genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  211  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62734392--62734476	23	3.5	24	78	16	86	35	11	2	50	1.52
62734572--62734638	13	5.2	12	73	16	55	28	4	1	65	1.21
62734544--62734630	27	3.0	29	75	14	83	32	6	2	58	1.37
62743504--62743537	6	5.7	6	96	0	59	67	11	0	20	1.21
62743617--62743667	17	3.1	15	81	13	57	76	1	3	17	1.03
62747157--62747233	31	2.5	31	79	8	84	41	12	11	33	1.80
62748013--62748052	19	2.1	19	85	0	53	35	7	2	55	1.42
62748320--62748383	22	2.9	22	84	11	94	37	31	0	31	1.58
62750326--62750365	20	2.0	20	85	5	53	45	0	0	55	0.99
62753713--62753758	18	2.5	19	78	3	58	63	2	4	30	1.26
62760289--62760331	22	2.0	22	90	0	68	23	2	0	74	0.93
62760280--62760361	42	2.0	41	82	2	101	24	2	0	73	0.96
62760460--62760494	3	11.7	3	88	11	54	28	2	0	68	1.04
62760436--62760485	18	2.9	18	82	8	52	30	2	8	60	1.37
62765010--62765075	24	2.5	26	78	14	73	57	1	0	40	1.08
62766851--62766899	22	2.3	22	96	3	91	40	0	14	44	1.45
62766960--62766997	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
62772452--62772483	15	2.1	15	100	0	64	34	31	0	34	1.58
62775185--62775258	31	2.4	31	81	0	85	54	10	8	27	1.63
62775202--62775274	31	2.4	31	86	9	96	47	9	9	32	1.68
62776718--62776758	19	2.2	19	86	0	55	31	7	0	60	1.24
62777573--62778100	215	2.5	213	89	3	790	28	15	19	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62777573--62778100	108	4.9	107	91	1	774	28	15	19	37	1.92
62778619--62778656	3	12.7	3	94	0	67	63	2	0	34	1.09
62790319--62790379	31	2.0	31	83	6	79	52	8	8	31	1.60
62792136--62792198	31	2.1	30	85	8	83	49	3	3	44	1.34
62792186--62792238	21	2.7	19	79	5	52	60	0	1	37	1.08
62795112--62795171	27	2.2	27	96	3	111	31	23	13	31	1.93
62797263--62797334	34	2.1	35	94	2	128	55	2	12	29	1.51
62804681--62804748	33	2.0	34	97	2	129	42	7	0	50	1.30
62810041--62810082	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
62810067--62810374	61	5.1	61	69	19	250	49	6	1	41	1.40
62810035--62810447	120	3.4	120	94	0	711	50	5	2	41	1.40
62810488--62810548	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
62810463--62810675	91	2.3	91	93	0	363	46	4	2	46	1.38
62810488--62810630	44	3.2	43	68	16	119	48	3	1	46	1.27
62813900--62813964	16	4.1	16	86	7	96	36	6	33	23	1.80
62813944--62814033	45	2.0	44	87	6	128	33	5	27	33	1.80
62814178--62814219	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
62814187--62814228	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
62814181--62814542	120	3.0	120	93	0	609	51	5	1	41	1.35
62814297--62814348	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
62814274--62814357	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
62815873--62816089	108	2.0	108	99	0	425	38	18	11	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62831902--62831959	31	1.9	30	93	6	100	63	6	10	18	1.47
62842177--62842233	22	2.6	22	100	0	114	45	7	14	33	1.71
62844345--62844469	60	2.1	61	96	1	234	27	18	14	40	1.89
62854641--62854675	16	2.2	16	94	0	61	25	8	22	42	1.82
62855953--62856004	23	2.3	23	80	6	61	32	1	0	65	1.04
62857685--62857718	10	3.4	10	83	0	50	61	17	2	17	1.46
62864803--62864879	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
62864819--62864858	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
62864807--62864873	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
62864842--62864881	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
62865498--62865655	54	2.7	60	83	11	238	31	17	21	29	1.96
62867155--62867184	15	2.0	15	100	0	60	20	6	33	40	1.78
62868037--62868061	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
62869915--62869982	32	2.1	32	91	0	109	14	8	33	42	1.77
62869924--62869973	14	3.0	18	72	22	63	14	6	38	42	1.70
62875201--62875238	15	2.4	16	95	4	69	65	10	5	18	1.41
62880937--62881097	54	2.8	60	84	11	244	31	17	21	29	1.96
62882088--62882130	14	3.2	14	77	12	54	41	0	0	58	0.98
62887141--62887181	21	1.9	22	90	5	66	21	14	12	51	1.75
62895777--62895825	21	2.3	21	85	3	62	44	0	2	53	1.12
62896455--62896495	19	2.4	17	81	18	50	46	0	0	53	1.00
62904958--62904995	15	2.4	16	95	4	69	18	5	10	65	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62905668--62905712	23	2.0	23	82	8	56	20	8	0	71	1.12
62908671--62908703	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
62909410--62909456	23	2.1	23	84	4	60	27	12	10	48	1.74
62909508--62909719	31	7.5	30	65	27	99	33	1	18	46	1.60
62909455--62909797	82	4.2	82	93	1	564	33	2	17	46	1.60
62912558--62912598	19	2.4	17	81	18	50	46	0	0	53	1.00
62921659--62921696	19	2.0	19	85	10	51	28	7	26	36	1.84
62921777--62921814	16	2.5	15	84	16	51	23	2	2	71	1.12
62936796--62936836	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
62941580--62941621	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
62941630--62941660	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
62942999--62943051	19	2.8	19	75	16	56	52	15	0	32	1.42
62943274--62943328	15	3.7	15	77	0	56	50	3	12	32	1.58
62945661--62945708	21	2.2	21	85	7	60	43	2	10	43	1.50
62953325--62953370	22	2.1	22	83	0	56	23	8	8	58	1.56
62955068--62955132	31	2.2	29	86	5	85	49	24	7	18	1.74
62956266--62956299	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
62960905--62960938	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
62975571--62975614	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
62975681--62975859	68	2.9	59	84	13	259	45	9	5	40	1.59
62975770--62975797	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
62975711--62975881	68	2.5	68	97	1	319	47	8	4	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62975870--62975911	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
62975711--62975903	68	3.0	66	91	6	283	47	8	3	39	1.52
62975893--62975950	27	2.1	28	83	6	73	48	1	1	48	1.22
62975885--62975938	21	2.5	22	84	3	74	42	1	1	53	1.22
62978964--62979007	6	7.5	6	84	5	63	79	0	0	20	0.73
62988558--62988605	20	2.4	20	80	16	55	60	2	2	35	1.20
62993412--62993479	6	11.3	6	100	0	136	33	0	16	50	1.45
63000707--63000760	21	2.6	21	81	0	63	35	1	9	53	1.44
63009890--63009933	15	2.8	16	82	10	54	38	0	2	59	1.10
63009905--63009942	19	2.0	19	94	0	67	39	0	0	60	0.97
63009949--63010387	9	51.1	9	74	17	314	46	20	0	32	1.53
63009961--63010068	31	3.4	32	80	10	107	47	18	0	34	1.49
63010073--63010358	25	11.2	25	87	4	291	47	20	0	31	1.53
63010056--63010358	50	6.1	50	84	8	354	47	21	0	31	1.54
63016171--63016425	43	6.0	43	85	0	278	31	14	25	28	1.95
63016195--63016425	85	2.7	85	84	0	282	31	14	25	28	1.95
63016170--63016425	128	2.0	129	84	2	336	31	14	25	28	1.95
63025777--63025843	34	2.0	34	87	0	98	50	8	17	22	1.74
63031128--63031168	20	2.0	21	85	4	57	48	4	0	46	1.23
63042260--63042294	17	2.1	17	94	0	61	45	5	14	34	1.68
63051012--63051059	9	5.4	9	87	5	71	43	20	10	25	1.83
63051091--63051138	6	8.0	6	95	0	87	18	0	16	64	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63051092--63051148	18	3.2	16	81	18	60	21	0	14	64	1.28
63059906--63060249	171	2.0	171	100	0	688	32	17	15	34	1.91
63068447--63068526	36	2.2	36	82	8	101	52	1	8	37	1.41
63068678--63068731	3	18.0	3	96	0	99	66	1	0	31	1.02
63069742--63069804	14	4.4	14	84	7	74	9	1	46	42	1.46
63069752--63069804	14	3.7	15	92	7	92	7	0	47	45	1.31
63069742--63069805	29	2.2	28	83	2	92	9	3	45	42	1.52
63069983--63070169	44	4.4	41	74	10	160	28	20	21	28	1.98
63070013--63070210	44	4.6	43	74	7	168	27	22	19	30	1.98
63069986--63070381	129	3.1	128	86	5	509	27	20	21	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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