12	2.5	12	94	0	51	36	13	13	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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