genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  45  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14022729--14023059	29	12.5	26	82	14	275	28	0	24	46	1.55
14022809--14023078	52	5.1	52	78	14	225	28	0	25	46	1.53
14023081--14023212	70	1.9	69	92	1	219	46	12	0	40	1.46
14023136--14023222	44	2.0	45	90	2	140	49	12	0	37	1.41
14024468--14024541	22	3.4	22	87	9	98	44	0	31	24	1.54
14031539--14031569	15	2.1	15	93	0	53	58	3	25	12	1.50
14032883--14032971	28	3.2	28	81	0	115	48	23	20	7	1.75
14036474--14036516	17	2.7	15	76	16	50	48	25	0	25	1.51
14036482--14036523	17	2.4	18	84	11	52	54	16	0	28	1.42
14039052--14039166	33	3.5	33	77	10	103	39	5	2	53	1.37
14040037--14040073	17	2.2	17	90	4	58	51	29	5	13	1.63
14042156--14042215	26	2.3	27	97	2	113	41	11	0	46	1.40
14042212--14042250	20	2.0	20	89	0	60	87	5	2	5	0.75
14042213--14042249	19	1.9	19	89	10	58	86	5	2	5	0.78
14042640--14042705	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
14042931--14042989	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
14044802--14044892	45	2.0	45	100	0	182	19	19	18	41	1.90
14048439--14048478	20	2.0	20	95	0	71	30	22	15	32	1.94
14056646--14056923	50	5.6	50	70	5	204	31	20	23	24	1.98
14056544--14056931	100	3.9	100	87	2	503	31	21	22	24	1.98
14056941--14057417	44	10.8	44	69	10	258	31	18	23	26	1.97
14056940--14057460	132	3.9	132	96	0	961	30	18	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14060674--14060750	27	2.9	27	90	0	109	18	29	23	28	1.97
14060812--14060877	28	2.4	28	97	0	123	48	0	10	40	1.38
14061266--14061305	19	2.0	20	95	4	73	22	0	5	72	1.04
14061272--14061316	19	2.4	20	78	14	51	26	0	2	71	0.98
14065008--14065034	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14070081--14070180	39	2.6	39	87	1	139	38	6	8	48	1.57
14074917--14074946	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
14086351--14086406	26	2.2	26	83	6	69	46	5	16	32	1.69
14094272--14095019	89	8.4	89	90	3	1091	26	23	18	31	1.97
14110158--14110183	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
14114806--14114833	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
14117465--14117614	63	2.4	63	79	3	160	42	18	24	14	1.87
14117513--14117563	21	2.4	21	96	0	93	37	17	31	13	1.89
14117540--14117660	42	2.9	42	88	0	170	42	17	23	17	1.89
14121294--14121334	17	2.4	18	80	8	50	24	19	21	34	1.97
14121331--14121367	18	2.1	18	89	0	56	21	16	21	40	1.91
14122069--14122234	83	2.0	83	100	0	332	30	18	27	24	1.98
14125534--14125585	23	2.2	24	96	3	97	25	26	13	34	1.93
14126419--14126492	28	2.7	27	81	8	69	59	8	18	13	1.58
14128252--14128291	19	2.1	19	100	0	80	30	10	15	45	1.78
14129515--14129643	65	2.0	65	96	0	240	32	11	17	37	1.86
14132914--14132962	18	3.0	16	85	8	64	16	4	2	77	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14144119--14144147	7	4.1	7	100	0	58	0	13	0	86	0.58
14144775--14144837	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
14145316--14145363	25	2.0	22	84	11	60	45	2	0	52	1.12
14148465--14148589	46	2.7	46	80	2	153	28	22	15	33	1.94
14148465--14148603	46	3.0	46	77	6	147	29	23	15	31	1.95
14149500--14149524	13	1.9	13	100	0	50	28	24	16	32	1.96
14150254--14150486	115	2.0	115	88	0	349	33	16	18	31	1.93
14154541--14154579	20	2.0	20	84	0	51	71	0	7	20	1.10
14154792--14154834	19	2.2	19	83	8	50	41	4	0	53	1.21
14154844--14154926	41	2.0	41	90	0	130	33	1	15	49	1.53
14155802--14155837	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
14156057--14156104	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
14156046--14156087	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14156175--14156211	16	2.2	17	86	13	51	54	0	5	40	1.24
14156253--14156313	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
14156219--14156435	91	2.4	89	86	6	299	47	4	3	45	1.40
14156253--14156395	44	3.2	43	70	20	130	48	2	2	46	1.28
14156260--14156416	47	3.4	47	69	15	137	50	3	1	43	1.31
14159529--14159604	40	1.9	40	100	0	152	36	6	14	42	1.72
14159891--14159934	21	2.1	21	91	0	70	29	34	2	34	1.70
14162043--14162072	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
14165669--14165711	24	1.9	23	81	13	54	37	13	2	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14167076--14167108	15	2.2	15	89	10	50	72	9	0	18	1.10
14168774--14168819	18	2.5	18	77	22	51	0	32	2	65	1.05
14171075--14171234	45	3.6	45	83	0	203	45	13	21	20	1.85
14180869--14180901	17	1.9	17	93	0	57	51	9	12	27	1.69
14184352--14184462	40	2.8	40	78	4	109	19	23	18	37	1.94
14186590--14186696	40	2.7	39	80	8	117	22	25	27	25	2.00
14187421--14187689	98	2.8	97	91	2	443	40	17	2	40	1.61
14187853--14187934	40	2.0	41	85	4	112	21	28	26	23	1.99
14194017--14194047	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
14194177--14194238	27	2.3	27	83	2	72	45	0	3	51	1.17
14194200--14194237	19	2.1	19	90	5	60	36	0	5	57	1.21
14194206--14194249	19	2.2	21	84	11	58	38	0	4	56	1.20
14196172--14196385	69	3.1	67	75	10	207	33	5	4	57	1.42
14196172--14196373	45	4.4	45	80	7	185	33	5	3	56	1.40
14196171--14196385	24	9.3	25	73	17	155	33	5	4	56	1.42
14196228--14196440	114	1.9	114	82	9	274	35	7	3	53	1.44
14196195--14196462	24	11.6	23	72	16	162	34	5	4	55	1.45
14200263--14200325	13	3.7	18	70	25	57	46	0	1	52	1.10
14200558--14200582	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
14211251--14211344	42	2.2	42	92	0	152	25	21	27	25	1.99
14211264--14211351	42	2.1	42	95	0	158	23	22	23	29	1.99
14214923--14214957	17	1.9	18	88	11	54	25	0	8	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14217591--14217626	18	2.0	18	89	10	56	16	0	30	52	1.44
14218868--14219229	201	1.8	201	88	1	564	32	6	15	45	1.71
14222539--14222589	16	3.2	16	78	10	59	17	31	1	49	1.58
14224498--14224586	21	4.1	21	81	5	90	51	10	25	12	1.70
14229540--14229623	26	3.2	26	81	3	98	35	21	19	23	1.96
14232243--14232770	271	2.0	269	86	5	744	36	22	9	31	1.86
14239594--14239741	28	5.1	28	78	13	129	39	1	15	43	1.55
14240089--14240145	25	2.3	25	93	0	96	50	1	22	24	1.58
14243143--14243334	61	3.2	59	86	8	239	52	8	4	34	1.52
14243686--14243723	18	2.1	18	95	0	67	42	7	26	23	1.81
14245490--14245553	11	5.7	11	73	14	51	46	1	20	31	1.60
14250006--14250175	43	4.0	42	72	11	121	32	27	16	22	1.96
14250006--14250175	85	2.0	84	81	12	195	32	27	16	22	1.96
14256461--14256520	28	2.1	28	84	6	77	16	20	25	38	1.93
14266830--14266892	32	2.0	32	90	9	103	58	0	0	41	0.98
14268155--14268217	23	2.8	23	77	13	69	42	4	4	47	1.45
14268446--14268572	64	2.0	64	89	1	193	29	8	11	49	1.69
14268935--14268989	26	2.1	26	93	0	92	32	7	20	40	1.80
14278465--14278539	19	4.3	17	74	21	59	60	2	1	36	1.20
14280604--14280637	12	2.8	12	90	4	50	70	11	0	17	1.16
14281072--14281123	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14284095--14284315	67	3.3	67	89	1	309	37	14	24	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14284053--14284343	67	4.3	67	85	3	302	36	16	24	23	1.94
14284053--14284361	134	2.3	135	77	9	335	36	16	23	22	1.94
14288028--14288116	24	3.8	25	81	11	107	29	23	13	33	1.93
14291186--14291219	14	2.4	14	100	0	68	41	5	23	29	1.78
14291284--14291525	44	5.5	45	84	4	298	24	15	23	36	1.93
14291284--14291516	88	2.6	88	88	0	331	24	15	23	36	1.94
14291284--14291525	132	1.8	132	86	3	353	24	15	23	36	1.93
14291502--14291577	28	2.7	28	72	2	71	23	11	27	36	1.90
14316159--14316208	18	2.8	18	84	3	75	52	0	2	46	1.12
14318312--14318762	227	2.0	227	98	0	875	35	7	16	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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