genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  73  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21785254--21785306	26	2.0	26	96	0	97	32	3	35	28	1.75
21785952--21786021	20	3.5	20	90	2	104	20	11	14	54	1.70
21795054--21795133	40	2.0	40	100	0	160	25	17	22	35	1.95
21796913--21796974	30	2.1	30	100	0	124	38	9	29	22	1.86
21801708--21801749	14	3.1	13	86	10	57	14	0	4	80	0.86
21803445--21803572	23	5.4	23	67	20	66	25	17	16	40	1.90
21803444--21803600	48	3.3	48	88	3	219	26	17	14	40	1.89
21803463--21803549	25	3.5	25	66	13	72	24	18	13	43	1.86
21806728--21806760	17	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
21816469--21816502	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
21816452--21816511	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
21823053--21823078	6	4.3	6	100	0	52	34	50	0	15	1.45
21842301--21842326	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
21842713--21842738	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
21843372--21843411	20	2.0	20	85	9	55	27	2	2	67	1.16
21844772--21844845	21	3.5	21	67	0	67	25	0	27	47	1.52
21844867--21844996	34	3.8	33	80	12	138	37	0	16	45	1.53
21845059--21845321	125	2.1	125	86	2	368	35	19	15	29	1.93
21848383--21848439	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
21849450--21849474	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21852588--21852712	41	3.0	42	75	11	123	31	28	16	24	1.96
21852569--21852725	43	3.7	43	74	13	155	30	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21852569--21852724	84	1.9	84	81	10	194	30	28	17	23	1.97
21854090--21854272	39	4.6	40	77	11	189	24	27	22	25	2.00
21854090--21854273	79	2.3	81	81	8	209	24	27	22	25	2.00
21857585--21857628	21	2.1	21	91	0	70	45	2	20	31	1.64
21857590--21857653	9	6.4	9	75	19	56	45	1	25	28	1.63
21857596--21857654	30	2.0	30	96	0	109	44	0	25	30	1.55
21858496--21858554	20	3.1	19	78	9	66	44	1	10	44	1.48
21859202--21859234	17	1.9	17	100	0	66	60	9	12	18	1.57
21863118--21863164	14	3.5	13	81	16	51	46	4	0	48	1.21
21864178--21864211	5	6.8	5	96	0	50	20	26	20	32	1.97
21864548--21864623	27	2.8	28	82	9	95	26	27	27	18	1.98
21864753--21864791	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
21864837--21864861	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21864860--21864915	3	18.7	3	100	0	112	0	0	32	67	0.91
21865155--21865185	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
21865738--21865782	18	2.5	18	81	0	63	28	8	48	13	1.72
21871429--21871467	19	2.0	20	85	5	53	61	7	0	30	1.24
21871490--21871560	34	2.1	34	84	5	90	0	29	0	70	0.88
21871523--21871667	5	30.6	5	75	16	66	0	31	0	68	0.90
21871484--21871648	44	3.8	46	72	21	133	0	31	0	68	0.90
21871534--21871680	4	35.0	4	72	22	99	0	30	0	68	0.94
21871545--21871660	34	3.5	33	83	13	123	0	31	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21871523--21871681	22	7.5	22	75	21	101	0	31	0	67	0.95
21871513--21871680	30	5.5	30	74	17	125	0	30	0	69	0.94
21871527--21871658	34	3.8	34	69	24	80	0	31	0	68	0.89
21871722--21871797	27	2.8	27	85	0	107	15	28	28	26	1.96
21871865--21871939	29	2.7	28	89	8	109	46	0	10	42	1.38
21873825--21873850	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
21879822--21879864	18	2.2	20	88	8	63	25	11	9	53	1.67
21886455--21886494	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
21887129--21887167	18	2.2	18	95	0	69	43	10	0	46	1.37
21887802--21887828	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
21888831--21888887	12	5.2	12	72	20	61	52	8	38	0	1.33
21889500--21889616	62	1.9	61	88	8	177	50	3	4	41	1.38
21893366--21893407	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21894717--21894758	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21894726--21894767	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21894715--21895251	120	4.5	120	95	0	916	49	5	2	42	1.40
21894953--21894998	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
21894953--21895007	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
21895097--21895131	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21897613--21897687	38	2.0	38	91	0	123	58	10	26	4	1.49
21901562--21901669	36	3.0	36	94	0	180	34	19	13	32	1.91
21904482--21904531	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21926086--21926136	20	2.4	21	84	15	70	43	1	1	52	1.23
21926584--21926634	21	2.3	22	87	12	70	27	7	0	64	1.21
21933996--21934038	16	2.6	16	82	10	52	2	18	2	76	1.00
21935285--21935315	16	1.9	16	93	0	53	22	6	16	54	1.64
21938773--21938934	61	2.7	59	79	13	161	40	1	4	53	1.32
21947712--21947757	19	2.4	20	79	13	53	60	0	4	34	1.16
21950196--21950245	17	2.9	17	90	0	82	50	2	8	40	1.43
21950551--21950946	90	4.4	90	89	6	602	30	10	10	48	1.71
21950564--21950951	185	2.1	185	92	4	644	31	10	9	48	1.71
21960850--21960948	46	2.2	46	92	0	162	52	8	6	33	1.55
21963567--21963741	45	3.9	45	90	3	273	22	18	10	48	1.79
21967504--21967606	46	2.2	46	92	0	170	49	10	6	33	1.64
21972247--21972309	21	2.9	21	70	11	54	47	15	17	19	1.83
21972240--21972457	46	4.8	46	76	6	185	44	16	18	20	1.87
21972240--21972490	137	1.8	135	80	7	301	44	15	18	21	1.86
21988429--21988458	12	2.5	12	94	0	51	23	3	33	40	1.71
21993154--21993298	47	3.1	47	71	16	149	45	2	3	48	1.30
21993139--21993354	91	2.4	91	92	0	360	47	2	3	46	1.33
21993275--21993321	16	2.9	17	78	12	55	48	0	0	51	1.00
21993269--21993314	18	2.8	17	84	15	53	50	0	0	50	1.00
21993170--21993313	47	3.1	46	67	23	122	45	2	2	49	1.28
21993372--21993653	59	4.8	58	68	15	193	43	2	4	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21993431--21993618	58	3.2	60	69	19	160	43	2	5	48	1.41
21993361--21993653	117	2.5	119	94	2	511	44	2	4	49	1.35
21993599--21993633	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
21993797--21993884	45	2.0	45	84	6	117	35	25	5	34	1.79
21993865--21993901	16	2.3	16	95	0	65	21	32	5	40	1.76
22000532--22000589	17	3.4	17	72	13	64	22	10	12	55	1.66
22000517--22000589	35	2.1	35	94	0	128	24	8	13	53	1.67
22007046--22007087	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
22007097--22007146	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
22007166--22007198	16	2.1	16	88	5	50	45	0	3	51	1.16
22012452--22012579	43	3.0	43	82	4	161	11	21	17	50	1.77
22012443--22012579	42	3.2	42	82	4	168	11	21	17	49	1.78
22013657--22013701	21	2.1	21	100	0	90	42	4	13	40	1.64
22015090--22015122	17	1.9	17	100	0	66	30	27	0	42	1.56
22028701--22028934	102	2.3	100	84	8	289	30	7	15	46	1.73
22055097--22055269	45	3.9	43	81	4	166	34	22	14	28	1.93
22055097--22055268	90	1.9	88	84	2	227	34	22	14	28	1.94
22059129--22059188	27	2.3	26	80	5	77	23	18	18	40	1.92
22059263--22059326	25	2.5	24	75	9	65	26	21	18	32	1.97
22060498--22060588	42	2.2	42	95	0	164	17	32	31	17	1.94
22061903--22062024	53	2.3	53	79	8	131	13	21	43	22	1.86
22061202--22062164	484	2.0	477	88	2	1410	23	20	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22089629--22089768	38	3.7	38	89	0	199	35	25	21	17	1.95
22096296--22096424	43	3.0	42	76	15	129	22	20	28	28	1.98
22097316--22097365	23	2.2	23	81	0	55	30	18	14	38	1.89
22097354--22097438	24	3.5	25	80	12	81	31	11	18	37	1.87
22100211--22100268	27	2.2	26	78	6	62	51	17	10	20	1.74
22100227--22100520	27	10.9	27	81	6	301	42	20	17	19	1.89
22100227--22100520	81	3.6	81	82	5	353	42	20	17	19	1.89
22104284--22104333	24	2.1	24	96	0	91	42	18	2	38	1.61
22107715--22107800	29	2.9	30	75	10	95	48	0	0	51	1.00
22107948--22107974	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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